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Os macrófagos infiltrantes da microglia e do sistema nervoso central (SNC), coletivamente chamados de fagócitos mononucleares do SNC (MP-SNC), desempenham papéis centrais em doenças neurológicas, incluindo neurodegeneração e acidente vascular cerebral. Os CNS-MPs estão envolvidos na depuração fagocítica de proteínas patológicas, detritos e sinapses neuronais, cada uma com vias moleculares subjacentes distintas. A caracterização dessas propriedades fagocíticas pode fornecer uma leitura funcional que complementa o perfil molecular da microglia usando abordagens tradicionais de citometria de fluxo, transcriptômica e proteômica. O perfil fagocítico da microglia baseou-se na visualização microscópica e em culturas in vitro da microglia neonatal de camundongos. A primeira abordagem sofre de amostragem limitada, enquanto a última abordagem é inerentemente pouco reflexiva do verdadeiro estado in vivo de CNS-MPs adultos. Este artigo descreve protocolos otimizados para propriedades fagocíticas de fenótipos de CNS-MPs de camundongos agudamente isolados por citometria de fluxo. Os CNS-MPs são isolados agudamente do cérebro de camundongos adultos usando dissociação mecânica seguida de centrifugação com gradiente de densidade, incubados com microesferas fluorescentes ou fibrilas Aβ fluorescentes, lavados e depois marcados com painéis de anticorpos contra marcadores de superfície (CD11b, CD45). Usando essa abordagem, é possível comparar as propriedades fagocíticas da micróglia residente no cérebro com macrófagos infiltrantes no SNC e, em seguida, avaliar o efeito do envelhecimento e da patologia da doença nesses fenótipos fagocíticos. Este método rápido também tem potencial para fenotipar funcionalmente MP-MPs do SNC humano agudamente isolados a partir de amostras cerebrais post-mortem ou cirúrgicas. Além disso, mecanismos específicos de fagocitose por subconjuntos de SNC-MP podem ser investigados inibindo vias fagocíticas selecionadas.