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Todos os organismos abrigam uma variedade de simbiontes microbianos em suas superfícies epiteliais, tecidos e órgãos1. A pele é a principal interface entre o hospedeiro e seu ambiente, fornecendo um habitat para diversos microrganismos2. A pele é o maior órgão dos vertebrados e atua como barreira às agressões mecânicas, químicas e microbianas3. No entanto, essa ampla exposição da pele às condições ambientais provavelmente a torna a fronteira ecológica mais crítica que medeia a interação do organismo com fatores bióticos e abióticos externos4.
A microbiota cutânea de anfíbios tem sido intensamente estudada na última década, e a relação entre essa comunidade microbiana e seu hospedeiro tem sido profundamente explorada 5,6,7,8,9,10. A biodiversidade da microbiota da pele é amplamente determinada pelo tipo de hospedeiro (ou seja, comunidade específica da espécie), mas outros fatores ambientais podem promover maior diversidade interespecífica11. A microbiota cutânea dos anfíbios tem uma composição distinta de outros animais. Sabe-se que os anfíbios demonstraram ter uma relação mutualística com os micróbios da pele, sendo capazes de biossintetizar compostos antimicrobianos ou proteger seu hospedeiro contra doenças infecciosas emergentes12.
O isolamento de bactérias da pele geralmente é alcançado após a realização de diferentes etapas. O primeiro passo inclui a obtenção de uma coleta de amostra representativa por swab e evitar contaminação externa. As amostras microbianas são suspensas em solução salina estéril ou tampão. A suplementação de líquidos em suspensão com protetores (por exemplo, glicerol) pode melhorar a integridade da comunidade bacteriana durante a transferência laboratorial13,14. Uma vez transferidas para o laboratório, as amostras podem ser processadas imediatamente ou após um curto período de tempo para manter a integridade da comunidade microbiana. A abordagem microbiana clássica envolve o processamento de amostras por diluição em série para reduzir a densidade microbiana e garantir uma melhor separação de colônias nas placas de Petri. As diluições de amostra e em série são então colocadas em meios não específicos e não seletivos, como ágar Luria-Bertani (LBA)15, soja tríptica (TSA)16, ágar extrato de levedura triptona (TYEA)17,18,19 ou nutriente (NA)20 que suportam o crescimento de uma ampla gama de bactérias. Enriquecimentos não seletivos durante a amostragem e processamento são usados, pois é necessário cultivar uma ampla gama de micróbios. Os métodos de estrias ou placas espalhadas distribuem a suspensão microbiana uniformemente sobre a superfície do ágar21. A distribuição uniforme permite que diferentes espécies microbianas presentes na amostra formem colônias distintas. Após incubação a 20-37 °C por 2-7 dias, as colônias microbianas são contadas e distinguidas com base na morfologia. A caracterização morfológica da colônia bacteriana foi realizada com base na pigmentação, forma, elevação, margem, opacidade e superfície. Colônias bem isoladas nas diluições mais altas são subcultivadas em placas de ágar fresco para purificar culturas microbianas. A pureza das colônias é garantida com base na uniformidade celular e afinidade pela coloração de Gram. Vários testes bioquímicos ou moleculares também podem ser realizados para verificar a pureza das colônias22. As culturas puras de cepas isoladas podem ser armazenadas em inclinações de ágar a 4 ° C para uso a curto prazo ou preservadas a longo prazo a -80 ° C em crioprotetores (por exemplo, uma proporção de glicerol para meio de 20:80 ou 50:50) 23 .
Neste protocolo, relatamos a abordagem de melhores práticas para isolar bactérias da microbiota da pele de salamandras de cavernas Speleomantes , anfíbios estritamente terrestres que podem viver tanto em ambientes superficiais quanto subterrâneos24. Dada a falta de protocolos universalmente aplicados na literatura, este estudo teve como objetivo desenvolver uma boa prática para amostragem e preservação de amostras de microbiota cutânea desses anfíbios terrestres. Para testar este protocolo, utilizamos a salamandra cavernícola italiana (Speleomantes italicus) como modelo, amostrando 12 indivíduos de uma população cavernícola localizada em Abruzzo (Itália). Os indivíduos foram coletados manualmente e repetidamente esfregados (pelo menos 5 vezes) em seus lados dorsais, ventrais e flancos. Os cotonetes usados foram embebidos em água destilada estéril. Os swabs foram então imersos em solução salina fisiológica a 0,9% com e sem suplementação de glicerol. Após a transferência para o laboratório, a preservação da amostra foi testada em várias condições: temperatura ambiente não controlada, 4 °C e -20 °C por 10 dias. As comunidades microbianas cultiváveis foram comparadas usando métodos baseados em cultura em meios genéricos e semi-seletivos (LBA, TSYEA, TSA, NA).