Este protocolo foi projetado para agilizar e permitir o isolamento eficaz de vesículas extracelulares do leite materno humano com alta pureza.
Artigo de método
Este protocolo foi projetado para agilizar e permitir o isolamento eficaz de vesículas extracelulares do leite materno humano com alta pureza.
As vesículas extracelulares (EVs), partículas nanométricas de aproximadamente 20-1000 nm de tamanho, estão rapidamente chamando a atenção por seu potencial terapêutico. Especificamente, as vesículas extracelulares derivadas do leite materno humano (HBMDEVs) demonstraram conferir proteção em modelos experimentais de enterocolite necrosante, uma doença intestinal que afeta principalmente bebês prematuros, resultando em mortalidade de até 50%. No entanto, as técnicas tradicionais de isolamento de vesículas extracelulares, como ultracentrifugação diferencial, cromatografia de exclusão de tamanho, etc., são demoradas ou requerem instrumentação especializada, nenhuma das quais é prática no ambiente clínico. Portanto, há a necessidade de um método de isolamento simples que permita a administração reativa rápida de HBMDEVs aos pacientes. A proposta aqui é uma combinação de centrifugação do leite materno humano para remover gordura e detritos celulares, juntamente com a ultrafiltração rápida do leite desnatado restante que produz vesículas extracelulares funcionais e de alto rendimento. O uso dessa técnica pode permitir o uso de HBMDEVs como uma opção terapêutica prática no ambiente clínico.
As vesículas extracelulares (EVs) são nanopartículas onipresentes com aproximadamente 20-1000 nm de tamanho, seja por vias endossômicas (quando os corpos microvesiculares se fundem com a membrana plasmática, o que facilita a liberação de carga celular no espaço extracelular) ou vias da membrana plasmática (ou seja, brotamento). Os EVs contêm carga celular hospedeira, como lipídios, proteínas, ácidos nucléicos, vários metabólitos e outros conteúdos, dependendo de sua fonte. Além disso, os EVs são importantes na comunicação intercelular, angiogênese, imunossupressão, remodelação do microambiente tumoral, progressão do câncer, etc.1,2,3,4. Notavelmente, o leite materno humano (HBM) é rico em EV e facilmente acessível por mães lactantes5. Recentemente, as EVs derivadas do leite materno humano (HBMDEVs) têm chamado a atenção como vetores terapêuticos para o tratamento de doenças 1,2. Recém-nascidos prematuros ou de baixo peso são suscetíveis a várias infecções, incluindo enterocolite necrosante. A enterocolite necrosante, caracterizada por necrose ileal ou colônica, varia de inflamação intestinal leve a falência de múltiplos órgãos sistêmicos, com taxa de mortalidade infantil de até 50%6. O pré-tratamento com EVs derivados do leite materno é suficiente para proteger da inflamação intestinal em modelos experimentais de ECN in vitro e in vivo 2,7. Portanto, a utilização de HBMDEVs pode ser uma opção viável para o tratamento de NEC em ambientes clínicos.
Apesar da promessa terapêutica dos HBMDEVs, existem limitações conhecidas usando as técnicas de isolamento atuais, pois são demoradas ou requerem equipamentos especializados, nenhum dos quais é universalmente prático para o ambiente clínico. O "padrão ouro" do isolamento de EV envolve várias rodadas de ultracentrifugação diferencial, que, embora produza um rendimento satisfatório de EVs, pode afetar sua integridade estrutural e funcionalidade 8,9. Além disso, os tempos de ultracentrifugação podem ser de 2 h no mínimo, um recurso caro no ambiente clínico9. Os kits de isolamento provaram ser economizadores de tempo e um tanto econômicos. No entanto, o isolamento usando esses métodos também resulta em baixos rendimentos e, portanto, baixa escalabilidade. Portanto, há uma necessidade de técnicas de isolamento HBMDEV que economizem tempo e sejam econômicas, sem sacrificar o rendimento do EV.
Este protocolo visa delinear um método passo a passo de isolamento rápido de EVs da HBM usando ferramentas existentes clinicamente disponíveis e aprovadas pela FDA. Para conseguir isso, centrifugação padrão e um sistema de extensão de filtro de grau clínico foram utilizados para isolar EVs de HBM. Essas vesículas estão dentro da faixa de tamanho esperada, exibem morfologia consistente com EVs conhecidas, são enriquecidas para marcadores EV e funcionalmente semelhantes a EVs isoladas usando técnicas tradicionais de isolamento por ultracentrifugação. Assim, este protocolo de isolamento de EV da HBM pode permitir o isolamento prático e rápido e a aplicação de EVs isolados da HBM no ambiente clínico.
O leite materno foi coletado na Unidade de Terapia Intensiva Regional da Universidade do Alabama em Birmingham (UAB). As amostras eliminadas foram coletadas depois que o leite materno foi descongelado para uso da paciente, e a paciente não conseguiu ingerir toda a alimentação. Esses alimentos são normalmente descartados, mas foram coletados para fins de pesquisa. As amostras foram coletadas de indivíduos não identificados e armazenadas a -80 ° C até o momento dos experimentos. A coleção foi aprovada pelo Protocolo do Conselho de Revisão Interna da UAB N160203002. Os reagentes e os equipamentos utilizados estão listados na Tabela de Materiais.
1. Isolamento de vesículas extracelulares (ultracentrifugação diferencial)
2. Isolamento de vesículas extracelulares (método de filtração rápida)
3. Análise de rastreamento Nanosight
4. Coloração negativa de vesículas extracelulares e microscopia eletrônica de transmissão
NOTA: Amostras com concentração de exossomos na faixa de 108 foram usadas para microscopia eletrônica de transmissão (MET).
5. Concentração de proteína
6. Mancha ocidental
7. Cultura in vitro de células IEC-6
Isolamento de EVs usando ultracentrifugação e isolamento rápido
Dogmaticamente, o isolamento EV da HBM envolve centrifugação para remover a gordura do leite e outras partículas grandes, seguida de filtragem, várias rodadas de ultracentrifugação e ressuspensão da amostra enriquecida com EV em PBS. O método de filtração rápida utiliza centrifugação para remover a gordura do leite e os detritos celulares, seguido pela filtração por meio de um filtro de extensão de filtro de 0,22 μm, removendo ainda mais os detritos residuais, o que produz uma amostra enriquecida com EV comparável à ultracentrifugação tradicional (Figura 1).
Caracterização de HBMDEVs do sistema de filtragem rápida de extensão de filtro
A análise de rastreamento Nanosight revelou tamanho de partícula comparável entre HBMDEVs isolados de filtro ultracentrifugado (Figura 2A) e rápido (Figura 2B). Ambos os métodos indicam que os EVs isolados têm um tamanho médio de aproximadamente 100 nm. Os EVs carregam várias cargas (ou seja, proteínas, lipídios, miRNAs, etc.) para secreção das células hospedeiras para seus vários alvos. Portanto, a primeira proteína-alvo examinada foi a proteína de choque térmico 70 (Hsp70), uma proteína conhecida por ser transportada via EVs13. A análise de Western blot mostra que os EVs isolados usando filtração rápida mostraram expressão comparável de Hsp70, como aqueles isolados usando ultracentrifugação ( Figura 3A e Figura Suplementar 1A ). Além disso, os EVs podem ser identificados por meio da expressão superficial de tetraspaninas, como CD9 e CD6314. A análise de Western blot revelou que os EVs isolados por filtração rápida realmente expressam CD9 (Figura 3B e Figura Suplementar 2B) e CD63 (Figura 3C e Figura Suplementar 3C). Por fim, a análise morfológica de HBMDEVs via microscopia eletrônica de transmissão revelou morfologia de vesícula semelhante entre as duas técnicas de isolamento (Figura 4A-D).
Vários laboratórios mostraram que os EVs conferem propriedades protetoras que promovem a sobrevivência celular durante o estresse celular 2,3,7. Semelhante aos relatórios publicados anteriormente, os EVs isolados usando o método de filtração rápida são capazes de proteger as células epiteliais intestinais (IEC-6) da morte celular induzida por peróxido de hidrogênio2 (Figura 5A, B). Esses dados sugerem que os HBMDEVs isolados usando o método de filtração rápida não apenas possuem qualidades comparativas com aqueles isolados usando ultracentrifugação diferencial, mas também são funcionalmente semelhantes.

Figura 1: Esquema delineando as diferenças entre os métodos de ultracentrifugação e filtração rápida do isolamento de EVs do leite materno humano. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Análise de rastreamento Nanosight de EVs isolados de leite materno humano usando ultracentrifugação e método de filtração rápida. (A) NTA de EVs de leite materno humano (diluído 1:1000 em 1x PBS) isolado usando ultracentrifugação. Os dados mostrados são uma representação única de 3-4 ensaios independentes. (B) NTA de EVs de leite materno humano isolados usando filtração rápida. Os dados mostrados são uma representação única de 3-4 ensaios independentes. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Análise de Western blot de EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. (A) Exposição de um segundo de 10 μg de proteína de choque térmico 70 (Hsp70). "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras obtidas por filtração rápida foram posteriormente concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. A imagem mostrada representa um dos quatro ensaios independentes. (B) Vigésima segunda exposição de 10 μg de CD9. "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras de filtração rápida foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. A imagem mostrada representa um dos quatro ensaios independentes. (C) Vigésima segunda exposição de 10 μg de CD63. "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras de filtração rápida foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. A imagem mostrada representa um dos quatro ensaios independentes. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Análise de microscopia eletrônica de transmissão de EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. (A) Micrografia eletrônica de EVs isolados usando ultracentrifugação com ampliação de 8.000×. Barra de escala = 800 nm. A imagem mostrada representa um dos três ensaios independentes. (B) Micrografia eletrônica de EVs isoladas usando ultracentrifugação com ampliação de 20.000×. Barra de escala = 200 nm. A imagem mostrada representa um dos três ensaios independentes. (C) Micrografia eletrônica de EVs isoladas usando filtração rápida com ampliação de 8.000×. Barra de escala = 800 nm. As EVs foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. A imagem mostrada representa um dos três ensaios independentes. (D) Micrografia eletrônica de EVs isolados usando filtração rápida com ampliação de 20.000×. Barra de escala = 200 nm. As EVs foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. A imagem mostrada representa um dos três ensaios independentes. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: Análise funcional de EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. (A) Viabilidade celular de células IEC-6 cultivadas em meio RPMI-1640 completo livre de EV. As células foram tratadas durante a noite com 400 μM H2O2 e 10 μg/mL de EVs simultaneamente. Os dados mostrados representam um dos dois ensaios independentes. (B) Contagem de células IEC-6 cultivadas em meio RPMI-1640 completo sem EV. As células foram tratadas durante a noite com 400 μM H2O2 e 10 μg/mL de EVs simultaneamente. Os dados mostrados representam um dos dois ensaios independentes. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura suplementar 1: Caracterização de Western blot de Hsp70 em EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. Exposição de um segundo de 10 μg de proteína de choque térmico 70 (Hsp70). "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras de filtração rápida foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. Cada amostra representa uma única réplica biológica. Clique aqui para baixar este arquivo.
Figura suplementar 2: Caracterização de Western blot de CD9 em EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. Exposição de cinco minutos de 10 μg de CD9. "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras de filtração rápida foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. Cada amostra representa uma única réplica biológica. Clique aqui para baixar este arquivo.
Figura suplementar 3: Caracterização de Western blot de CD63 em EVs isolados usando ultracentrifugação e filtração rápida. Exposição de dez minutos de 10 μg de CD63. "L" denota escada, "U" denota ultracentrifugação e "R" denota filtração rápida. As amostras de filtração rápida foram concentradas por centrifugação a 110.000 × g por 70 min, realizada duas vezes. Cada amostra representa uma única réplica biológica. Clique aqui para baixar este arquivo.
As EVs estão chamando a atenção, pois a literatura sugere que elas podem regular vários mecanismos inflamatórios e podem oferecer benefícios protetores 2,7. No entanto, uma limitação do uso prático de EVs em ambientes clínicos é o tempo necessário para isolar EVs e extrair um rendimento suficiente 8,15. Aqui, foi delineado um protocolo passo a passo para isolamento rápido e eficiente de EVs da HBM usando um sistema de filtragem aprovado pela FDA. A utilidade desse método reduz os métodos tradicionais de isolamento de EV pela metade sem sacrificar o rendimento. Portanto, este protocolo pode permitir a aplicação terapêutica prática de EVs derivados do leite materno humano em um ambiente clínico, caso a terapia EV seja aprovada em um futuro previsível.
Os protocolos de isolamento de EV existentes demonstraram rendimento consistente e eficaz de EVs de seu fluido de origem. No entanto, os meios tradicionais de isolamento, seja o padrão-ouro, a ultracentrifugação diferencial ou o uso de kits comerciais, não são isentos de limitações. O isolamento de EVs por ultracentrifugação diferencial, embora eficaz, é demorado com protocolos que envolvem tempos de rotação combinados de no mínimo ~ 3 h 2,8,15. O tempo de isolamento combinado com protocolos para quantificar adequadamente os números de EV tornaria seu uso sob restrições de tempo em um ambiente clínico desafiador. Além disso, os kits comerciais, embora eficazes, são caros. Além disso, o número de amostras que podem ser processadas por kit é baixo, dado o alto custo desses kits 8,15.
Este protocolo oferece uma solução para essas limitações que economiza tempo e dinheiro sem sacrificar o rendimento ou a pureza do EV. Para que este protocolo seja eficaz, existem etapas importantes que devem ser seguidas ao realizar o protocolo. A diluição e centrifugação inicial do leite materno humano são necessárias para a remoção de detritos extracelulares e gordura do leite da amostra de leite. A remoção desses detritos é fundamental para evitar o entupimento do sistema de extensão do filtro e, assim, evitar o uso de vários filtros para uma amostra. Além disso, lavar o sistema de extensão do filtro com PBS é fundamental, pois prepara o filtro em preparação para a amostra. A preparação ajuda a garantir que a amostra não seja perdida durante o processo de preparação. Deve-se notar que, dependendo do conteúdo da amostra de leite materno, pode ser necessário mais de um conjunto de extensão de filtro, independentemente da diluição e centrifugação da amostra antes da filtração. Caso isso ocorra, mais de um filtro pode ser usado; no entanto, o novo conjunto de extensão de filtro precisa ser preparado antes da filtração da amostra.
Este protocolo é eficaz e consistente no isolamento de EVs do leite materno humano, no entanto, existem algumas limitações a serem consideradas. As etapas da centrífuga (~ 20 min de tempo total entre as duas rotações) antes da filtração da amostra são necessárias. As tentativas de filtrar a amostra diluída sem centrifugação levarão ao entupimento repetido do sistema de extensão do filtro, perda de amostra e adicionarão tempo adicional ao protocolo de isolamento EV. Além disso, a amostra não era pura, como evidenciado pela análise NTA e TEM. As tentativas de usar amostras que não foram centrifugadas antes da filtração podem introduzir contaminantes indesejados na amostra, o que pode produzir efeitos fora do alvo, dependendo da futura aplicação a jusante de EVs isolados. Além disso, este protocolo só foi implementado no que diz respeito ao isolamento de EVs do leite materno humano. Portanto, a eficácia deste protocolo no isolamento de EVs de outros fluidos não foi investigada. Dada a natureza aquosa de todos os fluidos corporais, não se prevê que haja diferenças na pureza e no rendimento dos EVs se este protocolo for usado para isolar EVs de outras fontes.
Deve-se notar também que este protocolo é eficiente no isolamento de pequenas vesículas extracelulares (sEV). De acordo com a NTA, os EVs derivados de HBM tinham ~ 100 nm de tamanho, sugerindo que EVs maiores não estavam presentes na amostra. A razão é que as amostras foram filtradas usando um filtro de 0,22 μm, que é usado principalmente para o isolamento de exossomos e outros EVs menores, um foco principal do laboratório no momento deste estudo. Em teoria, a utilização de um filtro com tamanhos de poros maiores pode permitir o isolamento de EVs maiores. No entanto, essas questões estão além do escopo do presente estudo.
Os EVs derivados do leite materno humano representam uma fonte terapêutica natural que é facilmente acessível para uso clínico. Uma limitação para trazer o trabalho de EV para o ambiente clínico é isolar EVs em um método prático que qualquer instalação poderia usar. Este protocolo foi projetado para superar essa limitação e pode ser facilmente aplicado no ambiente hospitalar e implementado usando um sistema de filtragem de nível hospitalar existente, aprovado pela FDA, disponível comercialmente ou pode ser adquirido por muito menos do que a ultracentrífuga padrão. Este método é econômico e produz uma amostra pura e rica em EV a partir de um sistema de filtragem que já é usado no ambiente clínico.
O(s) autor(es) declara(m) não ter potenciais conflitos de interesse com relação à pesquisa, autoria e/ou publicação deste artigo.
Imagens e figuras foram geradas usando biorender.com. A pesquisa relatada nesta publicação foi apoiada pelo UAB High Resolution Imaging Facility. Este trabalho foi apoiado pelo NIH / NICHD 5R21HD104481.
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| (H+L) Anti-mouse conjugado com HRP | Bio-Rad | 1721011 | |
| (H+L) Anti-coelho conjugado com HRP | Bio-Rad | 1706515 | |
| Filtro de seringa 0,20 | Fisherbrand | 09-719C | |
| Filtro de célula μm 0,70 | Corning | 431751 | |
| Tris HCL de 1,5 m | Fabricado internamente | ||
| Tubos de 15 mL | Falcon | 352096 | |
| Conjunto de extensão de filtro de 16 polegadas | B-BRAUN | FE2012F | |
| 1M Tris HCL | Teknova | T1068 | |
| 1x PBS | Gibco | 10010-031 | |
| Tubos de 50 mL | Falcon | 353070 | |
| Buffer de Amostra Reduzida 5x | Termo Científica | 39000 | |
| Acilamida | Fisher Scientifc | BP1410-1 | |
| Anfotericina B | Gibco | 15290-018 | |
| Câmera AMT NanoSprint43 Mark-II | AMT | ||
| Anti-Anti | Gibco | 15240-062 | |
| Anti-CD63 | Novusbio | NBP2-32830 | |
| Anti-CD9 | Invitrogen | 10626D | |
| APS | Termo Científica | 17874 | |
| Kit de Ensaio de Proteína BCA | Pierce | 23227 | |
| Tubos Beckman | Beckman coulter | 344059 | |
| BrightStar ECL Quimioluminescente | Alkali Scientific | XR92 | |
| FBS Exossomo Esgotado | Fisher Scientific | NC0464480 | |
| Buffer de Bloqueio Rápido | Pierce | 37575 | |
| Soro Fetal Bovino | Tecnologias de Vida | 10082147 | |
| Hsp70 | Invitrogen | MA3-006 | |
| Insulina humana | Sigma-Aldrich | I9278-5ML | |
| Peróxido de hidrogénio | Fisher Scientific | H325-500 | |
| IEC-6 | ATCC | CRL-1592 | |
| JEOL 1400 FLASH TEM | JEOL USA Inc | ||
| Buffer de amostra que reduz marcadores de faixa | Termo Científica | 39000 | |
| Leite em pó | Bioworld | 30620074-1 | |
| Nanosight NS 300 | Malvern Instruments Ltd. | ||
| Membrana de nitrocelulose | Tecnologias de vida | 88018 | |
| Aparelho de descarga PELCO easiGlow | Ted Pella | ||
| Mini comprimidos inibidores de protease | Pierce | A32955 | |
| Buffer RIPA | Pierce | 89901 | |
| RPMI 1640 | Fisher Scientifc | 11875119 | |
| SDS | Fisher Scientifc | BP2436-200 | |
| Frasco T-25 | Termo Científica | 156367 | |
| TBS | Fabricado internamente | ||
| TEMED | Bio-Rad | 161-0801 | |
| Tripsina EDTA | Gibso | 25200-056 | |
| Tween 20 | Termo Científica | J20605-AP |