Os reagentes e o equipamento utilizados estão listados na Tabela de Materiais.
Cultura celular
Foram utilizadas as linhagens celulares de adenocarcinoma pulmonar humano (LUAD) A549 e H358, e a linhagem celular epitelial brônquica imortalizada Beas-2b. A549 (KRAS G12S) e H358 (KRAS G12C; deficiente em STK11) foram selecionadas como modelos de LUAD comumente utilizados, com diferentes backgrounds de mutação no KRAS, enquanto Beas-2b foi incluída como comparador epitelial brônquico não maligno. As células A549 e H358 foram mantidas em meio RPMI-1640, e as células Beas-2b foram mantidas em DMEM; cada meio continha 10% de soro bovino fetal e 1% de penicilina-estreptomicina. As células foram cultivadas a 37 °C em atmosfera umidificada contendo 5% de CO₂. Como as linhagens celulares tumorais e a linhagem epitelial comparadora foram mantidas em meios de rotina diferentes, as comparações de expressão basal entre linhagens celulares foram interpretadas com cautela.
Transdução lentiviral e seleção estável de células
Vetores lentivirais carregando o precursor do hsa-miR-486-3p (LV-miR-486-3p) ou uma sequência controle negativa embaralhada (LV-NC) foram utilizados em um delineamento de ganho de função estável. Células A549 e H358 foram semeadas em placas de 6 poços a 5 × 104 células/poço e cultivadas durante a noite. No dia seguinte, as células foram expostas ao lentivírus em uma multiplicidade de infecção (MOI) de 10, na presença de 8 µg/mL de polibreno. Após 24 h, o inóculo viral foi substituído por meio completo fresco. As células transduzidas foram selecionadas com 2 µg/mL de puromicina por 7 dias. Após a seleção, as células sobreviventes tiveram permissão para se recuperar e foram expandidas para os ensaios moleculares e funcionais subsequentes. Nenhum braço com inibidor de miR-486-3p foi incluído, pois o presente estudo foi planejado especificamente para avaliar os efeitos da superexpressão forçada estável.
OBSERVAÇÃO: A MOI, o tempo de exposição à polibrena e as condições de seleção com puromicina devem ser mantidos idênticos entre os grupos LV-NC e LV-miR-486-3p para minimizar as diferenças relacionadas ao tratamento na viabilidade celular.
RT-qPCR
A RT-qPCR foi realizada para determinar os níveis de expressão do miR-486-3p e confirmar a eficiência da superexpressão por lentivírus em células A549 e H358. O RNA total foi isolado utilizando o reagente TRIzol, conforme as instruções do fabricante. A concentração e pureza do RNA foram avaliadas espectrofotometricamente, considerando aceitável uma razão A260/A280 entre 1,8 e 2,1. Para análise de mRNA, 1 µg de RNA total foi transcrito reversamente em cDNA utilizando um kit comercial de síntese de cDNA, de acordo com o protocolo do fabricante. Para análise de microRNA, a síntese de cDNA foi realizada utilizando um iniciador específico para microRNA com sequência em alça (stem-loop) para a transcrição reversa. A PCR quantitativa foi realizada em um volume total de reação de 20 µL, contendo 10 µL de SYBR Green Master Mix 2×, 0,4 µM de cada iniciador e 2 µL de molde de cDNA. O protocolo de amplificação consistiu em uma etapa inicial de desnaturação a 95 °C por 5 min, seguida por 40 ciclos de desnaturação a 95 °C por 10 s e anelamento/extensão a 60 °C por 30 s. Uma análise de curva de dissociação foi posteriormente realizada para verificar a especificidade da amplificação. O RNA nuclear pequeno U6 foi utilizado como controle interno para a quantificação de miRNA, enquanto o GAPDH foi usado como gene de referência para a normalização do mRNA. Os níveis relativos de expressão foram determinados utilizando o método 2−ΔΔCq.
As sequências dos primers para miRNA foram as seguintes: primer de retrotranscrição com alça em stem-loop, 5′-GTCGTATCGACTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCAGTCGATACGAC
ATCCTG-3′; primer direto miR-486-3p, 5′-CGCGGGGCAGCTCAGTA-3′; primer reverso universal, 5′-ACTGCAGGGTCCGAGGTATT-3′; primer direto U6, 5′-CTCGCTTCGGCAGCACA-3′; e primer reverso U6, 5′-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3′. As sequências dos primers para WNT5B, DVL1, CTNNB1, BCL2 e GAPDH, juntamente com os comprimentos dos amplicons e eficiências de amplificação, estão fornecidas na Tabela 1. A expressão de mRNA foi normalizada em relação a GAPDH, enquanto a expressão de miR-486-3p foi normalizada em relação a U6. Cada experimento incluiu três réplicas biológicas independentes, com três réplicas técnicas por réplica biológica.
Western blotting
Após a conclusão da seleção com puromicina de 7 dias e um período de recuperação, as células foram lisadas em tampão RIPA contendo inibidores de protease. As concentrações de proteína foram determinadas utilizando um ensaio de proteína BCA. Quantidades iguais de proteína (20 µg por poço) foram separadas em géis de SDS-PAGE a 10% e transferidas para membranas de PVDF por transferência úmida a 300 mA durante 120 min. As membranas foram bloqueadas com leite desnatado a 5% preparado em solução salina tamponada com Tris contendo 0,1% de Tween-20 (TBST) por 1 h à temperatura ambiente. As membranas foram incubadas durante a noite a 4 °C com anticorpos primários contra WNT5B (1:1.000), DVL1 (1:1.000), β-catenina (1:1.000), BCL-2 (0,5 µg/mL) ou β-actina (1:5.000). Os fabricantes e números de catálogo de todos os anticorpos estão indicados na Tabela de Materiais. Após três lavagens de 10 min com TBST, as membranas foram incubadas com um anticorpo secundário de cabra anti-coelho IgG conjugado à HRP, diluído 1:5.000, por 1 h à temperatura ambiente. Em seguida, as membranas foram lavadas três vezes com TBST, e as bandas proteicas foram visualizadas utilizando um substrato quimioluminescente e imagens foram obtidas com um sistema de documentação e imagem de géis. As intensidades das bandas foram quantificadas usando o ImageJ. A abundância de cada proteína-alvo foi normalizada ao sinal correspondente de β-actina da mesma amostra biológica. Apenas exposições dentro da faixa linear e não saturada de detecção foram utilizadas para análise densitométrica. Três experimentos biológicos independentes foram realizados.
Ensaio com o Kit de Contagem de Células-8
Células A549 e H358 transduzidas de forma estável com LV-NC ou LV-miR-486-3p foram semeadas em placas de 96 poços a 1,5 × 104 células/poço em 100 µL de meio completo. Após a adesão durante a noite, o meio foi substituído e a absorbância em 0 h foi medida imediatamente após a adição do reagente do Kit de Contagem de Células-8. Em 0 h, 24 h, 48 h, 72 h e 96 h, 10 µL de reagente foram adicionados por poço e incubados por 1 h a 37 °C antes da leitura da absorbância em 450 nm. Para a análise revisada do curso temporal, cada grupo foi normalizado em relação ao seu próprio valor em 0 h antes da plotagem. Três experimentos biológicos independentes foram realizados, e os poços técnicos dentro de cada experimento foram médias antes da análise estatística.
Ensaio de formação de colônias
Células A549 e H358 estavelmente selecionadas foram preparadas como suspensões simples de células a 5 × 102 células/mL. Um mililitro de suspensão celular foi semeado em cada poço de uma placa de 6 poços, seguido por 3 mL de meio completo. As células foram cultivadas por 14 dias, com substituição do meio a cada 5 dias. As colônias foram lavadas com PBS, fixadas com paraformaldeído 4% por 20 minutos, coradas com violeta cristal por 20 minutos, lavadas e secas ao ar. Foram contadas as colônias contendo pelo menos 50 células no ImageJ. Três experimentos biológicos independentes foram realizados.
OBSERVAÇÃO: Uma suspensão uniforme de células isoladas e o mínimo de perturbação da placa durante o estabelecimento das colônias são necessários para evitar o agrupamento artificial das células.
Ensaio de migração celular
Células A549 e H358 transduzidas de forma estável foram semeadas em placas de 6 poços e cultivadas até a formação de uma monocamada confluente. Um arranhão reto foi feito com uma ponteira estéril de 10 µL, as células destacadas foram removidas e os mesmos campos marcados foram registrados em imagens aos 0 h, 24 h, 48 h e 72 h. A área da lesão foi medida no ImageJ, e o fechamento da ferida foi calculado como (área aos 0 h − área no tempo indicado) / área aos 0 h × 100%. Três experimentos biológicos independentes foram realizados. Nenhum bloqueador farmacológico da proliferação foi utilizado; portanto, este ensaio foi interpretado como uma medida de fechamento da ferida, e não como uma leitura específica de migração.
OBSERVAÇÃO: Os arranhões devem ser gerados com largura e pressão consistentes, e os mesmos campos devem ser seguidos ao longo de todo o curso do tempo.
Ensaio de invasão celular
Ensaios de invasão em Transwell foram realizados utilizando inserts de membrana de policarbonato de 24 poços com poros de 8 µm. A superfície superior de cada insert foi revestida com 100 µL de matriz de membrana basal Matrigel diluída 1:8 em DMEM sem soro, até uma concentração final aproximada de proteína de 1 mg/mL, e incubada a 37 °C por 4 h. As células A549 e H358 foram ressuspendidas em meio RPMI-1640 sem soro nas densidades de 8 × 105 células/mL e 4 × 105 células/mL, respectivamente. Uma alíquota de 200 µL da suspensão celular foi adicionada à câmara superior, correspondendo a 1,6 × 105 células A549 ou 8 × 104 células H358 por insert. A câmara inferior foi preenchida com 500 µL de meio RPMI-1640 contendo 20% de soro bovino fetal como quimioatraente. Após incubação a 37 °C em atmosfera úmida contendo 5% de CO₂ por 48 h, as células não invasoras que permaneceram na superfície superior da membrana foram cuidadosamente removidas com um cotonete. As células que haviam invadido através da membrana foram fixadas com paraformaldeído a 4% por 20 min e coradas com violeta cristal a 0,1% por 20 min à temperatura ambiente. Cinco campos microscópicos selecionados aleatoriamente foram registrados para cada insert, e o número de células invadidas foi quantificado utilizando o ImageJ. A contagem média de células dos cinco campos foi considerada um único valor para cada insert, e o insert, e não o campo microscópico individual, foi tratado como unidade experimental. Três experimentos biológicos independentes foram realizados.
OBSERVAÇÃO: Remova as células não invasoras suave e consistentemente para evitar danificar a membrana ou desalojar as células que migraram para sua superfície inferior.
Análise estatística
Os dados são apresentados como média ± SD e n denota experimentos biológicos independentes, salvo indicação em contrário. Réplicas técnicas ou múltiplos campos microscópicos provenientes da mesma unidade experimental foram agrupados por média antes dos testes inferenciais. Para a comparação entre as três linhagens celulares, foi utilizada análise de variância unidirecional seguida de comparações pareadas ajustadas pelo método de Tukey. Para os cursos temporais do CCK-8 e do fechamento de ferimento, foi utilizada análise de variância bidirecional de medidas repetidas para avaliar os efeitos do tratamento, do tempo e da interação tratamento-por-tempo, seguida de comparações ajustadas pelo método de Šídák em pontos de tempo individuais. Comparações entre dois grupos foram analisadas utilizando o teste t de Student não pareado bicaudal. testes-t. As análises estatísticas e a visualização dos dados foram realizadas utilizando software de análise estatística e geração de gráficos. Exato pos valores são apresentados nos painéis das figuras ou nas tabelas de dados brutos. A significância estatística foi definida como p < 0.05; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0,001 e ****p < 0.0001.