Este protocolo descreve o projeto, a criação e a aplicação de fosfatases reguladas por rapamicina. Este método fornece alta especificidade e controle temporal rígido da ativação da fosfatase em células vivas.
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Este protocolo descreve o projeto, a criação e a aplicação de fosfatases reguladas por rapamicina. Este método fornece alta especificidade e controle temporal rígido da ativação da fosfatase em células vivas.
As tirosina fosfatases são uma importante família de enzimas que regulam funções fisiológicas críticas. Eles são frequentemente desregulados em doenças humanas, tornando-os alvos importantes de estudos biológicos. Ferramentas que permitem a regulação da atividade da fosfatase são fundamentais na dissecação de sua função. As abordagens tradicionais, como a superexpressão de mutantes negativos constitutivamente ativos ou dominantes, ou a regulação negativa usando siRNA, carecem de controle temporal. Os inibidores da fosfatase geralmente têm baixa especificidade e só permitem que os pesquisadores determinem quais processos são afetados pela inibição da fosfatase.
Desenvolvemos uma abordagem quimiogenética, o sistema regulado por rapamicina (RapR), que permite a regulação alostérica de um domínio catalítico da fosfatase que permite um controle temporal rígido da ativação da fosfatase. O sistema RapR consiste em um domínio iFKBP inserido em um sítio alostérico na fosfatase. A dinâmica estrutural intrínseca do domínio RapR interrompe o domínio catalítico, levando à inativação da enzima. A adição de rapamicina medeia a formação de um complexo entre iFKBP e uma proteína FRB co-expressa, que estabiliza iFKBP e restaura a atividade do domínio catalítico da fosfatase.
Este sistema fornece alta especificidade e controle temporal rígido da ativação da fosfatase em células vivas. Os recursos exclusivos deste sistema permitem a identificação de eventos transitórios e a interrogação de vias de sinalização individuais a jusante de uma fosfatase. Este protocolo descreve diretrizes para o desenvolvimento de uma RapR-fosfatase, sua caracterização bioquímica e a análise de seus efeitos na sinalização a jusante e na regulação da morfodinâmica celular. Ele também fornece uma descrição detalhada de uma estratégia de engenharia de proteínas, ensaios in vitro que analisam a atividade da fosfatase e experimentos de imagem de células vivas que identificam alterações na morfologia celular.
As proteínas tirosina fosfatases são uma família crítica de proteínas envolvidas em uma infinidade de eventos de sinalização celular. Eles demonstraram desempenhar um papel fundamental na regulação da proliferação, migração e apoptose celular 1,2,3. Consequentemente, a desregulação das proteínas tirosina fosfatases leva a uma variedade de doenças e distúrbios debilitantes 4,5,6,7. O estudo da função fisiológica das tirosina fosfatases e seu papel no desenvolvimento dessas patologias tem sido historicamente dificultado pela falta de ferramentas necessárias para investigar os meandros da sinalização da fosfatase8.
Tradicionalmente, as fosfatases são estudadas usando métodos que não possuem a especificidade desejada e/ou não fornecem controle temporal de sua atividade. Essas limitações críticas das ferramentas disponíveis tornam difícil dissecar papéis específicos das fosfatases nas vias de sinalização. A superexpressão de mutantes negativos constitutivamente ativos e dominantes ou a regulação negativa da expressão da fosfatase fornecem especificidade, mas carecem de controle temporal e muitas vezes podem desencadear mecanismos compensatórios que mascararão a verdadeira função da enzima.
Os inibidores farmacológicos permitem a regulação temporal das fosfatases. No entanto, muitos inibidores da fosfatase são notoriamente inespecíficos devido à composição bem conservada do sítio ativo nas tirosina fosfatases9. Além disso, devido a restrições de projeto, os inibidores direcionados ao sítio catalítico exibem baixa permeabilidade à membrana celular10. Outra limitação dos inibidores é que eles permitem apenas o exame dos efeitos da inativação da fosfatase11. Assim, há necessidade de ferramentas que permitam a ativação específica e temporalmente regulável de fosfatases. Essas ferramentas permitirão aos pesquisadores identificar os efeitos diretos da ativação da fosfatase, separando-os de múltiplas cascatas de sinalização paralela frequentemente ativadas por estímulos biológicos. É importante ressaltar que o controle temporal rígido da atividade permite a identificação de eventos transitórios induzidos por uma fosfatase e separa os efeitos da atividade aguda e prolongada da fosfatase. A combinação de regulação temporal com análise mutacional permitirá uma dissecação detalhada de papéis específicos de domínios individuais da fosfatase e interrogação de sua sinalização a jusante12.
Para resolver a falta de recursos desejados nas ferramentas existentes, o grupo Karginov desenvolveu o sistema Rapamycin Regulated (RapR) 13,14,15. O sistema RapR utiliza um domínio de comutação projetado, iFKBP, que permite a regulação alostérica da proteína de interesse (POI). A inserção do domínio iFKBP em uma posição alostericamente acoplada ao sítio catalítico do POI o torna suscetível à regulação pela rapamicina. Na ausência de rapamicina, o iFKBP interrompe o sítio catalítico devido à dinâmica estrutural intrinsecamente alta do iFKBP e, portanto, inativa o POI. A adição de rapamicina induz a interação de iFKBP com a proteína co-expressa FRB (Figura 1). Isso causa estabilização do domínio do switch, o que consequentemente restaura a estrutura e a função do domínio catalítico do POI. Como tal, a ferramenta permite a ativação específica e temporalmente regulável do POI.

Figura 1: Esquema do sistema regulado por rapamicina RapR-Shp2. O RapR permite a ativação alostérica da proteína de interesse com a adição de rapamicina. Essa figura foi modificada de Fauser et al.12. Abreviaturas: iFKBP = FKBP12 inserível; FRB = domínio de ligação FKBP-rapamicina; R = rapamicina; Shp2 = Src homologia-2 proteína tirosina fosfatase contendo domínio. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
A ferramenta RapR pode ser aplicada a diferentes famílias de proteínas. Pode ser usado para regular proteínas quinases, bem como fosfatases12,14. Este protocolo se concentrará na aplicação da ferramenta RapR para controlar a fosfatase Shp2. Shp2 é uma proteína tirosina fosfatase onipresente que está envolvida em processos de sinalização como proliferação, migração, imunomodulação e diferenciação 1,16,17,18. A desregulação do Shp2 tem sido associada a vários cânceres sólidos, leucemia mieloide e distúrbios do desenvolvimento 5,7. No entanto, o Shp2 foi vítima das mesmas deficiências de ferramenta descritas acima. Para combater essas limitações, o RapR-Shp2, um construto Shp2 específica e temporalmente regulável, foi desenvolvido e caracterizado12.
Antes do desenvolvimento de RapR-Shp2, sabia-se que Shp2 estava envolvido na migração celular 19,20,21. No entanto, seu papel específico na sinalização envolvida nesse processo era desconhecido. Também não se sabia em que escala de tempo o Shp2 regula a migração das células e quais mudanças morfodinâmicas específicas ele induz em diferentes momentos de sua ativação. Além disso, não ficou claro se a ativação aguda e prolongada de Shp2 causará efeitos diferentes. Usando RapR-Shp2, verificou-se que a ativação aguda de Shp2 induz disseminação celular transitória, aumento de saliências, polarização celular e migração. Vias específicas a jusante de Shp2 que regulam mudanças morfodinâmicas distintas também foram identificadas12. Este protocolo fornece detalhes para o projeto e caracterização de RapR-Shp2, que pode ser usado para orientar o desenvolvimento e aplicação de outras fosfatases RapR.
1. Desenho de RapR-fosfatases

Figura 2: Esquema de considerações ao projetar RapR-fosfatase. (A) Alinhamento de Shp2 (roxo), PTP1B (verde) e PTP-PEST (rosa) com os locais de inserção conservados destacados. (B) Representação da inserção do ligante entre Shp2 e iFKBP. (C) Domínio fosfatase de Shp2 em bege com locais de inserção indicados em azul. Essa figura foi modificada de Fauser et al.12. Abreviaturas: Shp2 = Src homologia-2 proteína tirosina fosfatase contendo domínio; iFKBP = FKBP12 inserível; PTP = proteína tirosina fosfatase; RapR = regulado por rapamicina. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
2. Criação da RapR-fosfatase

Figura 3: Esquema do design do primer e a estratégia de clonagem de mutagênese dirigida ao local modificada .A etapa 1 é a síntese do iFKBP contendo "megaprimer" com "extremidades pegajosas" recozimento no local de inserção da fosfatase de interesse, e a etapa 2 é a inserção do "megaprimer" na fosfatase de interesse. Essa figura foi modificada a partir de Karginov et al.13. Abreviatura: iFKBP = FKBP12 inserível. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
3. Avaliação da RapR-PTPase por ensaio de atividade in vitro
NOTA: Este protocolo é usado para avaliar a regulação da atividade da RapR-PTPase projetada. Abaixo é descrita a análise de Shp2 imunoprecipitado usando um fragmento N-terminal fosforilado de paxilina como substrato. Um substrato diferente pode precisar ser selecionado para uma PTPase específica de interesse.
4. Análise da atividade de RapR-Shp2 em células vivas
NOTA: Este protocolo é usado para determinar a capacidade do RapR-Shp2 de desfosforilar substratos endógenos e induzir a sinalização a jusante. Outras RapR-PTPases exigirão análise de seus substratos e vias específicas.
5. Análise de alterações morfodinâmicas induzidas pela ativação de RapR-Shp2 em células HeLa usando imagens de células vivas
NOTA: Este protocolo é usado para determinar o efeito da ativação de RapR-Shp2 na formação de saliências celulares, espalhamento celular e migração.
6. Análise de imagem
NOTA: Este protocolo descreverá a criação de máscaras de células com base em . Arquivos de pilha TIF coletados de experimentos de imagem ao vivo. Em seguida, ele descreverá como criar uma macro no ImageJ para analisar as máscaras, o que resultará em uma planilha da área da célula que é analisada em busca de alterações ao longo do tempo. Por fim, a atividade protrusiva e retrativa celular será analisada usando Metamorph.
A Figura 4 demonstra os resultados que podem ser esperados do ensaio de atividade da fosfatase à base de paxilina. Neste experimento, a atividade da fosfatase Shp2 negativa constitutivamente ativa e dominante foi comparada com a do RapR-Shp2 ativo e inativo usando fosfo-paxilina como leitura. As construções Shp2 foram imunoprecipitadas e submetidas ao ensaio de atividade conforme descrito no protocolo. As leituras de fosfo-paxilina para Shp2 constitutivamente ativo e RapR-Shp2 ativo foram semelhantes, indicando que o RapR-Shp2 ativo não foi afetado negativamente pela introdução do domínio RapR e manteve a atividade total uma vez ativado. Shp2 negativo dominante e RapR-Shp2 inativo também foram semelhantes, indicando que o construto RapR-Shp2 não tem atividade quando inativo. Isso indica o design bem-sucedido de uma RapR-fosfatase. O fosfo-substrato usado para este ensaio pode diferir com base na fosfatase de interesse.
A Figura 5, semelhante à Figura 4, compara RapR-Shp2 constitutivamente ativo, dominante negativo e ativo e inativo. Este experimento foi conduzido sem imunoprecipitação dos construtos. Em vez disso, foi projetado para caracterizar os efeitos de sinalização a jusante da construção RapR-Shp2 dentro das células. Aqui, as construções Shp2 foram expressas em células HEK293T. O efetor a jusante ERK1 / 2 mostrou aumentar na fosforilação em resposta à ativação de RapR-Shp2, assim como na amostra constitutivamente ativa. O RapR-Shp2 inativo não induziu essa mudança. Isso indica que a sinalização a jusante de Shp2 é preservada com a incorporação do domínio RapR. Da mesma forma, os fosfo-substratos conhecidos EGFR e PLCγ foram desfosforilados em resposta à ativação de RapR-Shp2 em células A431.
Finalmente, a Figura 6 apresenta os resultados da ativação de RapR-Shp2 na morfodinâmica de células HeLa. Uma vez que o RapR-Shp2 foi ativado, as células mostraram um aumento na atividade protrusiva, bem como na área celular. Isso indica que a ativação de RapR-Shp2 é suficiente para induzir mudanças morfodinâmicas nas células HeLa e pode permitir que os pesquisadores investiguem vias de sinalização específicas a jusante responsáveis por esse efeito.

Figura 4: Resultados do ensaio de atividade à base de paxilina: Constitutivamente ativo, dominante negativo e RapR-Shp2 foram imunoprecipitados e sujeitos ao ensaio de atividade usando o protocolo descrito. Os níveis de pY31 paxilina em CA e RapR-Shp2 foram semelhantes, indicando que a construção RapR-Shp2 teve atividade semelhante em comparação com CA Shp2 uma vez ativado. A amostra RapR-Shp2 não ativada não teve atividade, semelhante à amostra DN, indicando que não estava "vazando". Essa figura foi modificada de Fauser et al.12. Abreviaturas: RapR = regulado por rapamicina; Shp2 = Proteína tirosina fosfatase contendo domínio de homologia Src-2; DN = dominante negativo; CA = constitutivamente ativo; FRB = domínio de ligação FKBP-rapamicina. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: Resultados do ensaio de lisado de células inteiras: Constitutivamente ativo, dominante negativo e RapR-Shp2 foram expressos em HEK293T células e o protocolo de lisado de células inteiras foi concluído. Quando inativo, o RapR-Shp2 não ativou ERK1/2 por fosforilação, semelhante à amostra DN Shp2. Isso indica que o RapR-Shp2 não tem atividade quando inativo. Uma vez ativado, o nível de fosforilação de ERK1/2 foi semelhante ao da amostra CA Shp2, indicando ativação bem-sucedida e sinalização a jusante de Shp2. Da mesma forma, as células A431 que expressam RapR-Shp2 mostraram diminuições na fosforilação de EGFR e PLCγ, ambos substratos conhecidos de Shp2. Essa figura foi modificada de Fauser et al.12. Abreviaturas: RapR = regulado por rapamicina; Shp2 = Proteína tirosina fosfatase contendo domínio de homologia Src-2; DN = dominante negativo; CA = constitutivamente ativo; ERK = quinase regulada por sinal extracelular; GAPDH = gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase; EGFR = receptor do fator de crescimento epidérmico; PLCγ = fosfolipase C gama; FRB = domínio de ligação FKBP-rapamicina. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 6: Análise de dados de área celular e atividade protrusiva com base em imagens ao vivo: As células HeLa foram transfectadas com RapR-Shp2 e submetidas ao protocolo de imagem ao vivo descrito. Os dados foram analisados conforme descrito no protocolo de análise de dados. Uma vez ativadas (indicadas pela linha cinza vertical), as células HeLa mostraram aumentos na atividade protrusiva celular e na área celular. Nas amostras negativas que expressavam apenas FRB, essa atividade não estava presente. Isso indica que a ativação do RapR-Shp2 induz mudanças morfodinâmicas rápidas dentro das células HeLa e estimula a disseminação e a protrusão celular. Essa figura foi modificada de Fauser et al.12. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Este protocolo fornece etapas detalhadas para o desenvolvimento, caracterização e aplicação de fosfatases quimiogeneticamente controladas. A ferramenta RapR-Shp2 depende de um interruptor regulado por rapamicina inserido no domínio catalítico Shp2. A força desta ferramenta é a especificidade e o controle temporal rígido da atividade da fosfatase. A ferramenta é aplicável a outras fosfatases e, em combinação com a tecnologia RapR-TAP descrita anteriormente, permite a reconstrução de vias de sinalização individuais a jusante26. Os recursos exclusivos da abordagem RapR permitiram aos pesquisadores identificar eventos transitórios induzidos pela ativação de Shp2 e dissecar vias de sinalização específicas a jusante que regulam processos morfodinâmicos individuais.
Vários fatores críticos influenciam o design de uma fosfatase RapR. Uma estrutura cristalina bem resolvida do domínio catalítico da fosfatase de interesse é muito útil para orientar a seleção do local de inserção para iFKBP. No entanto, devido à alta semelhança estrutural entre as tirosina fosfatases, o alinhamento das sequências de aminoácidos dos domínios catalíticos pode fornecer informações suficientes para a identificação do local de inserção, conforme ilustrado pelo alinhamento de Shp2 para PTP1B e PTPPest (Figura 2). Para RapR-Shp2, Val406, localizado no local acoplado ao loop WPD catalítico crítico através de uma fita β, foi escolhido como o local de inserção mais ideal. O mesmo local de inserção pode resultar em regulação bem-sucedida de outras PTPases, como foi demonstrado para PTP1B e PTP-PEST12 (Figura 2A).
Se a fosfatase de interesse for uma proteína multidomínio, as informações estruturais sobre a organização dos domínios ajudarão a evitar a interferência em outras funções da PTPase. Outro fator que influencia o design da RapR-PTPase ideal é quantos aminoácidos devem ser substituídos por iFKBP inserido. Alças de inserção maiores e mais flexíveis na PTPase podem exigir encurtamento adicional para garantir uma regulação rígida da atividade catalítica pelo iFKBP. Da mesma forma, o comprimento e a composição dos ligantes que conectam o iFKBP à PTPase afetarão a eficiência da regulação. Ligantes curtos compostos de um único resíduo de Gly fornecerão uma regulação mais rígida, mas podem reduzir a atividade máxima da enzima se introduzirem distorção estrutural persistente, mesmo quando o iFKBP está ligado à rapamicina e ao FRB. Os ligantes Gly-Ser-Gly de comprimento médio fornecem mais flexibilidade, mas podem não ser rígidos o suficiente para algumas PTPases. Ligantes longos compostos de Gly-Ser-Gly-Gly-Pro-Gly ajudarão a prevenir a formação de estruturas secundárias não intencionais que podem influenciar a regulação da PTPase. RapR-Shp2 foi testado com todos os três tipos de ligantes; um ligante Gly-Ser-Gly foi considerado o mais ideal.
Um aspecto crítico que determina o desenvolvimento bem-sucedido de ferramentas RapR é o estabelecimento de um ensaio robusto de fosfatase e a presença de controles apropriados. A comparação da atividade da RapR-fosfatase com a atividade das versões dominante-negativa e constitutivamente ativa do POI fornece uma avaliação do vazamento da construção RapR e da extensão da ativação. Além disso, a falta de desfosforilação pela fosfatase constitutivamente ativa ou fosforilação reduzida pelo mutante negativo dominante indicará condições de reação inadequadas.
Para o ensaio de fosfatase, as condições de reação exigirão otimização para cada PTPase. O ajuste da temperatura, do tempo de reação e das condições do tampão dependerá da PTPase de interesse. A agitação vigorosa das amostras é fundamental para garantir uma mistura suficiente da PTPase ligada à Sepharose e seu substrato. Por fim, se o ensaio de fosfatase descrito não for ideal para a PTPase específica de interesse, uma reação de fosfatase usando p-nitrofenil fosfato como substrato pode ser usada como um ensaio alternativo27.
Em experimentos de imagem de células vivas, vários critérios devem ser levados em consideração ao preparar uma amostra. O protocolo delineado usa meio L-15 baseado em tampão HEPES, que não é sensível à concentração de CO2 . Se o uso de um meio à base de bicarbonato for desejado, o HEPES deve ser suplementado para manter o pH da amostra ou uma câmara de imagem ambiental que suplemente o CO2 deve ser usada. O protocolo recomenda a aplicação de uma camada de óleo mineral sobre a amostra para evitar a evaporação e simplificar a adição de rapamicina. Outras configurações usando uma câmara de imagem ambiental ou uma câmara fechada podem ser usadas, mas a adição de rapamicina pode ser mais desafiadora. Ao adicionar rapamicina às células durante a imagem, certifique-se de que o estágio não mude e as células não sejam perturbadas. Quaisquer movimentos adicionais da amostra durante o processo de imagem obstruirão a coleta de dados. A intensidade da iluminação e o tempo de exposição devem ser mantidos baixos para reduzir a fototoxicidade, especialmente para imagens de longo prazo. A eficiência de transfecção adequada das células também é crítica. Uma proporção de 1:1 de FRB para DNA RapR-Shp2 fornece expressão adequada, mas para novas construções, essa proporção exigirá ajustes. Para garantir uma ativação eficiente, o FRB deve ser expresso em um nível mais alto do que a fosfatase RapR.
Uma limitação das ferramentas baseadas em RapR é a incapacidade de desativar rapidamente. A mudança de meio remove a rapamicina extracelular, mas a desativação das construções RapR pode levar horas devido à ligação muito forte da rapamicina à construção RapR. A inativação rápida pode ser alcançada pela adição de um inibidor do sítio ativo da PTPase. No entanto, os potenciais efeitos fora do alvo do inibidor podem dificultar a interpretação dos resultados. Além disso, mesmo em combinação com um inibidor de PTPase, a abordagem RapR não pode ser usada para experimentos de ativação/inativação cíclica. Outra limitação do sistema RapR é a falta de controle espacial. As construções RapR são expressas globalmente e, portanto, ativadas em toda a célula. Uma solução potencial é a aplicação de rapamicina enjaulada que pode ser liberada quase pela luz ultravioleta localmente na célula28,29. Além disso, a ferramenta RapR pode ser modificada para obter a ativação da fosfatase de interesse em um complexo proteico específico ou em um local subcelular específico. Ao anexar um parceiro de ligação ou uma etiqueta subcelular ao FRB, a RapR-PTPase será direcionada para a proteína ou local específico na célula. Por fim, a rapamicina é um imunossupressor bem caracterizado via inibição do mTOR e pode influenciar a sinalização celular, potencialmente interrompendo a sinalização da PTPase de interesse. Para superar essa preocupação, análogos não imunossupressores da rapamicina (iRap e AP21967) representam uma boa alternativa. Ambos os compostos demonstraram regular as construções RapR14.
Os autores não têm conflitos de interesse a divulgar.
Os autores agradecem à Dra. Jordan Fauser por sua contribuição para o desenvolvimento do RapR-Shp2 e protocolos associados. O trabalho foi apoiado por um prêmio 5R35GM145318 do NIGMS, um prêmio R33CA258012 do NCI e um prêmio P01HL151327 do NHLBI.
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| #1.5 Glass Coverwashs 25 mm Round | Warner Instruments | 64-0715 | |
| Tubos de 1.5 mL | USA Scientific | cc7682-3394 | |
| 2x Laemmli Buffer | Para 500 mL: 5.18 g Tris-HCL, 131.5 mL de glicerol, 52.5 mL 20% SDS, 0.5 g azul de bromofenol, pH final 6.8 | ||
| 4-20% Mini-PROTEAN TGX Gel Pré-moldado | Biorad | 4561096 | |
| 5x Phusion Plus Buffer | Thermo Scientific | F538L | |
| A431 Cells | ATCC | CRL-1555 | |
| Agarsose | GoldBiotech | A-201 | |
| Attofluor Cell | Chamber invitrogen | A7816 | |
| Benchmark Fetal Bovine Serum (FBS) | Gemini Bio-products | 100-106 | Heat Inactivated Triple 0.1 µ m filtrado estéril |
| Brig 35,30 w/v % | Acros | 329581000 | |
| BSA | GoldBiotech | A-420 | |
| CellGeo | N/A | N/A | Publicado em 10.1083/jcb.201306067 |
| CellMask Deep Red plasma membrane dye | invitrogen | c10046 | |
| Colony Screen MasterMix | Genesee | 42-138 | |
| DH5a competente células | NEB | C2987H | |
| DMEM | Corning | 15-013-CV | |
| DMSO | Thermo Scientific | F-515 | |
| DNA Ladder | GoldBio | D010-500 | |
| dNTPs | NEB | N04475 | |
| DpnI Enzima | NEB | R01765 | |
| DTT | GoldBio | DTT10 | DL-Dithiothreitol, Reagentes de Cleland |
| EGTA | Acros | 409910250 | |
| Fibronectina de plasma bovino | Sigma | F1141 | |
| FuGENE(R) 6 Reagente de transfecção | Promega | E2692 | reagente de transfecção |
| Kit de extração de gel | Thermo Scientific | K0692 | Kit de extração de gel GeneJET |
| Gel Verde Ácido Nucleico Mancha | GoldBio | G-740-500 | |
| Corante de carregamento de gel roxo 6x | NEB | B7024A | |
| Glutamax | Gibco | 35050-061 | GlutaMAX-l (100x) 100 mL |
| HEK 293T Células | ATCC | CRL-11268 | |
| Células HeLa | ATCC | CRM-CCL-2 | |
| HEPES | Fischer | BP310-500 | |
| ImageJ Software de processamento | N/A | N/A | |
| Igepal CA-630 (NP40) | Sigma | I3021 | |
| Tampão | 25 mM Imidazol pH 7,2, 2,5 mM EDTA, 50 mM NaCl, 5 mM DTT | ||
| KCl | Sigma | P-4504 | |
| L-15 1x | Corning | 10-045-CV | |
| LB Agar | Fisher | BP1425-2 | |
| Tampão | de lise20 mM Hepes-KOH, pH 7,8, 50 mM KCl, 1 mM EGTA, 1% NP40 | ||
| MATLAB | MathWorks | N/A | R atualização 2022b foi usada para executar as funções CellGeo |
| Microscopia Metamorfo Software de Automação e Análise de Imagem | N/A | N/A | |
| MgCl2 | Fisher Chemical | M33-500 | |
| Óleo Mineral | Sigma | M5310 | |
| MiniPrep Kit | Gene Géis | 96-308 | |
| Mini-PROTEAN TGX 12 poços | Bio-Rad | 4561085 | |
| Grau de Biologia Molecular Água | Corning | 46-000-CV | |
| Espelho Polichroic Multiband | Chroma Technology | 89903BS | |
| NaCl | Fisher Chemical | S271-3 | |
| Olympus UPlanSAPO 40x objetivo | Olympus | N/A | |
| PBS sem Ca e Mg | Corning | 21-031-CV | |
| Tubos de PCR | labForce | 1149Z65 | 0.2 mL 8-Strip Tubos e Tampas, Tira Rígida Tampas de Cúpula Anexadas Individualmente |
| Phusion Plus DNA Polimerase | Thermo Scientific | F630S | |
| Primers | IDT | ||
| Protein-G Sepharose | Millipore | 16-266 | |
| Membranas de PVDF | BioRad | 1620219 | Immun-Blot PVDF / Sanduíches de papel de filtro |
| Rapamicina | Fisher | AAJ62473MF | |
| 0,25% Tripsina, 2,21 mM EDTA, 1x [-] sódio | Corning | 25-053-CI | |
| Tris-Acetato-EDTA (TAE) 50x | Fischer | BP1332-1 | para eletroforese |
| Tampão | 20 mM Hepes-KOH, pH 7,8, 50 mM KCl, 100 mM NaCl, 1 mM EGTA, 1% NP40 | ||
| β-Mercaptoetanol | Fisher Chemical | O3446I-100 | |
| Anticorpos | |||
| Anti-EGFR | Sinalização celular | 2232 | |
| Anti-ERK 1/2 Anticorpo | Sinalização celular | 9102 | |
| Anti-bandeira | Anticorpo Millipore-Sigma | F3165 | |
| Anti-GAPDH Anticorpo | invitrogen | AM4300 | |
| Anti-GFP Anticorpo | Clontech | 632380 | |
| Anti-mCherry Anticorpo | invitrogen | M11217 | |
| Anti-paxilina Anticorpo | Thermo Fischer | BDB612405 | |
| Anti-fosfo-EGFR Y992 Anticorpo | Sinalização celular | 2235 | |
| Anti-fosfo-Erk 1/2 T202 / Y204 | Anticorpo Celular Sinalização | 9101 | |
| Anti-fosfo-paxilina Y31 Anticorpo | Millipore-Sigma | 05-1143 | |
| Anti-fosfo-PLC&gama; Y783 Anticorpo | Celular Sinalização | 14008 | |
| Anti-PLCγ | Sinalização de Células de Anticorpo | 5690 |
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