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O objetivo deste protocolo é descrever um método para quantificar células induzidas semelhantes a cardiomiócitos (iMCs), que são diretamente reprogramadas in vitro por uma técnica de reprogramação. A reprogramação cardíaca fornece uma estratégia para gerar novos cardiomiócitos. Ao introduzir fatores de transcrição cardiogênicos centrais em fibroblastos; os fibroblastos podem ser convertidos em iCMs sem transição através do estado de células-tronco pluripotentes. No entanto, a taxa de conversão de fibroblastos em iMCs ainda permanece baixa. Assim, houve inúmeras abordagens adicionais para aumentar a eficiência da reprogramação cardíaca. A maioria desses estudos avaliou a eficiência da reprogramação cardíaca usando citometria de fluxo, ao mesmo tempo em que realizou imunocitoquímica para visualizar iCMs. Assim, pelo menos dois conjuntos separados de experimentos de reprogramação são necessários para demonstrar o sucesso da reprogramação do iCM. Em contraste, a análise automatizada de imagens de alto conteúdo fornecerá quantificação e qualificação da reprogramação do iCM com um número relativamente pequeno de células. Com este método, é possível avaliar diretamente a quantidade e a qualidade dos iCMs com um único experimento de reprogramação. Essa abordagem será capaz de facilitar futuros estudos de reprogramação cardíaca que requerem experimentos de reprogramação em larga escala, como triagem de fatores genéticos ou farmacológicos para aumentar a eficiência da reprogramação. Além disso, a aplicação do protocolo de análise de imagem de alto conteúdo não se limita à reprogramação cardíaca. Pode ser aplicado à reprogramação de outras linhagens celulares, bem como a quaisquer experimentos de imunocoloração que precisem de quantificação e visualização de células imunomarcadas.