Toxoplasma gondii é um parasita apicomplexano distribuído globalmente e uma grande ameaça zoonótica transmitida por alimentos e água, capaz de infectar praticamente todos os animais de sangue quente, com os felinídeos servindo como hospedeirosdefinitivos 1. A infecção em humanos e animais ocorre comumente por ingestão de cistos teciduais ou oocistos esporulados, e a capacidade do parasita de alternar entre os estágios de taquizoíto e bradicoíto permite persistência prolongada nos tecidos neurais e musculares, contribuindo tanto para a transmissão transmitida por carne quanto ambiental 2,3.
Embora três linhagens clonais (Tipos I, II e III) dominem na Europa e América do Norte, uma extensa diversidade genética, incluindo linhagens atípicas e recombinantes, foi documentada globalmente, especialmente em regiões com ricos reservatórios de vidaselvagem 4. A discriminação precisa das cepas é, portanto, essencial para elucidar dinâmicas de transmissão, investigar surtos e compreender a epidemiologia regional. Abordagens tradicionais de genotipagem, como PCR-RFLP, tipagem de sequência multi-locus baseada em Sanger (MLST) e análise de microssatélites contribuíram substancialmente para nossa compreensão da estrutura populacional de T. gondii , mas são limitadas em resolução, taxa de transferência e capacidade de detectar variação intra-genótipos. Essas abordagens frequentemente exigem múltiplas reações separadas e podem falhar em detectar inserções, deleções ou haplótipos complexos dentro do loci1 polimórfico. O sequenciamento de próxima geração (NGS) de leitura curta melhorou a detecção de variantes raras, mas permanece limitado na identificação de mudanças estruturaiscomplexas 4.
Plataformas de sequenciamento de leitura longa, particularmente a Oxford Nanopore Technologies, agora oferecem a capacidade de gerar leituras contínuas de alta precisão adequadas para resolver variantes estruturais e loci5 altamente polimórficos. Sua portabilidade, capacidade de análise em tempo real e compatibilidade com fluxos de trabalho baseados em amplicon os tornam ferramentas promissoras para aplicações de campo e investigações desurtos 6. Apesar dessas vantagens, fluxos de trabalho padronizados de leitura longa multi-locus para genotipagem rotineira de T. gondii continuam limitados.
Para suprir essa lacuna, estabelecemos um fluxo de trabalho escalável de sequenciamento de amplicões de leitura longa, direcionado a dois loci polimórficos (Figura 1). Combinado com um pipeline de polimento consensual e chamada de variantes, essa abordagem permite a detecção precisa de SNPs e INDELs, apoiando a discriminação por nível de deformação. O protocolo é adequado para laboratórios equipados para amplificação por PCR e sequenciamento de leitura longa, tendo sido validado usando isolados cultivados. Embora a adaptação a amostras clínicas ou ambientais primárias possa ser viável, tais aplicações exigem otimização e validação adicionais. No geral, esse fluxo de trabalho fornece uma estrutura estruturada para caracterização molecular direcionada e pode apoiar investigações epidemiológicas.