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Diferenciação
As células epiteliais das vias aéreas murinas se diferenciaram com sucesso após a cultura em uma interface ar-líquido com um meio de diferenciação por 28 dias. A presença de células ciliadas e caliciformes foi demonstrada pelo ensaio de imunofluorescência do marcador de cílios acetilado α-Tubulina (verde; Figura 3A) e o marcador de células caliciformes Mucin5AC, respectivamente6 (vermelho; Figura 3B).
Determinação da concentração de CSE para diferenciação celular
Estimular as células epiteliais isoladas com diferentes concentrações de CSE por 24 h. Os resultados mostraram que as células epiteliais diminuíram na viabilidade celular quando a concentração de CSE foi superior a 6% (p <0,05, Figura 4A). Para manter a atividade celular sob estimulação de longo prazo, meios de cultura contendo 2%, 4% e 6% de CSE foram usados para estimular a diferenciação das células epiteliais por 28 dias. Além disso, os resultados mostraram que, com o aumento da concentração de CSE, não houve morte celular significativa nas células epiteliais (Figura 4B), mas houve uma mudança gradual no número de células de resistência transmembrana intercelular (TEER) (Figura 4C) e esfoliadas (Figura 4D). Além disso, uma redução geral nas células diferenciadas e células ciliadas foi observada quando as culturas de células epiteliais das vias aéreas murinas foram cronicamente expostas ao CSE ( Figura 4E-H ). Portanto, o meio de diferenciação contendo 6% de CSE foi escolhido para desregular a função da barreira epitelial e reduzir o número de células ciliadas sem diminuição da viabilidade celular enquanto diferenciava as células epiteliais por 28 dias.
Análise multiômica
Dois grupos de células estimuladas com meio diferencial contendo 0% ou 6% de CSE por 28 dias foram colhidos. O mRNA total foi extraído para análise transcriptômica. Após a preparação da biblioteca, sequenciamento, controle de qualidade, mapeamento de leituras para o genoma de referência e quantificação da expressão gênica, a expressão diferencial de genes entre os dois grupos foi analisada. O pacote clusterProfiler R foi utilizado para conduzir uma análise de enriquecimento da Ontologia Gênica (GO) para genes que exibiam expressão diferencial, com ajustes feitos para levar em conta as discrepâncias de comprimento do gene (Figura 5A). A Enciclopédia de Genes e Genomas de Kyoto (KEGG) serve como um banco de dados abrangente que facilita a compreensão das funcionalidades e funções do sistema biológico complexo em vários níveis, incluindo celular, orgânico e ecológico, integrando dados em nível molecular derivados de extensos conjuntos de dados, como aqueles produzidos por sequenciamento genômico e metodologias experimentais de alto rendimento (Figura 5B). Para proteômica, as proteínas totais foram extraídas de dois grupos de células aos 28 dias após culturas com meios diferenciais contendo 0% ou 6% de CSE. Após o teste de qualidade da proteína, remoção de sal, hidrólise enzimática de proteínas, marcação de peptídeos Tandem Mass Tags (TMT), separação de frações, análise de LC-MS, identificação de proteínas e quantificação de proteínas, proteínas diferencialmente expressas entre dois grupos podem ser definidas. A análise GO foi conduzida usando o programa interproscan contra o banco de dados de proteínas não redundantes (Figura 6A), e KEGG foi usado para analisar a via (Figura 6B). Para metabolômica, os sobrenadantes da cultura foram coletados de dois grupos de células epiteliais das vias aéreas aos 28 dias após culturas com meio de diferenciação contendo 0% ou 6% de CSE. Após a análise, identificação e quantificação dos metabólitos de HPLC-MS/MS, os metabólitos diferenciais entre os dois grupos podem ser definidos. O banco de dados KEGG (Figura 7A), o banco de dados de metaboloma humano (Figura 7B) e o banco de dados de mapas lipídicos (Figura 7C) foram usados para anotar todos os metabólitos. O banco de dados KEGG foi usado para analisar as funções desses metabólitos diferenciais e vias metabólicas (Figura 7D). Para epigenômica, o ATAC-seq foi realizado conforme relatado anteriormente9. Os núcleos foram extraídos de dois grupos de células aos 28 dias após o cultivo com meio diferencial contendo 0% ou 6% de CSE, e o pellet de núcleos foi ressuspenso na mistura de reação de Tn5 transposase. A reação de transposição foi incubada a 37 °C por 30 min. Depois de adicionar um adaptador, preparação da biblioteca, avaliação de qualidade, agrupamento e sequenciamento, a epigenômica diferencial entre dois grupos pode ser definida. A análise de enriquecimento de GO de genes diferencialmente relacionados ao pico reflete diretamente a distribuição numérica de genes diferencialmente relacionados ao pico em itens GO enriquecidos em processos biológicos, componentes celulares e função molecular (Figura 8A). O banco de dados KEGG foi usado para analisar as funções desses genes e vias diferenciais (Figura 8B).
Genes que codificam proteínas de junção apertada
Os dados transcriptômicos mostraram que, após a estimulação prolongada da ECS, houve diminuição da expressão de vários genes que codificam proteínas de junção apertada, incluindo Cgn, Cldn2, Cldn3, Cldn8, Cldn10, Cldn20, Cldn23, Jam2 e Ocln (Figura 9A), nos quais a expressão reduzida de Cldn3 e Ocln foi confirmada por Western-Blot e imuno-histoquímica (IHC) (Figuras 9B-E). Esses dados sugerem que a exposição ao CSE reduz acentuadamente a expressão de proteínas de junção apertada das células epiteliais das vias aéreas.
Expressão de citocinas e quimiocinas
Além da quebra de conexões estreitas, a transcriptômica também mostrou que, após a estimulação prolongada de CSE, a expressão de algumas citocinas e quimiocinas, incluindo Cxcl5, Csf3, Il1a, Il34, Ccl20 e Il33 aumentou, mas a expressão de Ccl5 diminuiu (Figura 10A). O teste Luminex confirmou ainda que houve aumento das concentrações de CXCL-5, CSF-3 e IL-1α (Figura 10B-D), mas diminuição do CCL-5 (Figura 10E) no sobrenadante das células epiteliais das vias aéreas murinas. Esses resultados sugerem que a exposição à EFC atua seletivamente na expressão de citocinas e quimiocinas.

Figura 1: Crescimento das células epiteliais primárias das vias aéreas murinas. (A) As células recém-isoladas parecem redondas e transparentes. (B) No dia 2 pós-isolamento, as células expandidas se formaram em pequenas ilhas de células. (C) No dia 4, a formação de ilhas de células maiores. (D) No dia 6, mais de 90% de fusão com a morfologia do paralelepípedo. (ampliação de 4x; barras de escala: 250 μm). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Ensaio de imunofluorescência de marcadores de células epiteliais. Expressão de citoqueratina em células epiteliais primárias das vias aéreas murinas, A549 (controle positivo) e Raw264.7 (controle negativo). Núcleos corados com DAPI (aumento de 63x; barras de escala: 40 μm). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Ensaio de imunofluorescência para marcadores de células ciliadas e caliciformes. Os marcadores utilizados foram acetilados (A) α-Tubulina e (B) Mucina 5AC para confirmação de células ciliares e células caliciformes, respectivamente (aumento de 100; barras de escala: 10 μm no painel A e 50 μm no painel B). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Impacto das concentrações de CSE nas células epiteliais. (A) Viabilidade celular em 24 h em concentrações variáveis de CSE. (B) Viabilidade celular em 28 dias. (C) Medição TEER. (D) Contagem de células esfoliadas. (E-H) Imunofluorescência para células ciliadas (verdes) e caliciformes (roxo) em concentrações de CSE de 0%, 2%, 4% e 6% (aumento de 20x; barras de escala: 50 μm). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: Análises de enriquecimento GO e KEGG para expressão gênica. (A) Significado do termo GO em processo biológico enriquecido, componente celular e função molecular. (B) Proporção de genes diferencialmente expressos nas vias KEGG. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 6: Análise da expressão de proteínas. (A) Gráfico de barras de enriquecimento GO mostrando a expressão diferencial de proteínas. (B) Análise da via KEGG com base em proteínas diferencialmente expressas. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 7: Análise da via KEGG do metabólito. (A) Anotando todos os metabólitos usando o banco de dados KEGG. (B) Anotar todos os metabólitos usando o Banco de Dados de Metaboloma Humano. (C) Anotar todos os metabólitos usando o banco de dados de mapas lipídicos. (D) A distribuição de metabólitos diferencialmente expressos em várias vias KEGG. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 8: Análise de expressão gênica relacionada ao pico diferencial. (A) Gráfico de barras de enriquecimento GO mostrando a expressão diferencial de proteínas. (B) Análise da via KEGG com base em proteínas diferencialmente expressas. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 9: Expressão da proteína de junção apertada em células epiteliais das vias aéreas murinas com ou sem estimulação de CSE. (A) Mapa de calor da expressão da proteína de junção apertada no transcriptoma. (BE) Os níveis de expressão de (B,C) Cldn3 e (D,E) Ocln em células epiteliais das vias aéreas murinas foram detectados por Western Blot e imuno-histoquímica para Cldn3 e Ocln (aumento de 80; barras de escala: 50 μm). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 10: Análise da expressão de citocinas. (A) Mapa de calor do transcriptoma da expressão de citocinas. (BE) Ensaio Luminex para níveis de CXCL-5, CSF-3, IL-1α e CCL-5 em células com/sem estimulação CSE. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.