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As células tumorais circulantes (CTCs) são significativas no prognóstico, diagnóstico e terapia anticâncer do câncer. A enumeração da CTC é vital na determinação da doença do paciente, uma vez que as CTCs são raras e heterogêneas. As CTCs são descoladas do tumor primário, entram no sistema de circulação sanguínea e potencialmente crescem em locais distantes, metastatizando o tumor. Como as CTCs carregam informações semelhantes às do tumor primário, o isolamento da CTC e sua posterior caracterização podem ser fundamentais no monitoramento e diagnóstico do câncer. A enumeração, modificação de afinidade e coloração clínica por imunofluorescência de CTCs raras são métodos poderosos para o isolamento de CTC, pois fornecem os elementos necessários com alta sensibilidade. Os chips microfluídicos oferecem um método de biópsia líquida que é livre de qualquer dor para os pacientes. Neste trabalho, apresentamos uma lista de protocolos para chips microfluídicos clínicos, uma versátil plataforma de isolamento CTC, que incorpora um conjunto de funcionalidades e serviços necessários para a separação, análise e diagnóstico precoce da CTC, facilitando assim a análise biomolecular e o tratamento do câncer. O programa inclui contagem de células tumorais raras, pré-processamento clínico de sangue de pacientes, que inclui lise de hemácias, e o isolamento e reconhecimento de CTCs in situ em chips microfluídicos. O programa permite a enumeração precisa de células tumorais ou CTCs. Além disso, o programa inclui uma ferramenta que incorpora isolamento CTC com chips microfluídicos versáteis e identificação de imunofluorescência in situ nos chips, seguida de análise biomolecular.