Os R-loops constituem uma classe prevalente de estruturas de DNA não-B orientadas por transcrição que ocorrem em todos os genomas, dependendo da sequência de DNA e da favorabilidade topológica. Nos últimos anos, os R-loops têm sido implicados em uma variedade de papéis adaptativos e desadaptativos e têm sido associados à instabilidade genômica no contexto de distúrbios humanos. Como consequência, o mapeamento preciso dessas estruturas em genomas é de grande interesse para muitos investigadores. DRIP-seq (DNA: RNA Imunoprecipitação seguida de sequenciamento de alto rendimento) é descrito aqui. É uma técnica robusta e reprodutível que permite o mapeamento preciso e semiquantitativo de R-loops. Uma iteração recente do método também é descrita na qual a fragmentação é realizada usando sonicação (sDRIP-seq), que permite o mapeamento específico da fita e de alta resolução de loops R. O sDRIP-seq, portanto, aborda algumas das limitações comuns do método DRIP-seq em termos de resolução e encalhe, tornando-o um método de escolha para mapeamento de loop R.