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Artigo de método
* These authors contributed equally
Aqui, apresentamos um protocolo para recuperar, validar e analisar registros da Web of Science Core Collection sobre Caenorhabditis elegans e envelhecimento, utilizando CiteSpace, VOSviewer, Bibliometrix e Scimago Graphica para mapeamento bibliométrico reproduzível.
O envelhecimento é um fenômeno biológico complexo caracterizado pela deterioração progressiva das funções fisiológicas e pela maior vulnerabilidade a doenças associadas à idade. No nível celular, esse processo é exemplificado pela senescência, na qual as células experimentam uma paralisação irreversível na divisão e entram em um estado de parada permanente do crescimento, sem progredir para apoptose. No entanto, os mecanismos subjacentes permanecem incompletamente compreendidos. O nematoide Caenorhabditis elegans (C. elegans), com vida curta e genética bem caracterizada, é um modelo poderoso para decifrar a base molecular do envelhecimento. No entanto, ainda falta um mapeamento bibliométrico abrangente da pesquisa na interseção de C. elegans e envelhecimento. Aqui, apresentamos um protocolo para recuperar registros da Web of Science Core Collection, realizar processamento de dados e realizar visualização bibliométrica reprodutível usando CiteSpace, Bibliometrix (R), VOSviewer e Pajek, com o objetivo de mapear a estrutura do conhecimento e identificar tendências emergentes na pesquisa sobre envelhecimento de C. elegans . Utilizando 6.117 artigos publicados de 1970 até 5 de junho de 2025, analisamos contribuições por país e instituição, autoria, impacto dos periódicos, padrões de citação e evolução temática. O conjunto de dados compreendia 6.117 registros de 19.864 autores distribuídos por 3.798 institutos em 91 países. As publicações anuais aumentaram de 312 em 2020 para 341 em 2021 e permaneceram altas depois disso. Os Estados Unidos lideraram a produção global, seguidos por China, Alemanha e Reino Unido, com redes de colaboração concentradas entre esses países. O sistema da Universidade da Califórnia ficou em primeiro lugar em produtividade, enquanto a Academia Chinesa de Ciências ficou em terceiro. A evolução do tópico indicou uma mudança dos estudos fundamentais sobre vias de sinalização do fator de crescimento semelhante à insulina (IIS) e respostas ao estresse para temas emergentes como controle térmico e mitocagia em modelos de envelhecimento por C. elegans . No geral, esse protocolo permite análises bibliométricas transparentes e atualizáveis e apoia estudos futuros de direções principais, incluindo restrição calórica e mitofagia.
O envelhecimento é um processo biológico multifacetado que se refere à perda da capacidade proliferativa das células somáticas normais após um número limitado de divisões. Durante o processo de envelhecimento, as funções fisiológicas do organismo vão diminuindo gradualmente, e a suscetibilidade a doenças relacionadas à idade aumenta1. No nível celular, esse processo se manifesta como dano ao DNA, como o acúmulo de quebras de fita dupla e danos oxidativos, e esses danos excedem a capacidade de manuseio dos mecanismos de reparo. Essas mudanças em nível celular se refletem no nível do organismo como a deterioração gradual das funções fisiológicas. Além disso, alguns estudos demonstraram ainda que células envelhecidas impulsionam processos patológicos relacionados à idade ao secretar fenótipo secretor associado à senescência (SASP). Esses fatores podem desestabilizar o microambiente tecidual e promover fibrose, levando à inflamação crônica e até à progressão do câncer2. Com o aprofundamento das pesquisas sobre o envelhecimento, reconheceu-se que o envelhecimento desempenha um papel significativo na ocorrência e desenvolvimento de várias doenças, incluindo doenças cardiovasculares, diabetes tipo 2, doença de Alzheimer e câncer, entreoutras 3. Com a aceleração do envelhecimento global, compreender os mecanismos do envelhecimento é crucial para prolongar a vida saudável.
Nas últimas décadas, os organismos modelo desempenharam um papel indispensável na revelação dos determinantes genéticos, moleculares e ambientais do envelhecimento. Os organismos modelo apresentam vantagens distintas, incluindo tempos de geração curtos, antecedentes genéticos bem caracterizados e alta tratabilidade experimental. Organismos modelo comuns incluem leveduras, moscas-das-frutas ecamundongos 4. Na década de 1960, Caenorhabditis elegans (C. elegans) foi estabelecido pela primeira vez como um novo organismo-modelo. Suas principais vantagens para a seleção incluem um ciclo de vida curto e facilidade de cultivo, complementados por um conjunto de ferramentas genéticas maduras. Além disso, devido ao seu tamanho minúsculo, pode ser cultivado e manipulado em grande escala de maneira padronizada, como os microrganismos5. Mais importante ainda, ela preenche efetivamente uma lacuna significativa em pesquisas anteriores, já que organismos unicelulares, apesar de serem simples e fáceis de operar, são desafiadores de utilizar para pesquisas genéticas sobre mecanismos complexos de vida. Além disso, animais modelo tradicionais têm eficiência limitada na triagem em grande escala devido à sua operação complexa. A aplicação de C. elegans resolve precisamente os problemasacima 6.
O uso de C. elegans em pesquisas sobre envelhecimento remonta à década de 1980. Foi somente em 1993 que o campo de C. elegans na pesquisa sobre envelhecimento deu um salto transformador. Testes de mutagênese liderados por Thomas Johnson e colegas identificaram o primeiro mutante de longa vida, o gene da idade1 8,9. Essa descoberta mudou a visão predominante de que o envelhecimento era um processo estocástico e não regulado, implicando vias genéticas específicas na determinação da longevidade. Estudos subsequentes construíram sobre essa base, revelando uma rede conservada de vias de sinalização que coordenam o envelhecimento. A via IIS emergiu como um regulador central. A mutação em daf-2, que codifica o ortolog C. elegans do receptor insulina/fator de crescimento semelhante à insulina (IIGF-1), pode reduzir a atividade do IIS, ativando o fator de transcrição FOXO DAF-16, fazendo com que ele se transloque do citoplasma para o núcleo, promovendo assim a expressão de genes de resposta ao estresse, chaperonas moleculares e enzimas de desintoxicação, atrasando o processo de envelhecimento e estendendo a vida saudável10. O DAF-16 transloca do citoplasma para o núcleo, promovendo a expressão de genes de resistência ao estresse, chaperonas moleculares e enzimas de desintoxicação, estendendo assim o alcance da saúde do organismo e atrasando a progressão do envelhecimento e a extensão da saúdedo organismo 11. Além disso, C. elegans iluminou outros mecanismos conservados do envelhecimento. Por exemplo, o alvo da via da rapamicina (TOR), um eixo chave de detecção de nutrientes, demonstrou modular a longevidade por meio de interações com a IIS12.
Nos últimos anos, os métodos bibliométricos têm sido amplamente aplicados em muitos campos. A análise de redes bibliométricas emprega métodos estatísticos para descobrir padrões de desenvolvimento, estruturas disciplinares, pontos críticos de pesquisa e tendências em um campo, examinando a quantidade, estrutura, distribuição e relações de citação da literatura13. Apesar de extensas pesquisas sobre C. elegans no envelhecimento, nenhum estudo forneceu uma análise bibliométrica abrangente desse campo interdisciplinar. Neste estudo, apresentamos uma análise abrangente, multimétodoca e reprodutível que elucida o arcabouço colaborativo, a base intelectual e os desenvolvimentos temáticos dinâmicos dentro do campo, identificando assim trajetórias emergentes para futuros esforços de pesquisa. Este artigo revisa o cenário das recentes conquistas de pesquisa sobre envelhecimento no campo de C. elegans . Além disso, este estudo tem como objetivo: (1) analisar tendências de publicação e citação na pesquisa de envelhecimento por C. elegans de 1970 a 5 de junho de 2025; (2) avaliar contribuições de países e instituições e explorar redes de colaboração; (3) identificar os principais autores e periódicos principais por produtividade e impacto nas citações; (4) descobrir a base intelectual do campo por meio da análise de co-citação e fragmentação de citações; e (5) acompanhar os principais temas de pesquisa e tendências emergentes usando coocorrência de palavras-chave e análise temporal. Em última análise, esses insights facilitarão uma compreensão mais profunda da trajetória em evolução do campo.
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Este estudo não se refere à aprovação ética e ao consentimento para participar. Os dados utilizados neste estudo foram obtidos da Web of Science Core Collection (WoSCC).
1. Seleção de banco de dados
2. Parâmetros de busca
3. Recuperação de dados e formatação
4. Pré-processamento de dados
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Visão geral das tendências e evolução de C. elegans na área envelhecida
A análise bibliométrica incluiu 6.117 registros de publicações de 1.123 fontes, selecionados de 6.205 publicações iniciais do WOSCC que atendiam aos critérios de elegibilidade. Isso incluiu 45 revisões de acesso antecipado e 145 artigos em anais. Após excluir 87 publicações irrelevantes e uma retratada, os dados foram analisados quanto à distribuição temporal e aos tipos de documentos. Na...
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Para garantir reprodutibilidade e interpretabilidade, etapas principais nesse fluxo de trabalho incluem: relatar detalhadamente a estratégia de recuperação (fonte do banco de dados, consulta, tipos de documentos, limites de linguagem, data de recuperação), realizar triagem de relevância e validação de dados para minimizar registros fora do tópico, reportar consistentemente parâmetros da ferramenta (fatiamento de tempo, tipos de nós, poda, limiares, clustering) e exportar resultados em fo...
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Os autores não têm nada a revelar.
Os autores desejam expressar seu agradecimento a todos os participantes e pesquisadores que contribuíram para este trabalho. Além disso, são gratos pelas ferramentas analíticas fornecidas pela CiteSpace, VOSviewer, Scimago Graphica e R, que foram fundamentais na condução desta pesquisa.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Laptop LEGION Savior Y7000 2019 (Número de Série PF1CGZJU) | Lenovo | https://pcsupport.lenovo.com/us/en/products/laptops-and-netbooks/legion-series/legion-y7000-2019 | Computador usado para análises |
| R (versão 4.5.2) | R Foundation for Statistical Computing / Equipe Central de R | https://www.r-project.org/ | Ambiente de computação estatística |
| CiteSpace (versão 6.3.R3) | CiteSpace / Chaomei Chen (Universidade Drexel) | https://citespace.podia.com/ | Software de visualização e análise bibliométrica |
| VOSviewer (versão 1.6.20) | CWTS da Universidade de Leiden (Nees Jan van Eck, Ludo Waltman) | https://www.vosviewer.com/ | Software de mapeamento bibliométrico |
| Pajek (versão 64.6.01) | Universidade de Ljubljana (Vladimir Batagelj, Andrej Mrvar) | http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/ | Software de análise e visualização de redes |
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