Method Article

EasyFiji: Uma interface gráfica para processamento de imagens de fluorescência amigável no Fiji

DOI:

10.3791/69441

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February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

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EasyFiji é um plugin de interface gráfica para Fiji (ImageJ) que oferece um conjunto selecionado de ferramentas de visualização e processamento de imagens de fluorescência, frequentemente utilizadas por cientistas da vida.

Abstract

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Fiji (Fiji Is Just ImageJ) é um pacote extenso e extensível de processamento de imagens de código aberto, amplamente utilizado pela comunidade de análise de bioimagens. No entanto, para cientistas da vida não computacionais, interagir manualmente com as muitas capacidades de Fiji exige aprender e navegar por um sistema de menus profundamente complexo. Além disso, alguns comportamentos padrão de comandos não são ideais para exibição e processamento de imagens por fluorescência. Para aumentar a eficiência dos cientistas da vida que trabalham com imagens de microscopia de fluorescência, desenvolvemos o EasyFiji, um plugin de interface gráfica (GUI) curado para Fiji. Cada comando EasyFiji é executado por meio de botões e controles deslizantes aprimorados por tooltip e sempre apresenta execução específica do canal, conforme necessário para imagens de fluorescência. Comandos que alteram intensidades de pixels também são impossíveis de fazer com um único clique para permitir um processamento mais interativo e podem ser automaticamente gravados e salvos como texto para registro. Um painel de informações de imagem exibe configurações cruciais para a interpretação da imagem. Novas funções de renderização de imagem e correção de descoloração também são fornecidas. O plugin está disponível gratuitamente no GitHub e como um site de atualização de Fiji. Este protocolo descreve os passos para usar a interface do EasyFiji para visualização e processamento de imagens de microscopia de fluorescência.

Introduction

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Fiji (Fiji Is Just ImageJ) é um pacote extenso e extensível de processamento de imagens de código aberto, amplamente utilizado pela comunidade de análise de bioimagem 1,2. A grande base de código de algoritmos de uso geral das Fiji, juntamente com sua linguagem macro e interface de plugins, pode ser convenientemente utilizada por analistas computacionais para fornecer uma solução para quase qualquer problema de processamento ou análise de imagens. No entanto, para usuários de ciências da vida com pouca experiência computacional, os >1.100 comandos do FIJI distribuídos por um m....

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Protocol

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Este protocolo descreve como instalar e usar o EasyFiji.

1. Para instalar o EasyFiji...

  1. Baixe a versão mais recente do Fiji (>1.54g) apropriada para o sistema operacional e instale-a em uma pasta à qual o usuário tenha acesso de leitura/gravação (veja a Tabela de Materiais para um link para o site de download de Fiji).
  2. Lançar Fiji e navegar até Ajuda | Atualização... na barra de menu.
  3. Na janela do Atualizador , clique em Gerenciar Sites de Atualização. Selecione EasyFiji na l....

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Results

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Renderizações pseudo-coloridas de imagens de fluorescência multicanal podem ser usadas para ilustrar as relações espaciais ou de intensidade entre sinais; no entanto, o Fiji nativo oferece apenas uma técnica de renderização composta RGB que inerentemente confunde a coloração e o brilho no nível perceptual. Para ilustrar esse problema, a Figura 2 utiliza uma imagem de dois canais da N-Myc e da RNA Polimerase II (RNAPolII). Na Figura 2A

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Discussion

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Fiji é um software de processamento e análise de imagens de código aberto, amplamente popular entre analistas de imagem. No entanto, sua interface de menu complexa e, às vezes, comportamentos pouco intuitivos em relação à exibição e processamento de imagens de fluorescência apresentam desafios para cientistas da vida não computacionais. A EasyFiji oferece aos cientistas da vida um conjunto selecionado de botões e controles deslizantes organizados tematicamente e aprimorados por tooltips,.......

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Disclosures

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Os autores declaram que não possuem interesses financeiros concorrentes nem outros conflitos de interesse.

Acknowledgements

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Agradecemos aos membros do St. Jude's Cell and Tissue Imaging Center e do Center for BioImage Informatics pelos comentários sobre o manuscrito. Imagens biológicas foram gentilmente fornecidas por: Figura 2: Melissa Marzahn e Tanja Mittag; Figura 3: Peng Wei e James Morgan; Figura 4A: Aaron Pitre; Figura 4B: Aaron Pitre e Woo Jung Cho; Figura 5A: Helen Chen e Heather Mefford; Figura 5B: Sauradeep Sinha e Giedre Krenciute.

....

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
EasyFiji GitHub SiteCódigo Abertohttps://github.com/stjude/EasyFiji
Fórum Image.sc EasyFijiCódigo Abertohttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
Site do EasyFiji ImageJ.netCódigo Abertohttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
FIJI SoftwareCódigo Abertohttps://imagej.net/software/fiji/downloads
VLC Media PlayerCódigo Abertohttps://www.videolan.org/vlc/

References

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  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

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Tags

Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

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