Análise transcriptômica de pacientes saudáveis e com PE
Para identificar as diferenças de expressão gênica entre o grupo normal (Normal) e pacientes com PE, a expressão diferencial nos conjuntos de dados combinados foi analisada utilizando o pacote R limma. Um total de 89 genes diferencialmente expressos (GDEs) foi identificado (p < 0,05 e |log2FC| > 0,5), sendo 69 genes superexpressos e 20 genes subexpressos para o conjunto GSE75010 (Figura 1A). Foram encontrados 2.097 genes diferencialmente expressos, dos quais 1.121 foram superexpressos e 976 subexpressos (Figura 1B). No conjunto de dados GSE60438, foram identificados 7.633 GDEs, com 3.371 genes superexpressos e 4.262 genes subexpressos (Figura 1C). As grandes diferenças no número de GDEs entre os três conjuntos de dados provavelmente refletem variações no tamanho da amostra, na origem tecidual (vilosidades placentárias versus decidua basal) e na classificação da gravidade da PE, o que reforça ainda mais a importância de considerar a intersecção entre os conjuntos de dados para identificar GDEs comuns e robustos.
Análise de enriquecimento funcional de genes diferencialmente expressos
Para a identificação sistemática de DEGs-chave associados à PE, foi realizada uma análise de Venn com os DEGs dos conjuntos de dados de PE GSE75010, GSE10588 e GSE60438, identificando-se, por fim, 56 DEGs comuns (Figura 2A). Uma rede de interação proteína-proteína (PPI) foi construída para esses 56 DEGs comuns utilizando a plataforma online STRING (pontuação de interação ≥0,15), e os 20 principais genes centrais foram posteriormente identificados com base em seu grau de conectividade na rede, classificados com o auxílio do software Cytoscape (Figura 2B). Com base nesses genes, também foi realizada a análise de enriquecimento GO para explorar funcionalidades potenciais em BP, CC e MF (Figura 2C). Os DEGs provavelmente estiveram enriquecidos em secreção hormonal e regulação da sinalização de receptores transmembrana serina/treonina quinase. Em termos celulares, os genes localizaram-se principalmente em adesões focais, junções célula-substrato e uma variedade de genes relacionados a vesículas e lisossomos. Em funções moleculares, os termos enriquecidos foram atividade de prolil hidroxilase, atividade hormonal e transporte transmembrana de moléculas relacionadas a lipídios. Esses resultados sugerem que os DEGs podem desempenhar papéis importantes na sinalização celular placentária, na interação célula-matriz e na manutenção de funções relacionadas ao sistema endócrino. Ao mesmo tempo, verificou-se que o enriquecimento de vias KEGG indicou que os DEGs provavelmente estiveram mais enriquecidos na interação citocina-receptor de citocina, interação de moléculas de adesão celular e nas vias de sinalização TGF-β e HIF-1 (Figura 2D). O enriquecimento de certos termos relacionados a vírus (por exemplo, vírus da hepatite, Ebolavirus) provavelmente reflete uma sobreposição inespecífica com genes imunorreguladores compartilhados, e não uma associação biológica direta com a PE; portanto, o foco interpretativo permanece nas vias relacionadas à inflamação, adesão e hipóxia. Essas vias estão relacionadas à resposta inflamatória, sinalização mediada por adesão celular e hipóxia, e podem influenciar a progressão da PE ao alterar o estado imuno-inflamatório e a comunicação entre células no microambiente placentário.
Aprendizado de máquina identifica SASH1 como um gene chave na PE
Para identificar genes prognósticos-chave, foram aplicados quatro métodos de aprendizado de máquina para seleção de características. A regressão LASSO com validação cruzada mostrou que o modelo atingiu o erro mínimo de validação cruzada quando log(λ.min) = -3,8075. Os genes com coeficientes não nulos nesse valor de λ foram selecionados como características principais identificadas pelo LASSO (Figura 3A–B). O algoritmo Boruta avalia a importância da característica comparando-a com características sombra. Genes com valores de importância superiores a shadowMax foram rotulados como Confirmados e considerados genes candidatos principais, enquanto aqueles com valores de importância inferiores a shadowMin foram rotulados como Rejeitados e considerados sem contribuição significativa. Genes entre esses dois limiares foram rotulados como Tímidos, indicando importância potencial, mas incerta (Figura 3C). A análise SVM-RFE demonstrou que, ao manter 40–50 características, a acurácia da validação cruzada atingiu o nível mais alto ou próximo ao mais alto, sugerindo desempenho preditivo ótimo nessa escala de características (Figura 3D). A acurácia moderada da validação cruzada (~0,6) indica que nenhum único algoritmo apresentou desempenho ideal para este conjunto de dados; portanto, adotou-se uma estratégia de interseção multi-algoritmo para aumentar a robustez da seleção de características. O XGBoost quantificou a importância relativa dos genes usando valores de Gain, identificando assim características com maior contribuição para a predição do modelo (Figura 3E). A análise de interseção de Venn dos resultados dos quatro métodos identificou SASH1 como o único gene com sobreposição. Embora SASH1 tenha sido classificado como Tímidos pelo algoritmo Boruta, sua seleção consistente nos outros três algoritmos apoia sua designação como gene candidato por consenso (Figura 3F).
Análise de célula única
A heterogeneidade celular e os processos moleculares nos tecidos placentários de PE foram investigados. As células foram filtradas por qualidade com base no número de genes detectados, no número de contagens de RNA e na porcentagem de expressão de genes mitocondriais. Células de baixa qualidade (com menos de 200 genes detectados ou com mais de 20% de conteúdo de genes mitocondriais) foram removidas para obter uma amostra de célula única de alta qualidade para análises posteriores. As métricas de controle de qualidade e a identificação de genes altamente variáveis são mostradas na Figura Suplementar 1A–B. Após a normalização e a identificação de genes altamente variáveis, foi realizada uma análise de componentes principais (PCA) utilizando os 2.000 principais genes altamente variáveis e os componentes principais significativos foram determinados por meio da análise JackStraw e da análise ElbowPlot (Figura Suplementar 2A–B).
Com base nos componentes principais, a aproximação de variedade uniforme e projeção (UMAP) foi utilizada para reduzir a dimensionalidade e realizar agrupamento não supervisionado, no qual todas as células foram classificadas em 22 agrupamentos, destacando a alta heterogeneidade celular no tecido placentário (Figura 4A). Ao estudar a expressão de genes marcadores específicos de cada agrupamento e visualizar os genes diferencialmente expressos (DEGs) em um mapa de calor (Figura 4B), cada agrupamento foi anotado com base em um marcador canônico e projetado novamente na representação UMAP (Figura 4C). Com base nesses principais agrupamentos celulares placentários, identificaram-se populações celulares incluindo células B/células plasmáticas, células endoteliais, fibroblastos/células estromais, macrófagos/células dendríticas, células natural killer, células T e células trofoblásticas. As comparações entre os grupos controle e PE revelam que diversos tipos celulares apresentam distribuição relativa substancial nas placentas com PE, sugerindo remodelação do microambiente placentário (Figura 4D).
A origem do tecido e o estado da doença foram utilizados para rastrear as células no mesmo agrupamento UMAP com base na fonte tecidual (decídua versus vilosidades) e no agrupamento por doença (controle versus PE) (Figura 4E). A distribuição do número de células foi parcialmente separada pela origem tecidual, enquanto as células de diferentes grupos de doença estavam altamente interconectadas. Isso sugere que a PE não reorganiza substancialmente toda a estrutura transcriptômica, mas pode ter efeitos sobre populações celulares individuais ou sobre características moleculares específicas. A expressão de SASH1 foi mapeada no UMAP para explorar sua distribuição entre as populações celulares placentárias (Figura 4F–G). SASH1 mostra expressão fortemente específica do tipo celular, com diferenças notáveis entre as populações celulares decíduas e vilosas. A comparação estatística da expressão de SASH1 entre os grupos PE e controle ao longo dos tipos celulares (teste de soma de postos de Wilcoxon) revelou diferenças significativas em múltiplas populações celulares placentárias, com a elevação mais acentuada observada nas células trofoblásticas de amostras de PE (Figura 4H). Essa descoberta fornece evidência em nível de célula única de que a desregulação de SASH1 é particularmente acentuada no compartimento trofoblástico, apoiando o uso da linhagem celular trofoblástica HTR-8/SVneo para experimentos funcionais subsequentes.
A diminuição de SASH1 inibe a apoptose de trofoblastos induzida por hipóxia e as respostas inflamatórias
Para validar as previsões bioinformáticas, estabeleceu-se um modelo celular de trofoblasto relacionado à PE em condições hipóxicas (1% O2). Realizaram-se análises de qPCR e Western blot para avaliar a expressão de SASH1 (Figura 5A–B). Em comparação com células HTR-8/SVneo normóxicas, as células tratadas com hipóxia apresentaram níveis significativamente aumentados de expressão de mRNA e proteína SASH1, fornecendo uma validação experimental preliminar dos resultados bioinformáticos. Para avaliar o efeito do silenciamento de SASH1 sobre processos patológicos relacionados à PE, realizou-se o silenciamento de SASH1 em células HTR-8/SVneo tratadas com hipóxia. As análises de PCR quantitativa e Western blot (Figura 5C–D) mostraram que a expressão de SASH1 foi significativamente reduzida em todos os grupos sh-SASH1 em comparação com o grupo sh-NC. Dentre eles, o sh-SASH1#3 apresentou a maior eficiência de silenciamento e, portanto, foi selecionado para os experimentos subsequentes. Realizaram-se coloração TUNEL e ELISA em três condições: controle normóxico (Normal), hipóxia com shRNA controle negativo (Hipóxia + sh-NC) e hipóxia com silenciamento de SASH1 (Hipóxia + sh-SASH1). Em comparação com o grupo Normal, o grupo Hipóxia + sh-NC exibiu apoptose significativamente aumentada e secreção elevada de citocinas pró-inflamatórias IL-1β, IL-6 e TNF-α, confirmando a lesão do trofoblasto induzida por hipóxia. O silenciamento de SASH1 atenuou acentuadamente esses efeitos, reduzindo a apoptose (Figura 5E) e os níveis de citocinas (Figura 5F) a valores próximos aos do grupo Normal, sugerindo que o silenciamento de SASH1 pode em grande parte reverter a apoptose do trofoblasto e as respostas inflamatórias induzidas por hipóxia. Para estabelecer mais firmemente o papel causal de SASH1, realizaram-se experimentos de ganho de função. A qPCR e o Western blot confirmaram a superexpressão bem-sucedida de SASH1 em células HTR-8/SVneo (Figura 5G–H). Em condições normóxicas, a superexpressão de SASH1 (OE-SASH1) aumentou significativamente a apoptose do trofoblasto e a secreção de citocinas pró-inflamatórias em comparação com o grupo OE-NC, recapitulando o fenótipo induzido por hipóxia (Figura 5I–J). Em conjunto, os dados de perda e ganho de função estabelecem que SASH1 é necessário e suficiente para induzir a apoptose do trofoblasto e as respostas inflamatórias, confirmando seu papel causal na patologia relacionada à PE.
Os P-EXOS suprimem a apoptose dos trofoblastos induzida pela hipóxia e as respostas inflamatórias por meio da modulação de SASH1
Considera-se que o P-EXOS possui valor terapêutico potencial na PE. Neste estudo, a análise de bioinformática sugeriu que SASH1 está associado a vias de sinalização relacionadas a exossomos (conforme indicado pelo enriquecimento GO e KEGG, Figura 2C–D), levando-nos a formular a hipótese de que o P-EXOS pode exercer um efeito protetor na PE por meio da regulação de SASH1. Antes dos estudos funcionais, os P-EXOS isolados foram primeiramente caracterizados. A análise por Western blot confirmou a presença das proteínas marcadoras de exossomos PLAP, CD63 e TSG101, sem expressão detectável do marcador do complexo de Golgi GM130, indicando alta pureza das vesículas isoladas. A microscopia eletrônica de transmissão revelou ainda estruturas vesiculares típicas em forma de taça (Figura 6A–B). Para verificar se os P-EXOS poderiam ser eficientemente internalizados por células-alvo, foi realizada coloração por imunofluorescência para avaliar a captação celular dos P-EXOS. Em comparação com o grupo controle, as células HTR-8/SVneo tratadas com P-EXOS exibiram sinais proeminentes de co-localização nas imagens sobrepostas, indicando que os P-EXOS foram efetivamente internalizados pelas células HTR-8/SVneo (Figura 6C).
Posteriormente, células HTR-8/SVneo foram co-cultivadas com P-EXOS sob condições hipóxicas. Tanto a PCR quantitativa quanto os ensaios de Western blot mostraram uma redução acentuada nos níveis de mRNA e proteína de SASH1 no grupo tratado com P-EXOS em comparação com os controles (Figura 6D–E), fornecendo evidências iniciais de uma interação regulatória entre P-EXOS e SASH1. De acordo com essas alterações moleculares, a coloração TUNEL revelou uma atenuação substancial da apoptose induzida por hipóxia em células HTR-8/SVneo após o tratamento com P-EXOS (Figura 6F). Ao mesmo tempo, ensaios de ELISA demonstraram diminuição acentuada na secreção de citocinas pró-inflamatórias, incluindo IL-6, IL-1β e TNF-α (Figura 6G).
Para determinar se os efeitos protetores dos P-EXOS são mecanicamente dependentes da supressão de SASH1, um experimento de resgate foi realizado sob condições hipóxicas. Células superexpressando SASH1 (OE-SASH1 + P-EXOS) foram comparadas com células controle negativo (OE-NC + P-EXOS). A superexpressão de SASH1 aboliu significativamente os efeitos protetores dos P-EXOS, como evidenciado pelo aumento da apoptose (Figura 6H) e pela secreção elevada de citocinas pró-inflamatórias (Figura 6I) em comparação com o grupo OE-NC + P-EXOS. Esses resultados demonstram que o efeito protetor dos P-EXOS é mediado especificamente pela supressão de SASH1, e não por vias paralelas, destacando o potencial terapêutico dos P-EXOS na PE.
DISPONIBILIDADE DE DADOS:
Os conjuntos de dados que apoiam as descobertas deste estudo estão disponíveis publicamente e foram obtidos do banco de dados Gene Expression Omnibus (GEO) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/), com os números de acesso GSE75010, GSE10588, GSE60438 e GSE183338. A anotação dos tipos celulares foi realizada com referência ao Banco de Dados de Classificação Celular (https://ngdc.cncb.ac.cn/celltaxonomy/). As imagens não recortadas de Western blot e todos os demais dados experimentais brutos que apoiam as descobertas deste estudo estão disponíveis na pasta Dados Brutos Suplementares.

Figura 1: Identificação de genes diferencialmente expressos (GDEs) em tecidos placentários e deciduais na pré-eclâmpsia (PE) em três conjuntos de dados independentes. (A) Gráfico de vulcão dos GDEs entre 157 amostras placentárias de PE e 173 amostras placentárias sem PE do conjunto de dados combinado GSE75010. (B) Gráfico de vulcão dos GDEs entre amostras placentárias de PE grave (n = 17) e amostras placentárias normais (n = 26) do conjunto de dados GSE10588. (C) Gráfico de vulcão dos GDEs entre amostras deciduais de PE e amostras deciduais de controles normotensos do conjunto de dados GSE60438. Os GDEs foram identificados utilizando p < 0,05 e |log2FC| > 0,5. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.

Figura 2: Análise funcional de enriquecimento e de interações proteína-proteína (PPI) dos DEGs comuns associados à pré-eclâmpsia. (A) Diagrama de Venn dos DEGs identificados a partir dos conjuntos de dados relacionados à PE GSE75010, GSE10588 e GSE60438. (B) Rede PPI dos 20 principais genes centrais selecionados entre os 56 DEGs comuns com base no grau de conectividade, classificados utilizando o software Cytoscape (pontuação de interação STRING ≥0,15). (C) As análises de enriquecimento GO e KEGG dos DEGs comuns são apresentadas como gráficos de barras. (D) As análises de enriquecimento GO e KEGG dos DEGs comuns, apresentadas como diagramas de acordes. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.

Figura 3: Triagem baseada em aprendizado de máquina de genes centrais candidatos associados à pré-eclâmpsia. (A) Análise de regressão LASSO mostrando os perfis de coeficientes dos genes candidatos. (B) Seleção do parâmetro de regularização ótimo (λ) pela regressão LASSO utilizando validação cruzada. (C) Algoritmo Boruta. (D) Análise SVM-RFE. (E) Algoritmo XGBoost. (F) Diagrama de Venn mostrando a interseção dos genes candidatos identificados pelos algoritmos LASSO, Boruta, SVM-RFE e XGBoost. Abreviações: LASSO = operador de seleção e redução absoluta mínima; SVM-RFE = eliminação recursiva de características por máquina de vetores de suporte. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.

Figura 4: A análise transcriptômica de célula única revela padrões específicos de expressão de SASH1 por tipo celular na pré-eclâmpsia. (A) Agrupamento UMAP do conjunto de dados de célula única. (B) Análise dos cinco principais marcadores do conjunto de dados transcriptômicos de célula única da pré-eclâmpsia GSE183338. (C) Anotação das subpopulações celulares. (D) Gráfico de barras mostrando a distribuição das proporções celulares nas amostras controle e pré-eclâmpsia (PE). (E) Gráfico UMAP colorido por origem tecidual (decídua e vilosidades) e estado da doença (controle e PE). (F) Gráfico UMAP mostrando a expressão de SASH1 nas populações celulares placentárias agrupadas por origem tecidual (decídua e vilosidades). (G) Gráfico UMAP mostrando a expressão de SASH1 nas populações celulares placentárias agrupadas por estado da doença (controle e PE). (H) Gráfico de violino mostrando a distribuição da expressão de SASH1 em diferentes tipos celulares placentários. ns p > 0,05; *p < 0,05; **p < 0,01; ***p < 0,001. Abreviações: UMAP = aproximação uniforme e projeção de variedades; ns = não significativo. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.

Figura 5: SASH1 regula a apoptose e a inflamação em trofoblastos induzidas pela hipóxia. (A) Análise por qPCR da expressão de mRNA de SASH1 e quantificação densitométrica dos níveis proteicos de SASH1 em células HTR-8/SVneo sob condições normais e hipóxicas. (B) Imagens representativas de western blot correspondentes aos dados densitométricos mostrados em (A). (C) Análise por qPCR da expressão de mRNA de SASH1 e quantificação densitométrica dos níveis proteicos de SASH1 em células HTR-8/SVneo tratadas com hipóxia e transfectadas com construtos sh-NC ou sh-SASH1 (sh-SASH1#1, sh-SASH1#2 e sh-SASH1#3). (D) Imagens representativas de western blot correspondentes aos dados densitométricos mostrados em (C). (E) Coloração TUNEL em células HTR-8/SVneo nos grupos Normal, Hipóxia + sh-NC e Hipóxia + sh-SASH1(#3). Barra de escala = 20 µm. (F) Análise por ELISA de citocinas inflamatórias (IL-1β, IL-6 e TNF-α) nos grupos Normal, Hipóxia + sh-NC e Hipóxia + sh-SASH1(#3). (G) Análise por qPCR da expressão de mRNA de SASH1 e quantificação densitométrica dos níveis proteicos de SASH1 em células HTR-8/SVneo transfectadas com construtos OE-NC ou OE-SASH1. (H) Imagens representativas de western blot correspondentes aos dados densitométricos mostrados em (G). (I) Coloração TUNEL em células HTR-8/SVneo nos grupos Normal + OE-NC e Normal + OE-SASH1. Barra de escala = 20 µm. (J) Análise por ELISA de citocinas inflamatórias (IL-1β, IL-6 e TNF-α) nos grupos Normal + OE-NC e Normal + OE-SASH1. *p < 0,05; **p < 0,01; ***p < 0,001. Os dados são apresentados como média ± DP de três réplicas biológicas independentes (n = 3). Clique aqui para visualizar uma versão ampliada desta figura.

Figura 6: Os P-EXOS atenuam a lesão de trofoblastos induzida por hipóxia por meio da supressão de SASH1. (A) Análise por western blot das proteínas marcadoras de P-EXOS PLAP, CD63 e TSG101, com GM130 servindo como controle negativo. (B) Análise por microscopia eletrônica de transmissão (MET) da morfologia dos P-EXOS. Barra de escala = 1,0 µm. (C) Imagens de microscopia confocal de varredura a laser mostrando a captação de P-EXOS marcados com PKH67 (verde) em células HTR-8/SVneo (vermelho). Os núcleos foram contra-coloridos com DAPI (azul). Barra de escala = 20 µm. (D) Análise por qPCR da expressão de mRNA de SASH1 e quantificação densitométrica dos níveis proteicos de SASH1 em células HTR-8/SVneo nos grupos Controle e P-EXOS. (E) Imagens representativas de western blot correspondentes aos dados densitométricos mostrados em (D). (F) Coloração TUNEL em células HTR-8/SVneo nos grupos Controle e P-EXOS. Barra de escala = 20 µm. (G) Análise por ELISA de citocinas inflamatórias (IL-1β, IL-6 e TNF-α) em células HTR-8/SVneo tratadas com hipóxia nos grupos Controle e P-EXOS. (H) Coloração TUNEL em células HTR-8/SVneo nos grupos OE-NC + P-EXOS e OE-SASH1 + P-EXOS. Barra de escala = 20 µm. (I) Análise por ELISA de citocinas inflamatórias (IL-1β, IL-6 e TNF-α) em células HTR-8/SVneo tratadas com hipóxia nos grupos OE-NC + P-EXOS e OE-SASH1 + P-EXOS. Abreviações: P-EXOS = exossomos derivados da placenta; MET = microscopia eletrônica de transmissão; PLAP = fosfatase alcalina placentária; TSG101 = gene de suscetibilidade tumoral 101. *p < 0,05; **p < 0,01. Os dados são apresentados como média ± DP de três réplicas biológicas independentes (n = 3). Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.
Figura Suplementar 1: Controle de qualidade dos dados de RNA-seq de célula única. (A) Gráfico de violino dos níveis de expressão gênica após o controle de qualidade. (B) Gráfico de características variáveis mostrando os genes altamente variáveis identificados após o controle de qualidade.Clique aqui para baixar este arquivo.
Figura Suplementar 2: Determinação dos componentes principais estatisticamente significativos para agrupamento de células individuais. (A) Gráfico de pontos JackStraw utilizado para identificar componentes principais estatisticamente significativos. (B) Gráfico de cotovelo mostrando a variância explicada pelos componentes principais.Clique aqui para baixar este arquivo.
Tabela Suplementar 1: sequências alvo de shRNA utilizadas para o silenciamento de SASH1. Sequências alvo de shRNA (5′–3′) para o controle negativo (sh-NC) e três construtos direcionados ao SASH1 (sh-SASH1#1, sh-SASH1#2 e sh-SASH1#3) utilizados para o silenciamento gênico.Clique aqui para baixar este arquivo.
Tabela Suplementar 2: Sequências de iniciadores utilizadas para PCR quantitativa. Sequências dos iniciadores direto e reverso (5′–3′) para SASH1 e β-actina (controle interno de referência) utilizadas na análise de qPCR.Clique aqui para baixar este arquivo.