O câncer de mama é a malignidade mais comum entre mulheres no mundo todo e apresenta grande heterogeneidade. A doxorrubicina (DOX) é amplamente utilizada no tratamento do câncer de mama, e seu principal mecanismo de ação envolve a indução de quebras de fita dupla do DNA e o desencadeio da morte celular. Neste protocolo, foi estabelecido um modelo humano de BCO para avaliar quantitativamente o dano ao DNA induzido por DOX. Células primárias de câncer de mama foram isoladas de tecidos tumorais derivados da paciente por dissociação mecânica e enzimática e, posteriormente, cultivadas em uma matriz tridimensional para gerar BCOs. Os organoides foram então tratados com 8 μM DOX por 2 horas. O dano ao DNA foi avaliado após 2 horas de tratamento. Após o tratamento, organoides foram dissociados em células individuais, embutidos em agarose de ponto de fusão baixo e eletroforizados sob condições alcalinas. Após a eletroforese, os padrões de migração do DNA foram visualizados como estruturas de cometas sob microscopia de fluorescência e analisados quantitativamente usando o software OpenComet para determinar a porcentagem de DNA da cauda (% DNA da cauda). O ensaio do cometa detectou com sucesso danos ao DNA em BCOs. Comparados ao grupo controle, os BCOs expostos a 8 μM de DOX por 2 horas apresentaram caudas de cometa alongadas após dissociação organoide e eletroforese. A análise quantitativa revelou que a porcentagem de DNA da cauda era significativamente maior no grupo tratado, indicando indução de dano ao DNA. Esse método altamente sensível apoia estudos toxicológicos e farmacodinâmicos do DOX e oferece uma plataforma técnica robusta para avaliar danos ao DNA em sistemas BCO derivados de pacientes.