Pessoas transgênero (TG) são indivíduos cuja identidade de gênero e sexo atribuídos no nascimento não correspondem. Freqüentemente, são submetidas à terapia hormonal de afirmação de gênero (GAHT), uma intervenção médica que permite a aquisição de características sexuais secundárias mais alinhadas à sua identidade de gênero individual, proporcionando resultados consistentes na melhora de inúmeras variáveis sociopsicológicas. No entanto, o GAHT tem como alvo diferentes sistemas do corpo, e alguns efeitos colaterais são registrados, embora ainda não totalmente identificados e caracterizados. Portanto, as pessoas TG submetidas ao GAHT podem ser consideradas um subgrupo suscetível da população e atenção específica deve ser dada no âmbito da avaliação de risco, por exemplo, por meio do uso de modelos animais direcionados. O presente trabalho descreve os procedimentos estabelecidos para implementar dois modelos de ratos que mimetizam o GAHT: o modelo desmasculinizante-feminizante (dMF) que imita o GAHT para mulheres TG e o modelo desfeminizante-masculinizante (dFM) que imita o GAHT para homens TG. Os modelos foram implementados através da administração dos mesmos hormônios usados para GAHT humano, ou seja, β-estradiol mais acetato de ciproterona para dMF e testosterona para dFM, pelas mesmas vias de exposição por um período de 2 semanas. Os ratos são verificados diariamente durante o tratamento para avaliar o estado de saúde e comportamentos potencialmente agressivos. No sacrifício, o sangue e os tecidos-alvo foram amostrados e armazenados para análise bioquímica, molecular e histopatológica. Parâmetros específicos do sexo, a saber, contagem de espermatozóides e dimensões do clitóris, também foram avaliados. Além disso, as isoformas do CYP450, expressas exclusiva e/ou preferencialmente no fígado de ratos machos e fêmeas, são identificadas e caracterizadas como novos biomarcadores para verificar o sucesso do GAHT e definir o modelo. O envolvimento da tireoide também tem sido explorado como um alvo chave no sistema endócrino.