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A microscopia de fluorescência baseada em folha de luz oferece soluções eficientes para estudar processos complexos em múltiplas escalas biologicamente relevantes. As configurações baseadas em câmaras de amostra, que são especificamente projetadas para preservar a integridade tridimensional do espécime e geralmente apresentam rotação de amostras, são a melhor escolha em biologia do desenvolvimento. Por exemplo, eles têm sido usados para documentar toda a morfogênese embrionária da mosca-das-frutas Drosophila melanogaster e do besouro de farinha vermelha Tribolium castaneum. No entanto, muitos protocolos de imagem ao vivo disponíveis fornecem apenas estruturas experimentais para embriões únicos. Especialmente para estudos comparativos, tais abordagens são inconvenientes, uma vez que espécimes sequencialmente imagens são afetados pela variância ambiente. Além disso, limita o número de espécimes que podem ser testados dentro de um determinado tempo. Fornecemos uma estrutura experimental para imagens ao vivo simultâneas que aumenta o throughput em configurações baseadas em câmaras de amostra e, portanto, garante condições ambientais semelhantes para todos os espécimes. Em primeiro lugar, fornecemos uma diretriz de calibração para microscópios de fluorescência de folha de luz. Em segundo lugar, propomos um método de montagem para múltiplos embriões compatível com a rotação de amostras. Em terceiro lugar, fornecemos conjuntos de dados de imagem ao vivo tridimensionais exemplares de Drosophila, para os quais justapõem três linhas transgênicas com núcleos fluorescentes rotulados, bem como de Tribolium,para os quais comparamos o desempenho de três sublines transgênicas que carregam o mesmo transgênico, mas em diferentes locais genômicos. Nosso protocolo é especificamente projetado para estudos comparativos, pois aborda proativamente a variância ambiente, que está sempre presente em imagens vivas sequenciais. Isso é especialmente importante para análises quantitativas e caracterização de fenótipos aberrationais, que resultam, por exemplo, de experimentos eliminatórios. Além disso, aumenta o throughput global, que é altamente conveniente quando o acesso a microscópios de fluorescência de folha de luz é limitado. Finalmente, o método de montagem proposto pode ser adaptado para outras espécies de insetos e outros organismos modelo, por exemplo, zebrafish, sem basicamente nenhum esforço de otimização.