Apresentamos um protocolo usando o método de identificação de espectrometria de massa por tempo de voo de dessorção/ionização a laser assistida por matriz (MALDI-TOF MS, doravante denominado "MS") para monitorar a presença de microrganismos em diferentes produtos lácteos (manteiga, queijo mussarela, leite, creme) usando uma abordagem proteômica, culturômica moderna e vários procedimentos de preparação de amostras que podem ser incorporados aos laboratórios de controle de qualidade de segurança alimentar como um rápido, Ferramenta confiável e robusta para monitorar a segurança microbiana. Inclui uma etapa de isolamento microbiano, coleta de colônias cultivadas, procedimentos de preparação de amostras (células intactas, extração no local e no tubo), definição de parâmetros de análise de MS, geração e coleta de espectros de MS (impressões digitais de proteínas) e, finalmente, obtenção de taxonomia usando a plataforma MS, seguida de interpretação e visualização de dados. Este método, validado por vários estudos, oferece uma identificação mais confiável e econômica de microrganismos do leite em comparação com sistemas de teste bioquímicos comerciais. Destaca-se como um avanço promissor em microbiologia de alimentos, atendendo aos diversos requisitos dos laboratórios por meio de seus protocolos simples e tempo de análise significativamente reduzido. O protocolo apresentado atende às necessidades da indústria alimentícia, fornecendo identificação microbiana confiável em um tempo de resposta adequado (TAT) que seja adequado aos processos de fabricação.