O conjunto de dados secundário acessível publicamente GSE100927 foi analisado como um conjunto de dados não identificáveis. Nenhum participante foi recrutado, nenhuma amostra humana nova foi coletada e nenhum identificador pessoal direto foi acessado; portanto, não foi necessária aprovação adicional do comitê de ética institucional nem consentimento informado. Os experimentos com células utilizaram apenas uma linhagem celular de macrófagos murinos estabelecida e não envolveram animais vivos, tecidos animais primários, participantes humanos ou materiais humanos primários; portanto, a aprovação ética institucional para pesquisas com seres humanos ou animais não era aplicável.
Identificação de Compostos Bioativos de HQT e Seus Alvos
O Banco de Dados e Plataforma de Análise de Farmacologia de Sistemas da Medicina Tradicional Chinesa (TCMSP), o PubMed, a Infraestrutura Nacional de Conhecimento da China (CNKI) e os bancos de dados UniProt foram acessados usando as versões disponíveis em 16 de julho de 2026. Scutellaria baicalensis Georgi, Paeonia lactiflora Pall., Glycyrrhiza uralensis Fisch. e Ziziphus jujuba Mill. foram pesquisadas separadamente no banco de dados TCMSP utilizando seus nomes latinos, em inglês e em chinês. Foram mantidos os compostos com biodisponibilidade oral (OB) ≥30% e valor de semelhança a fármacos (DL) ≥0,18. Os compostos duplicados identificados em mais de um material botânico foram agrupados utilizando o nome do composto e o identificador correspondente do TCMSP.
O PubMed foi pesquisado utilizando os termos (“Huangqin Tang” OR “Huang-Qin-Tang” OR “Huang Qin Tang”) AND (constituinte OR composto OR ingrediente OR fitoquímico OR alvo), e o CNKI foi pesquisado utilizando “Huangqin Tang” AND (“constituintes químicos” OR “ingredientes ativos” OR “alvos farmacológicos”). Foram analisados artigos publicados até 16 de dezembro de 2025. Foram incluídos compostos ou alvos apenas quando sua associação com HQT ou com um de seus quatro componentes botânicos foi explicitamente relatada. Foram excluídas revisões sem evidência primária rastreável, compostos sem nome e alvos previstos sem suporte experimental ou de banco de dados.
Os alvos proteicos foram mapeados utilizando a ferramenta de mapeamento de identificadores no banco de dados UniProt, com o organismo restrito a Homo sapiens (identificador taxonômico 9606). Os símbolos gênicos humanos aprovados foram mantidos, enquanto entradas não mapeadas e duplicadas foram removidas. A lista de interações compostos-alvos pós-dedução foi importada para o software de visualização de redes Cytoscape (versão 3.7.2), onde a rede de interações entre o composto HQT e seus alvos foi construída.
Identificação e Análise Bioinformática de Alvos Associados à AS
Os bancos de dados GeneCards, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Comparative Toxicogenomics Database (CTD) e Gene Expression Omnibus (GEO) foram acessados utilizando as versões disponíveis em 16 de julho de 2026. O termo “aterosclerose” foi utilizado para pesquisar nos bancos GeneCards, OMIM e CTD. Os genes recuperados do GeneCards com um Índice de Relevância ≥1,163, correspondente à pontuação mediana de todos os registros recuperados, foram mantidos. Apenas genes associados diretamente à AS, documentados no OMIM e CTD, foram incluídos.
A matriz da série GSE100927, o arquivo de anotação de amostras e o arquivo de anotação da plataforma GPL17077 foram baixados do GEO. Todas as 104 amostras de artérias periféricas humanas foram classificadas como AS ou Controle de acordo com os metadados fenotípicos do repositório, e nenhuma amostra foi excluída com base na localização arterial.
As análises de bioinformática foram realizadas utilizando o software estatístico R (versão 4.3.2) com o pacote limma (versão 3.58.1), o pacote ggplot2 (versão 3.4.4), o pacote ComplexHeatmap (versão 2.18.0), o pacote clusterProfiler (versão 4.10.1) e o pacote org.Hs.eg.db (versão 3.18.0). As sondas foram anotadas utilizando o arquivo de anotação da plataforma GPL17077, e as sondas sem símbolos gênicos aprovados foram removidas. Várias sondas que mapeavam para o mesmo gene foram agrupadas utilizando a função avereps. Uma transformação log2(x + 1) foi aplicada somente quando o percentil 99 excedeu 100; caso contrário, os valores logarítmicos fornecidos foram mantidos. Os arranjos foram normalizados utilizando o método de quantis.
As amostras foram codificadas como “Controle” e “AS”, e uma matriz de delineamento sem intercepto foi gerada usando model.matrix(~0 + group). Modelos lineares foram ajustados utilizando as funções lmFit, makeContrasts, contrasts.fit e eBayes. Todos os genes foram extraídos usando topTable(number = Inf, adjust.method = “BH”). Genes diferencialmente expressos foram definidos como aqueles com uma variação absoluta do log2 maior que 1 e valor p nominal <0,05, enquanto os valores p ajustados pelo método de Benjamini–Hochberg foram mantidos na saída completa.
Os gráficos de dispersão em forma de vulcão foram gerados usando valores de log2 da razão de variação e valores de −log₁₀ do p nominal. Os mapas de calor foram construídos após a padronização por escore z por linha dos genes selecionados. Foram aplicadas as mesmas configurações de pré-processamento e visualização a todas as amostras.
Os genes obtidos a partir do GeneCards, OMIM, CTD e GEO foram padronizados utilizando o banco de dados UniProt. Os identificadores de genes foram convertidos para símbolos gênicos aprovados em letras maiúsculas, e entradas em branco, não mapeadas e duplicadas foram removidas dentro de cada fonte de dados. Os alvos associados à AE definidos por consenso foram considerados como genes identificados em pelo menos duas das quatro fontes de dados. A função intersect() no R foi utilizada para identificar os genes compartilhados com o conjunto padronizado de alvos da HQT.
Os alvos HQT-AS sobrepostos foram enviados para o banco de dados STRING (versão 12.0), acessado em 16 de dezembro de 2025. A análise foi restrita a Homo sapiens, o valor mínimo de interação foi definido como 0,700, todos os canais de evidência foram mantidos, e não foram adicionados interatores de primeira ou segunda camada. A tabela de interações foi exportada e importada para o Cytoscape como uma rede não direcionada. Laços próprios e arestas duplicadas foram removidos, e os valores de centralidade de grau, de intermediação e de proximidade foram calculados utilizando o plugin CentiScaPe (versão 2.2). Genes centrais foram definidos como aqueles cujas três medidas de centralidade excederam as médias correspondentes da rede.
Os símbolos gênicos aprovados foram convertidos em identificadores Entrez utilizando a função bitr. Os identificadores não mapeados e duplicados foram removidos, e todos os genes mapeados com sucesso no conjunto de dados anotado foram utilizados como referência. A análise de enriquecimento de Gene Ontology para todas as ontologias foi realizada utilizando enrichGO (ont = “ALL”), e a análise de enriquecimento de vias do Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes foi realizada utilizando enrichKEGG (organism = “hsa”). Foi aplicada a correção de Benjamini–Hochberg, e os termos enriquecidos com valor de p ajustado <0,05 foram mantidos.
Os scripts completos de pré-processamento, expressão diferencial, visualização e enriquecimento foram fornecidos como TCMSP analysis.R e Transcriptome analysis.R. Com base nos resultados da análise de rede e em evidências publicadas, identificou-se que a paeoniflorina (PF), liquiritina, baicalina, wogonosídeo e ácido glicirrízico são os principais constituintes do HQT20. A PF foi selecionada como composto representativo devido aos seus papéis relatados na regulação do metabolismo lipídico e na sinalização da proteína quinase ativada por AMP.
Preparação do Extrato de HQT
S. baicalensis Georgi, P. lactiflora Pall., G. uralensis Fisch. e Z. jujuba Mill. autenticados foram combinados em uma proporção de massa seca de 3:2:2:3. Água desionizada foi adicionada em uma proporção de 1:10 (p/v) e a mistura foi submetida a refluxo por 1 h. O extrato foi filtrado ainda quente e o resíduo foi extraído pela segunda vez com água desionizada em uma proporção de 1:8 (p/v) durante 1 h, conforme descrito anteriormente19. Os filtrados foram combinados, concentrados sob pressão reduzida a 60°C e secos a vácuo até massa constante; o rendimento da extração foi de 36,34%. O extrato seco foi dissolvido em água estéril na concentração de 1 g/mL, filtrado através de uma membrana de 0,22 µm, fracionado e armazenado a −20°C até o uso. As concentrações experimentais foram expressas como microgramas de extrato seco por mililitro de meio de cultura.
Cultura Celular, Transfeção e Tratamento
Macrófagos murinos RAW264.7 foram cultivados em meio de Eagle modificado por Dulbecco com alta concentração de glicose, suplementado com 10% de soro bovino fetal, 100 U/mL de penicilina e 100 µg/mL de estreptomicina, a 37°C em incubadora umidificada contendo 5% de CO2. As células foram subcultivadas em torno de 80% de confluência, e somente células entre as passagens 5 e 20 após o descongelamento foram utilizadas. A identidade da linhagem celular foi verificada com base no certificado do repositório, e a morfologia celular, aderência e características de crescimento foram monitoradas rotineiramente. Somente culturas negativas para micoplasma foram utilizadas. Culturas que exibiam contaminação, crescimento anormal, vacuolização acentuada, debris extenso, destacamento acentuado ou distribuição desigual das células foram descartadas.
Para o silenciamento do AMPKα1, as células foram semeadas a 2 × 105 células por poço em 2 mL de meio de cultura em placas de 6 poços e transfectadas em uma confluência de 50%–60%. Um total de 100 pmol de si-AMPKα1 ou siRNA não direcionado foi diluído em 125 µL de meio com soro reduzido, enquanto 5 µL de reagente de transfeção à base de lipídio foi diluído separadamente em 125 µL de meio com soro reduzido. Após incubação por 15 min à temperatura ambiente, as duas soluções foram combinadas e adicionadas gota a gota às células para atingir uma concentração final de siRNA de 50 nM. As sequências do si-AMPKα1 foram as seguintes: sentido, 5′-CCCATCTTATAGTTCAACCAT-3′, e antissenso, 5′-ATGGTTGAACTATAAGATGGG-3′. O meio de cultura foi substituído após 6 h, e a incubação foi continuada por um total de 48 h antes do tratamento com ox-LDL e PF. A redução do AMPKα1 foi confirmada por qRT-PCR e western blotting, e somente experimentos que demonstraram uma redução significativa em relação ao grupo controle negativo com siRNA foram incluídos nas análises subsequentes.
PF, dorsomorfina e BAY 11-7082 foram preparados em dimetilsulfóxido (DMSO), enquanto HQT foi preparado em água estéril. A concentração final de DMSO foi mantida em ≤0,1% em todos os grupos tratados, e o veículo correspondente foi adicionado aos grupos controle.
Para a triagem de concentração, as células foram tratadas durante 24 h com PF nas concentrações de 0, 1, 5, 10, 20 ou 40 µM ou com HQT nas concentrações de 0, 12,5, 25, 50, 100 ou 200 µg/mL. A viabilidade celular e a fosforilação da AMPK foram avaliadas posteriormente. Com base nesses resultados, foram selecionadas as concentrações de 20 µM de PF e 100 µg/mL de HQT para todos os experimentos subsequentes.
Para comparação entre PF e HQT, os grupos de tratamento incluíram um grupo controle, um grupo com 50 µg/mL de ox-LDL, um grupo com ox-LDL mais 20 µM de PF e um grupo com ox-LDL mais 100 µg/mL de HQT. Todos os grupos foram incubados por 24 h. Para inibição farmacológica de AMPK, o grupo com ox-LDL mais PF foi pré-tratado com 10 µM de dorsomorphin por 1 h antes do co-tratamento de 24 h21,22.
Para inibição genética da AMPK, as células foram transfectadas com si-NC ou si-AMPKα1 por 48 h e, em seguida, alocadas nos grupos Controle, ox-LDL, PF ou si-AMPK mais PF. Os grupos PF e si-AMPK mais PF receberam 50 µg/mL de ox-LDL juntamente com 20 µM de PF por 24 h. O grupo ox-LDL recebeu apenas ox-LDL, enquanto o grupo Controle recebeu o veículo correspondente.
Para avaliar o envolvimento da sinalização NF-κB, um grupo adicional de tratamento foi pré-tratado com 10 µM de BAY 11-7082 por 1 h antes da exposição a 50 µg/mL de ox-LDL por 24 h23,24,25. A expressão de ABCA1, o ef luxo de colesterol, o acúmulo de lipídios e as proporções de macrófagos CD86⁺ e CD206⁺ foram posteriormente determinados.
Salvo indicação em contrário, as células foram semeadas 12–16 h antes do tratamento, e três poços replicados foram utilizados para cada grupo de tratamento. Cada ensaio foi realizado utilizando três preparações celulares cultivadas independentemente em dias diferentes (n = 3), exceto na triagem de viabilidade celular, que consistiu em cinco experimentos independentes com cinco poços replicados técnicos por concentração. Réplicas técnicas, medições duplicadas e múltiplos campos microscópicos foram médias hierarquicamente para obter um único valor para cada experimento independente.
Foram utilizadas apenas culturas que estavam uniformemente aderidas e com confluência aproximada de 60%–80%, ou de 50%–60% para experimentos de transfeção. Os materiais essenciais, softwares e equipamentos são listados na Tabela de Materiais acompanhante.
Ensaio de Viabilidade Celular e PCR Quantitativa em Tempo Real
Células RAW264.7 foram semeadas a 5 × 103 células por poço em placas de 96 poços e mantidas para aderência durante a noite. As células foram tratadas durante 24 h com as concentrações de PF e HQT descritas na Seção 4. A viabilidade celular foi determinada substituindo o meio de cultura por 100 µL de solução de trabalho do ensaio de viabilidade celular, seguida de incubação por 2 h a 37°C no escuro. A absorbância foi medida a 450 nm.
Foram incluídas poços-controle com apenas reagente, e seus valores de absorbância foram subtraídos de todas as medições. Os valores de absorbância de cinco poços replicados tecnicamente para cada concentração foram médias. A viabilidade celular foi calculada como (absorbância do grupo tratado / absorbância do grupo controle) × 100, sendo o controle não tratado definido como 100%. Foram realizados cinco experimentos independentes.
O RNA total foi extraído utilizando um reagente de extração de RNA com fenol–guanidínio, e somente amostras com valores de A260/A280 entre 1,8 e 2,0 foram utilizadas. Um micrograma de RNA total foi transcrito reversamente, e cada reação de PCR quantitativa (qPCR) de 20 µL continha 10 µL de mix mestre SYBR Green 2×, 0,4 µL de cada iniciador (forward e reverse) 10 µM, 2 µL de cDNA e 7,2 µL de água livre de nucleases.
A PCR quantitativa foi realizada a 95 °C por 30 s, seguida por 40 ciclos de 95 °C por 10 s e 60 °C por 30 s. Uma análise de curva de dissociação foi subsequentemente realizada de 65 °C a 95 °C. As sequências dos iniciadores foram as seguintes: Prkaa1 sentido, 5′-ACCAGAAGCGGTGCCGGAAAGCTGG-3′; Prkaa1 antissentido, 5′-TGTAGTCGGTTTATGCAGCAACGAG-3′; Gapdh sentido, 5′-CGACTTCAACAGCAACTCCCACTCTTCC-3′; e Gapdh antissentido, 5′-TGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTT-3′.
Cada amostra foi analisada em triplicata técnica, e controles sem modelo foram incluídos. Os pares de iniciadores foram aceitos somente quando um único pico de dissociação foi observado e nenhuma amplificação foi detectada nos controles sem modelo. A expressão relativa de Prkaa1 foi calculada utilizando o método 2−ΔΔCt, com Gapdh como gene de referência, e a expressão no grupo si-NC foi normalizada para 1.
Medição do Acúmulo de Lipídios, Níveis de ATP e Eflluxo de Colesterol
Para a coloração com Óleo Vermelho O, as células RAW264.7 foram semeadas em densidade de 5 × 104 células por poço em 500 µL de meio de cultura em placas de 24 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes com 500 µL de solução salina tamponada com fosfato (PBS), fixadas com 500 µL de formalina neutra tamponada a 10% por 20 min, lavadas duas vezes com PBS, enxaguadas uma vez com 500 µL de isopropanol a 60% e coradas com 500 µL de solução de trabalho recém-preparada de Óleo Vermelho O por 15 min à temperatura ambiente. As células coradas foram lavadas com água destilada até que o fundo ficasse claro. Cinco campos microscópicos foram adquiridos de cada poço conforme descrito na Seção 8, e a área positiva para Óleo Vermelho O foi calculada como a área positiva dividida pela área total do campo × 100, utilizando um limiar de cor fixo. Os resultados da coloração foram aceitos somente quando as células controle exibiam coloração mínima, as células tratadas com ox-LDL apresentavam gotículas lipídicas intracelulares discretas e o fundo extracelular permanecia claro. Amostras que apresentavam precipitados difusos, coloração irregular ou destacamento extensivo de células foram excluídas e o procedimento de coloração foi repetido.
Para a medição de ATP, as células foram semeadas a 5 × 105 células por poço em 2 mL de meio de cultura em placas de 6 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes com 1 mL de PBS frio, lisadas com 200 µL de tampão de lise para ensaio de ATP e centrifugadas a 12.000 × g durante 5 min a 4°C. Uma alíquota de 10 µL do sobrenadante foi misturada com 100 µL do reagente de detecção de ATP e a quimioluminescência foi medida. As concentrações de ATP foram calculadas a partir de uma curva padrão. Cada lisado foi medido em duplicata, e três poços replicados foram analisados em cada um dos três experimentos independentes.
Para análise do ef luxo de colesterol, as células foram semeadas em 5 × 104 células por poço em 500 µL de meio de cultura em placas de 24 poços. Após o tratamento, as células foram carregadas com 1 µg/mL de col esterol NBD por 24 h, lavadas três vezes com 500 µL de PBS e incubadas por 4 h em 500 µL de meio livre de soro contendo 10 µg/mL de apolipoproteína A-I ou 50 µg/mL de lipoproteína de alta densidade. Os sobrenadantes da cultura foram coletados e centrifugados a 1.000 × g durante 5 min. As células foram lavadas duas vezes com PBS e lisadas com 200 µL de tampão de lise. A fluorescência nos sobrenadantes e lisados foi medida em duplicata nos comprimentos de onda de excitação e emissão de 485 e 535 nm, respectivamente. Os valores de fluorescência obtidos dos poços sem col esterol NBD foram subtraídos, e o ef luxo de colesterol foi calculado como a fluorescência do sobrenadante dividida pela soma das fluorescências do sobrenadante e do lisado × 100 para cada aceitador de colesterol.
Medição de Citocinas Inflamatórias, Potencial de Membrana Mitocondrial, Espécies Reativas de Oxigênio e Apoptose
Para o ensaio imunoenzimático (ELISA), células RAW264.7 foram semeadas a 5 × 105 células por poço em 2 mL de meio de cultura em placas de 6 poços. Após 24 h de tratamento, os sobrenadantes da cultura foram coletados, centrifugados a 1.000 × g durante 10 min a 4°C e analisados imediatamente ou alíquotados e armazenados a −80°C até a análise. Evitaram-se ciclos repetidos de congelamento-descongelamento. As concentrações de TNF-α, IL-6 e IL-1β murinos foram medidas utilizando kits de ELISA do tipo sanduíche. Todos os reagentes foram equilibrados à temperatura ambiente antes do uso. Padrões, brancos e amostras foram carregados em duplicata com 100 µL por poço. Os poços foram lavados cinco vezes com 300 µL de tampão de lavagem após cada incubação com anticorpo. A revelação da cor foi realizada com o substrato tetrametilbenzidina, a reação foi interrompida conforme as instruções do fabricante e a absorbância foi medida a 450 nm. As concentrações de citocinas foram calculadas a partir de curvas-padrão logísticas de quatro parâmetros e expressas em pg/mL. Medições com coeficientes de variação em duplicata superiores a 15% foram repetidas, e amostras que excederam a faixa do ensaio foram diluídas antes da reanálise.
Para análise do potencial da membrana mitocondrial, as células foram semeadas a 5 × 104 células por poço em 500 µL de meio de cultura em placas de 24 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes e incubadas com 500 µL da solução de trabalho de JC-1 por 20 min a 37°C no escuro. Em seguida, as células foram lavadas duas vezes com tampão de coloração, e a fluorescência do agregado vermelho e do monômero verde foi adquirida a partir dos mesmos campos microscópicos com comprimentos de onda de excitação/emissão de 525/590 nm e 490/530 nm, respectivamente. A razão de fluorescência verde/vermelha, subtraída do fundo, foi posteriormente calculada.
Para análise de espécies reativas de oxigênio (ROS) intracelulares, as células foram semeadas a 5 × 104 células por poço em placas de 24 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes com meio livre de soro e incubadas com 10 µL de diacetato de di-hidroclorofluoresceína 2′,7′-dicloro diluído em 200 µL de meio de cultura por 2 h a 37°C no escuro. As placas foram suavemente agitadas a cada 5 min durante a incubação. Em seguida, as células foram lavadas três vezes e a fluorescência foi medida com comprimentos de onda de excitação e emissão de 488 e 525 nm, respectivamente.
Para análise de apoptose, as células foram semeadas a 5 × 104 células por poço em placas de 24 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes, fixadas com paraformaldeído a 4% por 20 min, lavadas três vezes e permeabilizadas com Triton X-100 a 0,1% em PBS por 10 min. Adicionou-se um total de 250 µL da mistura de reação de marcação de quebras de DNA por transferase de deoxinucleotidil terminal (TUNEL), e as células foram incubadas por 60 min a 37°C em câmara úmida e escura. Após três lavagens, os núcleos foram contra-coloridos com 4′,6-diamidino-2-fenilindol (DAPI) por 5 min. Um controle negativo sem transferase de deoxinucleotidil terminal foi incluído em cada experimento.
A preservação do potencial da membrana mitocondrial foi indicada pela fluorescência vermelha pontuada predominante do JC-1, enquanto a despolarização da membrana foi indicada pelo aumento da fluorescência verde difusa. As imagens de ERO foram aceitas somente quando a fluorescência verde estava localizada no interior da célula e livre de precipitados ou saturação do sinal. A coloração para apoptose foi aceita somente quando a fluorescência vermelha era predominantemente nuclear e o controle sem enzima exibia sinal de fundo mínimo.
Aquisição de Imagem e Análise Quantitativa
Imagens de campo claro e de fluorescência foram adquiridas utilizando um microscópio invertido de fluorescência equipado com câmera digital e objetiva de 20×. Foram coletados cinco campos não sobrepostos de cada poço, incluindo um campo central e quatro campos periféricos. Áreas contendo arranhões, bordas dos poços, lâminas de células destacadas ou detritos grandes foram excluídas antes da revelação das identidades dos tratamentos. As configurações automáticas de exposição e ganho foram desativadas. A intensidade de iluminação, tempo de exposição, ganho, objetiva e dimensões da imagem foram definidas usando poços representativos de Controle e de ox-LDL para garantir que o sinal de fluorescência mais intenso permanecesse não saturado. As mesmas configurações de aquisição de imagens foram mantidas para todos os grupos de tratamento dentro de cada experimento independente. Os canais de fluorescência vermelha e verde emparelhados foram adquiridos sem reposicionar a platina do microscópio. As imagens não ajustadas foram analisadas usando o software de análise de imagens ImageJ, enquanto o pesquisador permaneceu cego quanto à alocação dos tratamentos. O sinal de fundo de uma região livre de células foi subtraído e os limiares das imagens foram estabelecidos usando imagens representativas de Controle e de ox-LDL. Os mesmos limiares foram aplicados em todo o experimento. Apenas ajustes uniformes em toda a imagem foram aplicados para apresentação nas figuras. Os resultados de JC-1 foram expressos como a razão entre a fluorescência verde e vermelha. Os sinais de espécies reativas de oxigênio e de apoptose foram expressos como média de fluorescência subtraída do fundo normalizada pela área analisada, sendo o valor médio do grupo Controle normalizado para 1 nas análises relativas. Cinco campos microscópicos foram médios para obter um valor por poço, e os valores de três poços foram médios para gerar um valor por experimento independente.
Análise de Western Blot
Células RAW264.7 foram semeadas a 5 × 105 células por poço em 2 mL de meio de cultura em placas de 6 poços, e um lisado proteico foi preparado a partir de cada poço. Para extração de proteínas de células inteiras, as células foram lavadas duas vezes com PBS frio, lisadas por 30 min em gelo usando tampão de ensaio de radioimunoprecipitação (RIPA) suplementado com inibidores de protease e fosfatase, e centrifugadas a 12.000 × g por 15 min a 4°C. Para extração de proteínas nucleares, as células foram suspensas em um tampão contendo 10 mM HEPES, 10 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,5 mM ditiotretol e inibidores de protease/fosfatase e incubadas em gelo por 15 min. Um detergente não iônico foi adicionado até uma concentração final de 0,5%, seguido por vortex breve e centrifugação a 700 × g por 5 min a 4°C. O pellet nuclear foi extraído por 30 min em gelo com mistura intermitente em um tampão contendo 20 mM HEPES, 420 mM NaCl, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM EDTA, 25% de glicerol, 0,5 mM ditiotretol e inibidores de protease/fosfatase. O extrato foi posteriormente centrifugado a 14.000 × g por 15 min a 4°C.
As concentrações de proteína foram determinadas utilizando o ensaio do ácido bicinconínico. Quantidades iguais de proteína (25–30 µg) foram carregadas em cada poço, aquecidas a 95°C por 5 min, separadas em géis de poliacrilamida com dodecilsulfato de sódio a 8%–12% e transferidas para membranas de fluoreto de polivinilideno de 0,45 µm a 100 V por 90 min sob condições de refrigeração. As membranas contendo proteínas totais foram bloqueadas com leite desnatado a 5%, enquanto as membranas contendo proteínas fosforiladas foram bloqueadas com albumina sérica bovina a 5% preparada em solução salina tamponada com Tris contendo polissorvato 20, durante 1 h. As membranas foram incubadas durante a noite a 4°C com anticorpos primários contra AMPK, AMPK fosforilada, BAX, BCL-2, caspase-3, ABCA1, p65, p65 fosforilada, LXRα, IκB-α, IκB-α fosforilada e histona H3 em uma diluição de 1:1.000, exceto para a histona H3, que foi utilizada em uma diluição de 1:2.000. Os anticorpos contra GAPDH e β-actina foram utilizados em uma diluição de 1:5.000. Após a incubação com os anticorpos primários, as membranas foram lavadas três vezes por 10 min cada e incubadas por 1 h com anticorpos secundários conjugados à peroxidase de rabo-de-cavalo anti-coelho ou anti-rato diluídos 1:5.000. Após lavagem adicional, as bandas proteicas foram detectadas utilizando um reagente de detecção por quimioluminescência aprimorada. Foi selecionada a menor exposição que produziu bandas não saturadas para todas as proteínas-alvo, e foram mantidos os mesmos parâmetros de exposição e aquisição de imagem para todos os grupos na mesma membrana.
As bandas proteicas foram quantificadas utilizando o software de análise de imagens ImageJ após subtração do fundo local. AMPK total, ABCA1, BAX, BCL-2, caspase-3, IκB-α e IκB-α fosforilado foram normalizados em relação a GAPDH ou β-actina. Foram calculadas as razões entre AMPK fosforilada e AMPK total e entre p65 fosforilada e p65 total. Os níveis nucleares de LXRα, p65 e p65 fosforilada foram normalizados em relação à histona H3, e o valor médio do grupo Controle ou si-NC em cada experimento independente foi normalizado para 1. Apenas os blots que exibiram bandas discretas nos pesos moleculares esperados, fundo baixo, sinais não saturados e controles de carga comparáveis foram incluídos na análise. Membranas que apresentaram distorção das faixas, transferência proteica incompleta, fundo excessivo ou saturação do sinal foram reprocessadas ou excluídas. Três experimentos independentes foram realizados utilizando lisados proteicos preparados separadamente.
Ensaio de Deslocamento Térmico Celular
Células RAW264.7 foram semeadas a 3 × 106 células em 10 mL de meio de cultura em placas de cultura de 100 mm e incubadas durante a noite. As células foram coletadas, lavadas duas vezes com PBS gelado, lisadas por 30 min em gelo em PBS contendo 0,4% de NP-40 e inibidores de protease/fosfatase, e centrifugadas a 20.000 × g por 20 min a 4°C. Os lisados clarificados foram ajustados para uma concentração proteica de 2 mg/mL. Volumes iguais de lisado clarificado foram incubados com 20 µM de PF ou 0,1% de DMSO por 1 h à temperatura ambiente. Cada amostra foi dividida em alíquotas de 50 µL e aquecida por 3 min a 37°C, 41°C, 45°C, 49°C, 53°C, 57°C, 61°C, 65°C, 69°C ou 73°C. As amostras foram imediatamente resfriadas a 4°C por 3 min e centrifugadas a 20.000 × g por 20 min a 4°C. Volumes iguais dos sobrenadantes solúveis foram analisados por eletroforese em gel seguida de transferência para membrana para detecção de AMPK e AMPK fosforilada. O sinal obtido em cada temperatura foi normalizado em relação ao sinal correspondente a 37°C, definido como 100%. A abundância de proteína solúvel foi representada graficamente em função da temperatura, e o ensaio completo foi repetido três vezes utilizando células cultivadas independentemente. Somente experimentos que mostraram uma banda de referência detectável a 37°C, perda progressiva de AMPK solúvel com aumento da temperatura e ausência de distorção grave das bandas ou aumentos anômalos de proteína solúvel nas temperaturas mais altas foram incluídos na análise.
Análise por Citometria de Fluxo
Células RAW264.7 foram semeadas a 5 × 105 células por poço em 2 mL de meio de cultura em placas de 6 poços. Após o tratamento, as células foram lavadas duas vezes com PBS frio e suavemente destacadas usando uma espátula celular em PBS contendo 2% de soro bovino fetal e 2 mM de EDTA. As suspensões celulares foram centrifugadas a 400 × g durante 5 min a 4°C, lavadas duas vezes com PBS e ajustadas para uma concentração de aproximadamente 1 × 106 células por amostra. As células foram coradas com um corante viável reativo a aminas fixável por 20 min à temperatura ambiente no escuro. Após a lavagem, os receptores Fc foram bloqueados com um anticorpo anti-murino CD16/32 por 15 min a 4°C. Anticorpos conjugados a fluorocromos contra CD45, CD11b, F4/80, CD86 e CD206 foram adicionados na quantidade de 5 µL por anticorpo para cada 1 × 106 células, e as células foram incubadas por 30 min a 4°C no escuro.
Após a coloração com anticorpos, as células foram lavadas duas vezes, suspensas em 300 µL de tampão de coloração e analisadas por citometria de fluxo. Foram adquiridos pelo menos 50.000 eventos totais e, sempre que possível, pelo menos 20.000 eventos viáveis CD45⁺CD11b⁺F4/80⁺ para cada amostra. Foram incluídos controles não corados, controles de compensação monocorados e controles de fluorescência-menos-um para CD86 e CD206. A mesma matriz de compensação foi aplicada a todos os grupos tratados dentro de cada experimento. Detritos foram excluídos com base nas características de dispersão para a frente e dispersão lateral, e dupletas foram excluídas utilizando a área de dispersão para a frente versus a altura de dispersão para a frente. Células negativas para corante de viabilidade foram identificadas, as células CD45⁺ foram selecionadas e os macrófagos foram definidos como células CD11b⁺F4/80⁺. Células CD86⁺ e CD206⁺ foram quantificadas dentro do gate de macrófagos utilizando limiares estabelecidos a partir dos controles correspondentes de fluorescência-menos-um. A mesma hierarquia de seleção de gates foi aplicada a todas as amostras. Uma suspensão de células coradas foi preparada a partir de cada um dos três poços replicados, e as porcentagens obtidas nos três poços foram médias para gerar um valor para cada experimento independente. O experimento foi repetido três vezes utilizando células cultivadas independentemente.
Segurança e Descarte de Resíduos
Todos os procedimentos de cultura celular, manipulação de LDL-ox e processamento de materiais derivados de células foram realizados em uma cabine de segurança biológica Classe II, conforme as práticas de nível de biossegurança 2. Jalecos laboratoriais, luvas e proteção ocular foram utilizados durante todos os procedimentos. As superfícies de trabalho e os equipamentos foram descontaminados após o uso. O formaldeído e a paraformaldeído foram manipulados com as precauções adequadas devido à sua toxicidade e potencial carcinogenicidade. Fixadores, soluções de vermelho de óleo O, soluções contendo DMSO e soluções de coloração fluorescente foram manipuladas com equipamento de proteção individual apropriado e ventilação adequada. Fixadores, soluções de coloração, soluções contendo DMSO e meios de cultura contendo LDL-ox foram coletados separadamente e descartados como resíduos químicos perigosos, conforme as regulamentações institucionais. Meios de cultura contendo células, consumíveis contaminados e amostras de citometria de fluxo foram tratados como resíduos biológicos. Resíduos biológicos líquidos foram desinfetados com hipoclorito de sódio recém-preparado a 10% por pelo menos 30 minutos, e resíduos biológicos sólidos foram autoclavados antes do descarte, conforme os procedimentos institucionais de biossegurança.
Análise Estatística
Todas as análises estatísticas foram realizadas utilizando o software estatístico GraphPad Prism (versão 10.1.2). Os dados são apresentados como média ± desvio padrão. O valor de n representou o número de experimentos independentes, e não o número de poços replicados tecnicamente, medições do instrumento ou campos microscópicos. Os valores médios hierárquicos obtidos em cada experimento independente, conforme descrito nas seções anteriores, foram utilizados em todas as análises estatísticas. As comparações entre dois grupos foram realizadas utilizando um teste t de Student não pareado e bicaudal t-teste. Comparações entre três ou mais grupos foram realizadas utilizando análise de variância unidirecional seguida pelo teste de comparações múltiplas de Tukey. Todos os testes estatísticos foram bicaudais, e um p valor <0,05 foi considerado estatisticamente significativo.