Os ratos foram cuidados de acordo com os procedimentos estabelecidos no protocolo do Comitê de Cuidados e Uso Institucionais de Animais (IACUC) do Meharry Medical College dos Institutos de Saúde e Institucional. Esta instituição é credenciada pela Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care International e cumpre a Política do Serviço de Saúde Pública para o tratamento e uso de animais de laboratório em condições livres de patógenos. Os detalhes dos reagentes e dos equipamentos utilizados estão listados na Tabela de Materiais.
1. Otimização para densidade celular
NOTA: Cada tipo celular apresenta características metabólicas únicas e considerável variação de tamanho. Ambos os fatores são críticos para determinar o número apropriado de células a serem carregadas por poço para obter resultados ótimos. Antes de realizar um ensaio experimental inicial, prepare e execute uma placa de teste com as células de interesse escolhidas em densidades variadas.
- Para células aderentes (por exemplo, células cancerígenas), teste as densidades de semeadura variando de 20.000 a 100.000 células por poço. Para células altamente metabólicas e/ou grandes (por exemplo, células cancerígenas humanas ou fibroblastos), a otimização da densidade começa em 10.000 células ou menos por poço.
- Para células não aderentes (por exemplo, linfócitos), otimize a densidade de semeadura na faixa de 100.000–500.000 células por poço. Para todos os tipos de células, busque uma monocamada uniforme de célula única para alcançar resultados ótimos (veja a Figura 1 para exemplo, disposição de placas das amostras).
- Execute o ensaio de Estresse de Mito (conforme abaixo). Os dados deste ensaio preliminar podem ser usados para determinar a densidade celular ideal para o experimento principal. Selecione a densidade que mostra a maior diferença entre as condições do ensaio.
NOTA: Este protocolo não se aplica à análise de amostras 3D (por exemplo, esferoides celulares, organoides). No entanto, pode ser modificado para levar em conta a espessura da amostra e a superfície irregular.
2. Preparação para o ensaio
- No dia anterior à execução do ensaio, levante suavemente o cartucho sensor da placa de utilidade e adicione 200 μL de água livre de RNAase/DNAse a cada poço da placa de utilidade, e desça o cartucho sensor na placa de utilidade até que os sensores fiquem completamente submersos em água.
NOTA: O nível da água deve estar alto o suficiente para garantir que os sensores fiquem completamente submersos durante a noite, pois os fluoróforos do cartucho do sensor não funcionarão se não forem devidamente hidratados. Se estiver usando um XF Hydrobooster para hidratar o cartucho, ele pode ser colocado diretamente em solução calibrante e a etapa de hidratação da água é excluída.
- Coloque o cartucho sensor hidratado/placa utilitária em uma incubadora de 37 °CCO-2 sem durante a noite. Para evitar a evaporação da placa, também coloque um recipiente com água duplamente destilada na incubadora.
- No dia do ensaio, remova o cartucho sensor/placa utilitária do incubadorsem CO 2 e remova suavemente o cartucho sensor da placa utilitária, colocando o cartucho com o sensor para cima na bancada.
- Descarte a água da placa de utilidade e seque com sacudição para eliminar quaisquer gotículas soltas, adicionando 200 μL de Solução de Calibrante XF a cada poço.
- Coloque delicadamente o cartucho sensor de volta na placa de utilidade para que os sensores fiquem completamente submersos na solução calibrante e coloque-o de volta na incubadora de 37 °CCO-less 2.
3. Preparação da mídia para ensaio
- Preparação para a mídia Mito Stress:
- Em um tubo de 50 mL, adicione o seguinte a 45 mL de meio RPMI XF: 500 μL de 100x piruvato de sódio (concentração final: 1 mM), 500 μL de 100x L-glutamina (concentração final: 2 mM) e 550 μL de solução de glicose a 45% (concentração final: 25 mM)
- Ajuste o pH para 7,4. Complete com XF RPMI medium até um volume final de 50 mL. Mantenha o meio preparado em um banho-maria ou banho seco a 37 °C antes de usar.
- Preparação do meio para ensaio de glicólise:
- Em um tubo de 50 mL, adicione 250 μL de 100x L-glutamina a 45 mL de meio XF RPMI.
- Ajuste o pH para 7,4, depois complete com o médio XF RPMI até um volume final de 50 mL. Mantenha o meio preparado em um banho de água ou seco a 37 °C antes de usar.
NOTA: O pH tanto do meio de ensaio de Mito Estresse quanto do meio de glicólise deve ser reajustado para 7,4 após a adição de suplementos que alterem o pH, pois mesmo pequenos desvios podem afetar significativamente os resultados do ensaio.
4. Lavagem das células e troca de mídia antes da análise
NOTA: A etapa de lavagem das microplacas de cultura celular XFe96/XF Pro variará dependendo se estão usando tipos de células aderentes ou não aderentes. Por favor, consulte o passo 9, Células aderentes (células cancerígenas, células primárias BMDMs) e células não aderentes (células T e outros linfócitos), para determinar o melhor método de lavagem para o tipo celular utilizado.
- Remova 160–180 μL de meio de crescimento de cada poço usando um multi-pipetista, trabalhando uma fileira/coluna por vez para evitar que as células sequem. Evite tocar no fundo dos poços.
- Usando um pipetman de ponta única, remova os 20–30 μL restantes dos poços, evitando tocar a camada celular no fundo do poço.
- Adicione 180 μL de meio de ensaio de glicólise ou Mito Stress (veja passo 3) a cada poço, seguindo o layout da Figura 1. Para evitar perturbar a camada celular, dispense suavemente o meio ao longo da parede lateral de cada poço até que todos os poços estejam preenchidos. Ambos os ensaios estão na mesma placa.
NOTA: Os poços que não contêm células e controlam poços também devem ser preenchidos com meios de ensaio.
- Coloque a microplaca em uma incubadora de 37 °CCO-less 2 por 40–45 minutos antes de iniciar o ensaio e comece a preparar os medicamentos.
5. Preparação de medicamentos e carregamento do cartucho
ATENÇÃO: Alguns medicamentos (FCCP, Antimicina A/ Rotenona, Oligomicina) são perigosos e devem ser manuseados com cuidado. São necessárias medidas apropriadas para proteger o pessoal; isso inclui o uso de luvas e outros equipamentos de proteção individual (EPI), bem como o descarte de materiais em uma lixeira ou recipiente de resíduos químicos aprovados pela instituição.
NOTA: A concentração ótima de FCCP/oligomicina depende do tipo celular e, antes do ensaio, é titulada empiricamente ao trabalhar com células particularmente sensíveis. As concentrações finais podem variar para medicamentos dependendo do tipo celular. Prepare medicamentos e meios de ensaio frescos no dia do uso. Não congele nem reutilize. A preparação do medicamento para ensaio pode ser concluída dentro desse período de 45 minutos para obter resultados ótimos.
- Utilizando o meio de ensaio de estresse e glicólise de Mito pré-aquecido da etapa 3, dilua os compostos conforme a Tabela 1 e/ou Tabela 2 até as concentrações apropriadas para cada tipo celular. Prepare cada composto em um tubo separado de 15 mL (se usar os seis compostos, serão necessários seis tubos).
- Remova o cartucho sensor/placa utilitária da incubadora sem CO2 de 37 °C e remova a tampa, colocando cuidadosamente o guia de carregamento XF fornecido com o kit, o guia de carga XF correspondente à porta do injetor (Guia A para a porta A) firmemente acima do topo do cartucho sensor (veja a Figura 2).
- Usando um piqueta multicanal e um reservatório de reagente para cada medicamento, adicione lentamente o volume necessário à porta correspondente (consulte as Tabelas 1 e 2 para volume). Mantenha a pipeta estritamente na vertical ao carregar os medicamentos (veja a Figura 2).
- Troque ou reutilize após enxaguar e secar cuidadosamente o guia de carregamento conforme necessário para cada porta (Porta A, B, C e D) e descarte as pontas da pipeta após cada carga.
NOTA: As pontas da pipeta devem encaixar firmemente na porta guia, mas não apertar demais, pois as pontas da pipeta podem ficar presas no guia! Recomenda-se testar as pontas da pipeta/pipettor usadas nos guias antes de carregar os compostos para evitar descarregar as amostras de forma errada.
- Após carregar todos os compostos em suas respectivas portas, remova o guia, confirme visualmente que todas as portas estão cheias e prenda o cartucho com sua tampa. Os medicamentos devem corresponder ao ensaio em cada parte da mesma placa (Figura 1).
NOTA: As concentrações finais de poço recomendadas para Estresse Mito são 1 μM de oligomicina, 1 μM de FCCP e 0,5 μM de Rotenona/Antimicina; para glicólise, 10 mM de glicose, 1 μM de oligomicina e 50 mM 2-DG.
6. Configuração do analisador Seahorse XFe96
- Ligue o analisador e abra o software WAVE (veja a Figura 3).
- Selecione o teste de estresse Mito XF.
NOTA: Desde que o meio de ensaio e os compostos adequados sejam utilizados, o analisador pode realizar simultaneamente tanto os testes mitocondrial quanto o de glicólise na mesma placa usando o Teste de Esforço XF Mito.
- Selecione o número de 'Grupos' com base na configuração da placa e rotule cada grupo. Prossiga para a próxima aba para atribuir poços ao mapa das placas (veja a Figura 3). Ambos os ensaios são feitos na mesma placa.
- Destaque os poços de cada Grupo com base em como a placa está carregada.
- Ajuste o programa de acordo com o tipo de célula e o propósito experimental. Por exemplo, se a configuração incluir um grupo pré-ativado antes da análise ou se um ativador for adicionado durante a execução, estenda o tempo de incubação em cada ciclo para permitir que a ativação ocorra.
- Selecione a próxima aba, 'Executar Ensaio', e preencha as informações conforme necessário para salvar o arquivo de dados.
- Carregue o cartucho pré-hidratado com medicamentos (a partir da etapa 5) na máquina quando indicado para inicialização. A etapa de inicialização indicará se os sensores estão devidamente hidratados e funcionais.
- Inicie o ensaio e carregue e descarregue as placas conforme indicado pelos indicativos durante o programa.
NOTA: Ao carregar o cartucho ou microplaca no analisador, certifique-se de que todas as tampas estejam removidas! Enquanto alguns modelos de analisadores possuem um recurso de segurança que pode detectar tampas, modelos mais antigos não possuem. Isso pode danificar a máquina se a tampa estiver intacta durante a passagem da placa.
7. Métodos de normalização: (SRB) e contagem de nucleares (coloração e imagem DAPI)
ATENÇÃO: Alguns reagentes do kit de ensaio SRB são corrosivos e queimam se entrarem em contato com a pele. O DAPI pode causar uma reação alérgica na pele. Recomenda-se o uso de luvas e outros EPIs, assim como o descarte de materiais em uma lixeira ou recipiente de resíduos químicos aprovado pela instituição.
NOTA: Selecione o método de normalização com base nas características e pré-tratamentos das células analisadas. Ambos os métodos são adequados ao comparar células com diferentes taxas de proliferação, pois ambos levam em conta tais variações. No entanto, se os tratamentos medicamentosos induzirem senescência, interrompendo a proliferação enquanto aumentam o tamanho celular, a coloração DAPI é a abordagem preferida de normalização. A DAPI pode não ser adequada para tipos celulares onde a coloração nuclear é difícil de visualizar (por exemplo, adipócitos, eritrócitos) ou células podem ser multinucleadas (ou seja, hepatócitos parênquimatos, miócitos).
- Para normalizar as células usando o ensaio SRB (Kit de Ensaio de Citoxicidade de Células B para Sulfohodamina) após análise metabólica em tempo real, remova a placa da máquina e adicione 1/4 do volume do meio (ex.: 50 μL em 200 μL de meio de cultivo) da Solução de Fixação a cada poço.
- Incube em temperatura ambiente por 1 hora ou durante a noite a 4 °C.
- Remova a solução e lave suavemente os poços três vezes com 200 μL de água livre de RNase/DNase, tomando cuidado para não perturbar a camada celular. Para armazenamento de curto prazo (se necessário), substitua a lavagem final por PBS e armazene a 4 °C.
- Para normalização imediata usando o ensaio SRB, remova a solução de lavagem e deixe a placa secar completamente ao ar em temperatura ambiente.
- Adicione 25 μL de solução SRB a cada poço e tinga por 15 minutos em temperatura ambiente no escuro, ou envolva a placa em papel alumínio durante o período de incubação.
NOTA: A solução de SRB é sensível à luz, e essa parte do experimento deve ser realizada em uma área de baixa luz.
- Remova a solução de mancha e adicione 100 μL de solução de lavagem 1x para lavar cada poço 2 a 3 vezes.
- Lave o mais rápido possível para evitar descolorimento e remova as soluções de lavagem o máximo possível por aspiração.
- Adicione 100 μL de 1x Solução de Solubilização em cada poço e coloque a placa sobre um shaker por 10 minutos em temperatura ambiente.
- Meça a Densidade Óptica (O.D.) a 565 nm em um leitor de placas para determinar a densidade do poço com base na saturação de cor (veja a Figura 3 para referência visual).
- Exporte os dados dos valores O.D. como um arquivo Excel. Essa planilha será colada no software WAVE para normalização (passo 8).
NOTA: Se a cor intensa for observada (> O.D. 3,5) devido à sobrecarga celular, um comprimento de onda subótimo (por exemplo, 490–530 nm) pode ser usado para reduzir as leituras de volta à faixa linear do instrumento. Corrigir o fundo subtraindo a O.D. do controle contendo apenas o meio de cultura (poço de controle de fundo) das leituras de todas as amostras.
- Para coragem DAPI, dilua a solução DAPI original para 300 nM em 1x PBS.
- Lave cada poço da placa celular 3 vezes suavemente com 200 μL 1x PBS.
NOTA: Se houver células não aderentes, centrifuge a placa a 200 x g por 3 minutos sem freio para garantir que as células fiquem suspensas no fundo de cada poço após cada etapa de lavagem.
- Fixe as células em PFA 2%–4% diluído em 1x PBS por 10–15 minutos em temperatura ambiente.
- Lave cada poço da placa celular 3 vezes suavemente com 200 μL 1x PBS.
- Adicione aproximadamente 150 μL dessa solução diluída de coloração DAPI a cada um, garantindo que as células estejam completamente cobertas em cada poço.
- Incube de 1 a 5 minutos em temperatura ambiente em uma área de pouca luz (ou placa de cobertura em papel alumínio).
- Remova a solução de mancha DAPI de cada poço.
- Lave cada poço da placa celular 3 vezes suavemente com 200 μL 1x PBS.
- Remova qualquer PBS restante.
- Imagine as células em qualquer Excitação/Emissão entre 358–461 nm ou sob qualquer configuração de filtro DAPI no microscópio.
- Exporte os dados dos valores de emissão como um arquivo Excel. Essa planilha será colada no software WAVE para normalização (passo 8).
8. Análise e normalização dos dados
NOTA: Para análise de dados, pode ser usado o "Wave" ou outro software. O protocolo fornecido é aplicável ao software Wave.
- Abra os resultados da análise em Wave (veja a Figura 3). A normalização é realizada usando valores obtidos do arquivo Excel gerado pelo leitor de microplacas após a coloração SRB (passo 7).
- Clique em "Normalizar".
- Na janela aberta, escolha "selecionar todos" seguido de "colar" para colar os dados copiados da planilha Excel gerada durante a etapa de normalização. Clique em "Aplicar". Esse procedimento normalizava automaticamente todos os dados experimentais.
- Para gerar um relatório, clique em "Exportar para", no painel que se abre à direita, selecione "Gerador de Relatórios de Teste de Estresse XF Cell Mito." Salve o arquivo gerado. Durante a análise, selecione apenas os poços atribuídos ao Teste de Estresse Mito (veja a Figura 3).
- Para gerar um relatório, clique em "Exportar para", no painel que abre à direita, selecione "Gerador de Relatórios do Teste de Estresse de Glicólise Celular XF". Salve o arquivo gerado. Durante a análise, selecione apenas os poços atribuídos ao Teste de Esforço de Glicólise (veja a Figura 3).
9. Células aderentes vs. não aderentes
NOTA: Células aderentes e não aderentes diferem em seu comportamento de crescimento, fixação superficial e necessidades de manuseio. Células aderentes (por exemplo, células cancerígenas, BMDMs) se fixam à superfície da cultura, então a placagem e a lavagem não exigem precauções especiais. Células não aderentes (por exemplo, células T, outros linfócitos) permanecem em suspensão e requerem diferentes métodos de centrifugação, ressuspensão e revestimento. Compreender essas diferenças é crucial para a semeadura celular precisa, tratamento medicamentoso e consistência nos ensaios.
- Certifique-se de que todas as células usadas para o experimento sejam cultivadas em um meio e recipiente de cultura celular de escolha pouco antes da execução do ensaio, mas depois transfira para a microplaca para realizar o ensaio.
NOTA: Embora o meio XF RPMI seja recomendado para os tipos celulares descritos neste protocolo, para outros tipos de células, consulte o fabricante para garantir que o meio adequado seja utilizado.
- Para células aderentes (células cancerígenas, células BMDM), semear as células na Microplaca de Cultura Celular Pro XFe96/XF 4–5 horas antes do ensaio com uma densidade celular otimizada (ver passo 1) no meio de volume 200 μL e colocar em um incubador deCO2 a 37 °C.
NOTA: As células BMDM podem ser placadas até 24 horas antes do ensaio, pois não proliferam e mantêm a mesma densidade celular. Para células aderentes de crescimento rápido, como linhagens celulares cancerígenas, recomenda-se placar no dia do ensaio caso não seja necessário tratamento adicional e analisá-las assim que as células estiverem ligadas para evitar o crescimento celular adicional. Se esse projeto não for possível, a normalização para quantidade/poço de proteína ou número/poço de núcleos é um passo necessário.
- Certifique-se de que os poços de canto para cada quatro cantos da microplaca estejam livres de células, mas preenchidos com meio, pois isso é medido como os poços de controle em branco.
- Após 3–5 horas de incubação, observe a microplaca para garantir que as células estejam fixadas à placa em um nível uniforme no fundo de cada poço.
- Se as células ainda não estiverem presas, a placa pode ser colocada na incubadora deCO2 a 37 °C por um tempo adicional até que as células estejam completamente fixadas.
- Em seguida, prepare a microplaca com células aderentes para lavagem conforme mencionado no passo 4 para prosseguir com o ensaio.
- Para células não aderentes (células T e outros linfócitos), recubra a microplaca com Poli-D-Lisina antes de adicionar as células à placa.
NOTA: Embora o revestimento com Poly-D-Lisina seja recomendado neste protocolo, dependendo do tipo celular, outro revestimento de placa (por exemplo, colágeno, fibronectina, gelatina) pode ser mais adequado. Se estiver usando um revestimento alternativo, siga as instruções do fabricante para uso.
- Para revestir a microplaca, prepare 2,5 mL de uma solução de 20 μg/mL de Poli-D-Lisina (diluição 50x de 1 mg/1 mL de solução aquosa) em 0,1 M bicarbonato de sódio, pH 8,0 (o bicarbonato fornece o pH ideal para adsorção adesiva). Essa etapa pode ser realizada antes da realização do ensaio ou no próprio dia.
- Aplique 25 μL da solução em cada poço da placa e incube na bancada ou em um balancim de placa em temperatura ambiente por 20–30 minutos.
- Aspire ou pipete qualquer solução restante e lave cada poço duas vezes usando 200 μL de água livre de RNAase/DNAse.
- Espere até que os poços estejam secos (1–2 horas) antes de semear as células na microplaca.
- Em seguida, prepare a microplaca com células não aderentes para a etapa de lavagem, centrifugando a placa a 200 x g por 3 minutos sem freio, para garantir que as células fiquem suspensas no fundo de cada poço.
- Prossiga para a etapa 4 e continue o restante do ensaio conforme mencionado nos passos 5–7.