Este protocolo descreve um método otimizado para isolar vesículas extracelulares (EVs) das folhas de Arabidopsis thaliana para apoiar análises moleculares e funcionais posteriores.
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Artigo de método
Este protocolo descreve um método otimizado para isolar vesículas extracelulares (EVs) das folhas de Arabidopsis thaliana para apoiar análises moleculares e funcionais posteriores.
Vesículas extracelulares (EVs) são nanopartículas ligadas à membrana, secretadas por diversos organismos e tipos celulares, e são cada vez mais reconhecidas como importantes mediadoras da comunicação intercelular e entre reinos. Embora a biologia dos VE esteja bem estabelecida em sistemas mamíferos, a pesquisa sobre VE em plantas é relativamente recente e está em rápida expansão, impulsionada em parte por evidências de que os EVs de plantas podem fornecer pequenos RNAs, mRNAs, proteínas e outras cargas envolvidas na imunidade e nas interações planta-microrganismo. No entanto, isolar veículos elétricos de plantas de alta pureza continua sendo tecnicamente desafiador devido às paredes celulares rígidas, abundantes metabólitos secundários e ao risco de contaminação citosólica durante a coleta de fluidos apoplásicos. Este protocolo descreve um fluxo de trabalho simplificado para o isolamento e purificação de VE vegetais a partir do tecido foliar de Arabidopsis thaliana . Uma etapa suave de infiltração baseada em seringa é usada para minimizar danos celulares e vazamentos citosólicos, enquanto o uso de lâminas individuais (sem pecíolos/tecido vascular) ajuda a reduzir a contaminação por conteúdo vascular e intracelular. Os EVs são inicialmente enriquecidos por centrifugação diferencial e podem ser ainda mais purificados usando fracionamento por gradiente de densidade de sacarose ou cromatografia por exclusão de tamanho (SEC). Esse protocolo proporciona EVs com integridade estrutural preservada e redução da contaminação celular ao minimizar danos celulares e vazamento citoplasmático durante a coleta de fluidos apoplásticos, conforme avaliado por análise de rastreamento de nanopartículas e microscopia eletrônica de transmissão. Essas amostras de EV são adequadas para aplicações posteriores, incluindo perfilamento de RNA, proteômica e ensaios funcionais para estudos de interação planta-microrganismo. No geral, esse método oferece uma abordagem reprodutível e adaptável para obter veículos elétricos de alta qualidade para usinas.
Vesículas extracelulares (EVs) são partículas de membrana ligadas a duas camadas lipídicas secretadas por uma ampla variedade de organismos, desde bactérias até humanos 1,2. Em sistemas animais, os EVs são comumente classificados em exossomos, microvesículas e corpos apoptóticos com base em suas vias de biogênese e tamanho3. Exossomos (~30-150 nm de diâmetro) se originam da fusão de corpos multivesiculares (MVBs) com a membrana plasmática, levando à liberação de vesículasintraluminais 4, enquanto microvesículas (~100-1000 nm de diâmetro) brotam diretamente da membranaplasmática 5. Além de exossomos e microvesículas, células mamíferas também produzem corpos apoptóticos, que são liberados durante a morte celularprogramada 6. Essas vesículas têm sido implicadas na modulação imunológica, progressão tumoral e entrega terapêutica, tornando-as objeto de intensa pesquisabiomédica 7,8. Em plantas, a classificação de EV é menos bem definida do que em animais. Estudos em Arabidopsis thaliana identificaram múltiplos subtipos de EV de plantas com base em diferenças em marcadores proteicos, tamanho e vias de biogênese suposta. Incluem EVs tetraspaninas (TET) positivas, consideradas vesículas semelhantes a exossomos derivadas de corposmultivesiculares 9,10,EVs 11 positivos para a proteína sintaxina Penetração 1(PEN1), EVs derivadas de organelos positivos em exocisto(EXPO) 12,13, assim como outras populações de EVs como EVs14 relacionados à autofagia e polensomos15.
Evidências crescentes sugerem que as plantas secretam veículos elétricos como parte de sua estratégia de defesa contra patógenos. Os VE de plantas transportam diversas cargas moleculares, incluindo pequenos RNAs, mRNAs e outras moléculas regulatórias, que suprimem a virulência de patógenos fúngicos e oomicetos 10,16,17,18,19. Essas descobertas destacam os VE como veículos de "guerra de RNA", permitindo que as plantas suprimam diretamente a expressão gênica de patógenos, um mecanismo com profundas implicações para a proteção dasculturas 20. Além da imunidade, os EVs das plantas também podem contribuir para a remodelação da parede celular, respostas ao estresse e sinalizaçãodo desenvolvimento 21. Diferentemente da pesquisa em EVs animais, onde protocolos padronizados de isolamento e caracterização são amplamenteestabelecidos, o campo de VE em plantas ainda está em seus estágios formativos. Isso limita a reprodutibilidade e a comparabilidade entre estudos, criando uma necessidade urgente de metodologias robustas e padronizadas para isolar e estudar essas vesículas.
Isolar os VE das plantas apresenta desafios técnicos únicos que não são encontrados em sistemas animais. Tecidos vegetais danificados contêm abundantes metabólitos secundários, detritos da parede celular e fragmentos organelares que podem co-purificar com os EVs, complicando a caracterização ajusante 23. Além disso, o fluido de lavagem apoplástico (AWF), comumente usado como material de partida para isolamento e purificação de VE em plantas, frequentemente produz uma mistura heterogênea de vesículas econtaminantes 24. Embora a centrifugação diferencial continue sendo uma abordagem fundamental amplamente utilizada, ela não pode resolver totalmente subpopulações distintas de EVs ou separar EVs de complexos macromolecularesco-isolados 25,26. Revisões recentes e estudos metodológicos forneceram orientações importantes e considerações de melhores práticas para o isolamento e caracterização de VEem plantas 27,28,29,30,31. No entanto, a implementação prática e a integração dessas abordagens continuam sendo desafiadoras, e etapas adicionais de purificação, como centrifugação por gradiente de densidade e cromatografia por exclusão de tamanho, são frequentemente necessárias para melhorar a pureza e reprodutibilidade dos EV em todos os estudos.
Aqui, apresentamos um protocolo simplificado para isolar veículos elétricos do fluido de lavagem apoplástico Arabidopsis usando uma estratégia de purificação em múltiplas etapas. Em contraste com as abordagens comuns de isolamento de VE de plantas, que dependem da infiltração inteira da planta com bombasde vácuo 11, esse protocolo evita a inclusão de pecíolos e tecidos vasculares, o que pode aumentar a contaminação por estruturas vasculares. Em vez disso, são usados lâminas isoladas e um método de infiltração suave baseado em seringa para melhorar a coleta de apoplastos enquanto minimizam a perturbação tecidual. O manuseio cuidadoso das folhas, orientação e condições de centrifugação reduzem ainda mais a contaminação por componentes intracelulares, fornecendo um material de partida mais limpo para o isolamento dos veículos elétricos. Após centrifugação diferencial, os EVs podem ser ainda mais purificados usando fracionamento por gradiente de densidade de sacarose ou cromatografia por exclusão de tamanho para alcançar maior pureza e resolução das vesículas. As preparações resultantes para EVs são bem adequadas para aplicações posteriores, incluindo sequenciamento de RNA, perfil proteômico e ensaios funcionais como interação de patógenos e estudos de captação de EVs, melhorando assim a reprodutibilidade e a interpretabilidade em pesquisas de VE em plantas.
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NOTA: Realize etapas de centrifugação em uma centrífuga refrigerada a 4 °C para preservar a integridade do veículo elétrico. Devem ser usados tubos estéreis. Todas as etapas do manuseio da amostra devem ser realizadas rápida e eficientemente, idealmente por várias pessoas trabalhando em paralelo, para minimizar danos aos tecidos e evitar contaminações que possam comprometer a qualidade dos veículos elétricos.
1. Preparação e infiltração das folhas
2. Coleta de líquido de lavagem apoplástico (AWF)
3. Isolamento de EV por Arabidopsis do AWF via centrifugação diferencial
4. Uso do fracionamento do gradiente de densidade de sacarose para purificação de EVs
NOTA: A ultracentrifugação sozinha co-ssedimenta múltiplos tipos de vesículas. Para alcançar uma resolução mais fina, pode-se empregar fracionamento por gradiente de densidade, separando vesículas de acordo com sua densidade de flutuabilidade e propriedades de flutuação. Nessa abordagem, gradientes de sacarose são usados para enriquecer subpopulações definidas de EV. Alternativamente, gradientes de iodixanol podem ser usados.
5. Uso de cromatografia de exclusão de tamanho (coluna de 35 nm) para purificar veículos elétricos
6. Validação, quantificação e avaliação de tamanho/morfologia de EVs
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Para avaliar se o protocolo otimizado de coleta de AWF reduz danos aos tecidos e contaminação citoplasmática, o AWF obtido usando nosso método (Método 1) foi diretamente comparado com um método alternativo (Método 2) baseado na infiltração de bomba de vácuointeira da planta 11. O dano celular após infiltração foi avaliado por coloração com Trippan Blue, que revelou uma coloração marcadamente reduzida nas folhas processadas pelo Método 1, indicando níveis mais baix...
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Os VE das plantas surgiram como atores fundamentais na imunidade das plantas, especialmente na mediação da comunicação entre reinos com patógenosfúngicos 32. Evidências crescentes mostram que as plantas secretam EVs no apoplasto, onde funcionam para entregar pequenos RNAs (sRNAs), mRNAs e proteínas que podem suprimir a virulência em patógenos invasores, como Botrytis cinerea, Rhizoctonia solani e o patógeno oomiceto Phytophthora capsici<...
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Os autores não revelam conflito de interesses.
O B.D. é apoiado pela Bolsa Pathways to the Doctorate da Texas A&M University. O B.H. é apoiado por fundos iniciais da Texas A&M University e do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos HATCH 7009138 projeto número: TEX08074.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| 0,45 & micro; Filtros de nylon m | VWR | 76479-032 | |
| 1 ml de seringa desnecessária | BD em Biociências | 309659 | |
| Filtro ultra centrífugo de 100 kDa | Amicon | UFC 910008 | |
| 100 ml seringa desnecessária | BD em Biociências | 551721050 | |
| Tubos cônicos de 15 ml | VWR | 89039-664 | |
| Tubos cônicos de 50 ml | VWR | 89039-656 | |
| Arabidopsis thaliana (Col-0) | Linhas mantidas em laboratório | Não aplicável | |
| Grades de 300 malhas carbono-formvar | TED PELLA | 01753-F | |
| Fita transparente | Fita Mágica Escocês | S-9783 | |
| Parafilm | Fisher Scientific | 13-374-12 | |
| Buffer PBS | Feito internamente | Não aplicável | |
| qEV coluna original Gen2 35 nm | IZON Science | ICO-35 | |
| Centrífuga refrigerada | Eppendorf | 5810R | |
| Centrífuga refrigerada com rotor de ângulo fixo | Eppendorf | F-34-6-38 | |
| Rotor de balde oscilante refrigerado para centrífuga | Eppendorf | A-4-62 | |
| Sacarose | VWR | 470302-810 | |
| Ultracentrífuga | Beckman Coulter | XPN-100 | |
| Tubos ultracentrífugas | Beckman Coulter | 337986 | |
| Coloração UranyLess | Ciências da Microscopia Eletrônica | 250218-01 |
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