A integridade do DNA do esperma é um fator chave para garantir o sucesso da fertilização, desenvolvimento embrionário e gravidez contínua. A avaliação da estrutura da cromatina espermática (SCSA), utilizando citometria de fluxo após desnaturação do DNA e coloração de laranja acridina é considerada o método padrão ouro para avaliar o DNA do espermatozoide. Duas estratégias de gate para avaliação baseada em citometria de fluxo do índice de fragmentação do DNA do esperma (DFI) foram relatadas na literatura: gating poligonal (PGG) e gating cruciforme (CFG). O objetivo do presente estudo foi comparar as relações dos resultados do ensaio entre PGG e CFG, e analisar suas correlações com parâmetros da análise básica de sêmen. Os dados obtidos independentemente pelos dois métodos foram comparados por análise estatística, incluindo gráficos de Bland-Altman e análise de regressão. Um total de 121 pacientes ambulatoriais masculinos submetidos à avaliação de fertilidade no centro reprodutivo do nosso hospital foram selecionados por meio de um método de amostragem completamente aleatória. A DFI do esperma e indicadores relacionados foram detectados por citometria de fluxo usando PGG e CFG, respectivamente. Os resultados demonstraram que os valores de DFI obtidos dos dois métodos mostraram boa concordância. Os coeficientes de correlação entre DFIp do método PGG e DFIm, DFIs e DFIc do método CFG foram 0,6497, 0,9404 e 0,9667, respectivamente (todos p < 0,01). O alto índice de coloração de DNA (HDS) mostrou uma leve correlação negativa com DFIs (r = -0,3042, p < 0,05). A porcentagem de espermatozoides progressivamente móveis foi negativamente correlacionada com DFIp, DFIs e DFIc (r = -0,3824, -0,3794, -0,3574, respectivamente, todos p < 0,05). Não foi observada correlação significativa entre HDS e volume de sêmen, concentração de espermatozoides, contagem total de espermatozoides ou PR (%). Esses achados indicam que os DFIs estão mais intimamente associados à fertilidade masculina, sugerindo que o método CFG, que fornece esse parâmetro, pode ser mais adequado para avaliação clínica de danos ao DNA do esperma.