Os ritmos circadianos referem-se a oscilações em vários processos biológicos que ocorrem com um período de 24 horas. No nível molecular, esses ritmos são compostos por uma teia de loops de feedback transcricional-translacional (TTFL) de genes do relógio central. Tecidos e sistemas de órgãos individuais, incluindo o sistema imunológico, têm seu próprio relógio. Na circulação sistêmica, vários membros da população CD45+ oscilam ao longo do dia; no entanto, muitos desses ritmos não são idênticos ou mesmo semelhantes na população de leucócitos CD45+ residentes no tecido. Ao estudar o papel da regulação circadiana da inflamação pulmonar, o CD45+ dentro do pulmão pode precisar ser investigado. No entanto, apesar dos métodos de perfusão otimizados, os leucócitos retidos da circulação persistem nos pulmões. O objetivo ao projetar este protocolo foi distinguir entre leucócitos intravasculares e intraparenquimatosos. Para esse fim, os camundongos são injetados com um anticorpo CD45 marcado com fluorescência por via intrajugular pouco antes da coleta do pulmão. Depois disso, o pulmão é digerido usando uma técnica de digestão pulmonar personalizada para obter uma suspensão de célula única. A amostra é corada para o painel regular de anticorpos para células imunes intraparenquimatosas (incluindo outro anticorpo CD45). As análises de citometria de fluxo mostram uma clara elucidação das populações. Assim, o método de marcação e definição de células CD45+ intrapulmonares será particularmente importante onde o comportamento das células imunes intrapulmonares e circulantes são numérica e funcionalmente distintos.