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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Muitos genes regulados estimulam a migração e invasão de células tumorais, levando a um prognóstico ruim. Determinar quais genes regulam a migração e invasão de células tumorais é fundamental. Este protocolo apresenta um método para investigar os efeitos do aumento da expressão de um gene sobre a migração e invasão de células tumorais em tempo real.
As células tumorais são altamente móveis e invasivas e apresentam padrões alterados de expressão gênica. O conhecimento de como as alterações na expressão gênica regulam a migração e invasão de células tumorais é essencial para a compreensão dos mecanismos de infiltração de células tumorais em tecidos saudáveis vizinhos e metástases. Anteriormente, foi demonstrado que o knockdown gênico seguido da medição em tempo real baseada em impedância da migração e invasão de células tumorais permite a identificação dos genes necessários para a migração e invasão de células tumorais. Recentemente, as vacinas de mRNA contra SARS-CoV-2 aumentaram o interesse em usar mRNA sintético para fins terapêuticos. Aqui, o método usando mRNA sintético foi revisado para estudar o efeito da superexpressão gênica na migração e invasão de células tumorais. Este estudo demonstra que a expressão gênica elevada com transfecção de RNAm sintético seguida de medição em tempo real baseada em impedância pode ajudar a identificar os genes que estimulam a migração e invasão de células tumorais. Este artigo fornece detalhes importantes sobre os procedimentos para examinar o efeito da expressão gênica alterada na migração e invasão de células tumorais.
A motilidade das células tumorais desempenha um papel crucial na metástase1,2. A disseminação de células tumorais para tecidos saudáveis vizinhos e remotos dificulta o tratamento do câncer e contribui para arecidiva3,4. Portanto, é essencial compreender os mecanismos de motilidade celular tumoral e desenvolver estratégias terapêuticas relevantes. Como muitas células tumorais apresentam perfis de expressão gênica alterados, é crucial entender quais alterações no perfil de expressão gênica levam à alteração da motilidade das célulastumorais5,6.
Vários ensaios têm sido desenvolvidos para medir a migração celular in vitro. Alguns ensaios fornecem apenas informações limitadas por permitirem apenas medições em momentos específicos, enquanto outros oferecem informações abrangentes sobre a motilidade celular tumoral em tempo real7. Embora muitos desses ensaios de motilidade celular possam fornecer resultados quantitativos em um determinado momento ou no desfecho, eles falham em fornecer informações suficientemente detalhadas sobre mudanças dinâmicas na taxa de migração celular ao longo do período experimental. Além disso, pode ser difícil examinar possíveis mudanças na taxa de migração celular dependendo do planejamento experimental, tipos de células e números de células. Além disso, os efeitos de tratamentos não complicados podem ser investigados pela simples quantificação de ensaios tradicionais de motilidade, mas quantificações mais sofisticadas podem ser necessárias para estudar os efeitos complexos de vários tratamentos combinados8.
Foi desenvolvido um instrumento para monitorar a corrente elétrica de uma placa de microtitulação coberta com microeletrodos9. A adesão das células à superfície do poço impede o fluxo de elétrons, e a impedância correlaciona-se com a ligação quantitativa e qualitativa das células. A presença dos microeletrodos no fundo do poço permite a medição da adesão, espalhamento e proliferação celular. A presença dos microeletrodos sob uma membrana microporosa da câmara superior permite medir a migração e invasão celular para a câmara inferior, com a câmara superior revestida com proteínas da matriz extracelular (MEC) para permitir a invasão10.
Anteriormente, foi demonstrado que medidas em tempo real baseadas em impedância da migração e invasão de células tumorais fornecem dados em tempo real durante todo o experimento, bem como comparações e quantificações instantâneas sob várias condiçõesexperimentais11. Nesse artigo, o knockdown gênico foi induzido para testar o papel de proteínas de interesse na migração e invasão de células tumorais. Como um efeito knockdown completo do gene nas condições experimentais testadas levou 3-4 dias após a eletroporação com pequenos RNAs interferentes (siRNAs)8, as células foram replaqueadas após a eletroporação e recolhidas 3 dias depois para a medição em tempo real baseada em impedância da migração e invasão de células tumorais.
CT10 regulador da quinase (Crk) e Crk-like (CrkL) são proteínas adaptadoras que medeiam interações proteína-proteína a jusante de várias vias da quinase do receptor do fator de crescimento e vias da tirosina quinase não-receptora12. Níveis elevados das proteínas Crk e CrkL contribuem para o mau prognóstico em vários cânceres humanos, incluindo o glioblastoma13. No entanto, não está claro como as proteínas Crk e CrkL elevadas levam a um prognóstico ruim. Portanto, é importante definir o efeito da superexpressão de Crk e CrkL sobre as funções das células tumorais. Anteriormente, um estudo de knockdown genético foi realizado para demonstrar que os níveis endógenos das proteínas Crk e CrkL são necessários para a migração e invasão de células de glioblastoma8. Aqui, um sistema de ensaio modificado foi desenvolvido para abordar o efeito da superexpressão de Crk e CrkL na migração e invasão de células tumorais.
Recentemente, a síntese in vitro de mRNA e suas aplicações terapêuticas têm chamado atenção renovada devido ao desenvolvimento das vacinas de mRNA contra SARS-CoV-2 (revisado por Verbeke et al.14). Além disso, avanços notáveis têm sido obtidos no uso do RNAm sintético em câncer e outras doenças15,16. A eletroporação de células é um método eficaz para liberar RNAm sintético e induzir modificações genéticas transitórias (revisado por Campillo-Davo et al.17), e o uso de RNAm sintético permite expressão gênica rápida e eficiente em fibroblastosimortalizados18. Este artigo de método combina a superexpressão gênica usando mRNA sintético com análises celulares em tempo real para estudar a migração e invasão de células tumorais. Entretanto, o esquema experimental utilizado para siRNAs não funciona com transfecção de RNAm sintético, pois o nível de proteínas exógenas aumenta rapidamente e diminui gradualmente com a transfecção de RNAm sintético18. Portanto, o método foi modificado para realizar a análise em tempo real da migração e invasão celular logo após a transfecção sem a cultura adicional das células.
Este artigo de método demonstra que a combinação de medidas em tempo real baseadas em impedância com a transfecção de células tumorais com mRNAs sintéticos fornece uma análise rápida e abrangente dos efeitos da upregulation gênica na migração e invasão de células tumorais. Este artigo descreve procedimentos detalhados para medir como a migração e invasão de células de glioblastoma são afetadas pela superexpressão de Crk e CrkL. Ao examinar os efeitos dependentes da concentração do mRNA sintético na migração de células tumorais, o artigo descreve claramente como um aumento nos níveis de proteína estimula a migração de células tumorais. Além disso, uma abordagem de variação da concentração do gel de MEC é apresentada para avaliar os efeitos de alterações na expressão gênica sobre a invasão de células tumorais.
1. Síntese de mRNA
NOTA: Para a síntese de RNAm, todos os reagentes e equipamentos devem ser especialmente tratados para inativar as RNases antes do uso. Consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes sobre todos os materiais, instrumentos e reagentes usados neste protocolo.
2. Revestimento em gel da matriz extracelular (MEC) das placas de invasão e migração celular (CIM)
NOTA: Uma placa de invasão e migração celular (CIM) é uma placa de 16 poços fabricada comercialmente para análise celular em tempo real baseada em impedância. Para o ensaio de invasão celular, revestir placas CIM com gel de MEC, como descrito anteriormente, mas com algumas modificações11.
3. Preparação das células tumorais
NOTA: Todos os materiais de cultura celular devem ser mantidos estéreis. Colher e eletroporar as células tumorais sob uma cabine de segurança biológica com equipamento de proteção individual (EPI) apropriado, como descrito anteriormente, mas com algumasmodificações11.
4. Eletroporação das células tumorais
5. Configuração do analisador de células em tempo real, do programa e das placas CIM
NOTA: Prepare o analisador de células em tempo real e duas placas CIM, conforme descrito anteriormente11.
6. Análise de células em tempo real e exportação de dados
Observação : execute uma leitura de linha de base, propagação de célula, medição de impedância de célula e exportação de dados conforme descrito anteriormente11.
As proteínas Crk e CrkL desempenham papéis importantes na motilidade de muitos tipos celulares, incluindo neurônios22, células T23, fibroblastos 18,19 e uma variedade de células tumorais13. Uma vez que as proteínas Crk e CrkL foram relatadas como elevadas no glioblastoma24,25,26, os efeitos da superexpressão de CrkI, uma variante de emenda de Crk, sobre a migração celular de glioblastoma foram estudados neste trabalho. Células U-118MG foram eletroporosadas com diferentes concentrações de RNAm sintético de CrkI e analisadas quanto aos níveis de proteína e migração celular. A eletroporação de células de glioblastoma U-118MG com concentrações variáveis de mRNA sintético de CrkI resultou em um aumento dependente da concentração na proteína CrkI marcada com FLAG 1 dia após a transfecção (Figura 1A). Enquanto 0,2 ng/μL e 2 ng/μL de mRNA levaram a uma expressão indetectável ou modesta da proteína exógena CrkI, 20 ng/μL de mRNA resultaram em um nível de expressão muito maior do que a proteína CrkI endógena.
Os resultados do ensaio de migração celular usando o sistema de análise celular em tempo real indicaram que a eletroporação com 0,2 ng/μL ou 2 ng/μL de mRNA CrkI não afetou muito a migração celular. No entanto, a eletroporação com 20 ng/μL de RNAm CrkI levou a uma clara estimulação da migração celular, com mais células migrando entre 2 h e 13 h (Figura 1B). A comparação entre o nível da proteína CrkI e a migração celular revelou que a migração celular de glioblastoma foi estimulada pelo aumento do nível da proteína CrkI. Parece que o nível de proteína CrkI deve ser maior do que um certo limiar para causar uma estimulação substancial da migração celular. Se a migração celular tivesse sido medida de maneiras diferentes para contar ou observar as células migradas em pontos de tempo específicos, muito mais esforço poderia ter sido necessário para identificar esse tipo de mudança na migração celular.
Para estudar como a superexpressão de CrkL influencia a invasão celular de glioblastoma através de camadas de gel de MEC com diferentes concentrações de proteínas de MEC, células U-118MG foram eletroporosadas com mRNA sintético de CrkL e analisadas em termos de níveis de proteína e invasão celular através de uma camada de gel de MEC. A eletroporação de células de glioblastoma U-118MG com mRNA sintético de CrkL levou a uma expressão robusta da proteína CrkL marcada com FLAG 1 dia após a transfecção (Figura 2A). À medida que a concentração de proteínas da MEC aumentava, a invasão das células controle diminuía (Figura 2B). As células superexpressantes de CrkL também mostraram uma diminuição dependente da concentração do gel de MEC na invasão celular (Figura 2C). A comparação entre as células controle e as células superexpressantes de CrkL em diferentes concentrações de gel de MEC indicou que a superexpressão de CrkL geralmente estimulava a invasão celular através da camada de gel de MEC (Figura 2D-G). No entanto, a diferença entre as duas populações celulares tornou-se óbvia em diferentes momentos dependendo da concentração do gel de MEC.
Para o gel de MEC 0,1 μg/μL, a estimulação mediada por superexpressão de CrkL de invasão celular foi evidente entre 8 h e 20 h (Figura 2D), mas a diferença na invasão celular foi desprezível após 32 h. Para o gel de MEC de 0,2 μg/μL, a diferença na invasão celular com e sem superexpressão de CrkL foi mínima em todos os momentos (Figura 2E). Para o gel de MEC de 0,5 μg/μL, a diferença na invasão celular foi evidente entre 24 h e 36 h (Figura 2F). Para o gel de 1 μg/μL de MEC, o efeito da superexpressão de CrkL sobre a invasão celular tornou-se ligeiramente aparente em 48 h (Figura 2G). Os resultados sugerem que a janela para detectar a diferença entre as células controle e as células superexpressas de CrkL muda para tempos posteriores à medida que a concentração do gel de MEC aumenta. Os resultados também sugerem que as duas populações celulares foram afetadas diferencialmente pelo aumento da concentração do gel de MEC em diferentes momentos. Por exemplo, em 12 h, as células superexpressantes de CrkL mostraram invasão substancialmente maior apenas a 0,1 μg/μL de gel de MEC (Figura 2H). No entanto, em 24 h, as células superexpressas de CrkL mostraram invasão um pouco maior ou semelhante nas concentrações de gel de MEC testadas (Figura 2I). Portanto, é importante investigar as diferenças dependentes do tempo e dependentes da concentração do gel de MEC na invasão celular para obter uma visão abrangente das diferenças entre as duas populações celulares com e sem superexpressão de CrkL. Esses resultados demonstram que a combinação de superexpressão transitória usando RNAm sintético com análises celulares em tempo real baseadas em impedância fornece uma ferramenta poderosa para analisar a correlação potencial entre a superexpressão gênica e a migração e invasão de células tumorais. Examinar os efeitos das variações de concentração no RNAm sintético e no gel de MEC forneceria informações mais precisas e detalhadas.

Figura 1: Efeitos da superexpressão de CrkI na migração celular de glioblastoma. Células U-118MG foram eletroporadas com as concentrações indicadas (ng/μL) de mRNA CrkI marcado com FLAG. (A) Para as análises de western blot, as células eletroporadas foram cultivadas por 1 dia antes da preparação do lisado celular total. Os níveis de proteína na transfecção com RNAm sintético de CrkI foram comparados. Anticorpos anti-Crk e anti-CrkL foram usados para detectar as proteínas endógenas e marcadas com FLAG e para comparar a razão entre as proteínas endógenas e as proteínas marcadas com FLAG. Vinculina e α-tubulina foram usadas como controles de carregamento. (B) Para as análises de migração celular, as células eletroporadas foram plaqueadas em placa CIM sem cultura adicional. Os valores do índice celular foram obtidos de quatro poços para cada amostra, e seus valores médios ± DP são mostrados. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Efeitos da superexpressão de CrkL na invasão celular de glioblastoma. Células U-118MG foram eletroporadas com mRNA de CrkL marcado com H2O livre de nuclease ou 20 ng/μL marcado com FLAG. (A) Para as análises de western blot, as células eletroporadas foram cultivadas por 1 dia antes da preparação do lisado celular total. Os níveis de proteína na transfecção com RNAm sintético de CrkL foram comparados. Anticorpos anti-Crk e anti-CrkL foram usados para detectar as proteínas endógenas e marcadas com FLAG e para comparar a razão entre as proteínas endógenas e as proteínas marcadas com FLAG. Vinculina e α-tubulina foram usadas como controles de carregamento. (B-G) Para a análise da invasão celular, as células eletroporadas foram plaqueadas em placa CIM com revestimento em gel de MEC sem posterior cultura. Os valores do índice celular foram obtidos de quatro poços para cada amostra, e seus valores médios ± DP são mostrados. (B) Os dados de invasão celular das células controle com diferentes concentrações de gel de MEC foram comparados. (C) Os dados de invasão celular das células superexpressando CrkL com várias concentrações de gel de MEC foram comparados. (D-G) Os dados de invasão celular entre as células controle e as células superexpressantes de CrkL foram comparados para a concentração de gel de MEC indicada. (H) Comparação da invasão celular em 12 h entre as células controle e as células superexpressas por CrkL. (I) Comparação da invasão celular em 24 h entre as células controle e as células superexpressantes de CrkL. Abreviações: MEC = matriz extracelular; CIM = invasão e migração celular. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Diagramas esquemáticos dos procedimentos experimentais após knockdown ou superexpressão gênica. (A) O procedimento experimental da análise celular em tempo real após a transfecção de siRNA. Uma vez que 3-4 dias são necessários para induzir o knockdown completo do gene após a transfecção de siRNA nas condições experimentais, as células foram replaqueadas e cultivadas por 3 dias após a eletroporação antes de estarem prontas para análises celulares em tempo real. (B) O procedimento experimental para a análise celular em tempo real após a transfecção de RNAm sintético. Como a expressão proteica da transfecção de RNAm sintético é rápida, as células eletroporadas foram utilizadas para análises celulares em tempo real no mesmo dia. Observe a diferença entre os dois procedimentos experimentais; enquanto a análise celular em tempo real foi realizada 3 dias após a eletroporação para knockdown gênico usando siRNAs, a análise celular em tempo real foi realizada logo após a eletroporação para superexpressão gênica com mRNA sintético. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Os autores não têm conflitos de interesse a declarar.
Muitos genes regulados estimulam a migração e invasão de células tumorais, levando a um prognóstico ruim. Determinar quais genes regulam a migração e invasão de células tumorais é fundamental. Este protocolo apresenta um método para investigar os efeitos do aumento da expressão de um gene sobre a migração e invasão de células tumorais em tempo real.
Os autores agradecem ao Medical Writing Center at Children's Mercy Kansas City pela edição deste manuscrito. Este trabalho foi apoiado pela Fundação A.R.T. de Natalie (para T.P.) e por uma concessão do Conselho Consultivo de Parceiros da MCA do Children's Mercy Hospital (CMH) e do University of Kansas Cancer Center (KUCC) (para T.P.).
| AlphaImager HP | ProteinSimple | 92-13823-00 | Sistema de imagem em gel de agarose |
| &alfa; -anticorpo de tubulina | Sigma | T9026 | Usado para detectar a proteína &alfa;-tubulina (diluição 1: 3.000) |
| CIM - placa 16 | Agilent Technologies, Inc | 5665825001 | Placas de invasão e migração celular |
| Anticorpo Crk | BD Biosciences | 610035 | Usado para detectar proteínas CrkI e CrkII (diluição 1:1.500) |
| Anticorpo CrkL | Santa Cruz | sc-319 | Usado para detectar proteína CrkL (diluição 1:1.500) |
| Dulbecco' s Águia Modificada' s Medium (DMEM) | ATCC | 302002 | Meio de cultura |
| Dulbecco's phosphate-buffered shalin (DPBS) | Corning | 21-031-CV | Buffer usado para lavar células Soro |
| fetal bovino (FBS) | Hyclone | SH30910.03 | Suplemento de meio de cultura |
| Heracell VIOS 160i Incubadora de CO2 | Thermo Scientific | 51030285 | Incubadora de CO2 |
| IRDye 800CW cabra anticorpo secundário IgG anti-camundongo | Li-Cor | 926-32210 | Anticorpo secundário para análise de Western blot (diluição 1:10.000) |
| IRDye 800CW anticorpo secundário IgG de cabra anti-coelho | Li-Cor | 926-32211 | Anticorpo secundário para análise de Western blot (diluição 1:10.000) |
| Cloreto de lítio | Invitrogen | AM9480 | Usado para precipitação de RNA |
| Matriz | Matrigel Corning | 354234 | Gel de matriz extracelular (ECM) |
| MEGAscript T7 kit de transcrição | Invitrogen | AM1334 | Usado para síntese de RNA |
| Marcadores de RNA do milênio | Invitrogen | AM7150 | Usado para eletroforese em gel de formaldeído agarose |
| Mini centrífuga | ISC BioExpress | C1301P-ISC | Usado para girar células |
| Cérebro de camundongo QUICK-Clone cDNA | TaKaRa | 637301 | Fonte de genes (inserções) para clonagem |
| NanoQuant | Tecan | M200PRO | Sistema de quantificação de ácido nucleico |
| Sistema de eletroporação de néon | Sistema de eletroporaçãoThermoFisher Scientific | MPK5000 | 1 |
| Sistema de transfecção de néon 10 µ Kit L | ThermoFisher Scientific | MPK1025 | Kit de eletroporação |
| Sistema de transfecção Neon 100 µ L kit | ThermoFisher Scientific | MPK10096 | Kit de eletroporação |
| NorthernMax tampão de gel desnaturante | Invitrogen | AM8676 | Usado para eletroforese em gel de agarose de formaldeído |
| NorthernMax corante de carga de formaldeído | Invitrogen | AM8552 | Usado para eletroforese em gel de agarose de formaldeído |
| NorthernMax tampão de corrida | Invitrogen | AM8671 | Usado para eletroforese em gel de agarose de formaldeído |
| Água livre de nuclease | Teknova | W3331 | Usado para várias reações durante a síntese de mRNA |
| Odyssey CLx Imager | Li-Cor | Imager para análise de Western blot | |
| pcDNA3.1/myc-His | Invitrogen | V80020 | O vetor no qual as inserções (cDNAs CrkI e CrkL de camundongo) foram clonadas |
| pFLAG-CMV-5a | Millipore Sigma | E7523 | Fonte da etiqueta de epítopo FLAG |
| Fenol:clorofórmio:álcool isoamílico | Sigma | P2069 | Usado para extração de DNA |
| PmeI | New England BioLabs | R0560L | Usado para linearizar os plasmídeos para síntese de mRNA |
| Kit de rejeito de poli(A) | Invitrogen | AM1350 | Usado para reação de cauda de poli(A) |
| Placa de cultura de tecidos de poliestireno (estilo de 100 x 20 mm) | Corning | 353003 | Usado para cultura de células antes da transfecção |
| Placa de cultura de tecidos de poliestireno (estilo 35 x 10 mm) | Corning | 353001 | Usado para cultura de células transfectadas |
| Proteinase K | Invitrogen | 25530049 | Usado para remover proteínas na mistura de reação |
| Purificador Axiom Classe II, Tipo C1 | Labconco Corporation | 304410001 | Gabinete de biossegurança para manuseio estéril de células |
| Tampão de ressuspensão R | ThermoFisher Scientific | Um tampão incluído nos kits de eletroporação, MPK1025 e MPK10096. O tampão é usado para resupor as células antes da eletroporação, e sua composição é uma informação proprietária. | |
| RNaseZap | Invitrogen | AM9780 | Solução de descontaminação de RNA |
| Cetro | Millipore | C85360 | Contador de células automatizado portátil |
| Kit ScriptCap 2'-O-metiltransferase | Cellscript | C-SCMT0625 | Usado para reação de nivelamento |
| ScriptCap m<>7G sistema de nivelamento | Cellscript | C-SCCE0625 | Usado para reação de nivelamento |
| Solução de dodecil sulfato de sódio | Invitrogen | 15553-035 | Detergente usado para a reação de proteinase K |
| Centrífuga Sorvall Legend XT | Thermo Scientific | 75004532 | Centrífuga de bancada para células de spin down |
| Tripsina-EDTA | Gibco | 25300-054 | Usado para dissociação de células |
| U-118MG | ATCC | HTB15 | Uma linha celular aderente derivada de um paciente com glioblastoma humano |
| Anticorpo de vinculina | Sigma | V9131 | Usado para detectar a proteína vinculina (diluição 1:100.000) |
| xCELLigence RTCA DP | Agilent Technologies, Inc | 380601050 | Instrumento usado para análise |
| celular em tempo real1Os parâmetros de eletroporação e outras informações relacionadas para várias linhagens celulares estão disponíveis na página inicial do fabricante (https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cell-culture/transfection/neon-transfection-system/neon-transfection-system-cell-line-data.html?). |