O material de alfafa utilizado no presente estudo consistiu em clones de cinco linhagens de alfafa. Duas linhagens experimentais foram selecionadas após dois ciclos de seleção divergente para digestibilidade in vitro da fibra detergente neutro (IVNDFD) a partir de plantas matrizes com baixa IVNDFD em 16 h e baixa IVNDFD em 96 h ou alta IVNDFD em 16 h e alta IVNDFD em 96 h12. Três linhagens comerciais com origens genéticas desconhecidas também foram incluídas no estudo, e as plantas matrizes foram selecionadas com base na análise por espectroscopia no infravermelho próximo para identificar indivíduos com (a) maior teor de lignina, (b) menor teor de lignina e (c) menor teor de fibra detergente neutro e fibra detergente ácido. As cinco linhagens de alfafa foram transplantadas de um viveiro em maio de 2021 para ensaios de campo replicados em dois locais em Minnesota, EUA. Para as colheitas de primeiro e segundo corte de cada estação de crescimento, 10 hastes de cada linhagem de alfafa foram colhidas nos estádios vegetativo, pré-brotamento, início da floração, floração e vagem verde de maturidade da planta. O sétimo entrenó do ápice de cada haste foi seccionado e colocado em um tubo de 50 mL contendo uma mistura 50:50 de etanol a 200 graus e água ultrapura para armazenamento até a incubação das seções transversais. Esse método foi desenvolvido com base em trabalhos previamente realizados pelo grupo de laboratório na década de 1990, nos quais o sétimo entrenó foi selecionado como unidade de estudo4,6.
In vitro, a incubação com fluido ruminal e a coloração histológica de caules de alfafa foram utilizadas para compreender os padrões de deposição de componentes da parede celular nos tecidos do caule degradados. As incubações in vitro simularam o grau de degradação que um caule de alfafa sofre no rúmen, e a coloração histológica subsequente destacou a lignina e a pectina em células onde esses componentes da parede celular permaneceram detectáveis após a digestão microbiana controlada no tempo. O uso de um micrótomo deslizante garantiu uma espessura padronizada das secções transversais, minimizando artefatos de corte que poderiam interferir nos resultados13. Embora apenas a lignina e a pectina tenham sido examinadas no presente protocolo, corantes alternativos, como azul de toluidina, azul de Astra e Direct Red 23, também podem ser utilizados para a coloração histológica desses e de outros componentes da parede celular14,15,16. Além disso, a luz polarizada pode ser usada para detectar celulose nas paredes celulares, e reagentes fluorescentes, como safranina O, podem visualizar a lignina17 e os polissacarídeos da parede celular. Além disso, anticorpos podem ser utilizados para marcar pectinas específicas18. Além da alfafa, este protocolo poderia ser aplicado a outras espécies. No entanto, as respostas à coloração podem variar entre espécies, genótipos, estágios de desenvolvimento e condições ambientais19.
O uso de fita adesiva de baixo custo, dupla face, para fixar seções transversais de caules em lâminas de vidro já foi descrito anteriormente6,20. Antes de iniciar este protocolo de incubação in vitro, foi necessário identificar uma fita dupla face capaz de resistir à imersão em líquido por vários dias e que fosse facilmente obtida. Vários tipos de fita, diferindo quanto ao uso industrial pretendido e à espessura, foram avaliados. Resumidamente, pedaços de fita dupla face com 2,5 cm de comprimento e seções transversais de caules foram fixados em lâminas de vidro e imersos em água por períodos variados ao longo de uma semana, para determinar se permaneciam aderidos às lâminas. Algumas fitas duplas face se soltaram das lâminas de vidro, enquanto outras ficaram opacas após exposição prolongada ao líquido. A perda de transparência da fita interferiu na microscopia e impediu a obtenção de imagens de alta qualidade das seções transversais de caule. Uma fita dupla face de vinil apresentou o melhor desempenho entre os adesivos testados. A fita utilizada nos experimentos originais havia sido adquirida na década de 1990 e continuava eficaz; no entanto, o mesmo produto não pôde ser obtido para experimentos posteriores. Portanto, a fita selecionada deve ser testada antes do uso, para garantir que tanto a fita quanto as seções transversais permaneçam aderidas durante todo o período de incubação. A fita também deve permanecer transparente, permitindo a obtenção de imagens de alta qualidade.
A etapa de incubação in vitro do protocolo envolveu múltiplas etapas dependentes do tempo, que exigiram planejamento e coordenação cuidadosos. O tempo total necessário para o procedimento de incubação in vitro pode variar conforme o tamanho do experimento. Por exemplo, para gerar um conjunto de dados robusto de seções transversais de caules, quatro caules únicos de alfafa foram montados em cada lâmina para cada amostra × intervalo de incubação in vitro × combinação de corantes. Com 16 amostras, seis intervalos de incubação e dois corantes, um total de 768 seções transversais de caules foi necessário para cada execução de incubação in vitro. Aproximadamente 8 h foram necessárias para preparar as 768 seções transversais, que então puderam ser armazenadas durante a noite em placas de Petri contendo água ultrapura e montadas no dia seguinte. Antes do montagem, 192 lâminas de vidro e 96 tubos de centrífuga (50 mL) precisavam ser rotulados. O montagem das seções transversais exigiu mais 8 h, pois as seções foram orientadas de forma consistente entre os intervalos de incubação e os corantes, facilitando comparações entre os tecidos dos caules. Essa abordagem exigiu mais tempo do que o montagem aleatório das seções transversais. As lâminas montadas foram armazenadas durante a noite em água ultrapura antes do início da incubação in vitro no dia seguinte. Enquanto as seções transversais de caules de alfafa estavam sendo preparadas e montadas, o tampão de McDougall também precisava ser preparado. O tampão podia ser preparado com até dois dias de antecedência do início da incubação in vitro e precisava ser aquecido a 39 °C antes da inoculação das seções transversais montadas. Assim, planejamento e preparação cuidadosos foram necessários para a conclusão bem-sucedida do protocolo.
A coloração de Wiesner é comumente utilizada para visualizar estruturas associadas à lignina em tecidos vegetais. Embora este método de coloração seja relativamente simples21 e razoavelmente específico22, ele cora os grupos terminais de cinamaldeído associados às unidades de lignina guaiaçila (G)13. Em angiospermas dicotiledôneas, como a alfafa, as unidades G e siríngila (S) são os principais constituintes do polímero de lignina, embora subunidades com anel H também estejam presentes. Portanto, a coloração de Wiesner pode subestimar a lignina total no caule, pois não reage com a lignina S. Ambas as unidades G e S podem estar presentes no xilema interfascicular e nas fibras do floema primário (ou seja, tecidos esclerenquimatosos); assim, embora as unidades S possam não reagir com a coloração de Wiesner, a coloração das unidades G pode indicar a presença de estruturas associadas à lignina nesses tecidos. A coloração de Mäule poderia ser utilizada para visualizar as unidades S e fornecer uma representação mais completa das unidades de lignina no caule13. Também pode ocorrer variação na intensidade da coloração do pectato com vermelho de rutênio, dependendo do estado de esterificação ou desesterificação do ácido pectínico23. A coloração pode variar de um tom amarelo-alaranjado a um vermelho brilhante. Como o vermelho de rutênio pode interagir com diversos carboidratos, o uso deste corante pode resultar em superestimação do pectato nos tecidos11. Como a proporção de lignina aumenta com o amadurecimento do caule da alfafa, a lignina também pode interferir na coloração do pectato em caules mais velhos. As diferenças entre tons de uma mesma coloração podem ser difíceis de distinguir visualmente; no entanto, tecnologias de análise de imagem podem ajudar a superar essa limitação.
Após a incubação in vitro com fluido ruminal e coloração histológica, seções transversais de caules podem ser visualizadas ao microscópio, e imagens podem ser obtidas para análise subsequente. Como a coloração de Wiesner desaparece em até 24 h9, a análise microscópica em campo claro de caules corados para lignina deve ser concluída no mesmo dia da coloração, idealmente dentro de 6–8 h, para garantir coloração consistente entre as imagens. A coloração com vermelho de rutênio mantém sua intensidade ao longo do tempo; portanto, a aquisição das imagens no mesmo dia é menos crítica. Contudo, as imagens coradas com vermelho de rutênio também foram obtidas dentro de 6–8 h para manter a consistência. As imagens foram adquiridas usando uma câmera digital colorida de microscópio de alta definição e alta resolução, equipada com sensor de imagem CMOS de grande formato. Os mesmos parâmetros de exposição, ganho analógico, profundidade de bits, qualidade da imagem e foco foram utilizados para garantir comparabilidade entre as imagens e minimizar variações introduzidas por diferenças nos ajustes de aquisição. O tempo de exposição foi ajustado conforme a magnificação (10×, 20× e 40×) para evitar superexposição ou subexposição e produzir imagens de alta qualidade. Portanto, as comparações devem ser feitas entre imagens adquiridas na mesma magnificação para minimizar variações associadas a diferentes configurações de exposição. Os parâmetros de aquisição de imagens podem exigir ajustes dependendo do microscópio e da câmera utilizados (Tabela 1). Outras técnicas de microscopia, incluindo microscopia eletrônica de varredura 6,20 e microscopia de fluorescência14,15,17, também foram utilizadas para visualizar componentes da parede celular, embora a microscopia em campo claro tenha sido usada no presente protocolo.
Este protocolo gerou um grande conjunto de dados de imagens de seções transversais de caules (>15.000), que pode ser aproveitado para ampliar as informações qualitativas geradas neste protocolo com coloração histológica em direção à análise quantitativa utilizando tecnologias de aprendizado de máquina. Pipelines eficientes de análise de imagem podem automatizar e acelerar a extração de dados quantitativos a partir de imagens. A colaboração com cientistas da computação pode facilitar o desenvolvimento de ferramentas para pré-processar imagens, remover ruídos irrelevantes e extrair características de interesse para testar múltiplas hipóteses. Abordagens de aprendizado de máquina exigem conjuntos de dados de treinamento e teste adequados e de tamanho suficiente para garantir um desempenho robusto do modelo. Conjuntos de dados menores podem ser analisados usando abordagens mais simples de análise de imagem, como a medição manual de características de interesse com softwares de análise de imagem, tais como ImageJ24 ou com softwares de análise de imagem associados ao microscópio25. Portanto, considerar o uso pretendido dos dados de imagem pode melhorar a eficiência na determinação do tipo e número de imagens a serem adquiridas, bem como na abordagem analítica subsequente.