A respiração mitocondrial em células inteiras de levedura é um indicador valioso da bioenergética celular. Aqui, apresentamos um protocolo para quantificar esse fenótipo aplicável a diferentes espécies de leveduras.
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A respiração mitocondrial em células inteiras de levedura é um indicador valioso da bioenergética celular. Aqui, apresentamos um protocolo para quantificar esse fenótipo aplicável a diferentes espécies de leveduras.
O metabolismo é coordenado principalmente pela disponibilidade de energia celular e pelas condições ambientais. Ensaios para saber como as células adaptam o metabolismo energético a diferentes condições nutricionais e ambientais fornecem informações valiosas para elucidar mecanismos moleculares. A fosforilação oxidativa é a principal fonte de ATP na maioria das células, e a atividade da respiração mitocondrial é um componente chave da fosforilação oxidativa, mantendo o potencial da membrana mitocondrial para a síntese de ATP. A respiração mitocondrial é frequentemente estudada em mitocôndrias isoladas que não possuem o contexto celular. Aqui, apresentamos um método para quantificar a respiração mitocondrial em células intactas de leveduras. Este método se aplica a qualquer espécie de levedura, embora tenha sido geralmente usado para células de Saccharomyces cerevisiae. Primeiro, o crescimento da levedura em condições específicas é testado. Em seguida, as células são lavadas e ressuspensas em água deionizada na proporção de 1:1 (p/v). As células são então colocadas em uma câmara de oxímetro com agitação constante, e um eletrodo de Clark é usado para quantificar o consumo de oxigênio. Algumas moléculas são colocadas sequencialmente na câmara e selecionadas de acordo com esse efeito na cadeia de transporte de elétrons ou síntese de ATP. A oligomicina inibidora da ATPase é adicionada pela primeira vez para medir a respiração acoplada à síntese de ATP. Posteriormente, um desacoplador é usado para medir a capacidade respiratória máxima. Finalmente, uma mistura de inibidores da cadeia de transporte de elétrons é adicionada para descartar o consumo de oxigênio não relacionado à respiração mitocondrial. Os dados são analisados por meio de uma regressão linear para obter a inclinação, representando a taxa de consumo de oxigênio. A vantagem deste método é que ele é específico para a respiração mitocondrial de leveduras, mantendo o contexto celular. É essencial destacar que os inibidores usados na quantificação da respiração mitocondrial podem variar entre as espécies de leveduras.
A mitocôndria desempenha um papel fundamental na bioenergética celular, uma vez que é a principal fonte de ATP para a maioria das células, e várias vias convergem e dependem da atividade das vias mitocondriais1. A fosforilação oxidativa é necessária para a síntese de ATP que combina o transporte de elétrons através da cadeia de transporte de elétrons para reduzir o oxigênio e a atividade da ATPase F1F0, sintetizando ATP usando o potencial de membrana mitocondrial produzido devido ao fluxo de elétrons2. Assim, a respiração mitocondrial faz parte da fosforilação oxidativa3.
A cadeia respiratória mitocondrial compreende quatro complexos ou, em alguns casos, complexo de levedura deficiente em I (por exemplo, Saccharomyces cerevisiae), três complexos e três proteínas desidrogenase4. Os complexos respiratórios estão localizados na membrana mitocondrial interna; algumas leveduras apresentam a cadeia canônica de transporte de elétrons com complexo I (NADH desidrogenase) ou três NADH desidrogenase, ubiquinona (Co Q), complexo II (succinato ubiquinona oxidorredutase), complexo III (ubiquinona citocromo oxidorredutase), citocromo c (Cyt c) e complexo IV (citocromo c oxidase)5,6. O transporte de elétrons através dos complexos permite o bombeamento de prótons da matriz mitocondrial para o espaço intermembranar, formando um potencial de membrana mitocondrial7. Os prótons localizados no espaço intermembranar são bombeados ao contrário, em direção à matriz mitocondrial por F1F0 -ATPase para sintetizar uma molécula de ATP por quatro prótons bombeados8.
As medições da respiração mitocondrial fornecem informações valiosas sobre a integridade mitocondrial, a bioenergética celular e a capacidade respiratória mitocondrial9. A função da respiração mitocondrial pode ser analisada in vitro ou in situ usando diversas técnicas. No entanto, a análise da respiração mitocondrial em células intactas pode apresentar uma série de vantagens, uma vez que compreende todo o metabolismo celular, uma vez que as interações das células com seu ambiente e o metabolismo intracelular são considerados quando se emprega células inteiras10. Além disso, o uso de células intactas permite a fácil avaliação de várias condições experimentais e detecta alterações mínimas que não puderam ser observadas em mitocôndrias isoladas10,11. Outra vantagem da quantificação da respiração mitocondrial em células intactas é que os efeitos da proliferação e localização mitocondrial são retidos12.
A respiração mitocondrial de mamíferos em células intactas tem sido descrita em grande detalhe12, deixando de lado o estudo de outros organismos eucarióticos, como leveduras. Aqui, propomos uma técnica para quantificar a respiração mitocondrial adaptada à levedura a partir de protocolos de mamíferos. Assim, conceitos da quantificação da respiração mitocondrial em mamíferos têm sido utilizados nesta técnica. Por exemplo, esta técnica é dividida em vários estágios como o protocolo de mamíferos: 1) respiração basal (dependente do substrato), 2) respiração ligada ao ATP (através da inibição da ATP sintase), 3) capacidade respiratória máxima (empregando um desacoplador que permite a permeabilidade dos prótons através da membrana mitocondrial interna), 4) inibição da respiração mitocondrial (utilizando uma mistura de inibidores da cadeia respiratória para descartar o consumo de oxigênio para outras fontes diferentes de respiração mitocondrial)11,13. Portanto, este trabalho tem como objetivo apresentar um protocolo para quantificar a respiração mitocondrial em leveduras.
1. Meios de cultura e preparação do inóculo
2. Condições de crescimento e desenho de experimentos
3. Ensaio de consumo de oxigênio (polarografia)
4. Processamento de dados
Esta técnica de respiração mitocondrial pode ser usada para outras espécies de leveduras além de S. cerevisiae, como Scheffersomyces stipitis15 e K. marxianus16. No entanto, para fins representativos, apresentamos apenas resultados de S. cerevisiae. Sabe-se que S. cerevisiae apresenta um metabolismo respiratório predominante em baixas concentrações de glicose (abaixo de 0,8 mM)17,18. Assim, para corroborar o fenótipo respiratório de S. cerevisiae, ele foi cultivado em duas concentrações de glicose para estimular (0,5% de glicose) e limitar (5% de glicose) a respiração mitocondrial18,19. Como esperado, os resultados obtidos na respiração basal (substrato oxidável), respiração ligada ao ATP (oligomicina) e capacidade respiratória máxima (CCCP) validam o metabolismo energético característico de S. cerevisiae (Figura 2). Observamos valores mais elevados de consumo de oxigênio (respiração basal, respiração ligada ao ATP e capacidade respiratória máxima) nas células cultivadas com glicose a 0,5% em comparação com os valores obtidos nas células cultivadas com glicose a 5% (Figura 2).
Além disso, os ensaios utilizaram três substratos: glicose, glicerol e L-lactato. O objetivo do emprego de diversos substratos é avaliar diferentes partes da cadeia respiratória mitocondrial. Nessas condições, a respiração mitocondrial não apresentou alterações significativas dependentes do substrato, uma vez que nenhum tratamento para perturbar a cadeia respiratória foi adicionado (Figura 2).
Utilizamos a quercetina para avaliar a capacidade da técnica, um composto que influencia negativamente a respiração mitocondrial20. Os dados obtidos mostraram que a quercetina diminuiu significativamente a respiração mitocondrial em células cultivadas em meio suplementado com glicose a 0,5% (Figura 3). Por outro lado, as células cultivadas em meio suplementado com glicose a 5% não apresentaram influência negativa significativa da quercetina (Figura 4).

Figura 1: Curva representativa de consumo de oxigênio. Curva de consumo de oxigênio obtida em células de S. cerevisiae cultivadas em meio SC (0,5% de glicose). As cores representam diferentes inclinações obtidas no substrato, desacopladores e suplementação de inibidores. Verde: O substrato utilizou glicose e respiração basal correspondente à inclinação. Azul: oligomicina, inibidor da ATP sintase, inclinação empregada para determinação da respiração ligada ao ATP. Amarelo: CCCP, desacoplador, inclinação usada para avaliar a respiração máxima. Cinza e vermelho: complexo inibidor II e III, respectivamente; inclinação empregada para determinar o consumo de oxigênio não dependente das mitocôndrias. Abreviaturas: CCCP = 3-clorofenilhidrazona carbonila-cianeto; TTFA = 2- tenoiltrifluoroacetona; AA = antimicina A. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Ensaios de consumo de oxigênio em células de S. cerevisiae cultivadas a 0,5% e 5% de glicose. A respiração mitocondrial é avaliada através do consumo de oxigênio medido na respiração basal, capacidade respiratória máxima e respiração ligada ao ATP em células de S. cerevisiae cultivadas em SC suplementadas com 0,5% e 5% de glicose. Três substratos foram utilizados para avaliar sua influência específica na cadeia de transporte de elétrons: glicose (NADH desidrogenase), glicerol (pool de ubiquinona) e L-lactato (citocromo c). (A) Respiração basal a 5% e 0,5% de glicose com glicose, glicerol e L-lactato como substratos; (B) respiração máxima a 5% e 0,5% de glicose com glicose, glicerol e L-lactato como substratos; (C) Respiração ligada ao ATP a 5% e 0,5% de glicose com glicose, glicerol e L-lactato como substrato. Os resultados são apresentados como média ± DP de três experimentos independentes, com cada experimento tendo duas repetições técnicas. ANOVA de uma via seguida do teste de Tukey (p ≤ 0,05; letras diferentes: diferença significativa, mesmas letras: sem diferença significativa) para análise estatística. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: A quercetina limitou a respiração mitocondrial em baixa concentração de glicose em células de S. cerevisiae cultivadas. A medição do consumo de oxigênio foi realizada na respiração basal, capacidade respiratória máxima e respiração ligada ao ATP em células de S. cerevisiae cultivadas em meio SC (glicose a 0,5%) suplementada com quercetina (100 μM). O etanol foi usado para dissolver a solução de quercetina. Os resultados são apresentados como média ± DP de três experimentos independentes, com cada experimento tendo duas repetições técnicas. As análises estatísticas foram feitas por meio de um teste t de Student pareado (*, ** p ≤ 0,05). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: A quercetina não afeta a respiração mitocondrial em alta concentração de glicose em S. cerevisiae. O consumo de oxigênio foi medido na respiração basal, capacidade respiratória máxima e respiração ligada ao ATP em células de S. cerevisiae cultivadas em meio SC (glicose a 5%) suplementada com quercetina (100 μM). O etanol é usado para dissolver a solução de quercetina. Os resultados mostram ± médio DP de três experimentos independentes, cada um com duas repetições técnicas. As análises estatísticas foram realizadas por meio do teste t de Student pareado (p ≤ 0,05; ns: não significativo). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
A fosforilação da respiração mitocondrial desempenha um papel fundamental em várias vias que dependem do potencial da membrana mitocondrial e mantêm os níveis de ATP através da fosforilação oxidativa. Compreender como as condições ambientais e nutricionais afetam a respiração mitocondrial das leveduras serve como uma ferramenta para elucidar os mecanismos moleculares.
É essencial considerar as seguintes etapas críticas para obter resultados confiáveis desse método. A agitação >200 rpm é fundamental para obter biomassa suficiente em condições de crescimento respiratório para testar a respiração mitocondrial; Condições de agitação inferiores a 200 rpm causam baixo crescimento e formação de biomassa, levando mais tempo para atingir a fase de crescimento mid-log e podem afetar as taxas de consumo de oxigênio, uma vez que as células sobrevivem em um ambiente menos oxigenado. A concentração de glicose no meio é definida de acordo com o fenótipo da levedura (Crabtree-positivo ou negativo); isso é crítico no caso de leveduras positivas para Crabtree, uma vez que altas concentrações de glicose inibem a respiração mitocondrial e podem exercer um viés na interpretação dos dados. Por exemplo, em S. cerevisiae, a glicose causa repressão catabólica, inibindo a respiração mitocondrial em altas concentrações de glicose21,22. Com base nessas evidências, valores mais baixos na respiração basal, respiração ligada ao ATP e respiração máxima de células cultivadas em alta concentração de glicose (5%) são obtidos em comparação com células de levedura cultivadas em baixa concentração de glicose (0,5%). Os inibidores da cadeia respiratória devem ser cuidadosamente selecionados de acordo com a suscetibilidade da levedura; Isso é fundamental para descartar outras fontes de consumo de oxigênio celular além da respiração mitocondrial.
Substratos, desacopladores mitocondriais e inibidores são usados para determinar diferentes parâmetros da respiração mitocondrial em células intactas. No entanto, seu uso tem algumas limitações. Por exemplo, os alvos inespecíficos fora das mitocôndrias de inibidores e desacopladores mitocondriais em células intactas devem ser considerados para evitar vieses na interpretação do consumo de oxigênio. Além disso, o uso de fontes alternativas de carbono para triagem do local de ação na cadeia respiratória deve ser testado com mais detalhes, uma vez que subprodutos do metabolismo do glicerol ou L-lactato podem ser oxidados para reduzir NAD+ ou FAD+, que cedem elétrons e ativam a cadeia respiratória desde NADH desidrogenases e Complexo II, respectivamente. Finalmente, S. cerevisiae e outras leveduras abrigam transportadores de PDR, como Yor1p (proteína de resistência à oligomicina de levedura), o que sugere o efluxo de oligomicina das células23. Além disso, ensaios usando células deficientes em PDR, por exemplo, a cepa AD1-8, que possui os principais transportadores de PDR e fatores de transcrição PDR1 / PDR3 excluídos, são necessários para validar o uso de oligomicina em S. cerevisiae para quantificação da respiração mitocondrial.
O uso de células intactas para quantificação da respiração mitocondrial mantém o contexto celular, proporcionando uma técnica mais robusta para conhecer os efeitos nutrimentais ou ambientais na bioenergética de leveduras. Além disso, o uso de células intactas de levedura para quantificação da respiração mitocondrial é mais econômico e, no nível técnico, mais fácil do que mitocôndrias isoladas. Além disso, como em ensaios de mitocôndrias isoladas, diversas fontes de carbono indicam o local de ação na cadeia respiratória de algumas moléculas. Como prova de conceito, essa técnica corrobora que a suplementação de resveratrol afeta a cadeia respiratória no nível da NADH desidrogenase, uma vez que a inibição do resveratrol na respiração basal é observada apenas com glicose e não com glicerol ou L-lactato24. Estudos in vitro com complexo I solubilizado demonstraram que o resveratrol compete com o NAD+, afetando a atividade do complexoI 25. Isso corrobora o fenótipo observado em células intactas com a técnica aqui apresentada. Além disso, esta técnica também é confiável para explorar os efeitos negativos dos produtos químicos na respiração mitocondrial da levedura. Por exemplo, a quercetina é um polifenol amplamente estudado nas últimas décadas. Entre as principais evidências encontradas, foi demonstrado limitar a respiração mitocondrial em células intactas, o que foi validado pela atividade complexa da cadeia respiratória 26,27. É importante ressaltar que diversas pesquisas relataram efeitos inibitórios da quercetina na respiração mitocondrial em diferentes estudos de modelo28.
É importante ter uma descrição detalhada do metabolismo das leveduras, incluindo a bioenergética, uma vez que esses microrganismos podem ser patógenos animais, incluindo humanos, e também são utilizados como fábricas de células ou em aplicações biotecnológicas.
Os autores não têm nada a divulgar.
Este trabalho foi apoiado pelo Tecnológico Nacional de México (Grant 20026.24-PD) concedido ao LAMP.
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| 2- tenoiltrifluoroacetona (TTFA) | Merck | T27006 | Complexo inibidor II |
| 3-clorofenilhidrazona carbonil cianeto (CCCP) | Merck | C2759 | Desacoplador de respiração mitocondrial |
| Absolut etanol | Merck | 107017 | Para dissolver a quercetina |
| Ágar | Merck | A1296 | YPD preparação de ágar |
| Sulfato de amônio granular (NH4)2SO4 | J.T. Baker | 0792-05 | SC preparação de caldo |
| Antimicina A (AA) | Merck | A8674 | Complexo inibidor III |
| aYSI5300A | ---- | ---- | Monitor |
| Centrífuga | Hermle | Z 206 A | Para centrifugação de células |
| tipo Clark oxigênio | ---- | ---- | Eletrodo |
| Computador | ---- | ---- | Para aquisição de dados |
| Fosfato dipotássico K2HPO4 | J.T. Baker | 3252-05 | SC preparação de caldo |
| Glicose | Merck | G7021 | YPD preparação de caldo |
| Glicerol | Merck | G5516 | Suplementação de substrato médio |
| Suplementação de substrato Lactate | Merck | L1250 | em meio |
| Oligomicina de Streptomyces diastatochromogenes | Merck | O4876 | Inibição da ATP sintase mitocondrial |
| Orbital Shaker | Thermo Fisher | SHKE6000 | Inóculo incubação tubos de vidro e frasco |
| Peptona de caseína, digestão enzimática | Merck | 82303 | YPD preparação de caldo |
| Quercetina | Merck | 337951 | Para diminuir a respiração mitocondrial |
| Uracila | Preparação do caldo | Merck | U0750 |
| Extrato de levedura | Merck | Y1625 | YPD preparação do caldo |
| Base de nitrogênio de levedura sem aminoácidos e sulfato de amônio | Merck | Y1251 | SC preparação do caldo |
| Levedura sintética Suplementos médios sem uracila | Merck | Y1501 | SC preparação do caldo |
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