Artigo de método

Investigando o mecanismo de modulação de LINC00511 mediada por β-elemeno para suprimir a resistência à cisplatina no câncer de pulmão

DOI:

10.3791/68825

19 de agosto de 2025

Neste artigo

Resumo

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A resistência à cisplatina (DDP) limita a eficácia da quimioterapia no câncer de pulmão. Este estudo teve como objetivo elucidar como o β-Elemene(β-Ele) reverte a resistência em células A549/DDP por meio da regulação negativa de LINC00511. Análises in vitro e de RNA-seq mostraram que essa regulação inibe a glicólise aeróbia e a sinalização Wnt/β-catenina, oferecendo uma estratégia potencial para superar a quimiorresistência.

Resumo

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A resistência à cisplatina limita significativamente a eficácia da quimioterapia no câncer de pulmão de células não pequenas, necessitando do desenvolvimento de novas estratégias para superar essa barreira. Este estudo in vitro teve como objetivo elucidar o mecanismo pelo qual o β-Ele reverte a resistência à cisplatina em células de adenocarcinoma de pulmão por meio das vias de sinalização da glicólise mediada por LINC00511 e Wnt/β-catenina. A linhagem celular de adenocarcinoma de pulmão humano resistente à cisplatina (A549/DDP), com superexpressão ou knockdown LINC00511, foi estabelecida por meio de transfecção de plasmídeo. A eficiência de transfecção foi avaliada usando a Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa Quantitativa (qRT-PCR) para detectar níveis de expressão LINC00511. A avaliação por meio do ensaio de 5-etinil-2'-desoxiuridina (EdU) indicou inibição significativa mediada por β-E da proliferação de células A549 / DDP. Uma análise adicional de RNA-seq revelou que o efeito inibitório do β-Elemene na resistência à cisplatina estava intimamente associado à interferência da glicólise celular e à supressão da ativação da via de sinalização Wnt / β-catenina. A análise de Western blot de proteínas-chave, incluindo o transportador de glicose 1 (GLUT1), piruvato quinase M2 (PKM2), lactato desidrogenase A (LDHA), β-catenina e glicogênio sintase quinase 3β (GSK-3β), mostrou que o β-Elemene reverteu a resistência à cisplatina inibindo a glicólise aeróbica e bloqueando a ativação da via de sinalização Wnt/β-catenina por meio da regulação negativa da LINC00511. Coletivamente, esses resultados demonstram que o β-Elemene supera a resistência à cisplatina no câncer de pulmão, visando a LINC00511 e sua via aeróbica associada à glicólise / Wnt / β-catenina. Isso estabelece uma estrutura teórica para futuras investigações pré-clínicas e clínicas, ao mesmo tempo em que revela potenciais alvos terapêuticos.

Introdução

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Entre os tumores malignos em todo o mundo, o câncer de pulmão apresenta taxas de incidência e letalidade excepcionalmente altas, caracterizadas pela transformação maligna e crescimento invasivo de células epiteliais brônquicas 1,2. Com base nas características histopatológicas, o câncer de pulmão é categorizado como carcinoma de células não pequenas (NSCLC) ou carcinoma de pequenas células (CPPC)3. Vale ressaltar que o CPCNP representa cerca de 85% do total de casos de câncer de pulmão 4,5. Como padrão quimioterápico de primeira linha para CPCNP, a cisplatina (DDP) é clinicamente indispensável6. No entanto, observações clínicas revelaram que as células tumorais podem desenvolver resistência a medicamentos por meio de múltiplos mecanismos, envolvendo principalmente a ativação de vias de escape imunológico, mutações em genes-alvo de drogas e desregulação das vias do metabolismo de drogas 7,8,9.

RNAs longos não codificantes (lncRNA) representam transcritos > 200 nucleotídeos (nt) que não possuem capacidade de codificação de proteínas10. Evidências acumuladas indicam que o lncRNA pode reverter a resistência à cisplatina em células tumorais por meio de vários mecanismos, como funcionar como RNAs endógenos concorrentes (ceRNAs) para esponjar miRNAs e liberar seus genes-alvo11, modulando as vias de sinalização da apoptose12, participando do reparo de danos ao DNA13 e regulando a autofagia celular14. Além disso, com o avanço da pesquisa sobre a reprogramação metabólica do tumor, surgiram evidências substanciais demonstrando que o lncRNA desempenha um papel regulador crítico nesse processo. O efeito Warburg, denotando glicólise aeróbia, constitui uma característica metabólica fundamental das células malignas15. Ele não apenas fornece energia para a rápida proliferação celular, mas também gera metabólitos intermediários que servem como precursores para a biossíntese, apoiando a síntese de proteínas e lipídios para atender às demandas do crescimento de tumores malignos16. No câncer de pulmão, foi confirmado que o lncRNA influencia significativamente a progressão tumoral e a resistência à quimioterapia, regulando a via da glicólise aeróbica17,18.

Dentre estes, o LINC00511, uma molécula de lncRNA amplamente estudada nos últimos anos, tem sido relatado como intimamente associado à iniciação e desenvolvimento de vários tumores malignos19. Essas descobertas não apenas elucidam os mecanismos específicos do envolvimento do lncRNA na reprogramação metabólica do tumor, mas também fornecem uma base teórica para estratégias de tratamento de tumores direcionados ao lncRNA, abrindo potenciais caminhos terapêuticos.

Derivado dos rizomas de Curcuma zedoaria, o β-Ele é um sesquiterpenóide bioativo com eficácia antitumoral estabelecida. Nossos estudos anteriores demonstraram que o β-Ele atua como um inibidor seletivo da via de sinalização PI3K / Akt / mTOR e produz um efeito sinérgico com a cisplatina, visando o metabolismo do tumor. Ele suprimiu significativamente o crescimento do tumor no modelo de xenoenxerto de camundongo NSCLC20. Investigações subsequentes demonstram a capacidade do β-Ele de atenuar a glicólise aeróbica em células NSCLC por meio da modulação do eixo de sinalização miR-301a-3p/AMPKα, resultando em resultados oncostáticos21. Com base em nossas descobertas anteriores, confirmamos que a LINC00511 atenua a resistência à cisplatina no câncer de pulmão; no entanto, o mecanismo molecular exato de ação ainda precisa ser totalmente elucidado.

Considerando o papel fundamental da glicólise aeróbica na reprogramação metabólica do tumor e o papel crítico da LINC00511 no desenvolvimento e progressão do tumor, este estudo tem como objetivo investigar se o β-Ele pode reverter a resistência à cisplatina no câncer de pulmão, modulando a via da glicólise aeróbica mediada por LINC00511.

Evidências anteriores indicam que β-Ele pode reverter a resistência à cisplatina e aumentar seus efeitos antitumorais, ativando as vias apoptóticas22, regulando a secreção de exossomos23 e interrompendo o ciclo celular24. No entanto, esses mecanismos conhecidos geralmente exibem efeitos amplos e carecem de regulação precisa de alvos moleculares específicos, limitando assim sua traduzibilidade clínica. Portanto, há uma necessidade urgente de explorar novas estratégias que sejam mais direcionadas, tenham mecanismos bem definidos e demonstrem forte potencial de tradução clínica para superar a resistência à cisplatina. Em contraste com pesquisas anteriores que enfatizam as ações biológicas imediatas do β-Ele, este estudo caracteriza o impacto do β-Ele no metabolismo de Warburg e na via de sinalização Wnt / β-catenina em células A549 / DDP por meio da regulação de vias moleculares mediadas por lncRNA, com o objetivo de elucidar um novo mecanismo subjacente à sua reversão da quimiossensibilização no câncer de pulmão. Este artigo não apenas revela uma nova abordagem para o β-Ele reverter a quimiorresistência visando o lncRNA, mas também fornece uma nova base teórica e possíveis alvos de intervenção para o tratamento clínico do câncer de pulmão. Esses achados, por meio de sua elucidação detalhada de um alvo molecular específico (LINC00511) e das principais vias de sinalização (Warburg e Wnt / β-catenina), demonstram um potencial translacional clínico significativamente aprimorado. Espera-se que eles forneçam uma base científica sólida para melhorar a sensibilidade à quimioterapia em pacientes com câncer de pulmão e melhorar sua qualidade de vida, bem como avançar no desenvolvimento de estratégias de tratamento de precisão para câncer de pulmão.

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Protocolo

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1. Preparação de solvente

  1. Preparação de solução média para células A549 / DDP: Cultive células A549 / DDP no meio completo F-12K de Ham (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes), suplementado com 10% de soro fetal bovino (FBS, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes), solução de penicilina-estreptomicina a 1% (P / S, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) e 2 μg / mL de cisplatina (DDP, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes).
    1. Preparação da Solução Completa de Meio: Prepare uma solução completa de meio adicionando 50 mL de FBS e 5 mL de P/S a 500 mL de meio F-12K da Ham, seguido de uma mistura completa.
    2. Preparação de solução média completa contendo cisplatina: Pese 1 mg de pó de cisplatina (DDP, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) e dissolva-o em 1 mL de água bidestilada (ddH2O) para preparar a solução estoque. Adicionar 200 μL da solução-mãe a 100 ml de meio completo (preparado de acordo com o passo 1.1.1) e misturar bem para preparar uma solução de trabalho de meio completo contendo 2 μg/ml de cisplatina.
      NOTA: Como a cisplatina é uma substância citotóxica, execute todos os procedimentos em uma capela ou cabine de biossegurança e use equipamentos de proteção, como luvas, jalecos e óculos de proteção.
  2. Solução de administração de β-Ele: A concentração do medicamento utilizada neste estudo foi baseada nos resultados de experimentos anteriores conduzidos por nossa equipe de pesquisa20,21. Dissolva 1 mg de β-Ele (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) em 20 μL de dimetilsulfóxido (DMSO, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) para preparar a solução estoque. Diluir a solução-mãe a 25 ml utilizando meio completo para obter uma solução de trabalho de 40 μg/ml β-Ele.
    NOTA: Como o DMSO pode aumentar a absorção de outras substâncias através da pele, execute todas as etapas da operação em uma capela ou cabine de biossegurança e use equipamentos de proteção, como luvas, roupas de laboratório e óculos de proteção.

2. Cultura celular 

  1. Use a linha celular de adenocarcinoma de pulmão humano resistente à cisplatina (A549 / DDP, Procell, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) neste estudo. Confirme se esta linha celular foi identificada por análise de repetição curta em tandem (STR) e combinada com sucesso com linhagens padrão no ATCC e em outros bancos de dados.
    1. Para o método de análise STR, colete aproximadamente 1 x 106 células e extraia o DNA genômico usando um kit comercial de extração de DNA (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes).
    2. Empregue um sistema STR multiplex validado adequado para tipagem de DNA para amplificar 20 loci STR junto com o locus determinante de gênero. Realize a amplificação por PCR nas seguintes condições de ciclagem térmica: desnaturação inicial a 95 ° C por 2 min, seguida por 29 ciclos de desnaturação a 94 ° C por 30 s, recozimento a 59 ° C por 45 s e extensão a 72 ° C por 45 s, com uma etapa final de extensão a 72 ° C por 10 min.
    3. Analise os produtos de PCR resultantes por eletroforese capilar usando um analisador genético automatizado de acordo com as instruções do fabricante. Aqui, a tipagem de alelos foi realizada usando um software de análise de fragmentos (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes), com um limite de detecção de pico definido em 150 Unidades de Fluorescência Relativa (RFU).
      NOTA: O perfil STR de 20 locus gerado foi comparado com os perfis de referência de linhagens celulares A549 / DDP disponíveis em bancos de dados públicos. Uma taxa de correspondência superior a 80% foi considerada indicativa de homologia. A ausência de picos alélicos estranhos confirmou ainda mais a ausência de contaminação cruzada.
  2. Recupere as células do nitrogênio líquido e coloque-as em banho-maria a 37 ° C para descongelamento rápido até que o líquido esteja completamente derretido. Transfira a suspensão celular para um tubo de centrifugação de 5 mL, adicione dois volumes de solução média completa e ressuspenda suavemente a mistura. Após centrifugação (358 × g, 5 min, temperatura ambiente), rejeitar cuidadosamente o sobrenadante.
    NOTA: Ao usar tubos de criopreservação de células de nitrogênio líquido, use luvas anticongelantes e óculos de proteção ou máscara facial e não fique de frente para a boca do tubo.
  3. Ressuspenda o pellet celular em 1 mL de meio completo com pipetagem suave e, em seguida, dilua a suspensão para 10 mL adicionando 9 mL de meio completo. Semear as células em placas de cultura de células de 100 mm e cultivá-las numa incubadora (ver Tabela de Materiais para mais pormenores) a 37 °C e 5% de CO2. A razão de passagem celular foi mantida entre 1:2 e 1:3.
    NOTA: A cisplatina é um medicamento quimioterápico de platina com citotoxicidade. Neste método, as células A549 / DDP são cultivadas com meio contendo cisplatina. Portanto, colete o meio de cultura residual contendo cisplatina em um barril especial de líquido residual e envie-o regularmente para a empresa de tratamento de resíduos perigosos para descarte profissional.

3. Transfecção de plasmídeo 

  1. Empregue uma construção de plasmídeo para superexpressão de LINC00511 e um LINC00511 de direcionamento de siRNA específico do gene (ID do gene: 400619; ID do transcrito: NR_033876.1) para transfecção celular. As sequências de siRNA utilizadas são fornecidas na Tabela 1.
sequências de siRNA
NomeSentido 5'-3'Antisense 5'-3'
LINC00511-Homo-1625
CAGCUGUGAACUUCCUUUATT
UAAAGGAAGUUCACAGCUGTT

Tabela 1: lista de sequências de siRNA

  1. Selecione aleatoriamente as células A549/DDP que foram passadas para a terceira geração após a ressuscitação e inocule-as uniformemente em placas de 6 poços a uma densidade de 1 x 105 células/poço. Cada poço foi numerado aleatoriamente e os poços foram atribuídos a grupos experimentais com base nesses números aleatórios.
  2. Transfecte as células usando um reagente de transfecção (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) quando sua densidade atingir aproximadamente 70%.
    1. Prepare a solução de transfecção de siRNA.
      1. Misture 250 μL de meio essencial mínimo otimizado (Opti-MEM, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) com 5 μL de reagente de transfecção, vortex suavemente 3–5x para garantir a homogeneidade e incube em temperatura ambiente por 5 min.
      2. Dilua 5 μL de siRNA (50 nM) em 250 μL de Opti-MEM, vortex suavemente 3–5x para misturar bem. Combine o reagente de transfecção diluído com a solução de siRNA e incube em temperatura ambiente por 20 min para formar o complexo de transfecção de siRNA.
    2. Preparar a solução de transfecção de plasmídeo.
      1. Misture 250 μL de Opti-MEM com 5 μL de reagente de transfecção, bata suavemente 3–5x para garantir a homogeneidade e incube em temperatura ambiente por 5 min.
      2. Dilua 2 μg de plasmídeo em 250 μL de Opti-MEM, suba suavemente 3–5x para garantir uma mistura completa. Combine o reagente de transfecção diluído com a solução de plasmídeo e incube em temperatura ambiente por 20 min para preparar a solução de transfecção de plasmídeo.
      3. Adicione a solução de transfecção de siRNA e a solução de transfecção de plasmídeo às placas de 6 poços, respectivamente. Adicione 1.500 μL de meio completo a cada poço. Misture delicadamente as placas celulares antes e depois da adição para garantir uma distribuição uniforme. Incubar as placas a 37 °C, 5% de CO2 durante 24 h após a transfecção antes da análise.

4. Detecção da eficiência da transfecção por Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa Quantitativa (qRT-PCR)

NOTA: Retire as células após a transfecção por 24 h na etapa 3.3 para detecção de qRT-PCR de acordo com o procedimento a seguir. Todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).

  1. Extração de RNA
    1. Use um kit de extração de RNA ultrapuro (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Descarte o meio na placa de 6 poços de acordo com as instruções do kit e lave as células com PBS. Em seguida, adicione 500 μL de solução reagente de lise à base de fenol-guanidina a cada poço, sopre suavemente as células com a ponta da pistola para suspendê-las totalmente e transfira a mistura para um tubo de centrífuga. Deixe agir por 5 minutos para garantir a lise completa da amostra celular.
    2. Adicione 100 μL de reagente de lise de isotiocianato de fenol-guanidina, agite bruscamente por 15 s e deixe por 2 min em temperatura ambiente. Por fim, aspirar cuidadosamente a fase aquosa superior, transferi-la para a coluna de adsorção e centrifugar a 13.400 x g durante 10 min a 4 °C.
    3. Ligar o RNA à membrana de sílica gel. Lave-o com Buffer RW1 e Buffer RW2 para remover proteínas. Posteriormente, adicione DNase I para digerir o DNA residual e realize uma lavagem secundária com Buffer RW2 para garantir a remoção completa das impurezas. Finalmente, colete amostras de RNA eluindo RNA com água livre de RNase e centrifugando a 13.400 x g por 1 min.
  2. Meça a concentração de RNA.
    1. Coloque cada 1,5 μL de sample solução de RNA em um detector de ácido micronucleico (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) e leia os valores A260 / A280.
      NOTA: Se os valores medidos de A260 / A280 estiverem dentro da faixa de 1,8 a 2,0 e a concentração de RNA estiver entre 20 ng / μL e 200 ng / μL, isso indica que a qualidade do RNA é aceitável e pode ser usada para experimentos subsequentes.
    2. Com base nas medições, dilua a solução de RNA com água de dietilpirocarbonato (DEPC) para garantir concentrações consistentes de RNA para todas as amostras, usando a concentração mínima de RNA medida como referência, seguida de experimentos de PCR.
  3. Transcrição reversa de RNA
    1. Use o RNA total extraído como modelo e sintetize o cDNA de acordo com as instruções do kit de transcrição reversa (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Prepare o sistema de reação de acordo com os requisitos do kit.
    2. Adicione a solução de RNA extraída e o sistema de reação a um tubo de oito fileiras e defina dois poços replicados em cada grupo. Iniciar a reação com condições sequenciais: 15 min de incubação a 37 °C, 5 s de desnaturação por calor a 85 °C, 5 min de arrefecimento a 4 °C.
  4. Reação de PCR
    1. Realize a amplificação de PCR em um sistema de PCR quantitativo de fluorescência em tempo real (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) usando a mistura mestre de PCR pré-misturada baseada em SYBR Green (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Use GADPH como gene de referência, com sequências de primer listadas na Tabela 2, e prepare a mistura de reação da seguinte forma: adicione sequencialmente 0,4 μL do primer correspondente, 2 μL de molde de cDNA e a mistura de reação a um tubo de tira de oito poços para atingir o volume final da reação.
    2. Execute a amplificação de PCR: 95 °C 30 s (1 ciclo), 95 °C 5 s (40 ciclos), 60 °C 20 s (40 ciclos). Calcular os níveis de expressão relativa dos genes-alvo utilizando o método 2 -ΔΔCt 25. Repita independentemente todos os experimentos três vezes para garantir a confiabilidade dos dados.
      NOTA: Os resíduos químicos gerados durante os procedimentos experimentais devem ser coletados em recipientes de resíduos perigosos designados e descartados por serviços certificados de gerenciamento de resíduos perigosos de acordo com as políticas institucionais.
Sequências de primers
CartilhaSequência (5'-3')
humano-LINC00511-FTTTCCCAGCACAGCTCAATC
humano-LINC00511-RTCCCTTCTCCCTCGGTCA
GAPDH-FAATCCCATCACCATCTTCCA
GAPDH-RAAATGAGCCCCAGCCTTCT

Tabela 2: Sequências de primers para ensaios de PCR

5. Detecção de EdU

  1. Avalie o efeito da expressão alterada de LINC00511 na proliferação de células A549 / DDP usando um kit de ensaio EdU (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes).
    1. Selecione aleatoriamente as células A549/DDP que foram passadas para a terceira geração após a ressuscitação e inocule-as uniformemente em placas de 24 poços a uma densidade de 2 x 104 células/poço.
      NOTA: Aqui, todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).
    2. Numere aleatoriamente cada poço e atribua os poços a um dos quatro grupos experimentais com base nestes números aleatórios: grupo controle, grupo β-Ele, grupo β-Ele + LINC00511 superexpressão (β-Ele + OV-LINC00511) e grupo β-Ele + LINC00511 knockdown (β-Ele + si-LINC00511).
  2. Quando a densidade celular atingir aproximadamente 70%, execute a transfecção de plasmídeo e o tratamento de interferência de acordo com a etapa 3.3. Após 24 h de transfecção, descartar o meio original e adicionar 1 mL de solução de meio contendo β-Ele (40 μg/mL) a cada poço do grupo de tratamento medicamentoso.
  3. Incubar as células com EdU para marcação após tratá-las com 40 μg/mL de β-Ele por 24 h. Em seguida, fixe as células com paraformaldeído a 4% por 10 min e permeabilize-as com Triton X-100 a 0,5%.
  4. Adicione a solução de reação click (preparada dissolvendo um frasco do reagente Click Additive fornecido pelo kit em 1,3 mL de água deionizada com mistura completa) no escuro e mantenha a reação no escuro por 30 min. Lave as células com PBS após a conclusão da reação, seguida de coloração de Hoechst por 5 min. Por fim, observe os resultados por meio de microscopia de fluorescência (Figura 1 e Figura 2).
    NOTA: O DMSO é altamente permeável e um líquido inflamável. Nesse esquema, a solução de administração β-Ele contém DMSO. Portanto, colete a solução de administração β-Ele em um barril especial de resíduos líquidos após o uso e entregue-a à empresa de tratamento de resíduos perigosos para descarte profissional regularmente.

6. Detecção do teor de glicose 

NOTA: Todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).

  1. Selecione aleatoriamente as células A549/DDP que foram passadas para a terceira geração após a ressuscitação e inocule-as uniformemente em placas de 6 poços a uma densidade de 1 x 105 células/poço. Numere aleatoriamente cada poço e atribua os poços a grupos experimentais com base nesses números aleatórios.
  2. Quando a densidade celular atingir aproximadamente 70%, prossiga com a transfecção e interferência do plasmídeo conforme descrito na etapa 3.3. Após 24 h de transfecção, trate as células dos grupos tratados com 40 μg/mL de β-Ele.
  3. Após 24 h de tratamento medicamentoso, colete o meio de cultura superior das células e centrifugue-o a 1000 × g por 5 min. Colete o sobrenadante. De acordo com as instruções do kit de teste de glicose (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes), prepare a solução de reação e misture-a bem com o sobrenadante.
  4. Coloque as amostras em placas de 96 poços com cinco poços replicados por grupo. Agite suavemente as placas e incube-as a 37 °C durante 10 min. Meça a absorvância de cada alvéolo usando um leitor de microplacas no comprimento de onda de 505 nm e calcule o teor de glicose usando a fórmula fornecida no kit de teste:
    figure-protocol-1
    Aqui,padrão C = 5,55 mmol / L, N = fator de diluição.
    NOTA: Os resíduos químicos gerados durante os procedimentos experimentais devem ser coletados em recipientes de resíduos perigosos designados e descartados por serviços certificados de gerenciamento de resíduos perigosos de acordo com as políticas institucionais.

7. Detecção de teor de ácido lático 

NOTA: Todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).

  1. Selecione aleatoriamente as células A549 / DDP que foram passadas para a terceira geração após a ressuscitação e inocule-as uniformemente em placas de 6 poços (1 × 105 células / poço). Numere aleatoriamente cada poço e atribua os poços a grupos experimentais com base nesses números aleatórios. Quando a densidade celular atingir aproximadamente 70%, prossiga com a transfecção e interferência do plasmídeo conforme descrito na etapa 3.3. 24 h após a transfecção, tratar as células dos grupos tratados com 40 μg/mL de β-Ele.
  2. Após 24 h de tratamento medicamentoso, colete o meio de cultura superior das células e centrifugue-o a 1000 x g por 5 min. Colete o sobrenadante. De acordo com as instruções do kit de teste de ácido lático (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes), prepare a solução de reação e misture-a bem com o sobrenadante.
  3. Adicione um total de 250 μL de amostra a cada poço de uma placa de 96 poços, definindo cinco poços replicados para cada grupo. Agite suavemente a placa e incube-a a 37 °C durante 10 min. Meça a absorvância de cada poço em um comprimento de onda de 530 nm usando um leitor de microplacas (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) e calcule o teor de lactato usando a fórmula fornecida no kit de teste:
    figure-protocol-2
    Aqui, padrão C = 3 mmol / L, N = fator de diluição.
    NOTA: Os resíduos químicos gerados durante os procedimentos experimentais devem ser coletados em recipientes de resíduos perigosos designados e descartados por serviços certificados de gerenciamento de resíduos perigosos de acordo com as políticas institucionais.

8. RNA-seq em massa

  1. Estabelecer um banco de dados de exemplo
    1. Selecione as células A549/DDP para o experimento e divida-as nos seguintes grupos: grupo controle, grupo DDP, grupo β-Ele (40 μg/mL) + grupo DDP (48 μM), grupo β-Ele+ DDP + OV-LINC00511 e grupo β-Ele + DDP +si-LINC00511. Inclua 3 amostras em cada grupo.
    2. Extraia o RNA total de cada grupo de células. Use um kit de isolamento de mRNA baseado em esferas magnéticas (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) para enriquecer o mRNA eucariótico, no qual as esferas revestidas com Oligo (dT) se ligam seletivamente às caudas poli (A) do mRNA por meio do emparelhamento de bases A-T. Adicione tampão de fragmentação (1 μL / μg de RNA, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes) e incube a 94 ° C por 7 min para fragmentar o mRNA em segmentos curtos.
    3. Prossiga com a síntese de cDNA de primeira fita usando primers hexâmeros aleatórios de acordo com as instruções do fabricante. Para a síntese de cDNA de segunda fita, adicione quantidades apropriadas de tampão de reação, RNase H e DNA polimerase I para completar o processo.
    4. Realize o reparo final e o cauda A no cDNA de fita dupla por incubação a 25 ° C por 30 min (reparo final), imediatamente seguido por 72 ° C por 30 min (cauda A). Ligue adaptadores de sequenciamento para os fragmentos reparados no final.
    5. Purifique e selecione o tamanho dos produtos ligados usando esferas de sílica magnética modificadas com carboxila (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Finalmente, construa a biblioteca de sequenciamento por amplificação de PCR.
    6. Após a preparação da amostra, analise a biblioteca de sequenciamento na plataforma DNBSEQ-T7 (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Carregue a amostra em um chip de microarray Patterned Array para sequenciamento.
      NOTA: O instrumento coletou, leu e identificou sinais ópticos usando um sistema de imagem de alta resolução para determinar as informações de sequência de bases individuais. Posteriormente, execute ciclos de sequenciamento adicionais para obter a sequência das bases a seguir. Após vários ciclos, os dados brutos de sequenciamento foram gerados.
  2. Análise de bioinformática
    1. Sequencie as amostras na máquina para obter os dados brutos, também conhecidos como dados fora da máquina. Além disso, processe os dados de sequenciamento usando fastp (v 0.21.0). Remova leituras contendo sequências de adaptadores de 3' e elimine leituras de baixa qualidade com uma pontuação de qualidade média abaixo de Q20 como parte dos critérios primários de filtragem. Realize todas as análises downstream com base nos dados limpos e de alta qualidade.
      NOTA: Realize a filtragem inicial de dados de sequenciamento usando fastp. Consulte a documentação oficial para conjuntos de dados transcriptômicos (https://github.com/OpenGene/fastp#rna-seq-processing) para os parâmetros de linha de comando específicos.
    2. Use o FastQC (v 0.12.0) para avaliar a qualidade dos dados de sequenciamento limpos. Os requisitos de qualidade são os seguintes: pelo menos 90% das bases devem ter um índice de qualidade superior a Q20, e a porcentagem de sequências adaptadoras restantes não deve exceder 1%. Os dados que atendem a esses critérios são considerados qualificados e podem ser usados para análise downstream.
      NOTA: Avalie a qualidade dos dados de sequenciamento limpos usando o FastQC, seguindo as diretrizes oficiais (https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/).
  3. Análise de expressão gênica
    1. Use o software DESeq2 para realizar a análise de expressão diferencial entre os dois grupos de comparação.
      1. Primeiro, insira os dados no software para construir um conjunto de dados DESeq. Em seguida, filtre os genes com uma contagem total inferior a 10 em todas as amostras.
      2. Finalmente, conduza a análise diferencial do gene e extraia os resultados. As condições para a triagem de genes diferencialmente expressos são as seguintes: a mudança de dobra na expressão |log2FoldChange| > 1, e a significância padj ≤ 0,05.
        NOTA: Para obter etapas detalhadas de operação do software DESeq2, consulte as etapas detalhadas no site oficial website: https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html.

9. Detecção de alterações no nível de expressão de proteínas por Western blot (WB) 

NOTA: Todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).

  1. Realize Western blotting para quantificar os níveis de expressão de proteínas celulares.
    1. Selecione aleatoriamente as células A549/DDP que foram passadas para a terceira geração após a ressuscitação e inocule-as uniformemente em placas de 6 poços a uma densidade de 1 x 105 células/poço.
    2. Numere aleatoriamente cada poço e atribua os poços a um dos seis grupos experimentais com base nestes números aleatórios: Controle, β-Ele, OV-LINC00511, si-LINC00511, β-Ele + OV-LINC00511 e β-Ele + si-LINC00511.
    3. Quando a densidade celular atingir aproximadamente 70%, execute a transfecção e interferência do plasmídeo conforme descrito na etapa 3.3. Após 24 h de transfecção, expor o grupo de tratamento ao β-Ele (40 μg/mL), enquanto fornece meio fresco ao grupo controle. Cultive ambos os grupos por mais 24 horas.
    4. Em seguida, coletar pellets de células por centrifugação a 1675 × g por 5 min. Lisar cada grupo de células com 500 μL de tampão de lise RIPA contendo 1 mM de PMSF em gelo por 30 min (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes).
  2. Centrifugar os lisados celulares a 13.400 × g durante 10 min a 4 °C e recolher o sobrenadante. Meça as concentrações de proteína usando o Kit de Ensaio de Concentração de Proteína BCA (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Separe quantidades iguais de amostras de proteína em 10% de SDS-PAGE e transfira-as para membranas de fluoreto de polivinilideno (PVDF) por eletroforese .
  3. Mergulhe as membranas em solução de bloqueio (leite desnatado a 5% / solução salina tamponada com Tris com Tween-20 (TBST) a 0,1%) por 2 h em temperatura ambiente e incube-as durante a noite a 4 ° C com anticorpos primários contra GLUT1, PKM2, LDHA, β-catenina, GSK-3β (1: 1000) e β-actina (1: 2000, consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes).
    1. No dia seguinte, lave as membranas três vezes com TBST, 5 min cada, em temperatura ambiente com agitação suave.
  4. No dia seguinte, incubar as membranas com soluções de anticorpos secundários (IgG anti-coelho de cabra marcado com HRP, 1:2000) e agitar suavemente à temperatura ambiente durante 1 h.
  5. Finalmente, adicione 0,1 mL / cm2 de solução cromogênica ECL disponível comercialmente para cobrir totalmente as membranas de PVDF. Incube por 1 min em temperatura ambiente antes da exposição. Visualize e analise as bandas usando um sistema de quimioluminescência aprimorado (consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Consulte a Figura 4C e a Figura 5B.
    NOTA: Os resíduos químicos gerados durante os procedimentos experimentais devem ser coletados em recipientes de resíduos perigosos designados e descartados por serviços certificados de gerenciamento de resíduos perigosos de acordo com as políticas institucionais.

10. Análise estatística 

NOTA: Todos os experimentos foram realizados em três repetições biológicas independentes (n = 3).

  1. Organize os dados experimentais por grupo e insira-os no software GraphPad Prism (Versão 8.0.2; consulte a Tabela de Materiais para obter detalhes). Realize a visualização de dados e a análise de significância estatística de acordo com as diretrizes do software. Os dados de medição foram expressos como média ± desvio padrão. As diferenças estatísticas entre os grupos foram avaliadas por meio de ANOVA One-way com cálculo do tamanho do efeito de η² (eta-quadrado), seguido pelo teste de comparações múltiplas de Tukey26. Considere **P < 0,01 como estatisticamente significativo.

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Resultados

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β-Ele suprime significativamente a proliferação de células A549 / DDP

Neste experimento, as concentrações de administração de β-Ele e DDP foram determinadas com base nos resultados de nossos estudos anteriores20,21. As células A549 / DDP foram tratadas com β-Ele, sozinho ou combinado com DDP, para dissecar seu impacto na quimiorresistência ao DDP. A anál...

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Discussão

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Este estudo se concentrou na questão clínica crítica da resistência à cisplatina no câncer de pulmão. O câncer de pulmão, responsável pelo maior número de mortes por câncer em todo o mundo, continua a ter uma taxa de sobrevida de cinco anos abaixo de 20%29,30. A cisplatina, como a pedra angular dos medicamentos quimioterápicos à base de platina, é um agente anticancerígeno eficiente e de amplo espectro que inibe a replicação do D...

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Divulgações

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Todos os autores não têm conflitos de interesse a declarar.

Agradecimentos

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O financiamento para este estudo foi fornecido pela Fundação Provincial de Ciências Naturais de Jilin sob o Prêmio No. YDZJ202401058ZYTS.

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Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo
NomeEmpresaNúmero de catálogoComentários
Células A549/DDPProcellCL-0519URLs:https://www.procell.com.cn/p/a549-ddp--cl-0519
Uma bancada de trabalho excepcionalmente limpaSuzhou Antai AirtechSW-CJ-2FDURLs:http://www.sz-antai.com
Kit de ensaio de concentração de proteína BCASolarbioComputador PC0020URLs:https://www.solarbio.com
Centrífuga de bancadaThermoPico17URLs:https://www.thermofisher.com
Câmara de cultura celularThermo3111URLs:https://www.thermofisher.com
Placa de cultura celularBIOFILTCD000100URLs:http://www.biofil.com.cn
Analisador de quimioluminescênciaQinxiang Instruments 4300URLs:https://www.clinx.cn/about_us
CisplatinaAladdinC295225-250mgURLs:https://www.aladdin-e.com/
Instrumento de sequenciamento de genes DNBSEQ-T7MGI Tech CO., LtdT7URLs:https://www.mgitech.cn/
EasyPure  Kit de DNA microgenômicoTransGen BiotechEE181-01URLs:https://www.transgen.com/
Solução cromogênica ECLSolarbioPE0010URLs:https://www.solarbio.com
Kit de detecção EDUBeyotimeC0071SURLs:https://www.beyotime.com
Instrumento rotulado com enzimaEquipamento de DetieHBS-1096AURLs:https://www.detiebio.cn/
Soro fetal bovino (FBS)CLARKFB15015URLs:https://zn.clarkbio.com/
Buffer de Frag/Prime Yeasen11277ESURLs:https://www.yeasen.com/products/detail/2151
GeneMapper  Software  6ThermoVersão 6Software de análise de fragmentos. URLs:https://www.thermofisher.cn/   
Plataforma GenReaderBeijing Yuewei Gene Technology Co., Ltd.https://yyigou.com/product/detail/0000037250.htmlAnalisador genético automatizado usado para eletroforese capilar
Kit de teste de glicoseBiografia de JianchengA154-1-1URLs:http://www.njjcbio.com
Anticorpo policlonal GLUT1Grupo Proteintech21829-1-APURLs:https://www.ptglab.com
Prisma do GraphPadGraphPad SoftwareVersão 8.0.2URLs:https://www.graphpad.com
GSK-3β AnticorpoAfinidadeAF5016URLs:https://www.affbiotech.com
F-12K de HamProcellPM150910URLs:https://www.procell.com.cn/
Hieff NGS seleção de DNA BeadsYeasen12601ESURLs:https://www.yeasen.com/products/detail/939
Kit Mestre de Isolamento de mRNA HieffNGSYeasen12603ZHURLs:https://www.yeasen.com/products/detail/1119
IgG anti-coelho de cabra marcada com HRPBiografia do serviçoGB23303URLs:https://www.servicebio.cn
Kit de teste de lactatoBiografia de JianchengA019-2-1URLs:http://www.njjcbio.com
Anticorpo policlonal específico para LDHAGrupo Proteintech19987-1-APURLs:https://www.ptglab.com
Ciclador de luz 96RocheLC96URLs:https://lifescience.roche.com
Lipofectamina 2000Invitrogen11668-019URLs:https://www.thermofisher.com/invitrogen
Opti-MEMGibco31985-070URLs:https://www.thermofisher.com/gibco
Penicilina-estreptomicina (P / S)BiosharpBL505AURLs:https://www.biosharp.cn/
Anticorpo policlonal específico para PKM2Grupo Proteintech15822-1-APURLs:https://www.ptglab.com
PMSF BeyotimeST506URLs:https://www.beyotime.com
Kit de reagentes PrimeScript RT (Perfect Real Time)TakaraRR037AURLs:https://www.takarabio.com
Lisado RIPABeyotimePág. 0013BURLs:https://www.beyotime.com
Plataforma de sequenciamentoBGIDNBSEQ-T7URLs:https://www.bgi.com/global
TB Green Premix Ex TaqTakaraRR420AURLs:https://www.takarabio.com
Testador de ácido nucleico de traçosInstrumento AoshengNano-100URLs:http://www.hzaosheng.com
TRIzon PaIBiotecnologia CanvaxCW0597SURLs:https://www.canvaxbiotech.com
TripsinaBiosharpBL501AURLs:https://www.biosharp.cn/
Kit de RNA Ultrapuro (DNase I)Biotecnologia CanvaxCW0597SURLs:https://www.canvaxbiotech.com
β-Actina AnticorpoGrupo Proteintech60008-1-IGURLs:https://www.ptglab.com
β-catenina Anticorpo AfinidadeDF6794URLs:https://www.affbiotech.com
β-ElemeneSigma63965-25MGURLs:https://www.sigmaaldrich.com

Referências

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