O filme lacrimal é um biofluido altamente dinâmico capaz de refletir alterações moleculares associadas à patologia, não apenas na superfície ocular, mas também em outros tecidos e órgãos. A análise molecular desse biofluido oferece uma maneira não invasiva de diagnosticar ou monitorar doenças, avaliar a eficácia do tratamento médico e identificar possíveis biomarcadores. Devido ao volume limitado de amostras, a coleta de amostras de lágrimas requer habilidades específicas e ferramentas apropriadas para garantir alta qualidade e máxima eficiência. Várias metodologias de amostragem de lágrimas foram descritas em estudos em humanos. Neste artigo, é apresentada uma descrição abrangente de um protocolo otimizado, especificamente adaptado para extrair informações de proteínas relacionadas à lágrima de modelos animais experimentais, especialmente camundongos. Este método inclui a estimulação farmacológica da produção de lágrimas em camundongos de 2 meses de idade, seguida da coleta de amostras usando tiras de Schirmer e a avaliação da eficácia e eficiência do protocolo por meio de procedimentos padrão, SDS-PAGE, qPCR e PCR digital (dPCR). Este protocolo pode ser facilmente adaptado para a investigação da assinatura da proteína lacrimal em uma variedade de paradigmas experimentais. Ao estabelecer um protocolo de amostragem de lágrimas acessível, padronizado e otimizado para modelos animais, o objetivo era preencher a lacuna entre a pesquisa em humanos e animais, facilitando estudos translacionais e acelerando os avanços no campo da pesquisa de doenças oculares e sistêmicas.