A cirurgia de catarata (CS) é um tratamento eficaz para a catarata, uma das principais causas de deficiência visual em todo o mundo. No entanto, a SC leva à inflamação ocular e, a longo prazo, pode resultar em opacificação capsular posterior (PCO) e/ou luxação do cristalino impulsionada pelo crescimento excessivo pós-cirúrgico de células epiteliais do cristalino (LECs) e sua conversão em miofibroblastos e/ou células de fibra aberrantes. No entanto, os mecanismos moleculares pelos quais a CS resulta em inflamação e PCO ainda são obscuros porque a maioria dos modelos in vitro não recapitula a resposta de cicatrização de feridas de LECs vistos in vivo, enquanto modelos animais tradicionais de cirurgia de catarata, como coelhos, não permitem a manipulação genética da expressão gênica para testar mecanismos. Recentemente, nosso laboratório e outros usaram com sucesso camundongos geneticamente modificados para estudar os mecanismos moleculares que impulsionam a indução de sinalização pró-inflamatória e transição epitelial para mesenquimal do LEC, levando a uma nova visão sobre a patogênese da PCO. Aqui, relatamos o protocolo estabelecido para modelagem de cirurgia de catarata em camundongos, que permite um perfil transcricional robusto da resposta de LECs à remoção de células de fibra de cristalino via RNAseq, a avaliação da expressão de proteínas por imunofluorescência semiquantitativa e o uso de ferramentas genéticas modernas de camundongos para testar a função de genes que supostamente participam da patogênese de sequelas agudas como inflamação, bem como a conversão posterior de LECs em miofibroblastos e/ou células de fibra de lente aberrantes.