Diversos estudos demonstraram que o número, comprimento e largura do espaço (espessura) dos contatos ER-mitocôndrias, ou membranas associadas a mitocôndrias (MAMs), influenciam seus papéis biológicos. Nosso trabalho anterior mostrou que a estabilização de MAMs apertados, caracterizada por uma largura de intervalo de aproximadamente 7 nm, leva a um aumento nos níveis de β amiloide (Aβ), enquanto a presença de MAMs soltas, com largura de intervalo de cerca de 40 nm, reduz a produção de Aβ em um modelo neural tridimensional (3D) da doença de Alzheimer (DA). Para investigar os efeitos das MAMs com diferentes larguras de folga, biosensores FRET (Transferência de Ressonância de Energia de Förster) direcionados a RE e mitocôndrias — ER-CFP (proteína fluorescente ciano) e Mito-YFP (proteína fluorescente amarela), respectivamente — foram desenvolvidos para quantificar MAMs apertados (largura de folga de <10 nm) em contraste com MAMs soltos ou não MAMs. A FRET ocorre quando o fluoróforo doador (CFP) e o fluoróforo aceitador (YFP) estão a menos de 10 nm um do outro, tornando este sistema adequado para avaliar a proximidade do MAM. Este protocolo descreve o uso do FRET racional espectral para medir a extensão da formação de MAM apertada.