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1. RSM: definições e necessidade
Os RSMs são organizados hierarquicamente, com dois tipos principais: RSMs primários e secundários. De acordo com o Guia ISO 30, um padrão primário é definido como um "padrão designado ou amplamente reconhecido por possuir as maiores qualidades metrológicas e cujo valor é aceito sem referência a outros padrões da mesma quantidade, dentro de um contexto especificado". Por exemplo, RSMs da Farmacopeia dos Estados Unidos (USP), Farmacopeia Europeia (Ph. Eur.), Farmacopeia Britânica (BP), etc., que foram amplamente caracterizados por meio de estudos multilaboratoriais, qualificam-se como RSM primário. Fabricantes individuais posteriormente utilizam esses RSMs primários para calibrar e qualificar seus próprios materiais de referência de trabalho proprietários, que servem como RSMs secundários para testes rotineiros de controlede qualidade 12,15. Assim, a ISO define um RSM secundário como um "padrão cujo valor é atribuído por comparação com um padrão primário da mesma quantidade". Essa abordagem hierárquica garante rastreabilidade: as medições internas remontam a padrões primários, que por sua vez são caracterizados por métodos analíticos deponta 16. O uso dos RSMs fornece benchmarks comuns que permitem aos fabricantes calibrar e validar seus métodos analíticos até o mesmo ponto de referência, levando assim a medições mais precisas. As autoridades reguladoras, portanto, incentivam o uso de RSMs primários para calibrar RSMs internos e validar métodos de teste, melhorando a consistência em toda a fabricação deAAVs 17,18. Isso permite a padronização entre técnicas analíticas variadas, levando a uma melhor comparação dos resultados de caracterização de rAAV entre laboratórios e diferentesprodutos 17,19. A comparabilidade aprimorada aprimora a compreensão dos riscos de segurança potencialmente associados a doses altas ou impurezas relacionadas ao produto, como capsídeos vazios e parcialmente preenchidos. Em última análise, esses insights podem informar a formulação de políticas regulatórias baseadas na ciência, como um limiar mínimo de capsídeas completas, análogo ao critério de ≥70% de células viáveis para terapias celulares somáticas, contribuindo assim para produtos de terapia gênica mais seguros econfiáveis 13,20,21.
Para rAAV, várias CQAs ilustram claramente a necessidade de padronização. O título do genoma vetoral determina diretamente a dose do paciente; Títulos imprecisos correm risco de subdosagem ou superdosagem. PCR quantitativa (qPCR) e PCR digital (dPCR) são amplamente usadas para medir título, mas os resultados podem diferir para a mesma amostra se diferentes calibrantes ou protocolos de curvas padrão internosforem usados 11. O conteúdo de capsídeos (a proporção de capsídeos cheios, parcialmente preenchidos e vazios) é outra CAQ crítica, pois capsídeas vazias e parcialmente preenchidas podem contribuir para a imunogenicidade ou reduzir aeficácia 6. Mais de dez técnicas diferentes são usadas para medir o conteúdo da capsídea, incluindo ultracentrifugação analítica (AUC), Cromatografia de Exclusão de Tamanho acoplada a espalhamento de luz multiângulo (SEC-MALS), fotometria de massa (MP), espectrometria de massa por detecção de carga (CDMS), microscopia eletrônica (EM), cromatografia por troca de ânions (AEX), foco isoelétrico capilar (cIEF), espectroscopia ultravioleta-visível (UV/Vis), entre outras. Além disso, o conteúdo de capsídeos é frequentemente estimado indiretamente usando a razão entre o título do genoma do vetor e o título da partícula viral, determinada por qPCR ou dPCR e ELISA, respectivamente (PCR/ELISA)22. Cada técnica mede diferentes propriedades físicas e pode relatar valores distintos de conteúdo de capsid para as mesmas amostras. Um estudo interlaboratorial recente do NIST comparando UV/Vis, AUC, SEC-MALS e PCR/ELISA demonstrou variabilidade substancial entre métodos e entre laboratórios, com PCR/ELISA apresentando reprodutibilidade particularmente baixa e AUC apresentando divergência significativa entre laboratórios, apesar de ser amplamente considerado um métodode referência 8. Esses achados indicam que reduzir a variabilidade na análise de AAV requer tanto RSMs compartilhados quanto fluxos de trabalho analíticos harmonizados, conforme discutido na Seção 5.
2. paisagem rAAV RSM
Os esforços para estabelecer RSMs para AAV resultaram em duas fontes fornecendo RSMs AAV primários. Entre as fontes farmacopeicas, a USP é atualmente a única fornecedora de RSM primário de AAV. Além dos USP, os RSMs AAV primários também estão disponíveis na American Type Culture Collection (ATCC). Uma variedade crescente de RSMs secundários comerciais para múltiplos sorotipos também está disponível, refletindo esforços comunitários contínuos para enfrentar a falta de padronização inerente à caracterização dos AAV. A Tabela 1 resume os materiais atualmente disponíveis do AAV RSM e suas principais características.
- Normas do ATCC
O primeiro esforço internacional para estabelecer RSMs para rAAV começou em 2010, quando o Grupo de Trabalho de Padrões de Referência AAV (AAVRSWG) produziu RSMs primários para rAAV2, seguido pelo rAAV8 em 2014. Essa organização de voluntários incluía membros de cinco organizações industriais, 13 universidades, a Food and Drug Administration (FDA), o Instituto Nacional de Saúde (NIH) e a Williamsburg Bioprocessing Foundation (WilBio), representando quatro países: EUA, França, Alemanha e Japão. Os principais RSMs foram concebidos para servir como padrões comunitários para facilitar a comparação interlaboratorial de doses entre estudos não clínicos e clínicos. Os pesquisadores são incentivados a relatar títulos relacionados a esse RSM primário ao publicar ou submeter dados às autoridades de saúde. A produção visou alcançar um título final de 1 × 1012 genomas vetoriais por mililitro (vg·mL-1) e produzir aproximadamente 5.000–10.000 frascos contendo 0,5 mL cada19. Os materiais foram caracterizados para título do genoma vetorial (qPCR), título de partículas (ELISA), título transdutor (microscopia de fluorescência), título de partículas infecciosas (TCID50), pureza (eletroforese em gel de dodecila sulfato de sódio-poliacrilamida (SDS-PAGE)) e identidade vetorial (eletroforese em gel) por meio de um estudo multilaboratorial envolvendo 16 laboratórios ao redor do mundo. Além disso, micoplasma, biocarga, esterilidade e endotoxina foram avaliados para garantir a segurança doproduto 23,24,25. Uma visão geral aprofundada da caracterização analítica do AAV, incluindo os ensaios-chave e as informações que cada ensaio fornece, é apresentada na Seção 4.
Embora os RSMs ATCC tenham sido materiais pioneiros no campo do AAV, sua utilidade é limitada pelo fato de terem sido produzidos há mais de uma década, antes que muitas abordagens analíticas atuais para caracterização do AAV fossem amplamente adotadas. Por exemplo, a caracterização original não incluía perfilamento de capsídeo vazio/completo, o que limita sua aplicabilidade direta para padronizar análise de conteúdo de capsídeo, agora considerada uma CQA importante para rAAV. Além disso, foi relatada uma variabilidade significativa entre laboratórios para o título do genoma do vetor, título da capsídea e título infeccioso, apesar do uso de protocolos e reagentes compartilhados, ressaltando que materiais comuns sozinhos não garantem medições harmonizadas, e ensaios mais maduros com SOPs detalhados são igualmente importantes. De acordo com informações atuais dos fornecedores, a disponibilidade desses materiais também é restrita, o que pode limitar ainda mais a implementaçãomais ampla 11. De acordo com as informações atuais dos fornecedores sobre produtos, a disponibilidade desses materiais é restrita a 3 frascos por cliente por ano para AAV2 (ATCC VR-1616), com o fornecimento registrado como reabastecimento pendente, e 12 frascos por cliente por ano para AAV8 (ATCC VR-1816). Essas restrições necessariamente limitam o uso mais amplo e rotineiro desses materiais como RSMsem toda a comunidade 26,27.
- Padrões USP
Em termos de iniciativas farmacopeicas, a USP é atualmente a única organização que produziu RSMs primários para o AAV. Os dados de caracterização a seguir são baseados nas notas de aplicaçãodos USP 28, 29, 30. Em 2025, a USP lançou o AAV8 RSM para capsídeos completos e vazios, numa tentativa de padronizar a análise de conteúdo do capsídeo. Para alcançar isso, a USP estabeleceu RSMs com altas concentrações (> 3,0E+12 de título de partículas virais por mililitro (vp·mL-1)) e volumes substanciais (300 μL), possibilitando sua aplicação em diversas abordagens analíticas de conteúdo de capsídeos. Foi realizado um estudo colaborativo abrangente multi-laboratório para avaliar completamente o RSM do AAVA DOS USP e garantir a precisão e precisão das medições. Este estudo envolveu cinco laboratórios independentes e empregou várias técnicas analíticas de conteúdo capsídeo: AUC, SEC-MALS, CD-MS, MP e UV/Vis. Métodos biofísicos adicionais de caracterização foram aplicados às amostras de AAV, incluindo mapeamento peptídico, sequenciamento de próxima geração (NGS), dPCR e eletroforese em gel capilar (CGE), fornecendo dados adicionais de caracterizaçãode partículas 28.
Além disso, a USP desenvolveu um controle de PCR quantitativo baseado em AAV5, contendo um realçador de citomegalovírus (CMV), promotor de β-actina (CBA) de galinha, proteína fluorescente verde (GFP) e sinal de poliadenilação do vírus símio 40 (SV40), destinado ao uso como calibrante padrão de curvas ou controle de ensaio em medições de títulos genômicos. O conteúdo da capsídea foi determinado pelo SEC-MALS, enquanto o título do genoma viral foi quantificado por dPCR direcionando múltiplas sequências. Um estudo multilaboratório de dPCR, incluindo 4 laboratórios, revelou que o direcionamento para SV40 resultou em menor variabilidade interlaboratorial (CV 11,2%) em comparação com o alvo ITR (CV 36,1%), provavelmente devido à interferência da estrutura secundária ITR. Consequentemente, o valor de referência atribuído é baseado no título alvo SV40 e equivale a 7 x 1010 vg·mL-1,32. Com relação aos materiais de referência para ensaios de títulos de capside, a USP fornece materiais de referência de títulos de capsídea para AAV1, AAV5, AAV8 e AAV9. Esses materiais, caracterizados pelo SEC-MALS para quantificação absoluta de partículas da capsídea e variando de 1x1011 a1x10 12 vg·mL-1, podem servir como calibrantes padrão de curva ou controles positivos em ensaios de títuloda capsídea 30.
- Padrões comerciais
Várias empresas comerciais oferecem RSMs AAV completos e vazios para múltiplos sorótipos, por exemplo, PROGEN, AAVnergene e Revvity; Os seguintes dados de caracterização e especificações do produto são baseados em informações fornecidas pelo fornecedor, incluindo folhas de produto e notas deaplicação 31, 32, 33, 34, 35. Como RSMs secundários, esses materiais são frequentemente comparados aos RSMs ATCC. Comparados aos RSMs farmacopéicos, esses RSMs abrangem uma gama mais ampla de sorótipos, com certos fornecedores fornecendo AAV1–13 e variantes engenheiradas. RSMs comerciais são tipicamente caracterizados por atributos básicos de qualidade, como título da capsídea (por ELISA ou SEC-MALS), título do genoma do vetor (por qPCR ou dPCR) e conteúdo da capsídea (frequentemente por um único método analítico).
No entanto, alguns desses materiais comerciais estão disponíveis apenas em pequenas quantidades, restringindo seu uso para o desenvolvimento extensivo de métodos de diferentes ensaios ou estudos multi-site. Além disso, falta uma caracterização extensa por meio de um estudo colaborativo multilaboratório envolvendo múltiplas técnicas ortogonais, incluindo avaliação de estabilidade, limitando assim a confiança nos valores atribuídos e na aplicabilidade interlaboratorial. Apesar dessas limitações, os RSMs comerciais desempenham um papel importante no desenvolvimento, validação e otimização de processos de ensaios, podendo servir como RSMs interinos quando os RSMs primários não estão disponíveis para sorótipos específicos.
Alguns fornecedores estão trabalhando em protocolos de caracterização mais rigorosos e maior transparência para aumentar a utilidade de suas ofertas deRSM 36,37.
- Padrões internos
Laboratórios individuais também podem desenvolver RSMs internos, uma estratégia frequentemente empregada para produtos únicos de AAV, como sorótipos modificados pela capsídea ou construções genômicas virais específicas. RSMs internos também podem ser preferidos para reduzir custos, já que materiais de referência primários e comerciais secundários podem ser caros. Quando possível, esses RSMs internos devem ser comparados com os RSMs primários para serem posteriormente usados no desenvolvimento de ensaios, validação, testes rotineiros durante a fabricação ou controle de qualidade. Várias considerações importantes se aplicam ao usar RSMs internos: esses materiais devem ser cuidadosamente caracterizados, quantidades suficientes devem ser reservadas e protocolos devem ser estabelecidos para monitorar a estabilidade ao longo do tempo. Além disso, o planejamento para a produção de novos lotes de RSM é fundamental, incluindo a retenção de material suficiente do lote anterior para fazer a ponte entre medições e garantir a continuidade ao longo do desenvolvimentodo produto 20. Na seção 3, é apresentada uma visão detalhada das estratégias para produção interna de RSM, abrangendo processos upstream e downstream, bem como caracterização analítica. Juntas, essas abordagens oferecem uma estrutura prática para gerar RSMs internamente.
3. Estratégias de fabricação da RSM:
Produzir RSMs AAV de alta pureza apresenta desafios inerentes. Alcançar preparações de cápsideas 100% vazias é complicado pelo fato de que cápsides "vazias" podem conter material genético residual. Da mesma forma, obter preparações puras de capsídeas completas se mostra difícil porque capsídeas vazias e parcialmente preenchidas compartilham características físicas semelhantes e co-purificam com capsídeas completas durante os processosde separação 10. Apesar desses desafios, avanços significativos na tecnologia de produção agora permitem o enriquecimento de populações de capsídeos predominantemente cheios ou predominantemente vazios. A seção a seguir oferece uma visão abrangente das tecnologias atuais de produção e separação, bem como dos métodos de caracterização e condições de formulação que podem ser empregados para produzir, caracterizar e armazenar os RSMs AAV.
- Processamento upstream
o rAAV, como outros bioterapêuticos, deve ser produzido em células vivas, mais comumente usando transfecção transitória ou plataformas baseadas em infecção viral. A abordagem dominante para material de grau clínico é a transfecção transitória por triplo plasmídeo em células de suspensão HEK293, usando três plasmídeos separados para o transgene flanqueado por ITR, os genes rep/cap e funções auxiliares; Este sistema flexível e livre de vírus helper suporta a rápida intercambiabilidade de sorotipos e transgenes e é usado na maioria dos programas clínicos e produtosaprovados 38. No entanto, os custos com DNA plasmídico aumentam substancialmente à medida que a produção aumenta, representando uma desvantagem significativa. Para reduzir os custos com matérias-primas, os sistemas de produção foram simplificados de três plasmídeos para dois (genes rep/cap/helper em um plasmídeo, transgene em outro) ou um (com todos os genes em um único plasmídeo)39,40. Células HEK293 podem ser cultivadas em formatos aderentes ou suspensão com produtividade comparável, embora a cultura em suspensão seja preferida por sua escalabilidade41.
Plataformas alternativas de produção incluem o Sistema de Vetores de Expressão de Baculovírus (BEVS) em células de Sf9 ou outras células de insetos, linhas celulares produtoras estáveis, sistemas baseados em vírus herpes simplex e sistemas de expressão induzível. Notavelmente, diferentes plataformas de produção podem gerar proporções vazio/cheio significativamente diferentes mesmo para o mesmo sorótipo, com percentual relatado variando de 8% a mais de 39%, dependendo da plataforma e do serotipo AAV específicoempregado 42.
Selecionar a plataforma de produção adequada e otimizar as condições a montante para a geração de RSM requer uma consideração cuidadosa da população alvo do capsido. Com relação à transfecção transitória do HEK293, o sistema de produção mais amplamente utilizado para material clínico e atualmente disponíveis nos RSMs (Tabela 1), vários parâmetros de processo podem ser otimizados para aumentar tanto o rendimento quanto a razão vazio/capsid completo. Para RSMs de capsídea completa, a otimização de processos a montante visa maximizar o rendimento e a eficiência do empacotamento do genoma para minimizar a formação parcial ou vazia da capsídea, já que a razão inicial vazio/cheia no lisato bruto impacta diretamente a relação vazio/completo a jusante. Parâmetros chave incluem densidade celular na transfecção, razões molares plasmídicas, a proporção entre reagente de transfecção e DNA, momento da colheita, aditivos de pequenas moléculas (por exemplo, agentes de parada do ciclo celular) e o design de fitas cassetetransgene 40,43,44,45,46.
RSMs vazios de capsídeo são tipicamente produzidos omitindo o plasmídeo do transgene durante a transfecção, impedindo o empacotamento do DNA após a montagem da capsídea. Na prática, porém, essas preparações "vazias" frequentemente ainda contêm DNA contaminante, tornando-as composicionalmente heterogêneas e destacando a necessidade de caracterização analíticaminuciosa 47,48.
- Processamento a jusante
O processo a jusante (DSP) inclui a colheita, esclarecimento e purificação do vetor para obter um produto AAV altamente puro, garantindo tanto alto rendimento vetorial quanto uma razão ideal vazio/cheio. O processamento a jusante começa 72 horas após a transfecção com lise celular para recuperar rAAVs intracelulares49. Embora a saída viral varie conforme o sorotipo, a lise celular garante uma recuperação intracelular completa50. A lise é alcançada mecanicamente por meio de ciclos de congelamento-descongelamento ou quimicamente usando tampões à base de detergente (por exemplo, Triton X-100, Tween-20/80, CHAPS), com métodos químicos preferidos para maior escalabilidade49,51. O tratamento com nuclease (por exemplo, Benzonase) durante a lise degrada genomas de vetor não capsidados e DNA plasmídico contaminante, prevenindo viés na titulação do genoma e reduzindo a viscosidade do DNA para etapas posteriores do DSP. Um tampão comum de lise para rAAV derivado do HEK293 é 50 mM Tris-HCl (pH 8,0), 150 mM NaCl, 0,1% Triton X-100, Benzonase 25–50 U.mL-1,51. O lisado é então clarificado por filtração profunda ou centrifugação para remover detritos celulares. A filtração tangencial de fluxo (TFF) então concentra a colheita e troca o buffer pela purificação a jusante, embora essa etapa possa ser omitida se a etapa de purificação a jusante puder lidar com grandes volumes. A purificação adicional ocorre por meio de ultracentrifugação (UC) ou métodos baseados em cromatografia52.
A UC de densidade de gradiente, mais comumente por meio do gradiente de cloreto de césio (CsCl) ou iodixanol, tem sido tradicionalmente empregada para purificação por rAAV, proporcionando alto rendimento e separação eficaz de capsídeos completos das impurezas relacionadas ao processo e ao produto53. Embora a UC ofereça independência do sorótipo e alta pureza, ela apresenta deficiências significativas, incluindo manuseio manual, escalabilidade limitada para grandes volumes e processamento intensivo em mão de obra. A cromatografia em coluna surgiu como uma alternativa preferida, oferecendo escalabilidade, tempos de processamento mais rápidos e capacidade de automação, e foi aplicada com sucesso para a produção de rAAV e RSM de grau clínico. A cromatografia em coluna para rAAV é tipicamente realizada em duas etapas sequenciais: captura e polimento52,54.
A cromatografia de afinidade serve como a etapa principal de captura, usando ligantes imobilizados em resinas para ligar capsídeos AAV enquanto remove a maioria das impurezas relacionadas ao processo. Fragmentos de anticorpos de domínio único (VHH) tornaram-se recentemente a escolha preferida de ligante devido à versatilidade entre sorótipos e alta especificidade. Colunas comumente usadas à base de anticorpos incluem POROS CaptureSelect AAVX, AVB Sepharose High Performance e Capto AVB51. POROS CaptureO AAVX oferece a especificidade mais ampla, ligando AAV1–9, rAAV-10 e variantes engenheiradas, tornando-o adequado para purificação sem critério de sorotipo55. É comumente empregado na maioria das purificações comerciais de RSM rAAV (Tabela 1). Como as colunas de afinidade não podem diferenciar entre capsídeos completos e vazios, como os epítopos estão presentes em ambas as variantes, é empregado um passo adicional de polimento. A etapa de polimento normalmente emprega cromatografia de troca aniônica (AEX) para separar capsídeos completos e vazios. Esse método explora a leve diferença de ponto isoelétrico (pI) entre populações completas (~5,9) e vazias (~6,3) de capsídeas52. Três formatos de fase estacionária estão comercialmente disponíveis: resinas compactadas, monólitos e colunas de membrana53. Os dados comparativos de desempenho para AAV em todos os três formatos são limitados. No entanto, monólitos e colunas de membrana suportam taxas de fluxo mais altas baseadas em convecção, tornando-os preferidos em escalas maiores, onde o tempo de processamento reduzido é crítico. Resinas compactadas dependem de transferência de massa limitada por difusão e maior pressão de retorno, restringindo as taxas de fluxo56,57. Uma lista de colunas comercialmente disponíveis sobre AEX pode ser encontrada em uma resenha de Jungbauer et al51. Para elução, gradientes de sal em etapas são cada vez mais preferidos em relação aos gradientes contínuos rasos porque os passos de sal fixos são menos sensíveis a variações instrumentais (mistura por bomba, vazão) do que gradientes em constante mudança, melhorando a reprodutibilidade enquanto reduzem o consumo de tampão52. Protocolos AEX otimizados podem alcançar >90% de pureza total da capsídea em múltiplos sorótipos58. No entanto, ao contrário da UC, o AEX ainda não demonstrou separação confiável de capsídeos parcialmente preenchidos, e cada sorotipo requer otimização, pois o perfil de carga varia conforme o sorotipo51. Notavelmente, a maioria dos processos comerciais de purificação de RSM combina cromatografia por captura de afinidade com UC (iodixanol ou CsCl) como etapa de polimento, aproveitando as vantagens de alta pureza da UC após a remoção inicial de impurezas baseada em afinidade (Tabela 1).
- Formulação
A otimização da formulação de AAV é importante para garantir a estabilidade do RSM e sua vida útil. O desenho da formulação envolve seleção de excipientes, regulação da osmolaridade, seleção de tampão, surfactante e controle da força iônica para minimizar a agregação. Os sistemas tampão mais comuns incluem fosfato, tris, acetato, citrato e lactato, normalmente operando dentro de uma faixa de pH de 7,4 ± 0,3 em diferentes sorótipos. Excipientes são agentes estabilizadores comumente encontrados em formulações de AAV, incluindo NaCl, KCl, poloxâmero 188 (Px188), MgCl₂, CaCl₂, sacarose, PS20, sorbitol, manitol, glicerol e albumina sérica humana. Px188 em ~0,001% é comumente usado para reduzir o estresse interfacial e mecânico, limitando assim a ruptura da capsídea e a perda de título durante o manuseio econgelamento-descongelamento 59. A osmolaridade é uma consideração importante para a administração em humanos, mas é menos relevante para os RSMsde grau de pesquisa 60. A maioria dos RSMs comerciais utiliza tampões baseados em PBS, ocasionalmente complementados com sais adicionais. Os fornecedores recomendam o armazenamento a -80 °C e evitar múltiplos ciclos de congelamento-descongelamento, pois isso pode promover a ruptura da capsídea nas interfaces entre água gelada, podendo levar à perda do título34,61.
4. Caracterização analítica: Definição do padrão
Uma vez que o RSM foi produzido, purificado e formulado, é realizada uma caracterização analítica abrangente. Essa etapa garante a qualidade do RSM e sua aplicabilidade como referência em diferentes métodos analíticos. Empregar técnicas analíticas ortogonais para avaliar os mesmos atributos de qualidade é particularmente importante para garantir a robustez e, por isso, é altamente recomendado. Os principais atributos de qualidade especificamente para o RSM da AAV podem ser divididos em três categorias: título, identidade e pureza, conforme listado na Tabela 2.
- Título
A caracterização de RSM engloba a medição do título, quantificado como título do genoma vetorial e título de partícula da capsídea, fornecendo informações sobre o número de genomas e capsídeos vetoriais presentes. O título genômico é tipicamente medido por qPCR ou dPCR direcionados ao transgene, ITRs ou outros elementos de cassete transgene, com o design do ensaio e a colocação do primer/sonda influenciando significativamente os resultados. Os ensaios baseados em ITR são independentes do sorótipo e amplamente aplicáveis, mas a estrutura em grampo dos ITRs pode dificultar a ligação dos espoletários, e tais ensaios podem superestimar títulos quando capsídeos parcialmente preenchidos que retêm sequências de ITR estão presentes; Demonstrou que a qPCR direcionada a ITR superestima os títulos genômicos para RSMs AAV2 e AAV8 em relação aos ensaios de expressão direcionados acassete 11. Outra fonte de viés na qPCR é o uso de calibrantes de DNA plasmídico de fita dupla, que exibem cinética de amplificação diferente dos genomas rAAVde fita simples 29.
A dPCR aborda ambas as limitações por meio da quantificação absoluta via estatística de Poisson, eliminando a dependência da curva padrão, e demonstrou ser menos suscetível à interferência secundária da estruturaITR 62. Notavelmente, a qPCR pode alcançar precisão equivalente quando calibrada contra um calibrante baseado em rAAV em vez de plasmídeo, oferecendo uma alternativa63 mais econômica. O pré-tratamento adequado da amostra é igualmente importante. O tratamento com DNase remove o DNA externo para garantir que apenas genomas encapsidados sejam quantificados, e deve ser seguido por inativação antes da ruptura da capsíde, utilizando a proteinase K ou tratamentotérmico 64,65,66. Um protocolo otimizado e validado para quantificação do genoma baseado em ddPCR em amostras purificadas de vetores foi publicado por nosso grupode pesquisa 67.
O título de partículas da capsídea é comumente determinado usando um ELISA ou SEC-MALS. O ELISA oferece alta especificidade e robustez aos efeitos da matriz, mas é específico do sorotipo, dependente da curva padrão e intensivo em mão de obra. O SEC-MALS é independente do sorótipo e mais rápido, mas requer instrumentaçãoespecializada 22.
- Identidade
A avaliação da identidade visa confirmar que o AAV produzido está em conformidade com o serotipo e sequência genômica pretendidos, excluindo alterações não intencionais tanto nos níveis de proteína quanto de DNA. A identidade da proteína da capsídea refere-se à identificação de sorótipo. Métodos comuns incluem ELISA e western blot (WB) usando anticorpos específicos para sorotipo. Mais recentemente, a espectrometria de massa acoplada à cromatografia líquida de alta performance (LC-MS) surgiu como uma abordagem complementar de ordem superior para identificação de sorótipos e análise da composição do capsídeo devido à sua alta reprodutibilidade, precisão e robustez, embora geralmente não seja usada para caracterização rotineira interna deRSM 6,22. A identidade do genoma do vetor pode ser avaliada usando métodos de sequenciamento, como o sequenciamento por nanoporos. Essa abordagem oferece uma cobertura de leitura longa dos genomas completos do AAV, permitindo a determinação precisa da identidade dasequência 22.
- Pureza
Um terceiro parâmetro importante de qualidade para os RSMs de AAV é a pureza, que abrange pureza de proteínas, integridade do capsídeo e genoma, conteúdo do capsídeo e agregação. A integridade da cápside é avaliada verificando a estequiometria VP (VP1:VP2:VP3 ≈ 1:1:10) usando Eletroforese em Gel de Dodecil Sulfato de Sódio-Poliacrilamida (SDS-PAGE), Eletroforese Capillar Dodecil Sulfato de Sódio (CE-SDS) ou WB, com o WB fornecendo adicionalmente confirmação da identidade da proteínada capsídea 22.
A integridade do genoma, seja o transgene de comprimento total ou truncado, pode ser avaliada por Eletroforese em Gel de Agarose (AGE), multiplex ddPCR ou abordagens baseadas em sequenciamento, como o sequenciamento nanoporos. Embora AGE seja simples, oferece resolução e especificidade limitadas. O multiplex ddPCR fornece dados quantitativos e específicos de região que métodos baseados em gel não conseguem, embora isso custe um desenvolvimento de ensaios maisextenso 22,68.
O conteúdo da capsídea é frequentemente estimado dividindo o título do genoma pelo título da capsídea; no entanto, isso depende de dois ensaios independentes, que podem introduzir variabilidade adicional e, portanto, não são recomendados para caracterização de RSMs. Técnicas mais adequadas para esse atributo com menor variabilidade incluem AUC, SEC-MALS, MP, CD-MS e UV/Vis 8,69,70,71,72,73. Desenvolvimentos recentes aumentaram ainda mais o valor do AUC e do SEC-MALS como métodos multiatributo. Em particular, o AUC DE MÚLTIPLOS comprimentos de onda (MWL-AUC) permite não apenas a discriminação de capsídeas vazias, parcialmente preenchidas e completas, mas também a avaliação do título do genoma, título da capsídea e agregação71,74. De forma semelhante, o SEC-MALS pode fornecer, dentro de um único ensaio, informações sobre título da capsídea, título do genoma, pureza, agregação e razões de capsídea total paravazia 73,75. A agregação também pode ser monitorada usando espalhamento dinâmico da luz (DLS). Notavelmente, apenas AUC, MP e CDMS tradicionalmente ofereceram resolução suficiente para quantificar capsídeos parcialmente preenchidos. No entanto, recentemente foi desenvolvido um método TEM aprimorado, que também pode quantificar capsídeos parcialmente preenchidos com precisão em comparação com o SV-AUC e o MP76. Como nenhum método único emergiu como padrão ouro para o conteúdo de capsida, e essas técnicas dependem de princípios analíticos diferentes, recomenda-se o uso de múltiplas abordagens complementares para obter uma avaliação abrangente da purezageral 10.
- Estabilidade
A estabilidade a longo prazo é crítica para os RSMs, pois os valores de referência devem permanecer constantes para garantir uma calibração confiável ao longo do tempo. Os RSMs AAV são tipicamente armazenados a ≤ -70 °C para manter a integridade do capsídeo e do genoma. Um estudo de estabilidade multilaboratorial do AAV8 RSM (ATCC VR-1816) demonstrou o título genômico do vetor, título infeccioso e título do capsídeo estáveis por pelo menos dois anos em < -70 °C 77. Os procedimentos para testes de estabilidade podem seguir as diretrizes do ICH Q1A, avaliando atributos-chave em intervalos definidos: a cada 3 meses (ano 1), a cada 6 meses (ano 2) e, a partir daí, anualmente em 78 anos. A estabilidade de curto prazo em condições de armazenamento acelerado (2–8 °C) é tipicamente avaliada em 1, 2 e 4 semanas79. Atributos críticos que indicam estabilidade incluem título do genoma, título da capsídea, conteúdo da capsídea, integridade da proteína da capsídea e agregação. Os RSMs também devem ser avaliadosquanto à sensibilidade 80 ao congelamento-descongelamento.
5. Programas de Operações Operacionales Operacionales Harmonizadas como segundo pilar da padronização analítica da AAV
Além da disponibilidade de RSMs bem caracterizados, uma padronização significativa na análise de AAV também exige SOPs harmonizados e suficientemente detalhados. Mesmo quando o mesmo método analítico é aplicado, os resultados podem diferir substancialmente entre os laboratórios devido a diferenças no pré-tratamento da amostra, configurações instrumentais, estratégia de calibração, processamento de dados e critérios de interpretação, fatores que demonstraram contribuir para a variabilidade interlaboratorial independentemente da própria plataformaanalítica 8,9.
Isso é ilustrado por um estudo colaborativo do NIST, Instituto Nacional para Inovação na Fabricação de Biofarmacêuticas (NIIMBL) e USP, no qual seis laboratórios avaliaram as mesmas amostras de AAV5 e AAV8 quanto ao conteúdo do capsídeo usando quatro métodos. Métodos ópticos, incluindo SEC-MALS e UV/Vis, mostraram a maior concordância interlaboratorial, enquanto o PCR-ELISA mostrou baixa reprodutibilidade e foi considerado inadequado para uso quantitativo sem harmonização adicional. Apesar de ser amplamente considerado um método padrão-ouro, o SV-AUC apresentou maior variabilidade interlaboratorial do que o SEC-MALS, e esforços de acompanhamento para desenvolver procedimentos padronizados do SV-AUC foram identificados como um passo importante 8,81.
Uma conclusão semelhante surgiu para a determinação do título genômico por dPCR, onde pré-tratamento da amostra, estratégia de extração, plataforma do instrumento, condições de diluição, tempo de lise da capsídea e histórico de congelamento-descongelamento podem afetar os valores relatados. Importante destacar que o controle processual mais rigoroso demonstrou reduzir substancialmente a variabilidade, ressaltando ainda mais o valor dos SOPsharmonizados 9.
RSMs e SOPs devem, portanto, ser vistos como pilares complementares da padronização analítica da AAV. Os RSMs fornecem a âncora de medição necessária para rastreabilidade e calibração, enquanto os SOPs reduzem a variabilidade procedural e ajudam a garantir que os valores atribuídos sejam reproduzidos consistentemente entre analistas, instrumentos e laboratórios.