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O muco desempenha um papel crítico na manutenção da homeostase intestinal, facilitando a digestão, formando uma barreira contra micróbios e regulando as respostas imunológicas no intestino. Sua secreção é modulada por vários fatores intrínsecos e extrínsecos, incluindo infecções microbianas e inflamação. Embora os métodos tradicionais de análise de muco dependam de quantificação relativa, como medir a espessura do muco em cortes histológicos, essas abordagens fornecem informações limitadas sobre o volume real e a distribuição espacial do muco secretado no lúmen intestinal. Aqui, apresentamos uma metodologia detalhada para a quantificação absoluta e tridimensional do muco usando tecidos intestinais de montagem total e microscopia multifóton. Este protocolo inclui a preparação de alças intestinais ligadas, tratamento com cloreto de carbamoilcolina como estímulo para ativação de células caliciformes, fixação tecidual e coloração para imagem. Usando microscopia multifóton, adquirimos imagens empilhadas em Z da superfície luminal. Estes são processados no software Imaris para quantificar o volume e a distribuição espacial do muco secretado. Demonstramos que o cloreto de carbamoilcolina induz de forma robusta a secreção de muco nos tecidos ileal e colônico em 30 minutos. O muco secretado aparece de maneira esporádica e descontínua em todo o lúmen, ressaltando a importância da análise volumétrica em relação às abordagens bidimensionais tradicionais. Este protocolo permite aos pesquisadores obter dados quantitativos absolutos e visualizar a distribuição do muco in situ, oferecendo uma ferramenta poderosa para estudar a dinâmica do muco intestinal em condições fisiológicas e patológicas.