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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este estudo apresenta um protocolo para geração de monocamadas 2D intestinais bovinas a partir de organoides, oferecendo melhor acesso para o estudo das interações patógeno-hospedeiro. Inclui métodos para avaliar a integridade e funcionalidade da membrana, avançando modelos in vitro que imitam a fisiologia gastrointestinal do gado. Essa abordagem promete benefícios biomédicos e agrícolas significativos, incluindo estratégias de tratamento aprimoradas.
O avanço do conhecimento da fisiologia gastrointestinal e suas doenças depende criticamente do desenvolvimento de modelos in vitro precisos e específicos da espécie que imitam fielmente os tecidos intestinais in vivo . Isso é particularmente vital para investigar as interações patógeno-hospedeiro em bovinos, que são reservatórios significativos para patógenos que representam sérios riscos à saúde pública. Os organoides 3D tradicionais oferecem acesso limitado à superfície apical do epitélio intestinal, um obstáculo superado pelo advento das culturas de monocamada 2D. Essas culturas, derivadas de células organoides, fornecem uma superfície luminal exposta para um estudo mais acessível. Nesta pesquisa, um protocolo detalhado é introduzido para criar e sustentar culturas de monocamada 2D a partir de células de organoides do intestino delgado e grosso bovinos. Este método inclui protocolos para avaliar a integridade da membrana por meio de resistência elétrica transepitelial e permeabilidade paracelular, juntamente com técnicas de coloração imunocitoquímica. Esses protocolos estabelecem as bases para estabelecer e caracterizar um sistema de cultura de monocamada bovina 2D, ultrapassando os limites dessas aplicações de métodos em pesquisas biomédicas e translacionais de importância para a saúde pública. O emprego dessa abordagem inovadora permite o desenvolvimento de modelos in vitro fisiologicamente pertinentes para explorar os estados normais e doentes da fisiologia intestinal do gado. As implicações para os avanços biomédicos e agrícolas são profundas, abrindo caminho para tratamentos mais eficazes para doenças intestinais em bovinos, aumentando assim o bem-estar animal e a segurança alimentar.
A cultura de células-tronco epiteliais intestinais em culturas tridimensionais (3D), conhecidas como organoides intestinais, marca um avanço significativo na tecnologia in vitro para investigar funções intestinais, nutrição e interações com patógenos 1,2. Esses organoides imitam a estrutura complexa do epitélio intestinal in vivo, auto-replicando-se e organizando-se em formações 3D que abrangem várias linhagens de células intestinais3. Esse recurso destaca seu considerável potencial para impulsionar a compreensão da biologia intestinal.
O crescente interesse na aplicação da tecnologia organoide intestinal em animais de fazenda requer o refinamento das técnicas de cultura e manutenção 4,5. A relevância dessa tecnologia é ressaltada por seu impacto potencial no estudo da saúde intestinal de animais de fazenda, que desempenha um papel crítico em sua produtividade e, consequentemente, na economia da indústria de alimentos e animais, influenciando o bem-estar animal e os custos operacionais 6,7. Especificamente, o emprego de culturas organoides intestinais para explorar a função intestinal do gado é de suma importância, dado seu papel como reservatórios de patógenos entéricos zoonóticos, como Salmonella spp. e Escherichia coli (E. coli) O157: H78. Esses patógenos estão localizados em segmentos específicos do intestino, tornando essencial diferenciar os métodos de cultura organoide intestinal por segmento intestinal para aumentar a precisão nos estudos9.
Um obstáculo significativo no estudo dos organoides intestinais é o acesso restrito à superfície apical da célula epitelial10. Quando cultivadas dentro de uma matriz extracelular (MEC), as células naturalmente se orientam para que a superfície basal fique voltada para fora e a superfície apical seja direcionada para dentro10. Para enfrentar esse desafio, são apresentados métodos que envolvem a dissociação de organoides 3D em células únicas e a semeadura em inserções de cultura de células semipermeáveis. Esta configuração estabelece uma interface entre a superfície apical e um compartimento basolateral. Este protocolo demonstra que células derivadas de organoides intestinais bovinos podem formar uma monocamada 2D coerente, como evidenciado por medições de resistência elétrica transepitelial (TEER) e ensaios de permeabilidade paracelular. Além disso, o desenvolvimento da polaridade celular com bordas em escova e junções apertadas nas células de monocamada 2D derivadas de organoides é confirmado por imunofluorescência e microscopia eletrônica, refletindo as propriedades do epitélio intestinal in vivo .
Neste estudo, o íleo representa o trato intestinal delgado e o reto significa o trato intestinal grosso. Essas seleções são baseadas em patógenos entéricos relevantes, como Salmonella spp., que pode translocar o íleo11, e E. coli O157: H7, conhecida por colonizar principalmente o reto9 em bovinos. A seleção desses segmentos intestinais específicos destaca a necessidade de adaptar os métodos de cultura organoide intestinal à região intestinal para precisão na pesquisa. Esses métodos detalham o procedimento para cultivar efetivamente uma interface de monocamada 2D derivada de organoides desses segmentos intestinais, fornecendo um modelo robusto para explorar a saúde intestinal do gado, infecções por patógenos e interações entre o microbioma intestinal e o hospedeiro.
As criptas intestinais foram obtidas a partir de amostras intestinais excedentes provenientes de um matadouro local, e a sinalização dos doadores é fornecida na Tabela Suplementar 1. Os organoides foram gerados usando tecidos derivados de animais que foram sacrificados humanamente em um matadouro, e os animais não foram adquiridos apenas para esta pesquisa; portanto, este estudo está isento da revisão da IACUC e uma declaração de ética não é aplicável.
1. Revestimento ECM em insertos de cultura de células para cultura de monocamada 2D derivada de organoides
NOTA: Todos os procedimentos são realizados com recurso a materiais esterilizados e técnicas assépticas em cabine de biossegurança. Todos os reagentes são mantidos em gelo durante todo o procedimento, salvo indicação em contrário.
| Íleo | Recto | |
| Tempo de incubação do revestimento ECM | 1 h | 1 h seguido de durante a noite em meios de cultura monocamada |
| Suplementação para meio de cultura organoide |
||
| CHIR99021 | ||
| LY2157299 | LY2157299 | |
| Y-27632 | Y-27632 | |
| Soro fetal bovino | Soro fetal bovino | |
| Densidade de semeadura celular (células/poço) | 5 x 105 | 3 x 105 |
Tabela 1: Resumo do protocolo otimizado para criação de monocamadas 2D derivadas de organoides ileais e retais bovinos adultos.
2. Semeadura de células organoides ileais e/ou retais bovinas e cultura de monocamada 2D
NOTA: O protocolo descrito nesta seção utiliza organoides ileais e retais bovinos, que foram cultivados e mantidos em placas de 48 poços usando as técnicas descritas5. Para obter os melhores resultados, é aconselhável usar organoides mantidos de forma estável que tenham sido passados mais de 3x após o estabelecimento inicial e tenham sido cultivados por mais de 3 dias após a passagem mais recente.
3. Medição TEER
NOTA: O método descrito aqui usa um sistema de medição TEER manual disponível comercialmente conhecido como voltohímetro epitelial com um par de eletrodos Ag / AgCl (Figura 1A). A determinação de TEER em uma monocamada 2D requer a medição de poços em branco. Certifique-se de que a leitura em branco seja feita da mesma maneira que a amostra.

Figura 1: Avaliação da integridade da barreira epitelial de monocamada 2D derivada de organoide intestinal bovino. (A) Esquema do posicionamento apropriado dos eletrodos dentro das câmaras apicais e basolaterais de um inserto de cultura de células para medições TEER. O eletrodo curto é inserido na câmara apical e o eletrodo longo é colocado na câmara basolateral com cuidado para evitar o contato com a membrana. (B) Esquema do processo de ensaio de permeabilidade. As câmaras de cultura de células são lavadas 2x com PBS aquecido e o marcador FITC-dextrano de 0,5 mg/mL 4 kDa dissolvido em PBS é aplicado à câmara apical. Alíquotas repetidas de 50 μL da câmara basolateral são amostradas com a substituição de um volume igual de PBS para manter o volume total na câmara basolateral durante todo o período de incubação. A intensidade de fluorescência da alíquota é medida usando um leitor de microplacas para quantificar a difusão do traçador FITC-dextrano de 4 kDa através da monocamada da célula. (C) O desenvolvimento dinâmico da integridade da barreira dentro das monocamadas ileais e retais ao longo do tempo foi avaliado utilizando medições TEER (representadas por círculos fechados para o íleo e quadrados fechados para o reto) e ensaios de permeabilidade (denotados por círculos abertos para o íleo e quadrados abertos para o reto) com um traçador FITC-dextrano de 4 kDa. No dia 3 de cultivo, ambos os tipos de monocamadas exibiram o estabelecimento de barreiras epiteliais estáveis e funcionais, como evidenciado por seus respectivos perfis de TEER e permeabilidade. Os resultados são a média de pelo menos dois experimentos independentes com duas réplicas técnicas. As barras de erro representam o SEM das medições. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
4. Ensaio de permeabilidade paracelular
NOTA: Este ensaio envolve a determinação da intensidade de fluorescência resultante da difusão de isotiocianato de fluoresceína (FITC)-dextrano da câmara apical para a câmara basolateral através de monocamadas 2D durante 120 min (Figura 1B). Para obter os melhores resultados, é aconselhável minimizar a exposição à luz durante o ensaio e fazer medições em um leitor de microplacas imediatamente após cada amostragem para evitar qualquer diminuição ou extinção da fluorescência. Cada poço só pode ser usado uma vez e não pode ser reutilizado em ensaios subsequentes. Prepare pelo menos 2 poços para servir como réplicas técnicas para cada ensaio. Por exemplo, um total de 6 poços são necessários para obter os resultados apresentados na Figura 1C, onde os ensaios foram executados em duplicata em 3 pontos de tempo diferentes (dias 1, 3 e 5 de cultura).

5. Coloração de imunofluorescência de monocamada 2D derivada de organoide
Este protocolo gera de forma confiável monocamadas 2D derivadas de organoides intestinais bovinos robustos do trato intestinal delgado e grosso, emulando a complexidade do epitélio intestinal in vivo . Este método utiliza organoides maduros desenvolvidos a partir de espécimes de cripta intestinal de bovinos saudáveis cultivados com condições otimizadas. Curiosamente, as condições bem-sucedidas e repetíveis para as monocamadas 2D derivadas de organoides são exclusivas do segmento do intestino (Tabela 1). Isso reforça a importância de ter técnicas de cultura otimizadas para o segmento intestinal de interesse.
Um dia após a semeadura de organoides maduros dissociados em uma inserção de cultura de células, uma monocamada 2D pareceu se formar (Figura 2A). No entanto, apesar dessa aparência inicial, as medições de TEER para monocamadas ileais e retais permaneceram baixas nesta fase (Figura 1C). Além disso, um ensaio de permeabilidade paracelular revelou que a monocamada, após apenas 1 dia de cultura, permitiu a passagem de um traçador FITC-dextrano de 4 kDa através da camada celular (Figura 1C). No3º dia de cultivo, ambos os tipos de monocamadas 2D derivadas de organoides apresentaram maturação significativa, evidenciada pelo aumento dos valores de TEER e resistência ao traçador FITC-dextrano de 4 kDa, tendência que continuou até o 5º dia de cultivo.
Particularmente notável é a variabilidade interespécies, onde, apesar dos valores mais baixos de TEER de culturas de monocamada 2D derivadas de organoides bovinos em relação às contrapartes humanas e caninas sob condições semelhantes 12,13,14,15, a integridade da membrana permanece intacta. Esta conclusão é tirada da resposta apropriada das monocamadas em ensaios de permeabilidade, sugerindo que baixos valores de TEER em amostras bovinas não refletem necessariamente a falta de função de barreira. Essa integridade é crucial para uma barreira epitelial funcional e é efetivamente demonstrada por meio da interpretação cuidadosa dos resultados do ensaio de permeabilidade juntamente com as medições TEER.
Visualização da demarcação celular e microvilosidades bem desenvolvidas na superfície apical das monocamadas 2D com microscopia eletrônica de varredura, exibindo estruturas microanatômicas especializadas, reforçou ainda mais a maturação das monocamadas 2D derivadas de organoides ileais e retais (Figura 2B). Além disso, a coloração por imunofluorescência das monocamadas 2D confirmou a presença de borda em escova apical, junções de aderência basolateral e células caliciformes produtoras de muco em monocamadas 2D derivadas de organoides ileais (Figura 3A) e retais (Figura 3B). Esses resultados reforçam que a monocamada 2D desenvolvida é complexa em composição e formação, não apenas expressando características-chave de um epitélio intestinal intacto, mas sendo composta por uma população celular de várias linhagens.
O desenvolvimento bem-sucedido da monocamada 2D depende da adesão das células à ECM e do crescimento à confluência para criar uma camada epitelial intacta. Notavelmente, uma distribuição desigual de ECM ou condições abaixo do ideal durante a incubação no inserto da cultura de células podem resultar no descolamento parcial da camada de células, particularmente perceptível ao longo de suas bordas ( Figura 4Ai ). Esse problema é ainda mais agravado se as células forem semeadas em densidade acima do ideal ou se as células de semeadura não forem distribuídas uniformemente pela superfície da cultura, um cenário geralmente decorrente da dissociação incompleta de organoides em uma única suspensão celular. Essa distribuição desigual pode levar à formação de lacunas dentro da monocamada e / ou morfogênese 3D em uma inserção de cultura de células ( Figura 4Aii ). Em contraste, a subssemeadura das células também pode resultar em desenvolvimento de monocamada malsucedido ou atrasado durante o período de cultura esperado, o que inadvertidamente afeta a eficiência de estudos subsequentes utilizando o sistema de monocamada 2D ( Figura 4Aiii ). Além disso, a contaminação do sistema de cultura também pode levar à formação de lacunas dentro da monocamada, interrompendo a monocamada confluente uma vez formada em um estágio posterior da cultura (Figura 4Aiv). Os valores sustentados de TEER e a resposta de permeabilidade paracelular podem ser afetados por distúrbios na camada celular devido a técnicas agressivas de lavagem ou manuseio, mesmo quando as causas potenciais de falha acima mencionadas não foram encontradas antes desses ensaios ( Figura 4B ). Assim, o manuseio cuidadoso das células e a avaliação da formação ou ruptura de monocamadas são fundamentais para o desenvolvimento bem-sucedido de monocamadas 2D derivadas de organoides por meio da aplicação eficaz de estratégias de solução de problemas.

Figura 2: Caracterização microscópica das monocamadas 2D derivadas de organoides ileais e retais bovinos. (A) Imagens representativas de microscopia de contraste de fase de monocamadas 2D no dia 1 e no dia 3 (D1 e D3) da cultura em um inserto de cultura de células. Barra de escala = 100 μm. (B) Imagens representativas de microscopia eletrônica de varredura de monocamadas 2D com ampliações mais baixas (esquerda) e mais altas (direita). A estrutura detalhada da superfície celular, incluindo microvilosidades, pode ser apreciada em monocamadas ileais (superior) e retais (inferiores). Barra de escala esquerda = 10 μm, barra de escala direita = 2 μm. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Caracterização por imunofluorescência de monocamadas 2D derivadas de organoides ileais e retais. (A, B) O painel (A) mostra ileal e o painel (B) mostra organoides retais. À esquerda, as fibras de F-actina são destacadas com Faloidina (vermelho), ilustrando a arquitetura do citoesqueleto e a formação da borda em escova apical. A imagem do meio captura a localização basolateral das junções aderentes, marcadas por E-caderina (verde), indicativa de adesão célula-célula e integridade da monocamada. À direita, a presença de células caliciformes produtoras de mucina é identificada por SNA (verde), com uma imagem z-stack representando a secreção apical de mucina na monocamada ileal. Os núcleos em todas as imagens foram contracorados com DAPI (azul). Além disso, a imagem z-stack em todas as imagens demonstra ainda mais a formação de uma única camada de células dentro do inserto da cultura. Barra de escala = 25 μm. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Caracterização da formação de monocamada 2D abaixo do ideal. (A) Imagens representativas de contraste de fase demonstrando (i) o descolamento parcial da monocamada ao longo da borda do inserto de cultura de células; (ii) o desenvolvimento do crescimento 3D e a formação de lacunas dentro da monocamada; (iii) formação incompleta ou tardia de monocamada devido à densidade de semeadura inferior à ideal, observada como aderência irregular das células; e (iv) formação de lacunas dentro da monocamada 2D uma vez formada em estágio posterior, provavelmente resultante de suspeita de contaminação. Barras de escala = 100 μm. (B) O declínio das medições de TEER juntamente com o aumento dos perfis de permeabilidade após o dia 3 indica uma falha no estabelecimento de barreiras epiteliais estáveis e funcionais. Os resultados são apresentados como média ± erro padrão da média (EPM) de um único experimento com duas repetições técnicas. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura suplementar 1: Variações de densidade em culturas organoides intestinais bovinas em hidrogel à base de MEC. Organoides intestinais bovinos cultivados em hidrogel à base de MEC; (A) alta densidade e (B) baixa densidade. Barra de escala = 100 μm. Clique aqui para baixar este arquivo.
Tabela Suplementar 1: Sinalizações resumidas do doador de tecido. Clique aqui para baixar este arquivo.
Os autores não têm conflitos de interesse a declarar.
Este estudo apresenta um protocolo para geração de monocamadas 2D intestinais bovinas a partir de organoides, oferecendo melhor acesso para o estudo das interações patógeno-hospedeiro. Inclui métodos para avaliar a integridade e funcionalidade da membrana, avançando modelos in vitro que imitam a fisiologia gastrointestinal do gado. Essa abordagem promete benefícios biomédicos e agrícolas significativos, incluindo estratégias de tratamento aprimoradas.
Este estudo foi apoiado em parte pelo Gabinete do Diretor dos Institutos Nacionais de Saúde (K01OD030515 e R21OD031903 para YMA) e WSU VCS Resident and Graduate Student Research Grant (para GDD). Os autores gostariam de agradecer ao matadouro participante pelo fornecimento de gado doador.
| Avançado DMEM/F12 (1X) | Gibco | 12634-010 | n/a |
| GlutaMAX-I (100X) | Gibco | 35050-061 | 2 mM |
| HEPES (1M) | Gibco | 15630-080 | 10 mM |
| Caneta Strep Glutamina (100X) | Gibco | 10378-016 | 1X |
| Organoid Culture Medium (Suplementos ao Meio Basal) | |||
| A-83-01 | Sigma-Aldrich | SML0788-5MG | 500 nM |
| B27 Suplemento (50X) | Gibco | 17504-001 | 1X |
| [Leu15]-Gastrin I humano | Sigma-Aldrich | G9145-.5MG | 10 nM |
| Murine EGF | PeproTech | 315-09-500UG | 50 ng/mL |
| Murine Wnt-3a | PeproTech | 315-20-10UG | 100 ng/mL |
| N-Acetil-L-cisteína | MP Biomedicals | 194603 | 1 mM |
| N-2 MAX Suplemento de Mídia (100X) | R& D Systems | AR009 | 1X |
| Nicotinamida | Sigma-Aldrich | N0636-100G | 10 mM |
| Noggin Condicionado Médio | n/a | n/a | 10 vol/vol % |
| Primocin | InvivoGen | ant-pm-2 | 100 µ g/mL |
| R-Spondin-1 Condicionado Medium | n/a | n/a | 20 vol/vol % |
| SB202190 | Sigma-Aldrich | S7067-25MG | 10 µ M |
| Monolayer Culture Medium (Suplementos para Organoid Culture Medium) | |||
| CHIR99021 | Sigma-Aldrich | SML1046-5MG | 2.5 µ M |
| HI FBS | Gibco | 10438-034 | 20 vol/vol % |
| LY2157299 | Sigma-Aldrich | SML2851-5MG | 500 nM |
| Y-27632 | StemCellTechnologies | 72308 | 10 µ M |
| Reagents | |||
| Alexa Fluor 488 Mouse anti-E-caderina | BD Biosciences | 560061 | diluição 1:200 |
| Alexa Fluor 647 Faloidina | Invitrogen | A22287 | diluição 1:400 |
| BSA | Cytiva | SH30574.02 | 2 w/vol % |
| Cell Recovery Solution | Corning | 354253 | n/a |
| Solução DAPI (1 mg/mL) | Thermo Scientific | 62248 | Diluição 1:1000 |
| DPBS (1X) | Gibco | 14190-144 | n/a |
| Isotiocianato de Fluoresceína– Dextran | Sigma-Aldrich | FD4-100MG | 0,5 mg/mL |
| Matriz Matrigel | Corning | 354234 | n/a |
| Solução de Paraformaldeído (4%) | Thermo Scientific | J19943K2 | n/a |
| ProLong Gold reagente antidesvanecimento | Invitrogen | P36930 | n/a |
| SNA, EBL, Fluoresceína | Vector Laboratories | FL-1301 | diluição |
| 1:100Triton X-100 | Thermo Scientific | A16046.AE | 0.3 vol/vol % |
| TrypLE Express | Gibco | 12605-028 | n/a |
| Solução Azul de Tripano, 0.4% | VWR Life Science | K940-100ML | n/a |
| Materiais e Equipamentos | |||
| 0.4 µ Inserção de Cultura de Células | Falcon | 353095 | |
| Placa de Cultura de Células de 24 poços | Corning | 3524 | |
| Placa de Cultura de Células de 48 poços | Thermo Scientific | 150687 | |
| 70 µ Filtro de Células Estéril | Fisher Scientific | 22-363-548 | |
| Placa de Cultura de Células de 96 poços | Greiner Bio-One | 655086 | |
| Centrífuga | Eppendorf | 5910Ri | |
| CO2 Incubadora | Thermo Scientific | 370 | |
| Medidor de Volt-Ohm Epitelial | Millipore Millicell | ERS-2 | |
| Hemocitômetro | LW Scientific | CTL-HEMM-GLDR | |
| Microscópio Confocal Invertido | Leica Microsystems | SP8-X | |
| Microscópio de Contraste de Fase Invertida | Leica Microsystems | DMi1 | |
| Vidro de Cobertura do Microscópio | Fisher Scientific | 12-540-B | |
| Leitor de Microplacas | Dispositivos Moleculares | SpecrtraMax i3x | |
| Lâminas de Microscópio | Fisher Scientific | 22-034-486 | |
| Pasteur Pipets | Fisher Scientific | 13-678-20C | |
| Lâmina de Bisturi | iMed Scientific | - | #11 |
| Misturador de Vórtice | de aço carbonoScientific Industries | SI-0236 | |
| Software | |||
| LAS X software de imagem | Leica Microsystems | LAS X 3.7.6.25997 | |
| Software de leitor de microplacas | Molecular Devces | SoftMax Pro 7.1.2 |