Evidências crescentes ressaltam a importância dos primeiros 1.000 dias de vida na formação do eixo intestino-microbioma. Essa janela de vida inicial é fundamental para o estabelecimento de trajetórias fisiológicas de longo prazo e adaptações imunológicas, potencialmente influenciando a suscetibilidade a doenças ligadas à disbiose e à disfunção da barreira. Uma compreensão mais profunda dos mecanismos subjacentes exige uma avaliação abrangente dos principais parâmetros fisiológicos, incluindo a permeabilidade paracelular e transcelular do intestino neonatal. Avaliar esses parâmetros é essencial para elucidar como exposições precoces a moléculas exógenas podem influenciar a integridade intestinal e os resultados de saúde a longo prazo. Portanto, a primeira parte deste artigo descreve a administração oral de moléculas de interesse em filhotes de camundongos já no dia da vida, minimizando o estresse, o risco de lesão e o canibalismo. Agulhas de alimentação lubrificadas e de ponta arredondada de 24 g são usadas para gavage filhotes de camundongos com no mínimo 2,5 g. A segunda parte descreve a avaliação ex vivo da permeabilidade paracelular e transcelular usando ensaios em câmara de Ussing em amostras de cólon de filhotes entre DOL-10 e desmame. Deslizadores sem pinos adaptados para pequenas biópsias são usados em combinação com câmaras de Ussing para montar amostras de cólon neonatal. A sonda paracelular FITC-Dextran 4 kDa e o marcador transcelular peroxidase de raiz-forte 44 kDa Tipo VI são adicionados ao compartimento apical do sistema no início do ensaio. Amostras são coletadas no compartimento basolateral em 0 min, 30 min, 60 min, 90 min e 120 min para quantificar a passagem da sonda. A passagem de ambos os marcadores é quantificada diretamente (FITC) e indiretamente (HRP) por um leitor de placas, calculada usando curvas padrão e expressa como fluxo.