A aterosclerose é uma condição inflamatória crônica e progressiva, caracterizada pelo acúmulo de placas nas paredes das artérias. Durante a progressão da formação da placa, certas lesões tornam-se instáveis, chamadas de placas de alto risco, e podem causar infarto do miocárdio (IM). Uma placa aterosclerótica é composta por células musculares lisas, células endoteliais, células imunológicas, células adiposas e células necróticas, qualquer uma das quais pode causar ruptura de placa. É crucial estudar a heterogeneidade celular dentro das placas ateroscleróticas para compreender melhor os mecanismos subjacentes à instabilidade da placa. Apresentamos um protocolo facilmente reprodutível para isolar e validar núcleos de tecido endorerectomia coronário humano obtido de pacientes submetidos a cirurgia de bypass da artéria coronária (CABG). Todos os tecidos são mantidos em gelo úmido no meio do Roswell Park Memorial Institute (RPMI) para preservar a integridade celular antes da colheita. As amostras de tecido são finamente trituradas e depois suavemente desintegradas com um micropilão em tampão de lise para lisar células e liberar núcleos. Os núcleos isolados são então avaliados quanto à integridade e rendimento usando o ensaio de exclusão de azul de tripan em um microscópio invertido composto. A coloração DAPI permite a visualização de núcleos intactos por microscopia confocal, e a citometria de fluxo fornece quantificação baseada em fluorescência para avaliar o rendimento de isolamento nuclear e validar a população nuclear. Em contraste com os métodos tradicionais de isolamento por dissociação de célula única, o isolamento nuclear reduz o estresse celular e mantém o ambiente transcriptômico nativo, prevenindo assim mudanças na expressão gênica. A preparação nuclear de alta qualidade obtida por esse método é compatível com aplicações posteriores, como sequenciamento de RNA de núcleo único (snRNA-seq).