Duas novas variantes candidatas em PCNT (c.5675A>G e c.9734G>T) foram identificadas em um menino de 7 anos com falha grave de crescimento, atraso no desenvolvimento e características dismórficas. Os achados são compatíveis com um fenótipo atípico suspeito de nanismo primordial relacionado a PCNT. Ambas as variantes permanecem classificadas como variantes de significado incerto, aguardando validação adicional.
Relato de caso
Sequenciamento do Exoma Identifica Novas Variantes Candidatas em PCNT em uma Criança com Características Sobrepostas de MOPD II: Um Relato de Caso
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Resumo
Resumo
Um menino chinês de 7 anos apresentou falha grave de crescimento pós-natal (altura <3º percentil aos 7 anos de idade), atraso global do desenvolvimento, deficiência intelectual moderada e características dismórficas típicas, incluindo hipertelorismo, fissuras palpebrais curtas, orelhas implantadas baixas e ponte nasal larga. Um único eletrocardiograma demonstrou intervalo QT corrigido limítrofe (QTc = 450 ms). Não foram identificadas arritmias, medicações prolongadoras do QT, anormalidades eletrolíticas ou histórico familiar cardíaco relevante. Esse achado exige acompanhamento longitudinal em cardiologia e não deve ser interpretado como síndrome de Long QT definitiva. O sequenciamento do exoma completo identificou duas novas variantes de sentido trocado no gene PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) no éxon 28 e c.9734G>T (p.Arg3245Ile) no éxon 45. Ambas as variantes estavam ausentes nas bases de dados gnomAD, ExAC, Projeto 1000 Genomas e bancos de dados da população chinesa, atendendo ao critério PM2 da ACMG. Embora classificadas como variantes de significado incerto (VUS) devido à evidência funcional limitada e predições in silico conflitantes, as variantes ocorrem em um gene associado à nanismo primordial e são acompanhadas por sobreposição fenotípica parcial com o Nanismo Primordial Osteodisplásico Microcefálico Tipo II (MOPD II). Contudo, a análise de segregação parental não estava disponível; portanto, a fase das variantes não pôde ser confirmada, e um mecanismo de doença recessiva não pôde ser estabelecido. Esses achados sustentam a presença de variantes candidatas no gene PCNT em um fenótipo atípico de nanismo primordial e ilustram a utilidade do sequenciamento do exoma completo na geração de hipóteses moleculares testáveis em distúrbios genéticos heterogêneos do crescimento. Um diagnóstico molecular definitivo não pode ser estabelecido no momento, e o achado isolado de QTc limítrofe exige avaliação clínica adicional.
Introdução
A Microcefalia Osteodisplásica Primordial Anã Tipo II (MOPD II) é uma desordem autossômica recessiva excepcionalmente rara (prevalência estimada <1:1.000.000) caracterizada por falha grave de crescimento intrauterino e pós-natal, microcefalia progressiva, displasia esquelética e características craniofaciais distintivas1,2. Em 2008, a MOPD II foi associada molecularmente a variantes patogênicas bialélicas no gene PCNT (pericentrina)3. Apesar dessa caracterização genética, o diagnóstico clínico permanece desafiador devido à heterogeneidade fenotípica significativa, expressividade dependente da idade e grande sobreposição com outras síndromes de nanismo primordial, incluindo a síndrome de Seckel e a síndrome de Meier-Gorlin4. Abordagens diagnósticas convencionais que dependem exclusivamente de critérios clínicos frequentemente geram resultados inconclusivos, particularmente em pacientes jovens que ainda não desenvolveram todo o espectro fenotípico completo5.
O sequenciamento do exoma completo (WES) emergiu como uma abordagem diagnóstica valiosa para distúrbios geneticamente heterogêneos, oferecendo vantagens distintas em relação ao teste sequencial de genes individuais. O WES permite a análise simultânea de mais de 20.000 genes codificadores de proteínas. Essa abordagem fornece diagnósticos moleculares definitivos em aproximadamente 25%–40% dos distúrbios do crescimento previamente sem diagnóstico, reduzindo assim os atrasos diagnósticos6. Diferentemente da cariotipagem ou da análise por microarranjo cromossômico, que detectam principalmente variantes estruturais grandes, o WES identifica com eficiência variantes de nucleotídeo único (SNVs) e pequenas inserções/deleções (InDels) que podem estar por trás de doenças monogênicas7. Em casos clinicamente ambíguos, o WES prioriza variantes candidatas para estudos subsequentes de segregação e validação funcional, ao invés de fornecer um diagnóstico molecular definitivo isolado. Essa abordagem é particularmente relevante diante do amplo espectro mutacional do gene PCNT, que abrange inúmeras variantes distribuídas ao longo de seus 47 éxons e apresenta correlações incompletas entre genótipo e fenótipo3.
Este relato de caso descreve um menino chinês de 7 anos em quem o ESW identificou duas novas variantes candidatas de substituição de nucleotídeos em PCNT (c.5675A>G e c.9734G>T). O paciente apresentava falha grave de crescimento pós-natal, atraso global do desenvolvimento e dismorfismo craniofacial característico, mas notavelmente não apresentava microcefalia evidente na avaliação inicial, uma característica que normalmente define o MOPD II clássico. Contudo, o MOPD II permaneceu como principal hipótese diagnóstica, pois a microcefalia em distúrbios relacionados ao PCNT frequentemente demonstra progressão dependente da idade, com alguns indivíduos afetados desenvolvendo desaceleração significativa do crescimento craniano apenas na infância tardia ou na adolescência4. Além disso, a combinação de baixa estatura grave, características craniofaciais típicas, deficiência intelectual e maturação esquelética retardada está estreitamente alinhada ao espectro fenotípico principal da nanismo primordial relacionado ao PCNT. Este caso destaca a utilidade do ESW na geração de hipóteses moleculares testáveis em apresentações clínicas atípicas e reforça a importância do monitoramento fenotípico longitudinal na resolução da incerteza diagnóstica.
Apresentação do Caso:
Um menino de 7 anos foi encaminhado ao Departamento de Genética do Hospital de Saúde Materno-Infantil de Changsha em abril de 2019 devido a falha grave de crescimento e atraso global do desenvolvimento. Ele nasceu de pais saudáveis e não-consanguíneos (altura do pai: 173 cm; altura da mãe: 160 cm). Não havia histórico familiar de condições semelhantes ou consanguinidade, embora a avó materna tivesse histórico de diabetes mellitus.
A história perinatal foi marcada pelo parto na 38ª semana de gestação, com um peso ao nascer de 2,5 kg. Embora o registro clínico inicial tenha classificado esse peso ao nascer como normal, ele corresponde a aproximadamente o percentil 10 para a idade gestacional, compatível com pequeno para a idade gestacional (PEG), ao invés da restrição grave do crescimento intrauterino tipicamente observada na MOPD II clássica. Desde a primeira infância, a paciente apresentou falha significativa de crescimento pós-natal, com uma velocidade de crescimento de apenas 2–3 cm/ano. Aos 7 anos de idade (abril de 2019), a altura era de 103,5 cm (–4,04 DP), o peso era de 16,7 kg (<3º percentil) e a circunferência occipitofrontal (COF) era de 51,5 cm (escore Z: –1,2), de acordo com os Padrões Nacionais Chineses de Crescimento de 2009 e as curvas de crescimento específicas para idade e sexo da COF.
Foram obtidas radiografias de exame esquelético completo, incluindo vistas anteroposteriores da mão esquerda e punho, em abril de 2019. A interpretação radiológica por um radiologista pediátrico utilizando o atlas de Greulich–Pyle demonstrou uma idade óssea de 6 anos com uma idade cronológica de 7 anos e 1 mês. O exame esquelético não revelou evidências de anormalidades esqueléticas características da MOPD II, como displasia do colo femoral, alargamento metafisário ou envelhecimento ósseo avançado dos ossos do carpo. A ressonância magnética (RM) cerebral demonstrou estrutura cerebral e mielinização normais, sem malformações evidentes, ajudando a excluir outras causas sindrômicas de falha grave de crescimento e atraso neurodesenvolvimental.
O paciente apresentou atraso nos marcos motores e de linguagem. A avaliação cognitiva formal utilizando a Escala de Inteligência Wechsler para Crianças (WISC), realizada na idade cronológica de 7 anos e 1 mês, resultou em um Quociente de Inteligência Total (FSIQ) de 50. De acordo com o Manual Diagnóstico e Estatístico de Transtornos Mentais, Quinta Edição (DSM-5), esse escore é compatível com deficiência intelectual leve a moderada (leve: 50–69; moderada: 35–49). O exame físico revelou hipertelorismo, fissuras palpebrais curtas, orelhas implantadas baixas e ponte nasal larga. Microcefalia evidente não foi documentada na avaliação inicial. Um eletrocardiograma de 12 derivações basal demonstrou um intervalo QT corrigido (QTc) limítrofe de 450 ms (Figura 1A, B). O paciente não tinha histórico de síncope, palpitações ou arritmias documentadas. Não houve exposição a medicamentos que prolongam o QT, as concentrações séricas de eletrólitos estavam dentro dos limites normais e o histórico familiar foi negativo para morte súbita cardíaca ou arritmias herdadas. Foi recomendada repetição do eletrocardiograma e uma consulta formal com cardiologia pediátrica.
Figura 1: Eletrocardiograma (ECG) representativo obtido do paciente durante a avaliação clínica inicial. (A) ECG padrão de 12 derivações registrado com velocidade do papel de 25 mm/s e calibração de 10 mm/mV. O traçado demonstra ritmo sinusal normal com frequência cardíaca de 97 batimentos/min. O intervalo PR mede 116 ms, a duração do complexo QRS mede 78 ms e o intervalo QT corrigido (QTc), calculado pela fórmula de Bazett, mede 450 ms. (B) Visualização ampliada das derivações II, V5 e V6, destacando a morfologia da onda T e o intervalo QT. Observação: O ECG representa um único registro basal obtido durante a avaliação clínica inicial. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.
A avaliação endocrinológica confirmou atraso na idade óssea. Um teste de provocação de hormônio do crescimento demonstrou uma resposta normal de pico do hormônio do crescimento (12,39 ng/mL), excluindo a deficiência de hormônio do crescimento como causa primária da baixa estatura. A função tireoidiana era normal (TSH: 1,76 mUI/L; T4L: 21,93 pmol/L) e a ressonância magnética da hipófise demonstrou morfologia normal (4,5 × 9,1 × 3,1 mm). Após essa avaliação, foi iniciada terapia com hormônio do crescimento humano recombinante (hGHr) em 28 de julho de 2019, juntamente com intervenções no estilo de vida, incluindo otimização da ingestão dietética de proteínas, exercícios regulares de salto (por exemplo, pular corda) e melhoria da higiene do sono.
O sequenciamento do exoma completo (SEC) realizado com DNA de sangue periférico identificou duas novas variantes de sentido trocado no gene PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) no éxon 28 e c.9734G>T (p.Arg3245Ile) no éxon 45. Ambas as variantes estavam ausentes em grandes bancos de dados populacionais (gnomAD, ExAC, o banco de dados do Projeto 1000 Genomas e o banco de dados genômico específico para a população chinesa, Shenzhou Genome Database). As ferramentas de predição in silico apresentaram resultados divergentes. A variante c.5675A>G foi predita como deletéria pelo SIFT e possivelmente prejudicial pelo PolyPhen-2 (escore CADD PHRED: 18,82), enquanto a variante c.9734G>T foi predita como tolerada ou benigna (escore CADD: 7,87). A análise por CNV-seq não identificou variantes patogênicas em número de cópias (Figura 2). De acordo com as diretrizes da ACMG/AMP, ambas as variantes foram classificadas como Variantes de Significado Incerto (VUS). Amostras de DNA dos pais não estavam disponíveis; portanto, não foi possível realizar a análise de segregação para determinar a fase das duas variantes.
Figura 2: Análise de sequenciamento de variantes no número de cópias (CNV-seq). Gráfico do CNV-seq em todo o genoma gerado a partir do DNA obtido do sangue periférico do paciente. O eixo x representa as coordenadas genômicas (cromossomos 1–22, X e Y), e o eixo y representa a razão de profundidade de leitura em log2. Linhas tracejadas horizontais indicam os limiares para ganho de número de cópias (>0,3) e perda de número de cópias (<–0,3). Nenhuma aneuploidia cromossômica ou variantes patogênicas no número de cópias acima do limite de detecção de 100 kb foram identificadas. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.
Diagnóstico, avaliação e plano:
Avaliação clínica, radiológica, endócrina, cardíaca e genômica abrangente apoiou o diagnóstico de nanismo primordial suspeito relacionado ao PCNT, com características sobrepostas ao Nanismo Primordial Osteodisplásico Microcefálico Tipo II (MOPD II). A avaliação diagnóstica incluiu medidas antropométricas padronizadas, avaliação neurodesenvolvimental demonstrando atraso global do desenvolvimento e deficiência intelectual moderada, eletrocardiografia basal de 12 derivações, estudo radiológico do esqueleto, avaliação endócrina, ressonância magnética (RM) de cérebro, sequenciamento de variantes de número de cópias (CNV-seq) e sequenciamento de exoma completo (WES) (Figura 3). O CNV-seq excluiu variantes patogênicas de número de cópias e anormalidades cromossômicas grandes, enquanto o WES identificou duas variantes candidatas do tipo "missense" no gene PCNT. De acordo com as diretrizes ACMG/AMP, ambas as variantes foram classificadas como Variantes de Significado Incerto (VUS). Como amostras de DNA dos pais não estavam disponíveis, a análise de segregação não pôde ser realizada para determinar se as variantes estavam em trans, impedindo a confirmação de um diagnóstico molecular recessivo.
Figura 3: Ressonância magnética (RM) cerebral demonstrando achados intracranianos normais. (A) Imagem sagital ponderada em T1 com contraste demonstrando estruturas intracranianas medianas e tronco encefálico normais, sem realce anormal. (B) Imagem coronal ponderada em T1 com contraste demonstrando parênquima cerebral e região selar normais, sem evidência de lesão ocupando espaço intracraniana. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.
Após a avaliação inicial, foi iniciada a terapia com hormônio do crescimento humano recombinante (rhGH) em 28 de julho de 2019, juntamente com intervenções no estilo de vida, incluindo otimização da ingestão dietética de proteínas, exercícios regulares de salto (por exemplo, pular corda) e melhoria da higiene do sono. Foi oferecida aconselhamento genético à família quanto à classificação atual de VUS, ao risco teórico de recorrência associado a uma desordem autossômica recessiva e às opções reprodutivas disponíveis, incluindo diagnóstico pré-natal e teste genético pré-implantacional.
Como atualmente não existe terapia curativa para distúrbios relacionados ao PCNT, o manejo de longo prazo concentra-se no acompanhamento multidisciplinar. A angiorressonância magnética (MRA) anual do cérebro, iniciando-se aos 5 anos de idade, foi recomendada para pacientes com DMPM II devido ao risco reconhecido de complicações cerebrovasculares, incluindo a doença de moyamoya, conforme recomendações publicadas sobre vigilância vascular. A repetição do eletrocardiograma de 12 derivações e uma avaliação formal por cardiologia pediátrica foram recomendadas para determinar se o intervalo QTc limítrofe era reprodutível. A intervenção farmacológica não era indicada no momento da avaliação, mas seria reconsiderada caso ocorresse prolongamento persistente do QTc (>460 ms) ou o desenvolvimento de arritmias sintomáticas. Também foram recomendidos acompanhamento endocrinológico contínuo, avaliação do desenvolvimento, terapia fonoaudiológica, terapia ocupacional e apoio educacional individualizado. A terapia com hormônio do crescimento deve continuar sendo avaliada com cautela devido à sua eficácia incerta e aos riscos vasculares teóricos relatados em distúrbios relacionados ao PCNT.
Dados de acompanhamento longitudinal não estavam disponíveis porque o paciente foi perdido para acompanhamento após a avaliação inicial em 2019. Consequentemente, não foi possível documentar o monitoramento endócrino subsequente, incluindo a avaliação da eficácia do rhGH e das concentrações de fator de crescimento semelhante à insulina 1 (IGF-1), o progresso do desenvolvimento, nova avaliação cardíaca e aconselhamento genético adicional. O curso clínico de longo prazo e a resposta ao tratamento, portanto, permanecem desconhecidos.
A avaliação diagnóstica foi limitada pela indisponibilidade de amostras de DNA dos pais para análise de segregação e pela ausência de estudos funcionais para determinar os efeitos biológicos das variantes identificadas em PCNT. Consequentemente, a fase das duas variantes (cis versus trans) não pôde ser estabelecida, a heterozigose composta não pôde ser confirmada, e ambas as variantes permanecem classificadas como Variantes de Significado Incerto (VUS). Além disso, o sequenciamento do exoma completo não pode excluir variantes patogênicas localizadas em regiões intrônicas profundas ou regulatórias; portanto, o sequenciamento do genoma completo pode ser considerado em investigações futuras. Considerando o risco reconhecido de complicações cerebrovasculares e metabólicas associadas aos distúrbios relacionados ao PCNT, a vigilância multidisciplinar de longo prazo permanece apropriada.
Protocolo
Este estudo foi conduzido em estrita conformidade com a Declaração de Helsinque e foi aprovado pelo Comitê de Ética do Hospital de Mulheres de Changsha & Atenção à Saúde da Criança (Número de Aprovação CSSFYBJYEC-SOP-005-F07V2.0). O consentimento informado por escrito foi obtido dos pais do paciente para participação neste estudo e para a publicação dos dados clínicos e imagens associadas. Todos os dados e imagens do paciente apresentados neste manuscrito foram rigorosamente desidentificados para proteger a privacidade do paciente. As ferramentas de pesquisa utilizadas neste protocolo estão listadas na Tabela de Materiais
1. Avaliação clínica inicial e caracterização fenotípica
- As medidas antropométricas foram obtidas com o paciente em pé, descalço e em posição ereta, utilizando estadiômetros digitais calibrados e balanças eletrônicas.
- O comprimento e o peso foram plotados em relação aos Padrões Nacionais de Crescimento Chineses de 2009 para avaliar o estado de crescimento. A circunferência occipitofrontal (COF) foi medida com uma fita métrica inextensível e plotada em gráficos de crescimento específicos para idade e sexo para avaliação de microcefalia, definida como uma COF abaixo de –2 DP ou abaixo do percentil 3º.
- Um exame dismórfico abrangente foi realizado por um geneticista clínico certificado para documentar características craniofaciais. A avaliação neurodesenvolvimental foi realizada utilizando a Escala de Inteligência Wechsler para Crianças (WISC).
- O Quociente de Inteligência Total (QIT) foi calculado e interpretado de acordo com os critérios diagnósticos do Manual Diagnóstico e Estatístico de Transtornos Mentais, Quinta Edição (DSM-5), para deficiência intelectual (leve: 50–69; moderada: 35–49; grave: 20–34; profunda: <20).
2. Avaliação cardiovascular e esquelética
- Um eletrocardiograma (ECG) padrão de 12 derivações foi obtido com velocidade do papel de 25 mm/s e calibração de 10 mm/mV. O intervalo QT foi medido manualmente nas derivações II e V5, e o intervalo QT corrigido (QTc) foi calculado utilizando a fórmula de Bazett (QTc = QT/√RR). O alongamento do QTc foi definido de acordo com valores de referência pediátricos como >440 ms em meninos.
- Foram realizadas radiografias do esqueleto completo, incluindo vistas anteroposteriores e laterais da mão e punho esquerdos. A idade óssea foi avaliada por um radiologista pediátrico utilizando o atlas de Greulich–Pyle para avaliar a maturação esquelética e investigar displasia esquelética.
3. Avaliação diagnóstica genética
- Realizou-se o sequenciamento de variantes do número de cópias cromossômicas (CNV-seq) utilizando DNA de sangue periférico. Realizou-se sequenciamento de genoma inteiro com baixa profundidade para avaliar aneuploidias cromossômicas e variantes patogênicos do número de cópias com resolução de detecção superior a 100 kb.
- Realizou-se o sequenciamento de exoma completo (WES) em DNA genômico extraído de leucócitos de sangue periférico utilizando um kit comercial de extração de DNA. O enriquecimento do exoma foi realizado com um kit comercial de captura de exoma, seguido de sequenciamento em uma plataforma de nova geração, gerando leituras pareadas de 2 × 150 pb.
- As leituras de sequência foram alinhadas ao genoma de referência GRCh38/hg38 utilizando um algoritmo de alinhamento validado, e a chamada de variantes foi realizada utilizando um pipeline bioinformático validado.
- Métricas de controle de qualidade demonstraram profundidade média de sequenciamento superior a 100×, com mais de 98% dos éxons direcionados atingindo cobertura de pelo menos 20× e cobertura dos éxons de PCNT excedendo 99%.
- Realizou-se sequenciamento Sanger para confirmar a presença e a zigosidade das variantes identificadas em PCNT no probando. Devido ao longo período decorrido desde a avaliação clínica inicial, os cromatogramas originais do sequenciamento Sanger não estavam mais disponíveis nos arquivos institucionais.
- As amostras de DNA dos pais não estavam disponíveis; portanto, não foi possível realizar análise de segregação para determinar a fase das variantes identificadas.
- A interpretação das variantes foi realizada de acordo com as diretrizes ACMG/AMP de 2015. O fluxo de trabalho bioinformático incluiu anotação de variantes, avaliação da frequência populacional utilizando gnomAD (v2.1.1), ExAC e o Banco de Dados Genômico Shenzhou específico para a população chinesa, predição in silico de patogenicidade utilizando SIFT, PolyPhen-2 e CADD (v1.6), análise de conservação evolutiva utilizando PhyloP e alinhamento multiz (UCSC Genome Browser) e mapeamento de domínios proteicos utilizando UniProt e o Banco de Dados de Estrutura de Proteínas AlphaFold.
- A literatura publicada e o banco de dados ClinVar também foram revisados para atribuir as classificações finais das variantes.
4. Estrutura para diagnóstico diferencial
- A nanismo primordial microcefálico osteodisplásico tipo II (MOPD II; OMIM #210720) foi priorizado devido à falha grave de crescimento com início pré-natal, deficiência intelectual e características craniofaciais típicas, apesar da ausência de microcefalia evidente na avaliação inicial (escore Z do PC ajustado para idade e sexo > –2 DP).
- A síndrome de Seckel (OMIM #210600) foi considerada, mas excluída devido à ausência de perfil facial em forma de cabeça de pássaro e à ausência de variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas em genes associados (por exemplo, ATR e CEP152) identificadas por meio da análise do conjunto de dados de WES.
- A síndrome de Meier–Gorlin (OMIM #224690) foi excluída porque não havia aplasia ou hipoplasia patelar, e nenhuma variante patogênica ou provavelmente patogênica foi identificada em genes do complexo pré-replicativo (por exemplo, ORC1, ORC4, ORC6, CDC6, CDC45, GMNN e MCM5) durante a análise do conjunto de dados de WES.
Resultados
A avaliação clínica abrangente e a análise genômica identificaram um perfil molecular e fenotípico compatível com uma suspeita de nanismo primordial relacionado ao PCNT. O sequenciamento do exoma completo (WES) identificou duas novas variantes de sentido trocado no gene PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) no éxon 28 e c.9734G>T (p.Arg3245Ile) no éxon 45. O sequenciamento de variantes de número de cópias (CNV-seq) não identificou variantes patogênicas de número de cópias nem aneuploidias cromossômicas acima do limite de detecção de 100 kb (Figura 2).
A designação dessas variantes como "novas" baseia-se na ausência delas em grandes bancos de dados populacionais (gnomAD, ExAC, o banco de dados do Projeto 1000 Genomas e o banco de genoma chinês específico Shenzhou), no banco de dados ClinVar, em repositórios específicos de doenças (por exemplo, LOVD para PCNT) e na literatura publicada disponível na época da análise. As análises in silico geraram previsões divergentes. A variante c.5675A>G obteve um escore CADD PHRED de 18,82 e foi prevista como deletéria pelo SIFT, enquanto a variante c.9734G>T obteve um escore CADD de 7,87 e foi prevista como tolerada ou benigna. Análises de conservação evolutiva realizadas com o UCSC Genome Browser por meio do PhyloP e do alinhamento multiz demonstraram padrões distintos de conservação. O resíduo Glu1892 foi altamente conservado em 100 espécies de vertebrados (escore PhyloP: 4,88), enquanto o resíduo Arg3245 foi estritamente conservado entre primatas, mas mostrou maior variabilidade em outras linhagens de mamíferos. O mapeamento de domínios proteicos utilizando o UniProt localizou ambas as variantes no domínio central em forma de haste com alças helicoidais da pericentrina.
Clinicamente, o paciente apresentou falha grave de crescimento pós-natal, com altura de 103,5 cm (–4,04 DP) na avaliação inicial, correspondendo a abaixo do 3º percentil para a idade. A avaliação neuropsicomotora demonstrou atraso global do desenvolvimento e um Quociente de Inteligência Total (QIT) de 50. O exame físico identificou hipertelorismo, fissuras palpebrais curtas, orelhas implantadas baixas e ponte nasal larga. A avaliação eletrocardiográfica demonstrou um único intervalo QT corrigido (QTc) limítrofe de 450 ms (Figura 1A, B).
De acordo com as diretrizes da ACMG/AMP e as evidências resumidas na Tabela 1, ambas as variantes de PCNT foram classificadas como Variantes de Significado Incerto (VUS).
| Variante | Notação HGVS | Critérios ACMG aplicados | Resumo das evidências | Classificação final | ||
| Variante 1 | NM_006031.5:c.5675A>G p.(Glu1892Gly) | PM2, PP3 | PM2: Ausente em bancos de dados populacionais (gnomAD, ExAC, o banco de dados do Projeto 1000 Genomas e o banco de genoma específico para a população chinesa, Shenzhou Genome Database). PP3: Evidência computacional apoiou um efeito deletério com base na análise SIFT e em um escore CADD PHRED de 18,82. Análises filogenéticas com PhyloP e alinhamento multiz demonstraram forte conservação evolutiva do resíduo Glu1892 (escore PhyloP: 4,88). | VUS | ||
| Variante 2 | NM_006031.5:c.9734G>T p.(Arg3245Ile) | PM2, PP3 | PM2: Ausente em bancos de dados populacionais (gnomAD, ExAC, o banco de dados do Projeto 1000 Genomas e o banco de genoma específico para a população chinesa, Shenzhou Genome Database). PP3: Análises computacionais forneceram evidência limitada. Embora a conservação evolutiva em primatas e a avaliação estrutural sugiram um possível efeito no domínio central em alfa-hélice, o escore CADD (7,87) e as previsões in silico não forneceram evidência suficiente para sustentar a patogenicidade além da classificação como VUS. | VUS | ||
| Abreviações: ACMG, American College of Medical Genetics and Genomics; CADD, Combined Annotation Dependent Depletion; HGVS, Human Genome Variation Society; PM2, ausente em bancos de dados populacionais; PP3, evidência computacional; VUS, Variante de Significado Incerto. | ||||||
Tabela 1: Classificação ACMG/AMP das variantes PCNT identificadas. Resumo das duas variantes de sentido trocado em PCNT identificadas por sequenciamento de exoma completo, incluindo nomenclatura HGVS, critérios ACMG/AMP aplicados, evidências de apoio e classificação final das variantes.
Discussão
Este relato de caso descreve um menino chinês de 7 anos portador de duas novas variantes de sentido trocado no gene PCNT (c.5675A>G/p.Glu1892Gly e c.9734G>T/p.Arg3245Ile), que apresentou falha grave de crescimento pós-natal (altura 103,5 cm, –4,04 DP aos 7 anos de idade), atraso global do desenvolvimento, deficiência intelectual (QI total = 50 na Escala de Inteligência Wechsler) e dismorfismo craniofacial característico, mas sem apresentar várias características canônicas da forma clássica de MOPD II. Em comparação com o fenótipo diagnóstico clássico, o paciente não demonstrou restrição grave do crescimento intrauterino (peso ao nascer de 2,5 kg, classificado como pequeno para a idade gestacional), displasia esquelética característica ou microcefalia evidente. A avaliação esquelética revelou atraso na idade óssea (6 anos) sem anormalidades radiográficas características, e a circunferência occipitofrontal ajustada por idade e sexo permaneceu acima do limiar diagnóstico para microcefalia (escore Z: –1,2) na avaliação inicial. Além disso, a análise por CNV-seq não identificou variantes patogênicas de número de cópias nem aneuploidias cromossômicas superiores a 100 kb, o que apoiou a avaliação subsequente de uma etiologia monogênica.
Embora o fenótipo difira dos critérios diagnósticos clássicos para a MOPD II, os distúrbios relacionados ao PCNT apresentam considerável heterogeneidade fenotípica e expressividade dependente da idade. Estudos prévios de coorte demonstraram que a microcefalia e as manifestações esqueléticas podem ser leves ou tornar-se mais evidentes na infância tardia ou na adolescência, e alguns indivíduos afetados apresentam principalmente falha grave de crescimento pós-natal e características craniofaciais típicas, sem restrição clássica do crescimento intrauterino ou displasia esquelética3,4. Assim, os achados devem ser interpretados melhor como um fenótipo atípico suspeito de nanismo primordial relacionado ao PCNT, com características sobrepostas à MOPD II, e não como um diagnóstico definitivo de MOPD II clássica.
A resposta normal do pico de hormônio do crescimento (12,39 ng/mL), observada apesar da baixa estatura acentuada, é compatível com a compreensão atual de que o comprometimento do crescimento em distúrbios relacionados ao PCNT está principalmente associado a anormalidades no desenvolvimento esquelético e na função da placa de crescimento, e não à deficiência de hormônios hipofisários. Essa observação enfatiza ainda mais a importância da avaliação genômica abrangente em pacientes com baixa estatura grave e testes endócrinos normais.
As previsões divergentes in silico obtidas para as duas variantes de PCNT ilustram as limitações da avaliação computacional da patogenicidade de variantes de sentido trocado em proteínas grandes e multifuncionais. A variante c.5675A>G obteve maior apoio computacional para patogenicidade (pontuação CADD PHRED de 18,82; SIFT prejudicial), enquanto a variante c.9734G>T foi consistentemente prevista como tolerada ou benigna (pontuação CADD de 7,87). Esses achados demonstram que a predição computacional isoladamente é insuficiente para a classificação de variantes, especialmente em proteínas estruturais grandes com domínios estruturais e funcionais complexos. A pericentrina, codificada por PCNT, é uma proteína estrutural centrossomal essencial envolvida na organização do fuso mitótico, na resposta ao dano no DNA e na regulação do ciclo celular8. Estudos experimentais também demonstraram que a perda da pericentrina interrompe a associação dos centríolos nos polos do fuso, resultando em separação prematura dos centríolos e anormalidades nos centríolos9.
Um único eletrocardiograma demonstrou um intervalo QT corrigido limítrofe de 450 ms. Esse achado não foi acompanhado por sintomas, anormalidades eletrolíticas, exposição a medicamentos que prolongam o QT ou histórico familiar de arritmia hereditária10. Embora estudos experimentais tenham sugerido possíveis papéis para proteínas centrossomais na biologia cardiovascular, incluindo a regulação de células musculares lisas vasculares e o controle do ciclo celular em cardiomiócitos, a significância clínica do QTc limítrofe observado neste paciente permanece incerta11. A repetição do eletrocardiograma, o monitoramento ambulatorial e uma avaliação pediátrica cardiológica formal seriam necessários para determinar se esse achado é reprodutível e clinicamente relevante12.
Várias limitações devem ser consideradas ao interpretar este caso. Por se tratar de um relato de um único paciente, os achados não podem estabelecer relações genótipo-fenótipo definitivas. As amostras de DNA dos pais não estavam disponíveis, impossibilitando a análise de segregação e a confirmação da configuração trans das duas variantes de PCNT. Consequentemente, a heterozigose composta não pôde ser confirmada, e ambas as variantes permanecem classificadas como Variantes de Significado Incerto (VUS). Estudos funcionais para avaliar os efeitos biológicos dessas variantes não foram realizados, deixando suas consequências moleculares não resolvidas. Embora o sequenciamento do exoma (WES) ofereça ampla cobertura das regiões codificantes, não é possível excluir variantes patogênicas localizadas em regiões intrônicas profundas ou regulatórias. Além disso, dados de acompanhamento longitudinal não estavam disponíveis, pois o paciente foi perdido no seguimento após a avaliação inicial, impedindo a avaliação da resposta ao tratamento, dos desfechos do desenvolvimento e de nova avaliação cardíaca.
Apesar dessas limitações, a identificação de variantes candidatas nos éxons 28 e 45 contribui com informações clínicas e moleculares adicionais para o espectro em expansão das doenças relacionadas ao PCNT e destaca o valor dos testes genômicos abrangentes em pacientes com falha grave de crescimento e atraso no desenvolvimento4. Essas descobertas também apoiam uma abordagem multidisciplinar, incluindo vigilância para complicações vasculares de acordo com as recomendações publicadas para monitorização vascular10 e acompanhamento contínuo em cardiologia devido ao intervalo QTc limítrofe observado. Aconselhamento genético deve comunicar claramente a classificação atual de VUS e a incerteza em torno da causalidade da doença até que evidências adicionais de segregação ou funcionais estejam disponíveis. Estudos futuros devem focar na caracterização funcional dessas variantes utilizando fibroblastos derivados de pacientes para avaliar a localização centrossomal e defeitos no fuso mitótico13, na avaliação cardíaca sistemática em coortes maiores de PCNT e no compartilhamento contínuo de dados por meio de repositórios como o ClinVar, para facilitar a classificação futura de variantes.
Divulgações
Os autores não têm nada a declarar.
Agradecimentos
Os autores agradecem ao paciente e à sua família pela participação neste estudo e por fornecerem o consentimento para a publicação deste relato de caso. Os autores também agradecem à equipe de genética clínica do Hospital de Saúde Materno-Infantil de Changsha pelo apoio na assistência ao paciente e na caracterização fenotípica, bem como à equipe laboratorial do Centro de Genética Médica pelo suporte técnico na sequenciação do exoma completo. Este trabalho foi financiado pela Fundação Nacional Natural de Ciências da China (número do projeto 82301845) e pela Fundação Natural da Província de Hunan (número do projeto 2024JJ40187). As agências financiadoras não tiveram papel no desenho do estudo, na coleta de dados, na análise dos dados, na decisão de publicar ou na preparação do manuscrito.
Materiais
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Electrocardiógrafo de 12 derivações | GE Healthcare | MAC 5500 HD (Software v2.0) | Avaliação cardíaca e medição do intervalo QT |
| Analizador Genético ABI 3730xl | Applied Biosystems | Firmware v3.0 | Validação por sequenciamento Sanger |
| ANNOVAR | Hospital Infantil da Filadélfia (CHOP) | v2021-02-01 | Anotação de variantes |
| Kit BigDye Terminator v3.1 para Sequenciamento por Ciclos | Thermo Fisher Scientific | Cat. No. 4337456 | Reações de sequenciamento Sanger |
| BWA-MEM | Instituto Broad | v0.7.17 | Alinhamento de sequências |
| ClinVar | Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI) | Acessado em junho de 2026 | Banco de dados clínico de variantes |
| Combined Annotation Dependent Depletion (CADD) | Universidade de Washington | v1.6 | Previsão in silico de patogenicidade |
| Sistema de radiografia digital (DR) | Siemens Healthineers | Ysio Max (syngo.via v4.0) | Avaliação esquelética e determinação da idade óssea |
| Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) | EMBL-EBI | v104 | Anotação de variantes |
| GATK HaplotypeCaller | Instituto Broad | v4.2.6.1 | Chamada de variantes |
| Genome Aggregation Database (gnomAD) | Instituto Broad | v2.1.1 / v3.1.2 | Banco de dados de frequência populacional |
| Genoma de referência GRCh38/hg38 | Consortium de Referência do Genoma | Build 38, Patch 13 | Referência para alinhamento de sequências |
| Kit comercial para preparação de biblioteca de sequenciamento genômico de baixa cobertura | Berry Genomics | Disponibilizado comercialmente | Preparação de biblioteca para CNV-seq |
| Sistema de Sequenciamento NovaSeq 6000 | Illumina | Kit de reagentes v1.5 (300 ciclos) | Sequenciamento de exoma completo |
| PolyPhen-2 | Escola de Medicina de Harvard | v2.3.10 | Previsão in silico de patogenicidade |
| QIAamp DNA Blood Mini Kit | QIAGEN | Cat. No. 51104 | Extração de DNA genômico |
| SIFT | Instituto J. Craig Venter | v5.2.2 | Previsão in silico de patogenicidade |
| SureSelect Human All Exon V6 Kit | Agilent Technologies | Cat. No. G9904B | Captura de exoma e preparação de biblioteca |
Referências
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