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Research Article
Klemens Weisleitner1,2, Lars Hunger3, Christoph Kohstall4, Albert Frisch5, Michael C. Storrie-Lombardi6, Birgit Sattler1,2
1Institute of Ecology,University of Innsbruck, 2Austrian Polar Research Institute,University of Vienna, 3BrainLinks-BrainTools,Bernstein Center Freiburg, 4Atom Science, Kasevich Lab,Stanford University, 5Institute of Experimental Physics,University of Innsbruck, 6Department of Physics, Extraterrestrial Vehicle Instruments Laboratory,Harvey Mudd College
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Os fluxos de carbono na criosfera ainda não são avaliados, mas são cruciais em relação às mudanças climáticas. Aqui mostramos um novo protótipo de dispositivo que captura o potencial fototrófico em ambientes supraglais com base na emissão de fluorescência induzida por laser (L.I.F.E.) tecnologia que oferece dados de alta resolução espectral e espacial condições in situ.
O aquecimento global afeta comunidades microbianas em uma variedade de ecossistemas, especialmente habitats criosféricos. No entanto, pouco se sabe sobre fluxos de carbono mediados microbianos em ambientes extremos. Assim, a metodologia de aquisição de amostras descrita nos poucos estudos disponíveis implica dois grandes problemas: a) dados de alta resolução exigem um grande número de amostras, o que é difícil de obter em áreas remotas; B) manipulação inevitável da amostra tal como o corte, a serragem, e o derretimento de núcleos do gelo que conduza a um engano de condições in situ. Neste estudo, um protótipo de dispositivo que não requer nem a preparação da amostra nem a destruição da amostra é apresentado. O dispositivo pode ser usado para medições in situ com uma resolução espectral e espacial alta em ecossistemas terrestres e de gelo e é baseado na missão L aser-Induced Fluorescência E(L.I.F.E.) técnica. Comunidades supraglaciais fotoautomáticas podem ser identificadas pela detecção de assinaturas l.I.F.E. em fotopigmentos. A calibração do instrumento L.I.F.E. para a porfirina deriva a clorofilaa (chla)(405 nm acitação a laser) e b-phycoerythrin (B-PE) (532 nm excitação a laser) é demonstrada. Para a validação desta metodologia, os dados da L.I.F.E. foram ratificados por um método convencional para chluma quantificação que envolvia extração de pigmentos e espectroscopia de absorção subsequente. A aplicabilidade do protótipo no campo foi comprovada em ambientes polares extremos. Mais testes em habitats terrestres ocorreram durante simulações analógicas de Marte na sobremesa marroquina e em uma geleira rochosa austríaca. O instrumento L.I.F.E. permite varreduras de alta resolução de grandes áreas com logística de operação aceitável e contribui para uma melhor compreensão do potencial ecológico das comunidades supraglaciais no contexto da mudança global.
A criosfera abriga gelo do mar, geleiras, lagos de alta montanha, áreas de neve, gelo do lago, correntes de água derretidas e permafrost. Estas áreas cobrem aproximadamente 11% das massas terrestres1,2 e estão sobrecadas pela atmosfera como um ambiente criosférico reconhecido. Estudos recentes mostram que áreas maciças da criosfera estão recuando rapidamente3,4. A Antártida5,6,os Alpes7,o Ártico8,e outras regiões mostram saldos negativos de massa de gelo. O recuo das calotas polares e geleiras leva ao esgotamento do nosso maior reservatório de água doce na Terra. Em algumas áreas, o recuo da geleira é imparável5.
Durante muito tempo, os ecossistemas de gelo foram considerados ambientes estéreis. No entanto, apesar das duras condições, a presença de vida ativa na criosfera terrestre é evidente9,10,11,12,13,14,15 . Devido à tendência para perdas maciças de gelo pelo derretimento, a criosfera está passando por uma mudança na atividade biológica, afetando habitats adjacentes. Para compreender essas mudanças parcialmente irreversíveis, precisamos de métodos para investigar a atividade biológica no gelo condições in situ com alta resolução espacial e temporal.
Em ambientes supraglaciais, a vida pode ser encontrada em buracos crioconita, cobertas de neve, água derretida, córregos e superfícies de gelo nuas. No entanto, os habitats supraglaciais mais óbvios são buracos crioconita. Eles aparecem globalmente em ambientes glaciados e foram descritos pela primeira vez pelo explorador sueco Adolf Erik Nordenskjold durante uma expedição à Groenlândia na década de 187016,17. O nome se origina das palavras gregas "kryos" (frio) e "konia" (poeira). Detritos orgânicos e inorgânicos escuros derivados de eólia saem na superfície do gelo e reduzem o albedo localmente. A radiação solar promove o derretimento dos detritos em camadas de gelo mais profundas, formando bacias cilíndricas com sedimentos (crioconita) no fundo9. Buracos crioconita cobrem 0,1-10% das zonas de ablação glacial11.
Comunidades crioconitas consistem em vírus, fungos, bactérias, cianobactérias, microalgas e protozoa. Dependendo da região, organismos metazoários como rotifers, nematóides, copépodes, tardígrados e larvas de insetos também podem ser encontrados. Edwards e outros18 descrevem buracos crioconita como "hotspots gelados". Eles também rastrearam genes funcionais em buracos crioconita que são responsáveis por N, Fe, S e P ciclismo. Os ecossistemas do mini lago respirem e fotossintetizam a taxas encontradas em habitats muito mais quentes e ricos em nutrientes11. Esses achados enfatizam o importante papel do sequestro microbiano em ambientes supraglaciais. Ao lado das comunidades vivas em buracos crioconitas, superfícies de gelo nuas são habitadas por algas geladas. Sua fisiologia é bem estudada19, mas sua distribuição espacial não foi avaliada20. Sua presença em ambientes supraglacial diminui o albedo e, portanto, promove o derretimento que leva a uma lavagem de nutrientes e entrada de nutrientes em habitats a jusante9. O aumento das temperaturas e, portanto, uma maior disponibilidade de água líquida, afeta a produtividade líquida do ecossistema nesses ecossistemas gelados.
Em ambientes supraglaciais, organismos fotossintéticos ativos transformam carbono e nitrogênio inorgânicos em fontes orgânicas e disponíveis para a teia de alimentos microbiana21,22. Até agora existem poucos estudos que estimam fluxos de carbono supraglacial11,20,23. A discrepância nas taxas propostas de fluxo de carbono resulta de uma baixa resolução de dados espaciais e temporais. Além disso, a distribuição espacial de comunidades supraglaciais fora dos buracos crioconita é mal avaliada. Cook e outros20 previram em seus modelos que as comunidades supraglacial algal corrigir até 11x mais carbono do que os buracos crioconita contemporânea devido à sua grande cobertura de superfície. A detecção de comunidades de algas supraglaciais que garantem a integridade da amostra ainda é impedida devido à falta de ferramentas para detecção e quantificação in situ.
Em resposta às dificuldades na logística, os ecossistemas de gelo são menos freqüentemente estudados do que habitats em áreas temperadas. A resolução de dados depende do número de amostras avaliadas e depende da acessibilidade dos locais do estudo. Métodos de amostragem padrão, como serrar, marcar e subsequente fusão, envolvem a manipulação da comunidade microbiana. Por exemplo, a avaliação da clorofilaa (chla)em amostras de gelo sólido é impossível com métodos padrão sem interferência substancial. Assim, as mudanças de temperatura induzidas pelo derretimento dentro das comunidades microbianas investigadas são inevitáveis. Em resposta à termolidade do fotosistema II e outras estruturas celulares em psiquirófilos22,análises laboratoriais de amostras de gelo derretido sempre levarão a uma falsificação de condições in situ.
Medições in situ não destrutivas são a única maneira razoável de obter dados confiáveis. Esse objetivo pode ser alcançado usando métodos baseados em fluorescência. Devido à sua função de colheita de luz, chla e B-phycoerythrin (B-PE) estão presentes em organismos que contribuem para o ciclo do carbono em ambientes supraglaciais, como foi provado por Anesio e outros11. Assim, essas moléculas fluorescentes são biomarcadores adequados para a quantificação de fluxos de carbono mediados microbianos nos ecossistemas de gelo.
Neste estudo, apresentamos o desenvolvimento, calibração e aplicabilidade de uma nova ferramenta não invasiva para a quantificação in situ de moléculas de chla e B-PE em ecossistemas terrestres e de gelo. O dispositivo protótipo é baseado em emissão fluorescente induzida por laser, também conhecida como L.I.F.E. O instrumento óptico (Figura 1) captura assinaturas de biomarcadores fluorescentes após a excitação de fluorescência induzida por laser. O procedimento não é destrutivo e pode ser realizado no local do estudo ou em laboratório.

Figura 1: O protótipo da L.I.F.E. Esquerda: Foto do instrumento sem uma tampa protetora. Direita: Ilustração esquemática do instrumento. Massa total = 5,4 kg (laser e óptica = 4,025 kg, laptop = 1,37 kg). Quadro de alumínio = 32,5 cm x 20,3 cm x 6,5 cm. Tubo óptico: 18,4 cm x 4 cm (diâmetro). CCD: sensor bluefox mv220g; F: filtros de passe longo dirigidos por servos (450 nm e 550 nm); L: lentes ópticas; M1: espelhos; M2: espelho dicroico; MC: microcontrolador; P: prisma; PBS: divisor de feixe polarizando; S: abertura de fenda feita de lâminas de barbear ajustáveis. Barra de escala = 70 mm. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
O kit portátil de comprimento de onda dupla pesa 4,5 kg e é usado em um tripé em combinação com um computador externo. A configuração do campo é rápida e fácil. O instrumento está ligado ao tripé, e o tubo de lente é anexado ao dispositivo, juntamente com um cabo USB e o cabo da câmera. O computador externo está conectado ao instrumento usando um cabo USB. As pernas tripé são ajustadas de tal forma que o tubo de lente é direcionado para e cobre o espécime. Em seguida, um laser verde de 5 mW atinge a amostra depois de passar por um divisor de feixe polarizador que redireciona a luz polarizada em direção ao eixo óptico do espectrômetro. O espécime exibe uma luz fluorescente, ilustrada em vermelho na Figura 1. Metade da luz collimada passa o divisor de feixe polarizador e é focada através de um filtro de passe longo dirigido por servos que remove os sinais de laser. Em seguida, o sinal atinge uma fenda de abertura que consiste em duas lâminas de barbear ajustáveis. Um prisma estolàpida separa a linha fina de ortogonal claro à abertura da fenda antes que o sinal esteja capturado pelo sensor. O procedimento é repetido com um laser azul. Os dados brutos são transferidos automaticamente para um computador portátil que também é usado para a operação de software.
O instrumento é controlado por um computador externo usando um ambiente LabVIEW que sincroniza a tomada de imagem com a câmera CCD, ligar / desligar lasers, e girando a roda de filtro de passe longo. A interface gráfica do usuário (GUI) é dividida em três seções principais. O ajuste de exposição é feito manualmente. Embora a correção entre o tempo de exposição e a intensidade do sinal seja linear(Figura 2B),o tempo máximo de exposição é limitado a 10 s porque tempos de integração mais longos levam a uma diminuição significativa na relação sinal/ruído. O campo de comentários é utilizado para a descrição daamostra (Figura 2A). Na seção direita, as imagens brutas são exibidas assim que as medições são concluídas. Esse recurso é crucial para a avaliação imediata de dados na área(Figura 2C-E). As áreas vermelhas indicam pixels superexpostos, que podem ser evitados reduzindo o tempo de exposição.
O processo de redução de dados brutos subsequente é dissociado do procedimento de aquisição de imagem e pode ser feito a qualquer momento após a aquisição de imagem.

Figura 2: Interface gráfica de usuários da L.I.F.E. para a aquisição de dados e avaliação de dados brutos. (A)O software permite a entrada manual de texto para descrições de amostras. (B) O tempo de exposição pode ser ajustado antes da medição. (C-E) As imagens brutas são exibidas no lado direito da interface. (E)As cores vermelhas indicam uma saturação do sensor. (F)A ativação do botão RUN MEASUREMENT desencadeia o processo de aquisição de dados. Na matriz (G), todos os comandos executados automaticamente durante a aquisição de dados são exibidos. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.

Figura 3: Exemplo de uma imagem crua. Esquerda: Dados brutos de chlum padrão na solução de acetona, gravado com o instrumento L.I.F.E. Devido às propriedades ópticas do dispositivo, o sinal é exibido como uma linha distorcida. Direita: Interpretação da imagem bruta por pixel (px). O eixo espectral (resolução de 5 nm/px) é traçado contra o eixo espacial (resolução de 30 μm/px). Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
As imagens brutas em escala cinza de 12 bits mostram um componente espacial devido à fenda de abertura unidimensional e a um componente espectral devido ao prisma em frente ao CCD (Figura 3). Em resposta às restrições ópticas, as imagens brutas são distorcidas. Portanto, eles precisam ser cortados e dewarped aplicando um código que reconhece o grau de distorção. Isso é feito com um assistente de software(Figura 4). Em seguida, a calibração do comprimento de onda é feita com o laser de 532 nm. A luz verde é produzida pela duplicação da freqüência de um laser infravermelho de 1.064 nm. Ambos os comprimentos de onda podem ser detectados pelo CCD e, portanto, a posição espectral de cada pixel pode ser calculada automaticamente em imagens dewarped(Figura 4).
A imagem é então cortada para baixo a uma determinada faixa de comprimento de onda (550-1.000 nm para medições de laser verde e 400-1.000 para medições de laser azul). Os valores cinzentos de cada pixel em uma linha de pixels selecionada são contados e resumidos. Um valor cinza pode variar de 0-255. Depois disso, cada linha de pixels é responsável por um número. Outras instruções de software na tela levam à geração de um enredo mostrando as contagens de valor cinza de cada linha de pixels traçadas contra as coordenadas espaciais. Isso permite uma discriminação espacial quantitativa de chla e B-PE simultaneamente na amostra. Além disso, as propriedades espectrais de uma amostra podem ser traçadas a partir de linhas de pixel selecionadas automaticamente.

Figura 4: Dewarping imagens cruas. Esquerda: Imagem crua capturada com um laser verde. Nenhum filtro foi usado. Os sinais são exibidos em 532 nm e 1.064 nm. Tempo de exposição = 0,015 s. Centro: O sinal de 532 nm cortado é usado como uma linha de referência para dewarp um conjunto de imagens. Direita: A imagem dewarped da fonte crua da imagem. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
1. Calibração e validação
NOTA: Para a calibração do pigmento, prepare linhas da diluição das soluções conservadas em estoque do chla e do B-PE. A solução deum estoque é diluída com acetona e B-PE é diluída com água estéril destilada. Mais tarde, 15 mL de cada etapa da diluição serão necessários. Proteja os pigmentos da luz, envolvendo-os com papel alumínio. Armazenar o chla em um freezer e o B-PE em uma geladeira até continuar a usar. Um protocolo detalhado para a linha da diluição segue nas seções 1.1 para o chla e 1.2 para B-PE. Tanto o chla quanto a calibração laboratorial b-pe para detecção e quantificação de pigmentos com o instrumento L.I.F.E. são descritos abaixo. Uma calibração precedente24 foi feita com os mesmos pigmentos que neste estudo.

Figura 5: Configuração para a calibração l.I.F.E. com chla e B-PE em condições de laboratório.
(A)Tubo de lente do instrumento. (B)Laser verde para a excitação B-PE. (C)Laser azul para chluma excitação. (D)Frasco de cintilação. (E)Ponto focal do instrumento L.I.F.E. (F)B-PE/water ou chla/acetona solution with 5 mL, 10 mL, and 15 mL. (G)Espaçadores que mantêm a superfície de cada solução no plano focal para três volumes diferentes. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
2. Amostragem e processamento de amostras
Calibração laboratorial para B-PE
Os sinais de resposta da linha de diluição B-PE foram medidos com o instrumento L.I.F.E. em uma sala escura a 20 °C (Figura 6). A taxa de contagem dependia tanto da concentração quanto da altura da coluna da amostra medida. Baixa concentração e baixa altura da coluna B-PE espécime fluoresced mais forte em comparação com amostras da mesma concentração e maior altura da coluna.

Figura 6: Calibração do laboratório B-PE. O conteúdo B-PE e a calibração de densidade da coluna são mostrados. As taxas de contagem normalizadas foram calculadas parauma altura da coluna de 1,5 cm. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Uma regressão de Poisson foi usada para o ajuste final da linha de calibração. Houve uma correlação linear entre as densidades de área e as contagens de valor cinza pixel. A função da curva foi y = 81.04x (Figura 7),o que significa que uma taxa de contagem de valor cinza de 8.104 em uma amostra exposta de 1s igualou uma densidade de área de 100 ng/cm2 B-PE. O chluma calibração é configurado de forma analógica. A função foi y = 8,94x.

Figura 7: Curva de calibração final para B-PE. As contagens de valor cinza foram normalizadas a um tempo da exposição de 1 s e traçadas de encontro à densidade da área. Reimpresso com permissão28. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Aplicação em amostras de crioconita de Svalbard e validação laboratorial de dados
Os valores médios das medições l.I.F.E. e as únicas medições das mesmas amostras derivadas da extração convencional usando acetona e análise subsequente com um espectrômetro são ilustradas na Figura 8.

Figura 8: Validação de dados com amostras naturais. As amostras (MLB) são classificadas por umconteúdo, com base nos resultados de um espectrômetro laboratorial (valores únicos) e em comparação com os dados de fluorescência medidos em quatro áreas aleatórias por filtro. As barras de erro representam o desvio padrão das medições da L.I.F.E. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Chlum conteúdo que varia de 48 μg/L-67 μg/L foram subestimados, e um baixo chlum conteúdo que variava de 0,7 μg/L-7 μg/L foi superestimado pelo protótipo L.I.F.E. Os desvios padrão das medições da L.I.F.E. foram baixos.
Comparação de dados espectrais de medições in situ com padrões de laboratório
Osespectros de Chl eram comparáveis entre amostras do crioconite e aqueles das algas purificadas dos nidulans de A.. Os picos de fluorescência em todas as amostras foram localizados em 700 nm-710 nm. No entanto, espectros derivados de amostras de crioconita mostraram sinais de ruído mais elevados entre 400 nm-650 nm e de 800 nm-1.000 nm em comparação com espectros do chlum padrão de pigmento (Figura 9).

Figura 9: Interpretação espectral de dados. Medições de quatro grânulos crioconitos (azul) e um chluma solução padrão de pigmento (vermelho) após excitação com lasers de 405 nm. Os espectros foram registrados 1 ano após a coleta de amostras. As amostras foram mantidas congeladas e não foram expostas à luz antes da medição. Em resposta a problemas de calibração de comprimento de onda, o pico de fluorescência está localizado em 700 nm-710 nm em vez de 680 nm. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Análise automatizada de grãos crioconitos
Em um exemplo de uma análise automatizada de um buraco crioconita (Figura 10), as maiores densidades de área de pigmento foram observadas na linha pixel 50. O espectro da amostra após a excitação com um laser de 532 nm mostrou um pico com um corte em um valor cinzento de 255 em resposta à supersaturação do sensor. Este pico derivado do laser verde e não do sinal fluorescente.

Figura 10: Análise automatizada de dados de um único grânulo crioconita com um diâmetro de 1 mm. A amostra foi coletada em Vestre Brøggerbreen (VBB) e medida dentro de 4 h após a amostragem em uma sala de laboratório escura na instalação da Estação Ártica (GB) em Ny-Ålesund. A coluna esquerda mostra medições b-pe e a coluna direita representa um chlum dado. As imagens brutas são exibidas em cima. As respostas de fluorescência induzidapor a laser são exibidas em cinza. As áreas vermelhas indicam a resposta dos pigmentos padrão. A seção do meio ilustra a distribuição espacial dos pigmentos alvo. As propriedades espectrais do sinal de fluorescência são exibidas nas imagens mais baixas. Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Impacto da excitação a laser na produtividade em esteiras bacterianas
Nem a produtividade primária nem bacteriana foram afetadas ao aumentar a potência do laser e/ou o tempo de exposição(Figura 11). Não foram detectadas diferenças significativas em tratamentos a laser com aumento de potência.

Figura 11: Medições de produtividade de amostras de Svalbard. Esteiras bacterianas foram expostas com lasers verdes e azuis de diferentes intensidades de laser e tempos de exposição. Os dados são coloridos de acordo com a fonte do comprimento de onda do laser (verde e azul). Clique aqui para ver uma versão maior deste número.
Os autores não têm nada a divulgar.
Os fluxos de carbono na criosfera ainda não são avaliados, mas são cruciais em relação às mudanças climáticas. Aqui mostramos um novo protótipo de dispositivo que captura o potencial fototrófico em ambientes supraglais com base na emissão de fluorescência induzida por laser (L.I.F.E.) tecnologia que oferece dados de alta resolução espectral e espacial condições in situ.
Os autores agradecem com gratidão ao Coronel (IL) J.N. Pritzker, à Fundação Tawani, EUA, ao Ministério Federal Austríaco de Ciência, Pesquisa e Economia (Sparkling Science SPA04_149 e SPA05_201), Alpine Forschungsstelle Obergurgl (AFO), Fórum Espacial Austríaco ( ÖWF), Roman Erler do Hintertuxer Natur Eis Palast, o austríaco Federal Forestry e Gerente de Base Nick Cox da Estação Ártica em Ny Alesund (Svalbard). Também estamos em dívida com Sabrina Obwegeser, Carina Rofner e Fabian Drewes por sua ajuda durante as filmagens. Finalmente, queremos agradecer a James Bradley por dar a voz para o vídeo concomitante.
| aceton | Merck | 67-64-1 | |
| B-Ficoeritrina | Invirtrogen | P6305 | |
| Clorofila um padrão | Sigma-Aldrich | C6144-1MG | |
| formalina | Merck | HT501128 | 36% |
| GF / C filtros | Whatman | WHA1822025 | 25mm de diâmetro |
| HCl | Merck | H1758 | 36,5-38% |
| L.I.F.E. Protótipo | Universidade de Innsbruck | construído sob demanda | |
| LabView | National Instruments | Software, Laboratório Instrumentação Virtual Engenharia Bancada | |
| de Trabalho Leucina, L-[4,5-3H], 1 mCi | Perkin Elmer | NET1166001MC | radioativo |
| Coquetel de cintilação líquida Beckman Ready Use | Beckman | não está mais disponível, pode ser compensado por Ultra Gold, contador | de cintilação líquida Packard|
| Beckman | fora de estoque | LSC 6000 IC | |
| NaH14CO3 (4 µ Ci/ml) | DHI Dinamarca | 4 μ Ci/ml, filtros | radioativos |
| de policarbonato Osmonics | de 1 mlDHI Dinamarca | PCTE | 25mm de diâmetro, 0,2µ |
| Frascos de policintilação | Perkin Elmer | WHA1825047 | tubos de amostra de20 ml |
| Tubos de centrífuga | Greiner Sigma Aldrich | T2318-500EA | ,|
| espectrofotômetro | de 50 mlHitachi | NA | Modelo U2001, qualquer fotômetro para espectroscopia de absorção medindo 664 nm e 750 nm seria apropriado |
| ácido acético tricrídrico (TCA) | Merck | T6399 | 100% |
| sonda ultrassônica | nano laboratório | QS1T-2 |