$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Fontes de dados do FAERS
Os dados do mundo real deste estudo foram obtidos do banco de dados FAERS (https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html). Este é um banco de dados público acessível e anonimizado, portanto não foi necessária aprovação ética para este estudo. Informações sobre os cinco medicamentos incluídos são apresentadas na Tabela 1. A busca foi realizada inicialmente limitando os eventos adversos à fratura do quadril, e o período de busca foi do primeiro trimestre de 2014 ao quarto trimestre de 2023. Para garantir dados confiáveis e estáveis, o estudo padronizou a terminologia dos eventos adversos relatados por meio da versão 26.142 do Dicionário MedDRA. Os arquivos ASCII trimestrais do FAERS do primeiro trimestre de 2014 ao quarto trimestre de 2023 foram baixados e importados para análise. As tabelas extraídas do FAERS incluíam DEMO, DRUG, REAC, THER, RPSR e OUTC. Essas mesas foram agrupadas em todos os quadros antes da exibição. Os relatos foram vinculados usando CASEID e PRIMARYID para garantir consistência entre dados demográficos, medicamentos, reações, terapias, relatores e desfechos. Os medicamentos-alvo incluíam etanercept, adalimumabe, infliximabe, certolizumabe, pegol e golimumabe. Os nomes dos medicamentos na tabela DRUG foram padronizados convertendo texto para maiúsculas, removendo espaços extras e verificando variantes ortográficas quando necessário. Os medicamentos-alvo foram identificados usando nomes genéricos padronizados na tabela de FÁRMACOS, e a restrição do papel do fármaco foi realizada usando ROLE_COD = "PS", indicando o principal medicamentosuspeito 43. O roteiro específico da técnica de triagem do estudo é mostrado na Figura 2. Após a limpeza e triagem dos dados, foi obtido um conjunto de dados único e analisável de relatos elegíveis de fraturas do quadril para análises subsequentes.
Relatórios duplicados do FAERS foram removidos antes da detecção do sinal. Duplicados foram identificados de acordo com CASEID e PRIMARYID. Quando múltiplos relatórios compartilhavam o mesmo CASEID, o relatório mais recente era mantido segundo FDA_DT. Se múltiplos relatos tivessem o mesmo CASEID e FDA_DT, o relatório com o PRIMARY mais alto era mantido. Após a deduplicação, cada CASEID contribuiu com apenas um registro para o conjunto de dados analítico final. Os relatórios foram incluídos se atendessem a todos os seguintes critérios: data de reporte entre o primeiro trimestre de 2014 e o quarto trimestre de 2023; o evento adverso foi codificado como "Fratura do quadril"; pelo menos um dos cinco inibidores de TNF foi registrado na tabela de FÁRMACOS; e o papel da droga foi codificado como principal suspeito. Os relatos foram excluídos se fossem registros duplicados, não tivessem informações válidas de CASEID ou PRIMARYID, não tivessem entrada correspondente de DRUG ou REAC, não incluíssem o evento adverso alvo ou listassem o inibidor de TNF alvo apenas como medicamento suspeito concomitante ou secundário.
Fontes de dados GWAS para randomização mendeliana
Os dados de exposição para TNF-α na randomização mendeliana deste estudo foram obtidos do banco de dados OpenGWAS do IEU (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), com GWAS ID prot-c-3722_49_2 do estudo de Suhre K et al. A população estudada era de ascendência europeia, e o número de SNPs era de 501.42844.
Os dados de exposição para sTNFR1 na randomização mendeliana deste estudo foram obtidos do banco de dados IEU OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), com GWAS ID prot-c-2654_19_1 do estudo de Suhre K et al. A população estudada era de ascendência europeia, e o número de SNPs era de 501.42844.
Os dados de exposição para sTNFR2 na randomização mendeliana deste estudo foram obtidos do banco de dados IEU OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), com GWAS ID prot-c-3152_57_1 do estudo de Suhre K et al. A população estudada era de ascendência europeia, e o número de SNPs era de 501.42844.
Os dados de desfecho para fratura do quadril, GWAS ID GCST90161240, depositados no Catálogo GWAS (https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90161240), são dados de uma meta-análise de um GWAS em grande escala que incluiu 11.516 casos de fratura do quadril e 723.838 controles45. A classificação da doença está alinhada com a Classificação Internacional de Doenças (CIE; códigos ICD-10 S72.0–S72.2 e código ICD-9 820).
Aprovação ética e consentimento informado foram obtidos nos estudos GWAS originais. Como o presente estudo utilizou dados FAERS anonimizados e públicos e estatísticas resumidas GWAS disponíveis publicamente, não foi necessária aprovação ética adicional.
Ambiente de software e implementação de fluxos de trabalho
Todas as análises foram realizadas usando a versão 4.3.2 do R. A importação, limpeza, fusão e tabulação de dados do FAERS foram realizadas usando fluxos de trabalho de gerenciamento de dados baseados em R. Tabelas de dados eram importadas usando funções como data.table::fread() ou readr::read_delim(), mescladas usando CASEID e PRIMARYID, e processadas usando funções dplyr. Estatísticas descritivas e 2 × 2 tabelas de contingência foram geradas usando scripts R personalizados.
Análises de randomização mendeliana foram realizadas usando o TwoSampleMR versão 0.5.6. Os instrumentos de exposição foram extraídos usando um limiar de significância de P < 1 × 10⁻5 ou formatados a partir de estatísticas resumidas GWAS usando estruturas de entrada compatíveis com TwoSampleMR. A agrupação de instrumentos foi realizada usando clump_data() com clump_r2 = 0,001 e clump_kb = 10.000. Os dados de resultado foram extraídos ou formatados usando extract_outcome_data() ou read_outcome_data(), dependendo do formato fonte. Os conjuntos de dados de exposição e desfechos foram harmonizados usando harmonise_data(). Estimativas causais foram geradas usando mr() com os seguintes métodos de randomização mendeliana: MR-Egger, mediana ponderada, ponderada pela variância inversa, modo simples e modo ponderado. A heterogeneidade foi avaliada usando mr_heterogeneity(), e a pleiotropia horizontal foi avaliada usando mr_pleiotropy_test(). Todos os conjuntos de dados foram importados, limpos, harmonizados e analisados dentro desse ambiente de software para garantir um fluxo de trabalho analítico consistente e reproduzível.
Análise de farmacovigilância
Análises descritivas foram usadas para resumir eventos adversos relacionados a fraturas do quadril associados aos cinco medicamentos. Análises de detecção de sinal foram então realizadas usando quatro algoritmos de desproporcionalidade, incluindo a razão de chances de reporte (ROR), a razão proporcional de reporte (PRR), o shrinker de Poisson gama multi-item (MGPS) e a rede neural de propagação de confiança bayesiana (BCPNN). Os critérios para os quatro principais algoritmos estão apresentados na Tabela 246.
Análise de randomização mendeliana
Estatísticas resumidas para TNF-α, sTNFR1 e sTNFR2 foram extraídas como conjuntos de dados de exposição, e estatísticas resumidas de fraturas de quadril foram extraídas como conjunto de dados de desfechos. As análises foram restritas a conjuntos de dados europeus de ancestralidade quando disponíveis para reduzir o viés de estratificação populacional.
Para minimizar o viés causado por desequilíbrio de ligação e instrumentos fracos, foram aplicados os seguintes critérios: limiar de significância genômica P < 1 × 10⁻5, limiar de desequilíbrio de ligação r2 < 0,001, janela de aglomeração de 10.000 kb e estatística F > 20. A estatística F foi calculada para cada variável instrumental retida como beta2/se2 para avaliar a força do instrumento. SNPs com estatística F ≤ 20 foram excluídos das análises a jusante.
Após a seleção dos SNPs, os conjuntos de dados de exposição e desfechos foram harmonizados para alinhar os alelos de efeito. Durante a harmonização, alelos de efeito e outros alelos foram alinhados entre os conjuntos de dados de exposição e desfecho. SNPs com alelos incompatíveis foram removidos, e SNPs palindrômicos com frequências alélicas ambíguas foram excluídos quando a orientação da cadeia não pôde ser determinada. Após a harmonização, os SNPs retidos foram verificados para confirmar que os coeficientes beta correspondiam ao mesmo alelo de efeito em ambos os conjuntos de dados. O número de SNPs mantidos após agrupamento e harmonização foi registrado para cada exposição como um ponto de verificação de reprodutibilidade intermediária.
Cinco métodos de randomização mendelianos foram aplicados, incluindo MR-Egger, mediana ponderada, ponderada inversa da variância, modo simples e modo ponderado. A potencial heterogeneidade das variáveis instrumentais foi avaliada usando o teste Q de Cochran, e P < 0,05 foi considerado indicativo de heterogeneidade significativa. A potencial pleiotropia horizontal foi avaliada usando o intercepto de RM-Egger, e P < 0,05 indicou pleiotropia, sugerindo menor confiabilidade da estimativacausal 47. Essas análises geraram estimativas de efeito causal, juntamente com estatísticas de heterogeneidade e pleiotropia para cada exposição.
Pontos intermediários de verificação para reprodutibilidade
Checkpoints intermediários eram registrados após cada etapa principal de processamento para garantir a reprodutibilidade do fluxo de trabalho. Para o fluxo de trabalho FAERS, os pontos de controle incluíram o número de registros DEMO importados, o número de registros únicos após a deduplicação, o número de relatos contendo fratura do quadril como evento adverso alvo, o número de relatos envolvendo os cinco inibidores de TNF e o número final de relatos elegíveis em que inibidores de TNF foram registrados como medicamentos suspeitos primários. Para o fluxo de trabalho de randomização mendeliana, os pontos de verificação incluíram o número de SNPs extraídos para cada exposição, o número de SNPs retidos após o agrupamento de desequilíbrio de ligação, o número de SNPs disponíveis no conjunto de dados de resultados, o número de SNPs retidos após a harmonização e o número final de variáveis instrumentais usadas em cada análise de randomização Mendeliana.
Relatórios estatísticos
Resultados contínuos foram relatados com estimativas correspondentes de efeito, intervalos de confiança de 95% (IC 95%) e valores de P . A menos que especificado de outra forma, significância estatística foi definida como um P de dois lados < 0,05. Para análise de farmacovigilância, foram reportadas contagens descritivas e estimativas de desproporcionalidade para cada inibidor individual de TNF e para o grupo agrupado de inibidores de TNF. Para a análise de randomização mendeliana, estimativas causais, erros padrão, intervalos de confiança de 95%, valores P , estatísticas de heterogeneidade, resultados do teste de pleiotropia e o número de SNPs retidos foram reportados para cada exposição.