Desenho do Estudo
Esta pesquisa utilizou uma abordagem de MR de duas amostras para explorar a relação causal entre traços inflamatórios associados a NETs e DM2 e suas complicações. A estrutura do MR baseia-se em três pressupostos principais20: 1) a variante genética deve estar robustamente associada à exposição, 2) a variante genética deve influenciar o desfecho apenas por meio da exposição (exclusão de pleiotropia) e 3) a variante genética não deve estar associada a quaisquer fatores de confundimento. Para uma visão geral detalhada do processo deste estudo, consulte Figura 1. O manuscrito segue as diretrizes MR-STROBE para relato de estudos de MR, assegurando padrões rigorosos de transparência e reprodutibilidade21.
Fontes de Dados
Os dados de Estudos de Associação Genômica Ampla (GWAS) utilizados nesta análise de MR foram obtidos a partir de bancos de dados públicos de GWAS. Em relação aos GWAS de nível resumido sobre DM2, incluíram-se a maior meta-análise de uma população europeia, composta por 74.124 casos e 824.006 controles, juntamente com um estudo prospectivo aninhado tipo caso-coorte conduzido na Europa, com 9.978 casos e 12.348 controles22. Para complicações diabéticas, incluindo DM2 com complicações renais e DM2 com complicações circulatórias periféricas, este estudo recuperou estatísticas resumidas de GWAS de estudos nos quais os casos eram pacientes com DM2 que apresentavam a complicação específica e os controles eram indivíduos sem DM2. Informações detalhadas sobre as fontes dos dados podem ser encontradas na Tabela Suplementar 1.
Dados de GWAS para traços inflamatórios associados a NETs foram obtidos do catálogo de GWAS (consulte Tabela Suplementar 2). Para abordar a heterogeneidade na especificidade biológica, este estudo categorizou as exposições incluídas em dois grupos distintos com base em seus papéis funcionais na biologia dos neutrófilos: (1) Fatores Relacionados à NETose Principal: Esta categoria inclui marcadores diretamente envolvidos na formação estrutural de NETs ou no processo enzimático de descondensação da cromatina. Especificamente, este estudo incluiu as próprias NETs, Mieloperoxidase (MPO), Elastase de Neutrófilos (NE) e o complexo MPO-DNA. A MPO e a NE são enzimas essenciais para a degradação de histonas e descondensação da cromatina, enquanto o complexo MPO-DNA é um marcador substituto específico para NETs23. (2) Mediadores Inflamatórios Associados a NETs: Esta categoria compreende citocinas e mediadores que atuam como reguladores upstream ou efeitos downstream estreitamente ligados à NETose, mas que também estão envolvidos em vias inflamatórias mais amplas. Este grupo inclui Interleucina-6 (IL-6)24, Fator de Necrose Tumoral-alfa (TNF-α)25, níveis de lipocalina associada à gelatinase de neutrófilos (NGAL)26 e Fator de Rede de Comunicação Celular 1 (CCN1)27.
Os dados utilizados neste estudo foram obtidos de bancos de dados de acesso aberto ou de estudos de associação do genoma inteiro (GWAS) publicados em pesquisas anteriores; portanto, a aprovação ética não foi necessária para esta pesquisa.
Seleção de Instrumentos Genéticos Relacionados aos NETs
Dado que a formação de NETs representa um processo biológico dinâmico não mensurado diretamente em estudos de associação genômica ampla convencionais, este estudo empregou uma abordagem baseada em genes para identificar instrumentos genéticos para traços inflamatórios associados às NETs. Um conjunto abrangente de 257 genes sabidamente envolvidos de forma crítica na formação e regulação das NETs, como o MPO, juntamente com genes que codificam histonas e proteínas de grânulos de neutrófilos, foi compilado a partir de estudos mecanicistas estabelecidos e da literatura publicada28.
Seleção da Variável Instrumental
Para identificar instrumentos genéticos robustos para traços inflamatórios associados às NETs, este estudo implementou um fluxo de trabalho sequencial de filtragem utilizando estatísticas sumárias de GWAS. Os passos operacionais específicos foram os seguintes:
Triagem Inicial: Variantes genéticos significativamente associados às características de exposição foram extraídos29 com base em um limiar de significância de P < 5 × 10⁻6.
Filtragem por frequência do alelo minoritário (MAF): para garantir poder estatístico, polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) com MAF ≤ 0,01 foram excluídos30.
Agrupamento por Desiquilíbrio de Ligação (LD): Para mitigar a confusão causada pelo desiquilíbrio de ligação (LD), foram selecionados SNPs independentes utilizando a função de agrupamento com parâmetros definidos como r2 < 0,001 dentro de uma janela de 10.000 kb31.
Avaliação da Força do Instrumento: A força de cada IV remanescente foi quantificada utilizando a estatística F, calculada como F = R2 × (N-2) / (1-R2). Apenas SNPs com estatística F > 10 foram mantidos para minimizar o viés de instrumento fraco32.
Identificação de SNP Proxy e Harmonização de Dados
Para abordar SNPs ausentes no conjunto de dados do resultado, este estudo realizou uma busca por substitutos e um processo de harmonização de dados:
Substituição por Proxy: Quando um SNP alvo da GWAS de exposição não estava disponível na GWAS de desfecho, este estudo utilizou a função LDproxy() com base no painel de referência europeu do Projeto 1,000 Genomas. Um SNP proxy candidato foi selecionado somente se apresentasse alta LD com o SNP original (r2> 0,8). Caso nenhum proxy qualificado fosse encontrado, o SNP era excluído.
Harmonização: os conjuntos de dados de exposição e desfecho foram alinhados utilizando a função harmonise_data() do pacote TwoSampleMR (R versão 4.0.5). Este estudo definiu o parâmetro action = 2 para alinhar automaticamente todos os SNPs à fita direta e remover SNPs palindrômicos com orientação de fita ambígua.
Verificação: após a harmonização, este estudo inspecionou manualmente o conjunto de dados harmonizados para confirmar que as frequências do alelo de efeito eram consistentes entre os dados de exposição e desfecho.
Análise de RM e Testes de Sensibilidade
A inferência causal foi conduzida utilizando o pacote TwoSampleMR (R versão 4.0.5).
Análises Primária e Secundária: Este estudo aplicou o método ponderado pela variância inversa (IVW, na sigla em inglês) como abordagem primária33. Foram realizadas análises complementares utilizando os métodos MR-Egger34, mediana ponderada e moda ponderada para garantir a robustez dos resultados35.
Avaliações de Sensibilidade: A heterogeneidade entre as IVs foi avaliada utilizando o teste Q de Cochran36 por meio da função mr_heterogeneity(). A pleiotropia horizontal foi avaliada utilizando o teste de intercepto MR-Egger34 (mr_pleiotropy_test()).
Detecção de Valores Atípicos: Este estudo utilizou o pacote MR-PRESSO para detectar possíveis valores atípicos37. A função mr_presso() foi executada com 1.000 simulações. Os SNPs atípicos identificados (P < 0,05) foram removidos, e as estimativas causais foram recalculadas para verificar a estabilidade dos resultados. Além disso, foi realizada uma análise leave-one-out para garantir que a associação causal não fosse influenciada por um único SNP38.
Correção Estatística
Para levar em consideração testes múltiplos, os valores-P obtidos a partir das análises de MR foram corrigidos utilizando o método da Taxa de Descoberta Falsa (FDR). Isso foi implementado usando a função P.adjust() no R com o parâmetro method = "fdr". Associações com valor-P corrigido (PFDR) < 0,05 foram consideradas estatisticamente significativas.