CLARITY (Clear Lipid-exchanged Acrylamide-hybridized Rigid Imaging compatible Tissue hYdrogel) evoluiu recentemente como uma técnica valiosa envolvendo a incorporação de acrilamida para deslipidar o tecido (sem seccionamento) e para preservar a estrutura do tecido 3-D para imunocoloração. A técnica é altamente relevante na imagem do ambiente intestinal dinâmico, onde diferentes tipos de células interagem durante a homeostase e os estados de doença. Este método otimizado para o intestino de camundongo é descrito aqui, o que ajuda a rastrear tipos de células como epitélios, enteroendócrinos, neurônios, glia e as projeções neuronais no epitélio ou células enteroendócrinas que medeiam a detecção microbiana ou a detecção de quimioterapia de nutrientes, respectivamente. O tecido intestinal (1-1,5 cm) é fixado em paraformaldeído (PFA) a 4% em solução salina tamponada com fosfato (PBS) a 4 °C durante a noite no dia 1. No dia 2, o PFA é descartado e o tecido é lavado três vezes com PBS. O tecido é embebido em hidrogel para preservar sua integridade por incubação em solução de hidrogel (acrilamida) a 4% em PBS (diluído a partir de ProtoGel a 30%) durante a noite a 4 °C. No dia 3, a solução de hidrogel de tecido é incubada a 37 ° C por 1 h para permitir a polimerização do hidrogel. O tecido é então lavado três vezes suavemente com PBS para remover o excesso de hidrogel. A etapa subsequente de delipidação (limpeza) envolve a incubação do tecido em dodecil sulfato de sódio (8% SDS em PBS) a 37 ° C por 2 dias (dias 4 e 5) em um agitador à temperatura ambiente (RT). No dia 6, o tecido limpo é cuidadosamente lavado com PBS para remover SDS. O tecido pode ser imunomarcado por incubação em anticorpos primários (diluídos em 0,5% de soro de burro normal em PBS contendo 0,3% de Triton X-100), durante a noite a 4 ° C e subsequente incubação em anticorpos Alexa Fluor secundários apropriados por 1,5 h em RT e coloração nuclear com DAPI (1: 10000). O tecido é transferido para uma lâmina de vidro limpa e montado usando VectaShield para imagens confocais.