Este trabalho apresenta um método novo e eficiente para certificar órgãos primários envolvidos na síntese de metabólitos secundários. Como o metabólito secundário mais importante em Parispolyphylla var. yunnanensis (Franch.) Mão. -Mzt. (PPY), a saponina de Paris (PS) tem uma variedade de atividades farmacológicas e o PPY está em demanda crescente. Este estudo estabeleceu quatro tratamentos com folhas, rizoma e feixes vasculares do caule 13C6-Glicose alimentando e não alimentando para certificar com precisão os órgãos primários envolvidos na síntese de saponinas Paris VII (PS VII). Ao combinar cromatografia líquida-espectrometria de massa (LC-MS), as razões 13C/12C de folha, rizoma, caule e raiz em diferentes tratamentos foram calculadas com rapidez e precisão, e quatro tipos de razões de pico de íons isotópicos PS (M−) foram encontrados: (M+1) −/M−, (M+2) −/M−, (M+3) −/M− e (M+4) −/M−. Os resultados mostraram que a relação de 13C/12C nos rizomas dos tratamentos caule-vascular-feixe e alimentação do rizoma foi significativamente maior do que no tratamento não alimentar. Em comparação com o tratamento não alimentar, a proporção de moléculas de PS VII (M+2) −/M− nas folhas aumentou significativamente sob os tratamentos de alimentação com feixe vascular foliar e caule. Simultaneamente, em comparação com o tratamento não alimentar, a proporção de moléculas de PS VII (M+2) −/M− nas folhas sob tratamento com rizoma não apresentou diferença significativa. Além disso, a proporção de moléculas de PS VII (M+2) −/M− no caule, raiz e risoma não mostrou diferenças entre os quatro tratamentos. Em comparação com o tratamento não alimentar, a razão da molécula de saponina Paris II (PS II) (M+2) −/M− nas folhas sob tratamento de alimentação foliar não mostrou diferença significativa, e a razão (M+3) −/M− das moléculas de PS II nas folhas sob tratamento de alimentação foliar foi menor. Os dados confirmaram que o órgão primário para a síntese do PS VII são as folhas. Ele estabelece as bases para a futura identificação dos órgãos e vias primárias envolvidos na síntese de metabólitos secundários em plantas medicinais.