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O cérebro é o centro de comando do sistema nervoso mamífero e um órgão com enorme complexidade estrutural. Protegido dentro do crânio, o cérebro consiste em uma cobertura externa de matéria cinzenta sobre os hemisférios conhecidos como córtex cerebral. Abaixo dessa camada residem muitas outras estruturas especializadas que são essenciais para múltiplos fenômenos importantes para a existência. A aquisição de amostras de regiões cerebrais brutas específicas requer passos de dissecção rápidos e precisos. Entende-se que, no nível microscópico, existem muitas sub-regiões e provavelmente cruzam as fronteiras regionais arbitrárias que impomos para efeitos desta dissecção.
Modelos de camundongos são usados rotineiramente para estudar funções e doenças cerebrais humanas. Alterações nos padrões de expressão genética podem estar confinadas a áreas cerebrais específicas visando um fenótipo específico, dependendo do estado doente. Assim, é de grande importância estudar a regulação da transcrição no que diz respeito à sua organização estrutural bem definida. Uma compreensão completa do cérebro requer estudar regiões cerebrais distintas, definir conexões e identificar diferenças fundamentais nas atividades de cada uma dessas regiões cerebrais. Uma compreensão mais abrangente de cada uma dessas regiões distintas pode abrir caminho para novos e aprimorados tratamentos no campo da neurociência. Aqui, discutimos uma metodologia passo a passo para dissecar o cérebro do rato em dezesseis regiões distintas. Neste procedimento, focamos na remoção e dissecção cerebral do camundongo C57Bl/6J (6-8 semanas) em múltiplas regiões usando marcos neuroanatomáticos para identificar e amostrar regiões cerebrais discretas e relevantes do funcionamento e comportamentalmente relevantes. Este trabalho ajudará a estabelecer uma base forte no campo da neurociência, levando a abordagens mais focadas na compreensão mais profunda da função cerebral.