O protocolo descrito aqui permite a coloração intracelular de alvos proteicos para os quais não existem anticorpos comerciais validados para citometria de fluxo. Como exemplo representativo, avaliou-se a coloração do fator de spliceamento 3a, subunidade 1 (SF3A1), uma proteína de spliceamento ubiquamente expressa que se localiza no núcleo, utilizando um anticorpo policlonal de coelho gerado contra um peptídeo correspondente aos aminoácidos 18–37 de SF3A1 (SF3A118–37; EPKQPTEEEASSKEDSAPSK)18,19.
Para avaliar o protocolo de coloração, as células foram coradas com o anticorpo primário policlonal anti-SF3A118–37 não conjugado antes ou após o tratamento com paraformaldeído (PFA) isoladamente ou com tratamento sequencial de PFA + EtOH (Figuras 1 e 2). Conforme esperado, nenhuma população positiva para SF3A1 foi detectada nas amostras coradas antes do tratamento com PFA (Pré-PFA) ou antes do tratamento sequencial com PFA e EtOH (Pré-EtOH) (Figura 2A). A coloração realizada após o tratamento com PFA isoladamente (Pós-PFA) identificou uma pequena população positiva para SF3A1 (Figura 2B). Em contraste, uma população distinta positiva para SF3A1 foi observada somente quando a coloração foi realizada após a permeabilização com EtOH (Pós-EtOH) (Figura 2B). Esses resultados indicam que o protocolo detecta uma coloração significativamente maior de SF3A1 após a permeabilização com EtOH do que após o tratamento com PFA isoladamente.

Figura 2. Avaliação da marcação de SF3A1 após fixação com paraformaldeído e permeabilização com etanol. Gráficos representativos de citometria de fluxo de células K562 vivas, negativas para corante de viabilidade, mostrando a fluorescência DyLight 488 (DL488) versus área de dispersão lateral (SSC-A). A região destacada em caixa indica a população positiva para SF3A1 (SF3A1⁺). SF3A1, fator de splicing 3a subunidade 1; PFA, paraformaldeído; EtOH, etanol. (A) Marcação com anticorpo anti-SF3A1 realizada antes da fixação com PFA (Pré-PFA; esquerda) ou antes da fixação com PFA seguida de permeabilização com EtOH (Pré-EtOH; direita). (B) Marcação com anticorpo anti-SF3A1 realizada após fixação com PFA (Pós-PFA; esquerda) ou após fixação com PFA seguida de permeabilização com EtOH (Pós-EtOH; direita). (C) Comparação da marcação de SF3A1 após permeabilização com EtOH por 2 h ou durante a noite. Clique aqui para visualizar uma versão ampliada desta figura.
Para determinar se a duração da exposição ao EtOH afetou a coloração ou a integridade celular, as células foram tratadas com EtOH por 2 h ou durante a noite. A análise por citometria de fluxo não mostrou diferenças significativas na intensidade de coloração ou na integridade celular aparente entre as duas condições (Figura 2C). Esses resultados indicam que 2 h de permeabilização com EtOH produziram uma coloração comparável à incubação prolongada, nas condições testadas.
Após confirmar que a permeabilização com EtOH produziu marcação detectável de SF3A1 (Figura 2B) e estabelecer a marcação basal de SF3A1 na ausência de peptídeo competidor (Figura 3A), a especificidade do anticorpo foi avaliada por meio do ensaio de competição com peptídeo. As células foram incubadas com o peptídeo SF3A118–37 ou com um peptídeo controle não específico correspondente aos aminoácidos 778–793 de SF3A1 (SF3A1778–793; GAVIHLALKERGGRKK). Os peptídeos foram adicionados juntamente com o anticorpo primário (Protocolo, Etapa 7). A incubação com excesso do peptídeo específico SF3A118–37 reduziu a porcentagem de células positivas para SF3A1 a um nível comparável ao controle não corado, enquanto o peptídeo não específico SF3A1778–793 não alterou de forma mensurável o perfil de marcação (Figura 3B,C). Experimentos de titulação de peptídeo demonstraram inibição dependente da dose do vínculo do anticorpo pelo peptídeo cognato SF3A118–37 (IC50 = 21,6 nM), enquanto nenhuma inibição foi observada com até 50 vezes o excesso molar do peptídeo não específico SF3A1778–793 (Figura 3D). Esses resultados demonstram que o ensaio de competição com peptídeo pode ser utilizado para avaliar a inibição do vínculo do anticorpo por citometria de fluxo.

Figura 3. Inibição competitiva dependente da dose do anticorpo anti-SF3A1 pelo peptídeo cognato. Gráficos representativos de citometria de fluxo de células K562 vivas, negativas para corante de viabilidade, mostrando fluorescência DyLight 488 (DL488) versus área de dispersão lateral (SSC-A). A região destacada em caixa indica a população positiva para SF3A1 (SF3A1⁺). SF3A1, fator de splicing 3a, subunidade 1. (A) Controle não corado e coloração com anticorpo anti-SF3A1. (B) Coloração para SF3A1 após adição dependente da dose do peptídeo cognato SF3A1(18–37). (C) Coloração para SF3A1 após adição dependente da dose do peptídeo não específico SF3A1(778–793). As concentrações dos peptídeos foram de 216, 43,3, 21,7, 10,8, 5,4 e 2,7 nM; as razões molares peptídeo/anticorpo indicadas na figura foram calculadas em relação a uma concentração de anticorpo anti-SF3A1 de 4,33 nM. (D) Curva de inibição competitiva mostrando a porcentagem de células positivas para SF3A1 em função da concentração do peptídeo. O peptídeo cognato SF3A1(18–37) inibiu a ligação do anticorpo de forma dependente da dose, enquanto o peptídeo SF3A1(778–793) não apresentou inibição. A concentração inibitória半-máxima (IC₅₀) para o peptídeo cognato foi de 21,6 nM, determinada utilizando um modelo não linear de melhor ajuste de inibidor versus resposta normalizada com inclinação variável. Clique aqui para visualizar uma versão maior desta figura.
Por fim, o protocolo foi avaliado para a detecção do receptor de eritropoietina (EpoR), um receptor de superfície celular que também está presente intracelularmente durante a biossíntese do receptor e após a internalização induzida pelo ligante20,21. O EpoR é uma proteína de 508 aminoácidos composta por um domínio N-terminal extracelular, uma única região transmembrana que abrange os aminoácidos 251–273 e um domínio C-terminal intracelular. Um anticorpo policlonal anti-EpoR de coelho não conjugado (BS-1424R), previamente validado para western blot, imunohistoquímica e imunofluorescência, mas não para citometria de fluxo22,23,24,25,26, foi aplicado utilizando o fluxo de trabalho de marcação descrito acima. De acordo com o fabricante, o BS-1424R foi produzido contra os aminoácidos 330–365 dentro do domínio intracelular do EpoR.
Quando as células foram coradas antes do tratamento com PFA (Pré-PFA), <10% das células K562 foram positivas para a marcação de EpoR (Figura 4A). Em contraste, aproximadamente 77% e 84% das células K562 foram positivas após o tratamento apenas com PFA (Pós-PFA) e tratamento sequencial com PFA seguido de EtOH (Pós-EtOH), respectivamente (Figura 4B–D). Em contraste com a coloração de SF3A1, observou-se aumento na coloração de EpoR após os protocolos Pós-PFA e Pós-EtOH (compare Figuras 2B e 4D). Esses achados são consistentes com a localização do epítopo BS-1424R dentro do domínio intracelular do EpoR. A detecção de imunorreatividade para EpoR sob ambas as condições de coloração indica que o tratamento com PFA permeabiliza suficientemente a membrana plasmática de células K562, permitindo a ligação do anticorpo ao epítopo intracelular. Neste fluxo de trabalho, o uso de um único anticorpo secundário exige a avaliação dos compartimentos de EpoR na superfície e no interior da célula por meio de amostras tratadas e coradas separadamente. Essa limitação pode ser superada mediante o uso de anticorpos primários produzidos em espécies diferentes, permitindo a detecção multiplex com anticorpos secundários específicos para cada espécie.

Figura 4. Detecção do receptor de eritropoietina (EpoR) em células K562 após diferentes condições de fixação e permeabilização. Gráficos representativos de citometria de fluxo de células K562 vivas, negativas para corante de viabilidade, mostrando fluorescência DyLight 488 (DL488) versus área de dispersão lateral (SSC-A). A região destacada em caixa indica a população positiva para EpoR (EpoR⁺). A coloração para EpoR foi realizada utilizando o anticorpo policlonal BS-1424R gerado contra os aminoácidos 330–365 dentro do domínio intracelular do EpoR. (A) Coloração para EpoR antes da fixação com PFA (Pré-PFA). (B) Coloração para EpoR após fixação com PFA (Pós-PFA). (C) Coloração para EpoR após fixação com PFA seguida de permeabilização com EtOH (Pós-EtOH). (D) Quantificação das células positivas para EpoR em cada condição de coloração. Os dados são apresentados como média ± erro padrão da média (SEM) de três experimentos independentes (n = 3). A significância estatística foi determinada pelo teste t de Student. P < 0,01 é indicado por **. As comparações mostradas são Pré-PFA versus Pós-PFA e Pré-PFA versus Pós-EtOH. Ab, anticorpo; EpoR, receptor de eritropoietina; PFA, paraformaldeído; EtOH, etanol. Clique aqui para visualizar uma versão ampliada desta figura.