Configuração rápida de microarray de tecido e imagem de área lado a lado no microscópio de imagem de feixe de íons multiplexado usando a interface Tile/SED/Array

Summary

A imagem de feixe de íons multiplexada (MIBI) é frequentemente usada para obter imagens de microarrays de tecido e áreas de tecido contíguas lado a lado, mas o software atual para configurar esses experimentos é complicado. A interface tile/SED/array é uma ferramenta gráfica intuitiva e interativa desenvolvida para simplificar e acelerar drasticamente a configuração de execução do MIBI.

Abstract

A imagem de feixe de íons multiplexada (MIBI) é uma técnica de microscopia baseada em espectrometria de massa de última geração que gera imagens 40+ plex da expressão de proteínas em tecidos histológicos, permitindo a dissecção detalhada dos fenótipos celulares e da organização histoarquitetônica. Um gargalo importante na operação ocorre quando os usuários selecionam os locais físicos no tecido para geração de imagens. À medida que a escala e a complexidade dos experimentos MIBI aumentaram, a interface fornecida pelo fabricante e as ferramentas de terceiros tornaram-se cada vez mais difíceis de manejar para obter imagens de grandes microarrays de tecido e áreas de tecido lado a lado. Assim, uma camada de interface gráfica interativa baseada na web - a interface tile/SED/array (TSAI) - foi desenvolvida para que os usuários definam locais de imagem usando gestos familiares e intuitivos do mouse, como arrastar e soltar, clicar e arrastar e desenho de polígono. Escrito de acordo com os padrões da web já incorporados aos navegadores modernos, não requer a instalação de programas, extensões ou compiladores externos. De interesse para as centenas de usuários atuais do MIBI, essa interface simplifica e acelera drasticamente a configuração de execuções de MIBI grandes e complexas.

Introduction

A imagem por feixe de íons multiplexado (MIBI) é uma técnica para obter imagens de proteínas 40+ simultaneamente em seções histológicas de tecido com resolução de até 250 nm ^1,2,3. Depois que uma seção de tecido histológico é corada usando anticorpos marcados com metais elementares isotopicamente puros, o instrumento MIBI realiza espectrometria de massa de íons secundários para quantificar simultaneamente todos os isótopos - e, portanto, a expressão de todos os antígenos 40+ - em pontos individuais do tecido. Realizadas em grades de milhões d....

Protocol

1. Carregamento de TSAI

1. Execute o TSAI abrindo https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai no navegador da Web do computador de controle de usuário MIBI.
   1. Esta instância do TSAI contém predefinições personalizadas que não se aplicam a todos os instrumentos. Ao usá-lo, crie blocos somente a partir de FOV(s) de modelo, conforme gerado abaixo na etapa 2.6. O TSAI é executado localmente no navegador da Web e nenhum dado de imagem, .json ou nome de arquivo é enviado ou armazenado no servidor.
2. Como alternativa, configure o TSAI em qualquer site com predefinições personalizadas para qua....

Results

O TSAI fornece dois métodos para configurar FOVs (Figura 2). Utiliza-se apenas a imagem óptica (Figura 2, TASAI, ramo esquerdo), semelhante a outros métodos existentes. O segundo método - gerar uma imagem SED lado a lado - é exclusivo do TSAI (Figura 2, TSAI, ramo direito). O TSAI desenha FOVs com precisão nesta imagem, eliminando a necessidade de passar horas empurrando os FOVs para o lugar no modo SED da interface do fabricante. N.......

Discussion

A imagem de feixe de íons multiplexado (MIBI) é uma técnica poderosa para dissecar fenótipos celulares detalhados e histoarquitetura tecidual 5,6,7,8,9,10,11. Os esforços computacionais em torno do MIBI se concentraram principalmente no processamento dos dad.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Computador MIBI	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Microscópio		imagem multiplexada por feixe de íons (MIBI
) MIBIslide	Ionpath	567001	Lâmina condutora para
MIBI Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/