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A expansão, ativação e tráfico de células imunes aos pulmões, que são controladas pela expressão de múltiplas citocinas e quimiocinas, podem ser alteradas por lesões cerebrais graves. Isso é evidenciado pelo fato de que a pneumonia é uma das principais causas de mortalidade em pacientes que sofreram de AVC isquêmico. O objetivo deste protocolo é descrever o uso de análises citométricas de fluxo multicolorido para identificar 13 tipos de células imunes nos pulmões de camundongos, incluindo macrófagos alveolares, macrófagos intersticiciais, células dendríticas CD103+ ou CD11b+ (DCs), DCs plasmacitoides, eosinófilos, monocitos/células derivadas de monocitos, neutrófilos, células T e B derivadas de linfoides, células NK e NKT, após indução de derrame isquêmico por oclusão de artéria cerebral média transitória. Além disso, descrevemos a preparação de homogeneizadores pulmonares utilizando um método de homogeneização de contas, para determinar os níveis de expressão de 13 citocinas diferentes ou quimiocinas simultaneamente por matrizes multiplex de contas acopladas à análise citométrica de fluxo. Este protocolo também pode ser usado para investigar a resposta imune pulmonar em outros ambientes da doença, como doença pulmonar infecciosa ou doença alérgica.