O epitélio intestinal interage de perto com as células estromais mesenquimais intestinais subjacentes (iMSCs) para regular o desenvolvimento, a homeostase e a regeneração. No entanto, métodos padronizados para isolar sequencialmente tanto frações epiteliais quanto estromais do tecido suíno são limitados. Esse protocolo descreve um processo otimizado por etapas para isolar criptas e iMSCs do mesmo segmento jejunal de leitões. O método utiliza um tampão de dissociação baseado em ácido etilenodiaminetetraacético/ditiotreitol (EDTA/DTT) para liberar criptas, seguido pela digestão de colagênase/dispase da matriz extracelular para isolar iMSCs. Essa abordagem minimiza as variações espaciais nas células isoladas. As criptas isoladas foram cultivadas com sucesso e formaram monocamadas enteroides típicas em expansão, bidimensionais (2D), sobre placas revestidas com hidrogel de colágeno. Os iMSCs cultivados aderiram a frascos de cultura e expressaram marcadores estromais como o receptor alfa do fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGFRα) e o cluster de diferenciação 81 (CD81), conforme determinado por imunocoloração. No geral, esse protocolo de isolamento otimizado produz tanto células epiteliais quanto estromais do mesmo segmento jejunal do leitão, fornecendo uma base reprodutível para futuras pesquisas envolvendo organoides intestinais e sistemas de co-cultura iMSC para elucidar mecanismos que controlam as interações epitelial-estromais em porcos, um modelo translacional relevante para replicar a fisiologia humana e avançar nas ciências animais.