A pesquisa envolvendo seres humanos foi revisada e aprovada pelo Comitê de Ética do Primeiro Hospital Afiliado da Universidade de Soochow (Parecer nº 2019026). O conselho de revisão ética do Primeiro Hospital Afiliado da Universidade de Soochow aprovou ou concedeu uma isenção para a revisão ética desse uso de dados. Além disso, o consentimento informado foi obtido de todos os participantes.
Análise de dados de bioinformática
Após um exame completo de análise de expressão pan-cancerígena dos bancos de dados TCGA e Tumor IMmune Estimation Resource (TIMER), o comportamento de LLT1 foi investigado em vários tipos de câncer, com foco particular no câncer gástrico. O banco de dados TISIDB foi utilizado para investigar a correlação entre os níveis de expressão de LLT1 e diferentes subtipos moleculares de câncer gástrico. A correlação entre as características clínicas dos pacientes e a expressão de LLT1 foi posteriormente analisada com dados de TCGA por meio de programação R. As análises GO e KEGG foram empregadas para investigar o papel funcional da LLT1 na carcinogênese gástrica. O algoritmo ESTIMATE (Estimativa de células estromais e imunes em tecidos tumorais de lignantes usando dados de expressão) foi adicionalmente empregado para quantificar os níveis de infiltração de células imunes e estromais em tecidos tumorais de acordo com os padrões de expressão de LLT1. Uma análise mais aprofundada utilizando o algoritmo CIBERSORT foi conduzida para avaliar as correlações entre os níveis de expressão de LLT1 e padrões específicos de infiltração de células imunes dentro do microambiente tumoral. A análise bioinformática abrangente foi realizada usando conjuntos de dados TCGA e programação estatística R (v4.4.1) para interrogar possíveis correlações entre os perfis de expressão de LLT1 e biomarcadores imunorreguladores. Finalmente, o banco de dados TCIA (The Cancer Immunome Atlas) foi utilizado para investigar se a expressão de LLT1 poderia prever a resposta à terapia de bloqueio de checkpoint imunológico PD-1 / PD-L1.
Amostras GAC e construção de microarray de tecido (TMA)
Dois conjuntos de dados de microarray de tecido foram gerados da seguinte forma:
O primeiro conjunto analisou retrospectivamente amostras de 268 pacientes com GAC que foram submetidos à cirurgia em 2011. Os patologistas selecionaram blocos de parafina, identificaram regiões do núcleo do tumor e os construíram em microarrays de tecido. Cada local de amostra individual recebeu um identificador distinto para monitorar meticulosamente os parâmetros clínicos associados, como sexo, idade, dimensões da neoplasia, grau de diferenciação neoplásica, fase de progressão do câncer, profundidade de invasão, envolvimento linfático e presença de disseminação à distância. A duração da sobrevida global (OS) foi definida como o intervalo desde o início da terapia até a ocorrência de mortalidade ou a data limite de dezembro de 2017. Deve-se destacar que os dados abrangentes do OS estavam disponíveis apenas para um subconjunto de 198 participantes.
O segundo conjunto incluiu 115 pacientes virgens de tratamento com GC avançado, que foram submetidos à ressecção cirúrgica/endoscópica no Primeiro Hospital Afiliado da Universidade de Soochow entre 2016 e 2023. Os patologistas avaliaram os blocos de parafina e construíram microarranjos de tecido com acompanhamento rigoroso da progressão da doença. Notavelmente, todas as amostras foram coletadas antes de qualquer tratamento pré-operatório, e o tratamento pós-operatório consistiu principalmente em anticorpos monoclonais PD-1 combinados com quimioterapia.
Todos os espécimes de ressecção cirúrgica foram coletados do antro do estômago. Todas as amostras foram fixadas em formalina tamponada neutra e incluídas em parafina. Com base na avaliação das seções coradas com H & E, dois patologistas seniores identificaram independentemente as regiões de tecido mais representativas das amostras embebidas em parafina. Os microarrays de tecido (TMAs) foram construídos usando um array de tecido automatizado Finalmente, os blocos de TMA completos foram seccionados com 4 μm de espessura por um histotecnólogo experiente.
Imuno-histoquímica (IHQ) e imunofluorescência multiplex (mIHQ)
Ensaios de imuno-histoquímica e imunofluorescência multiplex foram conduzidos em um microarranjo de tecido construído. A coloração IHQ foi realizada de acordo com uma metodologia previamente estabelecida26. O primeiro conjunto de seções de parafina de microarranjo foi transferido para lâminas de vidro e cozido a 72 ° C por 1 h. Após os cortes serem desparafinizados com xileno e reidratados em diluições sucessivamente crescentes de etanol, a atividade da peroxidase endógena foi bloqueada pela aplicação de solução bloqueadora da peroxidase por 30 min. A recuperação do antígeno foi realizada fervendo as lâminas a 110 ° C em solução de recuperação de antígeno citrato (pH 6,0) por 3 min. Após o bloqueio com tampão de bloqueio BSA a 5%, as seções foram incubadas com camundongo anti-humano CLEC2D monoclonal, camundongo anti-humano CD3 monoclonal (pronto para uso), camundongo anti-humano CD4 monoclonal (pronto para uso), coelho anti-humano CD8 monoclonal (pronto para uso), camundongo anti-humano CD11c monoclonal (1:50) camundongo anti-humano CD19 monoclonal (pronto para uso), camundongo anti-humano CD31 monoclonal (pronto para uso), CD56 monoclonal anti-humano de ratinho (pronto para uso), monoclonal de camundongo anti-humano CD68 (pronto para uso), monoclonal de coelho anti-humano Foxp3 (1:50), monoclonal de IL-17 anti-humano de camundongo (1:50), monoclonal de camundongo anti-humano IFN-γ (1:50), camundongo anti-humano Ki67 monoclonal (1:50), camundongo anti-humano PD-L1 monoclonal (pronto para uso) a 4 °C durante a noite27,28. As lâminas foram então lavadas e incubadas com anticorpos secundários marcados com peroxidase de rábano (anti-camundongo e coelho) em temperatura ambiente por 30 min. Após a incubação, as amostras foram lavadas e o sistema de detecção EnVision foi usado para imunodetecção. Sob o microscópio, quando áreas marrons começam a aparecer no chip, é necessária uma observação cuidadosa. A reação cromogênica deve ser interrompida assim que as áreas marrons não aumentarem mais. As lâminas foram contracoradas com hematoxilina de Mayer e montadas com cola neutra. No controle negativo, IgG de camundongo ou coelho foi usada no lugar do anticorpo primário. O controle positivo foi o tecido da amígdala humana. O segundo conjunto de seções de microarray é usado para imuno-histoquímica multiplex (mIHC). Reutilizando as condições de recuperação e bloqueio de antígenos acima mencionadas, o painel de anticorpos é otimizado espectralmente da seguinte forma: PD-L1 (480 nm), CD161 (520 nm), LLT1 (570 nm), PD-1 (620 nm), CD8 (690 nm) e PAN-CK (780 nm). Os anticorpos primários foram incubados nas mesmas condições do protocolo original29 (exceto PANCK e CD161, que foram introduzidos recentemente), na diluição recomendada de 1:100, seguidos de coloração de fluorescência de amplificação de sinal de tiramida (TSA). Após cada rodada de coloração por fluorescência, é realizada a remoção de anticorpos, seguida por recuperação repetida de antígenos, bloqueio da peroxidase endógena e bloqueio de alvos não específicos antes de incubar o próximo anticorpo primário. Ao realizar a imuno-histoquímica multiplex, três pontos são cruciais: pré-experimentos devem ser conduzidos para cada corante fluorescente, anticorpos fortemente expressos devem ser emparelhados com sinais fluorescentes fracos, enquanto anticorpos fracamente expressos devem ser emparelhados com sinais fluorescentes fortes e, após a coloração de cada marcador fluorescente, os resultados da coloração devem ser observados ao microscópio sob condições protegidas contra luz. Após a coloração com o6º corante fluorescente, a contracoloração DAPI é aplicada aos núcleos das células marcadas e as lâminas são montadas. Finalmente, todos os microarrays de tecido foram escaneados usando um scanner de patologia digital e analisados com um software de análise de imagem de patologia digital alimentado por IA.
Avaliação da coloração IHC/mIHC
Os resultados da coloração foram interpretados por dois patologistas especialistas de forma duplo-cega. Eles mediram a profundidade da coloração usando uma objetiva de alta potência (ampliação de 200x) ou configuração fluorescente correspondente (200x), atribuindo pontuações que variam de 0 (sem coloração) a 3 (coloração intensa). As frações de células LLT1-positivas dentro das amostras de carcinoma gástrico foram divididas em quatro estratificações: 0 (<5%), 1 (5-25%), 2 (26-50%) e 3 (>50%). O Escore de Imunorreatividade (IRS) foi derivado do produto da profundidade de coloração e proporção de células LLT1-positivas. Os espécimes com pontuação zero foram considerados negativos, enquanto os escores de 1-4 indicaram expressão fraca, 5-7 moderada e 8-9 expressão forte; os mesmos critérios foram aplicados para avaliar a expressão de outros marcadores, como Ki67 e CD3. Com base na metodologia de avaliação e agrupamento, as amostras foram rotuladas como tendo forte (IRS8-9), moderada (IRS5-7), fraca (IRS1-4) ou nenhuma expressão (IRS0). Os pacientes com os escores mais baixos (IRS≤4) foram designados para o grupo de baixa expressão, e aqueles com escores mais altos (IRS≥5) foram designados para o grupo de alta expressão.
No entanto, para o marcador PD-L1, uma abordagem diferente foi adotada usando o CPS. Essa pontuação foi determinada pela proporção de células positivas para PD-L1 (incluindo células tumorais, imunes e estromais) para o número total de células tumorais viáveis aumentadas por um fator de 100. Indivíduos com CPS superior a cinco foram colocados na coorte de alta expressão, enquanto aqueles com CPS de cinco ou menos foram agrupados na coorte de baixa expressão.
Agrupamento de resposta à imunoterapia
De acordo com os Critérios de Avaliação de Resposta em Tumores Sólidos versão 1.1 (RECIST 1.1), a avaliação de lesões-alvo em pacientes se enquadra em quatro categorias distintas: (a) Resposta Completa (CR): todas as lesões-alvo desapareceram completamente, e o eixo curto de todos os linfonodos patológicos (alvo e não-alvo) deve medir menos de 10 mm; (b) Resposta Parcial (PR): o diâmetro cumulativo de todas as lesões-alvo mensuráveis foi reduzido em pelo menos 30% em relação às medições iniciais; (c) Doença Progressiva (DP): esta categoria é aplicável quando o diâmetro acumulado das lesões-alvo aumentou pelo menos 20% em relação ao menor valor registrado durante o estudo (usando a linha de base como referência se representar o menor valor), com o aumento absoluto não inferior a 5 mm; além disso, o surgimento de novas lesões também é categorizado como Doença Progressiva (DP); (d) Doença Estável (DS): o diâmetro cumulativo das lesões-alvo não atinge os critérios de redução para RP nem os critérios de aumento para DP ao longo do estudo. Duas técnicas de estratificação foram implementadas. O primeiro método envolveu a segregação de pacientes com base em seu status de resposta, onde os pacientes com DP (n = 53) e SD (n = 46) compuseram o grupo não respondedor (n = 99), enquanto os pacientes PR (n = 15) e CR (n = 1) formaram o grupo respondedor (n = 16). A segunda abordagem envolveu a categorização dos pacientes de acordo com a progressão da doença, com pacientes CR, PR e SD classificados como coorte eficaz em imunoterapia (n = 62) e pacientes com DP como coorte não eficaz em imunoterapia (n = 53).
Análise estatística
As avaliações empíricas foram realizadas usando a plataforma computacional R (versão 4.4.1) e o pacote de software SPSS Statistical (versão 27.0). As disparidades entre as coortes de estudo foram investigadas pela aplicação da análise da tabela de contingência qui-quadrado. A técnica de correlação não paramétrica de Spearman foi empregada para sondar a força e a direção das associações entre as variáveis. As variações no tempo de sobrevida foram analisadas por meio da construção de estimadores de Kaplan-Meier complementados por testes de log-rank para significância. Posteriormente, modelos de regressão de riscos proporcionais de Cox foram empregados para identificar fatores que potencialmente influenciam os resultados de sobrevida do paciente. A significância estatística foi predefinida como um limiar bilateral de valor de p de <0,05. Para garantir a robustez dos achados, análises abrangentes de sensibilidade foram realizadas para avaliar possíveis variáveis de confusão, com modelos multivariados ajustados de acordo. Além disso, interpretações explícitas das taxas de risco foram fornecidas para facilitar a compreensão clínica, enfatizando as implicações práticas dos fatores de risco identificados no prognóstico do paciente.