Este estudo fornece um procedimento sistematicamente otimizado de construção de mutantes homozigotos de gafanhotos baseado em ribonuclease CRISPR/Cas9, bem como um método detalhado para criopreservação e ressuscitação dos ovos de gafanhotos.
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Este estudo fornece um procedimento sistematicamente otimizado de construção de mutantes homozigotos de gafanhotos baseado em ribonuclease CRISPR/Cas9, bem como um método detalhado para criopreservação e ressuscitação dos ovos de gafanhotos.
O gafanhoto migratório, Locusta migratoria, não é apenas um dos gafanhotos da peste mundial que causaram enormes perdas econômicas aos seres humanos, mas também um importante modelo de pesquisa para a metamorfose de insetos. O sistema CRISPR/Cas9 pode localizar com precisão em um locus de DNA específico e clivar dentro do local alvo, introduzindo eficientemente quebras de fita dupla para induzir knockout do gene alvo ou integrar novos fragmentos gênicos no locus específico. A edição do genoma mediada por CRISPR/Cas9 é uma ferramenta poderosa para abordar questões encontradas na pesquisa de gafanhotos, bem como uma tecnologia promissora para o controle de gafanhotos. Este estudo fornece um protocolo sistemático para knockout gênico mediado por CRISPR/Cas9 com o complexo da proteína Cas9 e RNAs guia único (sgRNAs) em gafanhotos migratórios. A seleção dos sítios alvo e o planejamento do sgRNA são descritos em detalhes, seguidos pela síntese in vitro e verificação dos sgRNAs. Os procedimentos subsequentes incluem coleta de jangada de ovos e separação de ovos curtidos para alcançar microinjeção bem-sucedida com baixa taxa de mortalidade, cultura de ovos, estimativa preliminar da taxa de mutação, criação de gafanhotos, bem como detecção, preservação e passagem dos mutantes para garantir a estabilidade populacional dos gafanhotos editados. Este método pode ser usado como referência para aplicações de edição genética baseadas em CRISPR/Cas9 em gafanhotos migratórios, bem como em outros insetos.
Tecnologias de edição de genes poderiam ser usadas para introduzir inserções ou deleções em um locus específico do genoma para modificar artificialmente o gene alvo na finalidade1. Nos últimos anos, a tecnologia CRISPR/Cas9 desenvolveu-se rapidamente e tem um escopo crescente de aplicações em vários campos das ciências da vida 2,3,4,5,6. O sistema CRISPR/Cas9 foi descoberto em 19877, e amplamente encontrado em bactérias e arqueias. Pesquisas posteriores indicaram que se tratava de um sistema imune adaptativo procariótico que depende da nuclease Cas9 guiada por RNA para lutar contra fagos8. O sistema CRISPR/Cas9 modificado artificialmente consiste principalmente de dois componentes, um RNA guia único (sgRNA) e a proteína Cas9. O sgRNA é composto por um RNA CRISPR (crRNA) complementar à sequência alvo e um crRNA auxiliar transativador (tracrRNA), que é relativamente conservado. Quando o sistema CRISPR/Cas9 é ativado, o sgRNA forma uma ribonucleoproteína (RNP) com a proteína Cas9 e guia Cas9 para seu local alvo através do pareamento de bases das interações RNA-DNA. Em seguida, o DNA de fita dupla pode ser clivado pela proteína Cas9 e, como resultado, a quebra de fita dupla (DSB) emerge perto do motivo adjacente do protoespaçador (PAM) do sítio alvo 9,10,11,12. Para mitigar os danos causados pelos DSBs, as células ativariam respostas abrangentes de danos ao DNA para detectar eficientemente os danos genômicos e iniciar o procedimento de reparo. Existem dois mecanismos distintos de reparo na célula: a junção final não homóloga (NHEJ) e o reparo dirigido por homologia (HDR). NHEJ é a via de reparo mais comum que pode reparar quebras de fita dupla de DNA rapidamente e previne a apoptose celular. No entanto, é propenso a erros por deixar pequenos fragmentos de inserções e deleções (indels) perto dos DSBs, o que geralmente resulta em uma mudança de quadro de leitura aberta e, portanto, pode levar ao nocaute genético. Em contraste, o reparo homólogo é um evento bastante raro. Com a condição de que haja um modelo de reparo com sequências homólogas ao contexto do DSB, as células ocasionalmente reparariam a quebra genômica de acordo com o modelo próximo. O resultado do HDR é que o DSB é precisamente reparado. Especialmente, se houvesse uma sequência adicional entre as sequências homólogas no template, elas seriam integradas ao genoma através do HDR e, dessa forma, as inserções gênicas específicas poderiam ser realizadas13.
Com a otimização e o desenvolvimento das estruturas de sgRNA e variantes da proteína Cas9, o sistema de edição genética baseado em CRISPR/Cas9 também tem sido aplicado com sucesso em pesquisas de insetos, incluindo, mas não se limitando a, Drosophila melanogaster, Aedes aegypti, Bombyx mori, Helicoverpa Armigera, Plutella xylostella e Locusta migratoria 14,15,16,17,18 ,19. Até onde sabemos, embora RNPs constituídas pela proteína Cas9 e sgRNA transcrito in vitro tenham sido utilizados para edição do genoma de gafanhotos20,21,22, ainda não existe um protocolo sistemático e detalhado para a construção mediada por ribonucleases CRISPR/Cas9 de mutantes homozigotos do gafanhoto migratório.
O gafanhoto migratório é uma importante praga agrícola de distribuição global e ameaça substancial à produção de alimentos, sendo especialmente prejudicial às gramíneas, como trigo, milho, arroz e milheto23. A análise da função gênica baseada em tecnologias de edição do genoma pode fornecer novos alvos e novas estratégias para o controle de gafanhotos migratórios. Este estudo propõe um método detalhado para nocautear genes de gafanhotos migratórios através do sistema CRISPR/Cas9, incluindo a seleção de sítios alvo e planejamento de sgRNAs, síntese e verificação in vitro dos sgRNAs, microinjeção e cultura de ovos, estimativa da taxa de mutação na fase embrionária, detecção de mutantes, bem como passagem e preservação dos mutantes. Este protocolo pode ser usado como uma referência basal para a manipulação da grande maioria dos genes de gafanhotos e pode fornecer referências valiosas para a edição do genoma de outros insetos.
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1. Seleção do local alvo e projeto de sgRNA
2. Síntese e verificação do sgRNA in vitro
3. Microinjeção e cultura dos ovos
4. Estimativa da taxa de mutação e triagem de mutantes
5. Estabelecimento e passagem de linhagens mutantes
6. Criopreservação e ressuscitação de ovos
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Este protocolo contém as etapas detalhadas para geração de mutantes homozigotos dos gafanhotos migratórios com a RNP constituída pela proteína Cas9 e sgRNA sintetizado in vitro . A seguir estão alguns resultados representativos do knockout do gene alvo mediado por CRISPR/Cas9 em gafanhotos, incluindo seleção de alvo, síntese e verificação de sgRNA (Figura 1A), coleta e injeção de ovos, triagem e passagem de mutantes, criopreserva e ressuscitação dos ovos homozigotos.
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Os gafanhotos estão entre as pragas mais devastadoras para a agricultura desde a civilização dos seres humanos23. A tecnologia de edição do genoma baseada em CRISPR/Cas9 é uma ferramenta poderosa para fornecer um melhor conhecimento dos mecanismos biológicos em gafanhotos, bem como uma estratégia promissora de controle de pragas. Assim, é de grande benefício desenvolver um método eficiente e fácil de usar de construção de mutantes homozigotos de gafanhotos mediada por CRISPR/Cas9. Embora alguns gr...
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Os autores declaram não haver conflitos de interesse.
Este trabalho foi apoiado pela National Natural Science Foundation of China (32070502, 31601697, 32072419 e pela China Postdoctoral Science Foundation (2020M672205).
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| 10 vezes; NEBuffer r3.1 | New England Biolabs | B7030S | O buffer de in vitro Ensaios de clivagem Cas9 |
| 2xEs Taq MasterMix (Corante) | Cwbio | CW0690 | Para amplificação de genes |
| 2xPfu MasterMix (Corante) | Cwbio | CW0686 | Para amplificação de genes |
| CHOPCHOP | Site online para design de sgRNAs, http://chopchop.cbu.uib.no/. | ||
| Site CRISPOR | Online para design de sgRNAs, http://crispor.org. | ||
| Site CRISPRdirect | Online para projetar sgRNAs, http://crispr.dbcls.jp/. | ||
| Fonte de alimentação para eletroforese | LIUYI BIOLOGY | DYY-6D | Separação de moléculas de ácidos nucleicos de diferentes tamanhos |
| Eppendorf Tube | Eppendorf | 30125177 | Para coleta de amostras, etc. |
| Escovas finas | Annigoni | 1235 | Para limpar e isolar ovos. Comprado online. |
| Extrator de micropipeta flamejante/marrom | Sutter Instrument | P97 | Para fazer as agulhas de microinjeção |
| Kit de extração de gel | Cwbio | CW2302 | Recuperação e purificação de DNA |
| Sistema de análise de imagem em gel | OLYMPUS | Gel Doc XR | Observe os resultados da eletroforese |
| GeneTouch Plus | Bioer | B-48DA | Para amplificação gênica |
| Vidro eletrodo capilar | Gairdner | GD-102 | Para fazer agulhas de injeção com A incubadora extratora de micropipeta |
| MEMMERT | INplus55 | Para cultura de embriões de gafanhotos migratórios | |
| Banho de metal | TIANGEN | AJ-800 | Para aquecer a amostra |
| Micro autoinjetor | Eppendorf | 5253000068 | Microinjeção de embriões no início do desenvolvimento |
| Micro centrífuga | Allsheng | MTV-1 | Usado para misturar reagentes |
| Micromoedor | NARISHIGE | EG-401 | Para aterrar a ponta da agulha de injeção |
| Microloader | Eppendorf | 5242956003 | Para carregar soluções nas agulhas de injeção. |
| Sistema de micromanipulação | Eppendorf | TransferMan 4r | Um sistema de manipulação altinativa para microinjeção |
| Microscópio | cnoptec | SZ780 | Para microinjeção |
| Manipulador de acionamento motorizado | NARISHIGE | MM-94 | Para controlar a posição da micropipeta durante a precedure de microinjeção |
| Moedor de tecidos multi-amostra | jingxin | Tissuelyser-64 | Moa e homogeneize o pote |
| ovipisição | ChangShengYuanYi | CS-11 | Preenchido com areia estéril úmida para ovipositação de gafanhotos nele. Os oocistos são coletados deste recipiente. Comprado online. |
| Parafilm | ParafilmM | PM996 | Para embrulhar as placas de Petri. |
| Kit de Clonagem pEASY-T3 | TransGen Biotech | CT301-01 | Para clonagem de TA |
| de Petri | NEST | 752001 | Para cultura e preservação dos ovos. |
| Pipettor | Eppendorf | Research plus | Para carregamento de amostras |
| copo | Para criar gafanhotos separadamente e qualquer copo de plástico grande o suficiente (não inferior a 1000 mL de volume) servirá. Comprado online. | ||
| Kit de Síntese de gRNA de Precisão | Thermo | A29377 | Para síntese de sgRNA |
| Primer Premier | PREMIER Biosoft | Primer Premier 5.00 | Para design de primer |
| SnapGene | Ciência Perspicaz | SnapGene® 4.2.4 | Para análise de sequências Bolas |
| de aço | HuaXinGangQiu | HXGQ60 | Para moagem de amostras. Comprado online. |
| Pontas | bioleaf | D781349 | Para carregamento de amostras |
| Trans DNA Marker II | TransGen Biotech | BM411-01 | Usado para determinar o tamanho do gene |
| TrueCut Cas9 Protein v2 | Thermo | A36496 | Cas9 protein |
| UniversalGen DNA Kit | Cwbio | CWY004 | Para extração de DNA genômico |
| VANNAS Tesoura | Microscopia Eletrônica Ciências | 72932-01 | Para cortar as antenas |
| Trigo | Para gerar mudas de trigo como alimento para gafanhotos. Comprado de agricultores locais. | ||
| ZiFiT | Site online para projetar sgRNAs, http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx. |
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