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A medaka japonesa (Oryzias latipes) é um peixe teleósteo e um modelo emergente de vertebrados para pesquisa em ecotoxicologia, desenvolvimento, genética e fisiologia. Medaka também é usado extensivamente para investigar a reprodução de vertebrados, que é uma função biológica essencial, pois permite que uma espécie se perpetue. A qualidade do esperma é um importante indicador da fertilidade masculina e, portanto, do sucesso da reprodução. Técnicas para extração de espermatozoides e análise de espermatozoides estão bem documentadas para muitas espécies, incluindo peixes teleósteos. A coleta de espermatozoides é relativamente simples em peixes maiores, mas pode ser mais complicada em peixes modelo pequeno, pois produzem menos espermatozoides e são mais delicados. Este artigo, portanto, descreve dois métodos de coleta de espermatozoides no pequeno modelo de peixe, o medaka japonês: dissecção dos testículos e massagem abdominal. Este artigo demonstra que ambas as abordagens são viáveis para o medaka e mostra que a massagem abdominal pode ser realizada repetidamente várias vezes à medida que o peixe se recupera rapidamente do procedimento. Este artigo também descreve um protocolo para análise de espermatozoides assistida por computador em medaka para avaliar objetivamente vários indicadores importantes da qualidade do esperma de medaka (motilidade, progressividade, duração da motilidade, concentração relativa). Esses procedimentos, especificados para este modelo útil de teleósteo pequeno, aumentarão muito a compreensão dos fatores ambientais, fisiológicos e genéticos que influenciam a fertilidade em vertebrados do sexo masculino.