O estudo foi conduzido com a aprovação e permissão do Comitê de Ética em Pesquisa Ambiental e de Biossegurança da Universidade do Estado Livre (UFS-ESD2022/0131/22). Os detalhes dos reagentes e do equipamento aqui estão listados na Tabela de Materiais.
1. Condições de crescimento das plantas
- Germinar 250 sementes de cada cultivar de trigo, ou seja, Tugela suscetível, Tugela-Dn1 moderadamente resistente e Tugela-Dn5 resistente, em placas de Petri separadas.
- Adicione 5 mL de água destilada em cada placa de Petri, sele com um filme de parafina e incube na câmara de germinação regulada a 25 ° C por 2 dias.
- Transplante as sementes germinadas de cada cultivar em vasos de 15 cm contendo solo 1:1 e turfa (15 plantas por vaso) em condições controladas de estufa.
- Defina os regimes de temperatura em 18 °C e 24 °C durante a noite e o dia, respectivamente.
- Irrigue as plantas a cada 3 dias com água da torneira e forneça 2 g/L de fertilizante 14 dias após a germinação.
- Colocar as plantas em gaiolas envoltas em redes e deixá-las crescer até ao estágio 2,6 da terceira folha (com quatro repetições biológicas de cada cultivar).
2. Infestação de cultivares de trigo com RWASA2
- Infestar as cultivares de trigo Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn5 com RWASA2 de acordo com Jimoh et al.11 e Mohase e Taiwe12.
- Mantenha as plantas em dois conjuntos separados em gaiolas; infestar um conjunto com 20 indivíduos partenogenéticos do mesmo clone RWASA2 por planta em cada vaso nas câmaras de crescimento cobertas com redes. Mantenha outro conjunto de plantas de trigo em uma sala separada sob a câmara de crescimento com redes limpas e trate-as como controles.
NOTA: Mantenha os dois tratamentos em salas separadas e cubra as plantas em gaiolas envoltas em redes. Além disso, no caso de dois biótipos diferentes de RWA serem usados em um estudo, manter as plantas infestadas com um biótipo RWA daquelas infestadas com o segundo biótipo, tanto quanto possível ou em salas separadas sob câmaras de crescimento cobertas com redes para evitar qualquer possível contaminação cruzada do RWASA2.
- Para a colheita, selecione a segunda e a terceira folhas em dois regimes de tempo diferentes, período de alimentação de curto prazo (1, 2 e 3 dias) e período de alimentação de longo prazo (7 e 14 dias), e embrulhe-as em papel toalha úmido.
- Transfira imediatamente as folhas colhidas para uma caixa contendo gelo para reduzir o metabolismo das folhas antes da extração do fluido de lavagem intercelular (IWF).
3. Extração do fluido de lavagem intercelular (IWF) do apoplasto
- Corte as folhas colhidas de cerca de três cultivares de trigo em pedaços de 7 cm.
- Enxágue os pedaços de folhas duas vezes em água destilada para remover qualquer contaminação citosólica das extremidades cortadas 6,13.
- Insira os pedaços de folha em um tubo de vidro de parede espessa e mergulhe as amostras em tampão de extração (50 mM Tris-HCl, pH 7,8).
- Aplique a infiltração a vácuo por 5 min usando uma bomba de jato de água para impregnar as folhas com o tampão de extração.
- Em seguida, remova os pedaços de folhas do tubo de vidro e seque-os com uma toalha de papel.
- Inserir os pedaços de folhas secas verticalmente em tubos de centrifugação pré-arrefecidos equipados com discos perfurados e centrifugar a 500 x g durante 10 min a 4 °C.
- Use uma pipeta de 100 μL para coletar o sobrenadante em tubos de microcentrífuga pré-resfriados de 1,5 mL.
- Repita todo o procedimento de extração com o mesmo material foliar.
- Combine o sobrenadante coletado e armazene-o a -20 ° C.
NOTA: As alíquotas sobrenadantes são tratadas como a fonte do conteúdo de apoplast ou IWF. A IWF não foi usada no presente estudo, mas foi importante removê-la dos tecidos foliares antes de extrairmos a β-1,3-glucanase e peroxidase (POD) ligadas à parede celular.
4. Extração da β-1,3-glucanase associada à parede celular e POD
NOTA: Os resíduos foliares deixados após a extração da IWF foram utilizados para extrair a proteína total da parede celular.
- Esmague os resíduos das folhas até formar um pó fino com nitrogênio líquido usando um almofariz e pilão.
- Transferir aproximadamente 200 mg do tecido foliar em pó para um almofariz contendo 4 mL de tampão de extração (fosfato de sódio 50 mM com 1% (p/v) de polivinilpolipirrolidona (PVPP); pH 5,0) seguido de moagem com um pilão até obter uma pasta lisa, que é então transferida para tubos de microcentrífuga.
- Incube a mistura nos tubos de microcentrífuga por 3 min em gelo e depois centrifugue a 10.000 x g por 15 min a 4 °C.
- Colete o sobrenadante (extratos de proteínas totais) em tubos de microcentrífuga (alíquotas de 2 mL) e use-o como fonte de β-1,3-glucanase e POD para todo o estudo.
5. Determinação do padrão proteico
- Determinar a concentração total de proteínas dos extractos segundo o método de Bradford14.
- Preparar as soluções de albumina de soro bovino (BSA) nas concentrações de 0,0 mg/ml, 0,1 mg/ml, 0,2 mg/ml, 0,3 mg/ml, 0,4 mg/ml, 0,5 mg/ml, 0,6 mg/ml, 0,7 mg/ml, 0,8 mg/ml, 0,9 mg/ml e 1,0 mg/ml dissolvidos em tampão fosfato de sódio 50 mM para gerar o padrão proteico.
- Prepare o padrão adicionando 10 μL de cada solução BSA na microplaca de 96 poços com 190 μL (0,25% v/v) de reagente de Bradford (consulte a Tabela de Materiais).
- Incubar a 25 °C durante 20 min e medir a absorvância a 595 nm utilizando o leitor de microplacas e utilizar os valores de absorvância para preparar a curva-padrão para quantificar a concentração de proteínas.
- Quantifique a concentração de proteína
- Adicione 10 μL da enzima extraída (etapa 4) em uma microplaca de 96 poços com 190 μL (0,25% v / v) de reagente de Bradford em triplicatas.
- Incubar à temperatura ambiente (25 °C) durante 20 min.
- Medir a absorvância a 595 nm utilizando o espectrofotómetro com um leitor de microplacas e utilizar os valores de absorvância para determinar a concentração de proteínas utilizando a BSA como padrão de proteínas (preparada no passo 5.4).
6. Prepare o padrão de glicose para a atividade da β-1,3-glucanase
- Prepare as soluções-padrão com concentrações entre 0,00 mg/ml e 1,0 mg/ml (0,0 mg/ml, 0,1 mg/ml, 0,2 mg/ml, 0,3 mg/ml, 0,4 mg/ml, 0,5 mg/ml, 0,6 mg/ml, 0,7 mg/ml, 0,8 mg/ml, 0,9 mg/ml, 1,0 mg/ml) com glicose dissolvida em água destilada.
- Adicione 300 μL de cada solução de glicose e 600 μL de reagente de ácido 3,5-dinitrosalicílico (DNS) na proporção de 1:2 em tubos de microcentrífuga de 1,5 mL e incube as reações a 100 °C por 5 min (ver Tabela de Materiais para reagentes DNS) (Miller et al.15).
- Deixar arrefecer a mistura à temperatura ambiente antes de medir a absorvância a 540 nm com o espectrofotómetro.
- Utilizar os valores médios de absorvância para desenvolver a curva-padrão para determinar a actividade da enzima β-1,3-glucanase.
7. Determinação do ensaio de atividade da β-1,3-glucanase
NOTA: A atividade enzimática da β-1,3-glucanase ligada à parede celular extraída de Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn5 foi determinada pela quantidade de açúcares redutores totais liberados da hidrólise de 0,5% (p/v) de substratos ligados a 0,5% (p/v) de β-1,3-1,4-glucano (MLG) e 0,4% (p/v) de β-1,3-glucano usando um método modificado conforme descrito por Miller et al.15. Mantenha sempre os tubos com alíquotas de proteína no gelo. Se as amostras foram congeladas, descongele-as no gelo e proceda imediatamente após o descongelamento.
- Adicionar 200 μL do extrato enzimático (manter a concentração proteica entre 20 μg/ml e 90 μg/ml em todas as reações, salvo indicação em contrário) e 300 μL do substrato dissolvido em tampão citrato de sódio 50 mM (pH 5,0) nos tubos de microcentrífuga de 1,5 ml.
NOTA: Execute uma reação paralela em branco sem o extrato enzimático para todos os substratos (primeiro branco), e o branco da enzima consiste em extrato enzimático sem substrato (segundo branco). Tanto o substrato quanto o extrato enzimático foram substituídos pelo tampão no primeiro e segundo negros, respectivamente.
- Incubar as reações a 37 °C por 24 h e encerrar a reação aquecendo a 100 °C por 5 min, depois centrifugar a 10.000 x g por 10 min a 4 °C.
- Misture 300 μL do sobrenadante com 600 μL de reagente DNS (proporção 1:2) em novos tubos de microcentrífuga de 1,5 mL e ferva a 100 °C por 5 min.
- Deixar arrefecer a solução até à temperatura ambiente e medir a absorvância a 540 nm com o espectrofotómetro.
NOTA: Se a concentração de açúcares redutores totais for alta na mistura, isso resultará em uma solução marrom-escura, que é difícil de ler usando o espectrofotômetro. Portanto, é necessária uma diluição adicional das amostras antes da leitura da absorbância.
- Use a curva padrão de glicose desenvolvida na etapa 6.4 acima para determinar a atividade enzimática nas unidades SI da curva padrão.
- Para converter a atividade em uma atividade específica que é expressa em μmol glicose/h/mg de proteína, use a equação abaixo:
Atividade específica = [(atividade enzimática/180.16)*1000]/tempo/concentração de proteína
NOTA: Converta a atividade enzimática em mg/mL em g/mL; 180,16 g/mol é o peso molecular da glicose, 1000 é um fator que converte M em micromoles, o tempo é o período de reação e a concentração do extrato proteico é representada em mg/mL. Uma unidade de atividade da β-1,3-glucanase é definida como 1 μmol de glicose liberada do substrato dentro de um período de reação de 1 h.
8. Determinando a atividade da peroxidase (POD)
NOTA: A atividade da peroxidase ligada à parede celular das cultivares de trigo Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn5 foi determinada quantificando a formação do tetra-guaiacol produzido por unidade de tempo a partir do guaiacol16.
- Adicionar 30 μL do extracto enzimático, 30 μL 1% (v/v) H2O2 e 970 μL de guaiacol 5 mM nas cubetas a 25 °C.
NOTA: Faça a reação em branco sem o extrato enzimático (primeiro branco) e outra em branco para amostras de enzimas sem substrato (segundo branco). As amostras de enzima ou substrato foram substituídas por tampão fosfato de sódio 50 mM no primeiro e segundo brancos, respectivamente.
- Utilizar o modo cinético do espectrofotómetro para monitorizar a variação da absorvância a 470 nm.
- Determine a inclinação onde o gráfico era linear e use-o como o valor de absorbância.
- Calcule a absorbância média e use-a no cálculo da atividade do POD.
- Calcular a atividade da peroxidase utilizando o coeficiente de extinção molar do guaiacol (26,6 mM-1 cm-1) e expressar a atividade em μmol tetra-guaiacol/min/mg de proteína.
- Calcule a atividade do POD usando a equação usada por Mafa et al.6:
ATIVIDADE DA CÁPSULA = [(ΔABS × DF) ÷ Concentração de proteína] × 26,6 mM-1 cm-1 × 1 cm
NOTA: Onde ΔABS = absorbância média; DF = Factor de diluição; 26,6 mM-1 cm-1 = coeficiente de extinção do guaiacol.
9. Caracterização do POD
NOTA: Os ensaios de caracterização de POD foram conduzidos usando extratos enzimáticos 3 dias pós-infestação (dpi) de Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn5 seguindo métodos semelhantes descritos na etapa 8, com pequenas alterações nos tampões de reação e temperaturas. As amostras de enzimas foram sempre mantidas no gelo enquanto os experimentos estavam sendo conduzidos. Execute as reações em quadruplicados com uma reação paralela em branco.
- Para ensaios de pH ideais, execute as etapas a seguir.
- Dissolva o substrato de guaiacol em tampões de 50 mM (citrato de sódio, pH 4 e 5), fosfato de sódio (pH 6 e 7) e Tris-HCl (pH 8 e 9) (ver Tabela de Materiais).
- Execute as reações a 25 °C conforme descrito na etapa 8.
- Para ensaios de temperatura ideais, execute as etapas a seguir.
- Execute as reações a 25 °C, 30 °C, 40 °C e 50 °C, respectivamente.
- Use substrato de guaiacol dissolvido no tampão pH 5 (pH ótimo) e execute as reações conforme descrito na etapa 8.
- Para ensaios de termoestabilidade, execute as etapas a seguir.
- Antes de iniciar as reações, incube a enzima a 37 °C, 50 °C e 70 °C por 30 min.
- Executar as reacções de acordo com os métodos descritos na etapa 8, utilizando tampão citrato de sódio a 50 mM (pH 5) e a 40 °C (temperatura ótima).
10. Caracterização da β-1,3-glucanase
NOTA: Realizar os ensaios de caracterização seguindo o método descrito na etapa 7 usando extratos enzimáticos de 3 dpi, com algumas modificações nos tampões de reação e temperaturas. Execute as reações em quadruplicados, com uma reação em branco paralela para cada substrato.
- Para ensaios de pH ideais, proceda da seguinte forma:
- Dissolva os substratos MLG e β-1,3-glucano em tampões 50 mM (citrato de sódio, pH 4 e 5), fosfato de sódio (pH 6 e 7) e Tris-HCl (pH 8 e 9).
- Execute a reação conforme descrito na etapa 7.
- Para ensaios de temperatura óptimos, proceda da seguinte forma:
- Execute as reações a 25 °C, 30 °C, 40 °C e 50 °C, respectivamente.
- Utilizar substratos MLG e β-1,3-glucano dissolvidos no tampão citrato de sódio 50 mM (pH 5) com pH óptimo (obtido no passo 10.1) e executar as reacções como descrito no passo 7.
- Para os ensaios de termoestabilidade, proceder da seguinte forma:
- Antes de iniciar as reações, incube a enzima a 37 °C, 50 °C e 70 °C por 30 min.
- Executar as reacções utilizando substratos dissolvidos em tampão citrato de sódio a 50 mM (pH 5) e incubar a 25 °C e 40 °C durante 24 h.
11. Avaliação do mecanismo de ação da β-1,3-glucanase em diferentes substratos de glucano
NOTA: Os substratos de glucano contêm o mesmo resíduo de glicose em sua espinha dorsal, mas as ligações glicosídicas entre as unidades de glicopiranose são diversas e podem assumir a orientação α ou β17. As ligações glicosídicas podem se formar entre vários átomos de carbono de moléculas de glicose, definindo sua estrutura química, por exemplo, β-1,3-glucano, β-1,4-glucano e β-1,3-1,4-glucano ligado misto (MLG) 18 , 19 , 20 . O mecanismo de ação da β-1,3-glucanase foi determinado usando amostras de Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn 5 infestadas por RWASA2 (fontes de enzimas) e os seguintes substratos β-1,3-glucano (CM-coalhada), MLG (de cevada) e β-1,4-glucano (AZO-CM-Celulose). O mecanismo de ação é determinado em condições ótimas de ensaio (25 °C e 40 °C, pH 5,0), usando 0,1% (p/v) β-1,4-glucano, 0,4% (p/v) β-1,3-glucano ou 0,5% (p/v) substratos MLG.
- Dissolver os substratos em tampão citrato de sódio a 50 mM (pH 5).
- Adicione 200 μL do extrato enzimático e 300 μL do substrato nos tubos de microcentrífuga de 1,5 mL.
- Incubar as reações em duas temperaturas separadas, 25 °C e 40 °C por 8 h.
- Término das reações por aquecimento a 100 °C.
- Centrifugue a mistura de reação de β-1,3-glucano e MLG a 10.000 x g por 10 min a 4 °C e proceda conforme descrito na etapa 7.3.
- Para β-1,4-glucano, após terminar a reação a 100 °C, diluir a mistura com 800 μL de etanol absoluto e centrifugar a 4 °C por 10 min a 10.000 x g.
- Transferir o sobrenadante para as curvas, medir a absorvância a 590 nm com o espectrofotómetro e calcular a actividade da β-1,3-glucanase no β-1,4-glucano utilizando o procedimento do fabricante (ver quadro de materiais) e exprimir a actividade em unidades/mg de proteína.
12. Determinando o modo de ação da β-1,3-glucanase
NOTA: O modo de ação da β-1,3-glucanase induzido por Tugela, Tugela-Dn1 e Tugela-Dn5 infestado com RWASA2 foi testado com laminarina-oligossacarídeos (LAMs) com o grau de polimerização (DP) entre 5 e 2. Use cromatografia em camada fina (TLC), cromatografia líquida-espectrometria de massa (LC-MS) e kit de glicose oxidase peroxidase (GOPOD) para determinar o DP necessário para que a β-1,3-glucanase hidrolise o substrato. A CCD foi utilizada para análise qualitativa e a LC-MS para análise quantitativa, que determinou a concentração dos oligossacarídeos no hidrolisado após a reação21.
- Prepare as reações do modo de ação β-1,3-glucanase
NOTA: Prepare o extrato de proteína concentrado com um filtro de membrana concentrador de centrífuga de 10 kDa e, portanto, tenha extratos de proteína infestados de RWASA2 concentrados e não concentrados para o experimento.- Para concentrar as enzimas extraídas de cada cultivar, transferir 5 mL dos extratos para os filtros de membrana concentradores centrífuga de 10 kDa.
- Centrifugar os tubos filtrantes de membrana contendo o extracto a 15.000 x g durante 30 min a 4 °C.
- Dissolva a laminaripentaose (LAM5), a laminaritetraose (LAM4), a laminaritriose (LAM3) e a laminaribiose (LAM2) (consulte a Tabela de Materiais) em citrato de sódio 50 mM (pH 5) para fazer 10 mg / mL.
- Para iniciar a reação, adicione 20 μL do extrato proteico e 40 μL de Laminaripentaose (LAM5), Laminaritetraose (LAM4), Laminaritriose (LAM3) e Laminaribiose (LAM2).
- Incubar a reação a 40 °C durante 16 h e terminar fervendo a 100 °C durante 5 min.
- Realize cromatografia em camada fina (TLC)
- Corte 4 placas de sílica em pedaços de 10 cm2 e desenhe uma linha na superfície da placa, deixando 1 cm de espaço na parte inferior de uma das bordas.
- Marque os pontos sobre a linha e marque-os de acordo com diferentes cultivares e DP dos oligossacarídeos laminarinos, separados por 1 cm e. Pegue 2 placas de sílica para extrato de proteína concentrado e as outras 2 para extratos não concentrados.
- Adicione 3 μL das misturas de reação 3 a 5 vezes sobre os pontos marcados correspondentes na placa de sílica e deixe os pontos na placa secarem completamente antes de repetir o processo.
- Coloque delicadamente as placas de sílica no tanque de TLC contendo a fase móvel de n-butanol: ácido acético: água (2:1:1 v/v/v) com o lado contendo as manchas das amostras na parte inferior.
- Deixe a fase móvel se mover da parte inferior para a parte superior da placa.
NOTA: Esta etapa pode levar aproximadamente 2 h. Não mova ou perturbe o tanque enquanto as amostras estiverem se separando.
- Retire as placas da fase móvel e deixe-as secar à temperatura ambiente.
- Adicione a solução de coloração no recipiente pequeno, mergulhe suavemente a placa de sílica na solução de coloração de naftol a 0,3% (p / v) em etanol a 95% (v / v) usando ácido sulfúrico a 5% (v / v) por 5 s, remova-o e deixe-o secar em temperatura ambiente.
NOTA: Nesta etapa, ligue o bloco de aquecimento/forno e ajuste a temperatura para 100 °C.
- Coloque as placas de sílica secas no bloco de aquecimento e aqueça a 100 °C por 7-10 min ou até que as manchas azul-violeta apareçam. Tire fotos das placas de sílica mostrando as manchas azul-violeta e documente-as.
- Quantificar a concentração de hidrolisados de oligossacarídeos laminarinos
NOTA: A concentração dos hidrolisados de LAM será quantificada para extratos proteicos concentrados e não concentrados21.- Adicionar 20 μL de cada amostra numa coluna de C18 (hidratos de carbono 4,6 × 250 mm) e deixar separar a um caudal de 500 μL/min utilizando um gradiente de água (solvente A) e acetonitrila (solvente B) de 100% B a 60% B durante 10 min, seguido de etapas de reequilíbrio da coluna com um tempo total de execução de 20 min para permitir o reequilíbrio da coluna.
- Ionizar as substâncias a analisar em modo de eletropulverização negativo na fonte iónica de espectrometria de massa com uma temperatura de aquecimento de 400 °C para evaporar o excesso de solvente, gás nebulizador de 30 psi, gás aquecedor de 30 psi e gás de cortina de 20 psi.
- Defina o potencial de desagrupamento em 350 V.
- Analisar as substâncias a analisar no espectrómetro de massa num modo de varrimento Q1 que varia entre 150 Da e 1000 Da com um tempo de permanência de 3 s.
- Registar as concentrações das substâncias a analisar na folha de cálculo.
- Quantifique a concentração de glicose
- Analisar a concentração de glicose produzida pela hidrólise da laminarina utilizando o reagente GOPOD, seguindo as instruções do fabricante22,23.
- Medir a absorvância a 510 nm num modo fixo do espectrofotómetro.
13. Coleta e análise dos dados
- Randomize todos os experimentos para evitar viés durante a infestação ou coleta de amostras e conduza a análise em quadruplicados.
- Salvo indicação em contrário, use as médias ± desvio padrão para representar os valores nos gráficos e tabelas gerados a partir dos dados experimentais coletados.
- Use o Microsoft Excel para analisar todos os dados e gerar gráficos.
- Realize análises estatísticas com software compatível.
NOTA: Realize a Análise Multifatorial de Variância (ANOVA) para testar a significância entre os tratamentos e o LSD de Fisher para testar grupos homogêneos em um valor alfa de 0,05.