Name: LentiPlex MISSÃO Pooled shRNA Screening Biblioteca em células de mamíferos (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-12-21T12:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Aprenda a usar a biblioteca LentiPlex MISSÃO de shRNA em células de mamíferos para triagem de seleção positiva e identificação de alvos genéticos que promovem a sobrevivência celular.

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MISSÃO é uma marca registrada da LP Biotecnologia Sigma-Aldrich LentiPlex é uma marca comercial da LP Biotecnologia Sigma-Aldrich

LentiPlex Configuração da Tela de Pooled Para identificar seqüências shRNA de interesse, é fundamental para configurar a tela de tal forma que a maioria das células recebem apenas um shRNA construir. Usando uma baixa MOI (multiplicidade de infecção), a probabilidade de vários integrantes por célula é diminuído substancialmente. No entanto, a eficiência de transdução, e, portanto, MOIS desejado, depende fortemente do tipo de célula-alvo. Portanto, é imperativo que a determinação do MOI ideal é realizado antes de iniciar a tela em um novo tipo de célula. 1. Transdução de células alvo com o LentiPlex Missão Pooled shRNA Biblioteca <ol><li> O real MOI utilizado irá variar para diferentes tipos de células. Se replica são desejados, em seguida, o número de placas deve ser aumentado em conformidade. Além disso, normalmente, não será vantajoso para combinar a subpools diferentes. Mantendo o subpools separado auxiliar no processo de deconvolução. Garantir Proper rotulagem de cada prato de cultura de tecidos com o número subpool que é aplicada durante a transdução. A baixa MOI é aconselhado a reduzir a probabilidade de vários integrantes por célula. </li><li> Dia 1 - Semente do número apropriado de 60 mm de pratos com células suficientes para obter ~ 70% confluência no dia seguinte (10 piscinas no total, cada um realizado em triplicata = 30 pratos total). Para o nosso estudo, 60 pratos mm foram semeados com 6 x 105 células A549 para alcançar uma confluência de 70% antes de transdução. Isso garante que as células ainda estão em fase de crescimento exponencial. Taxas de crescimento variam de acordo com tipo de célula e deve ser determinado antes de iniciar a tela. </li><li> Permitem que as células a aderir pela incubação overnight a 37 ° C em uma incubadora umidificada em uma atmosfera de 5% CO 2. </li><li> (Opcional) Incluir mais dois pratos de 60 mm para a transdução com shRNAs controle negativo. Rotular os pratos "Controle A" para SHC001H e "Control B" para SHC002H. </li><li> Dia 2 - ª transduçãocélulas e com as partículas LentiPlex viral. No dia da transdução, descongelar as partículas lentiviral no gelo. </li><li> Transferir as partículas descongelado para uma capela de fluxo laminar e manter em gelo, se não ser utilizado imediatamente. </li><li> Calcular o quanto de cada indivíduo viral sub-pool para adicionar as células para obter o MOI de 1 em todas as placas de cultura de célula. <ol><li> Exemplo: 1 x 10 6 células / prato; título Viral = 5 x 10 8 TU / ml, um desejado MOI de 1. i.) 1 x 10 6 células / prato x (MOI de 1) = 1 x 10 6 unidades de transdução (TU) necessários ii.) 1 x 10 6 TU / (5,0 x 10 8 TU / ml) obtidos a partir do C da A = 2 mL da solução de reserva lentiviral deve ser adicionado ao prato apropriado. Diluir o montante calculado do vírus em 100-300 mL de mídia completa, a fim de assegurar uma melhor distribuição do vírus quando adicionado ao prato de cultura de células. </li></ol></li><li> Remova a mídia a partir de células pré-semeado. Adicionar completa media Contasolução de brometo Ining Hexadimetrina para cada prato. A concentração final recomendada de brometo de Hexadimetrina nos meios de comunicação é de 8 mg / ml. Use menos o brometo Hexadimetrina se você achar que ele seja tóxico para as células-alvo. </li><li> Adicionar Particulas de Lentivirus shRNA aos pratos apropriados, em conformidade com o projeto pré-determinado experimental. Agite suavemente as placas para distribuir uniformemente o vírus através de células. </li><li> Incubar 18-20 horas a 37 ° C em uma incubadora umidificada em uma atmosfera de 5% CO 2. </li><li> (Opcional) Repita 3-8 na idênticos MOI com SHC001H (vazio vetor shRNA Control) em Dish Controle A e SHC002H (mexidos shRNA controle) em Dish Controle B. Tratar estes pratos de forma idêntica para os pratos experimentais durante o experimento. </li><li> Dia 3 - Troque a mídia. Aspirar-vírus contendo mídia e adicionar novos media completo (sem brometo de Hexadimetrina). Incubar as células a 37 ° C durante a noite. </li></ol> 2. Tratar platedcélulas com componente terapêutica / reagente <ol><li> Dia 4 - Aspirar media de poços e adicionar novas mídias contendo componente terapêutica na concentração ideal. Tal como acontece com as condições de cultura, os tratamentos vão variar e concentrações adequadas e durações deve ser determinada de antemão. Em nosso estudo, foram utilizados 100 ng / mL de TRAIL e 1 mM de Paclitaxel. Células foram tratadas por 48 horas. </li><li> Células sobreviventes devem ser re-semeada em frascos T75 e permitiu expandir até quase 100% confluentes. </li><li> (Opcional) No final da seleção, inspecionar controle Dish A e Controle Dish Dish B. A e B Dish cada um deve ter menos de colônias, pelo menos, um dos pratos biblioteca pool. Se houver um número inesperadamente elevado de colônias em um prato, que qualquer processo de transdução afetou um caminho relacionado com o fenótipo desejado ou a pressão seletiva não é suficientemente forte e re-otimização do ensaio pode ser necessária. Se B Dish contém muitas colônias, Então a expressão de shRNA eo engajamento da via RNAi pode ter um efeito sobre o fenótipo de interesse. Se este for o caso repita com SHC001H, para garantir que o efeito não é específico para SHC002H. </li></ol> 3. Deconvolução a partir de uma população de células policlonais <ol><li> Colheita da população heterogênea de células de cada subconjunto e isolar DNA genômico. Em nosso estudo, as células foram lavadas rapidamente em PBS e tripsinizados antes de DNA genômico foi isolado usando o GenElute mamíferos Genomic Miniprep kit e fornecido protocolo (Sigma-Aldrich, G1N70). Alternativamente, qualquer kits de purificação de genômica outros que estão atualmente disponíveis no mercado podem ser usados ​​para o isolamento de DNA. É importante seguir as recomendações de protocolo para o montante de partida das células em cultura. </li><li> A amplificação de alvos. O procedimento de recuperação shRNA modelo permite a amplificação de todo o pool de inserções shRNA da população de células selecionado, ou a recuperação de individupla modelos shRNA de colônias que foram escolhidos individualmente e expandido. Após a amplificação de insertos shRNA do controle e as células-alvo selecionados, os produtos de PCR pode ser seqüenciado. </li><li> Esta etapa de amplificação por PCR foi otimizada utilizando Sigma Readymix, Catalog No. P2893. Outros reagentes podem ser usados ​​para a amplificação, mas as condições de bicicleta e / ou concentração de magnésio pode precisar ser modificado para amplificação bem sucedida. Primers de amplificação na concentração de 20 mM estão incluídos no kit LentiPlex. </li><li> Configurar a reação de PCR, conforme descrito na Tabela 1. Adicione os componentes na ordem listada. Os montantes descritos são para uma reação de 50 mL. Para mais reacções, escala os componentes master mix pelo número desejado de reações e incluem sobrecarga de 10%. A quantidade de DNA modelo recomendado é de 50-100 ng. </li><li> É altamente recomendável que, para uma reação do modelo consiste na MISSÃO Controle de Vetores shRNA Humanos Positivo diluído para o adequado doiate de concentração. Amplificação de sucesso com este modelo indica que os componentes ensaio de PCR e as condições de ciclismo são adequados. NOTA: Para evitar contaminações de amostras e reagentes experimental, sugere-se que o controlo positivo seja diluído em um local separado, onde as reações posteriores PCR são criados. </li><li> Salve o programa PCR listados na Tabela 2 em seu termociclador. </li><li> Para cada amostra, combine 3 mL de reação de PCR com 1 mL de corante e electroforese juntamente com 5 mL de DirectLoad ™ PCR 100 bp Escada Baixo, número de catálogo D3687 em um gel de agarose 1% para confirmar a presença de um amplicon bp 309. </li><li> Subclonagem de PCR amplicons: produtos de PCR foram clonados TOPO utilizando o kit de clonagem TOPO-TA, seguindo o protocolo do fabricante (Invitrogen, K4575-01). O resultado é que um produto de PCR está contido em cada vetor. </li><li> 250 colônias de bactérias individuais (cada um contendo um indivíduo amplicon PCR) foram isolados e crescern em 2 mL de culturas LB com 100 mg / mL ampicilina. DNA plasmidial foi então extraído usando o GenElute Plasmid Miniprep kit (Sigma-Aldrich, PLN70). </li><li> DNA plasmidial purificado foi digerido com EcoRI e eletroforese para confirmar a presença do inserto. </li><li> Amostras de DNA plasmidial foram seqüenciados ea inserção shRNA identificados utilizando o banco de dados LentiPlex shRNA Pesquisa Sequence fornecido com a biblioteca LentiPlex. </li></ol> 4. Identificação e Validação alvo <ol><li> A seqüência inicia com shRNA 5'-GAAACACCGG-3 '. Digite pelo menos nos próximos 10, mas menos de 21 nucleotídeos como a seqüência de consulta na caixa de pesquisa na sequência shRNA fechado Pesquisa forma banco de dados Access. </li><li> Selecionar as espécies do shRNA em pool. Opcionalmente, selecione o subconjunto a partir do qual a seqüência foi encontrado. </li><li> Agora clique em "Find hits em potencial" para realizar a pesquisa. Isto deve identificar o correspondente TRC seqüência shRNA (s) que correspondem ªe seqüenciamento de dados. Mais informações sobre a seqüência shRNA TRC (s) identificados e as metas gene correspondente pode ser facilmente encontrada no Sigma-Aldrich é o seu favorito Gene: <a href="http://www.sigma.com/yfg">http://www.sigma.com/yfg</a> </li><li> Genes-alvo identificados devem ser validados pela repetição do ensaio de rastreio original com o clone TRC original mais pelo menos duas shRNAs adicionais que visam o mesmo gene usando um shRNA 1-1 formato bem. Bate verdade irá exibir o mesmo fenótipo na maioria dos poços. </li></ol> 5. Resultados representante Um exemplo de um fluxo de trabalho da tela LentiPlex pooled é detalhado na Figura 1. Transduzidas células que proliferaram na presença de TRAIL e Paclitaxel foram autorizados a se expandir até frascos foram confluentes. DNA genômico foi colhida e submetida à amplificação por PCR e clonagem como ilustrado na Figura 1 A, antes de ser submetido à identificação e seqüenciamento shRNA como descrito no FIGUre 1 C. 250 clones foram seqüenciados, destes 25 foram representados por clones múltiplos e os 225 restantes foram representados por apenas um clone e não foram perseguidos neste momento. Conforme mostrado na Figura 2, vários genes candidatos, incluindo TBX3, PPP2CA e AKT2 foram representados por clones múltiplos. O fator de transcrição T-box, TBX3 apareceu em um total de quatro clones e tem sido implicado na migração do tumor 5. Downregulation PPP2CA tem sido demonstrado para manter o crescimento de células cultivadas em LNCaP andrógeno condições deficientes, aliviando o andrógeno-privação induzida por parada do ciclo celular e impedindo a apoptose 6. AKT2 é uma serina RAC-beta / treonina proteína-quinase e oncogene putativo demonstrado que desempenhar vários papéis em câncer de desenvolvimento 7, 8. <img src="/files/ftp_upload/3305/3305table1.jpg" alt="Tabela 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Tabela 1"> * Concentração final de Mg 2 + em solução será de 3 mM;1,5 mM é uma contribuição do Readymix Taq e 1,5 mM de solução de cloreto de magnésio. Tabela 1. Reaction Lentiplex Condições PCR <img src="/files/ftp_upload/3305/3305table2.jpg" alt="Tabela 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Tabela 2"> Tabela 2. Lentiplex Programa de Amplificação PCR <img src="/files/ftp_upload/3305/3305fig1a.jpg" alt="Figura 1a" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1a"> <img src="/files/ftp_upload/3305/3305fig1b.jpg" alt="Figura 1b" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1b"> <img src="/files/ftp_upload/3305/3305fig1c.jpg" alt="Figura 1c" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1c"> Figura 1. (A) LentiPlex pooled tela, (B) deconvolução workflow policlonais, e (C) identificação de alvos shRNA. LentiPlex A. pooled tela. Primeiro, as células de sementes, em seguida, adicione subpools shRNA, (10 piscinas no total, cada uma feita em triplicado, por 30 pratos total). Em seguida, tratar com componente terapêutica / reagente (no nosso caso, TRAIL e Paclitaxel, respectivamente). Então, reseed células sobreviventes em frascos e deixe crescer. População heterogênea colheita de células de cada subconjunto e isolar DNA genômico. B. deconvolução policlonais. Perform PCR para amplificar DNA contendo a inserção shRNA. O produto da PCR é uniforme em tamanho, mas policlonais em seqüência desde o gDNA modelo também foi policlonais. Produto de PCR é clonado no vetor e depois transformado em bactérias competentes. C. Identificação de alvos shRNA. Colônias individuais são isolados e plasmídeo de DNA é extraído. Cada clone contém o vetor de clonagem com um fragmento de PCR individual. Plasmídeo de DNA é digerido para confirmar a presença da inserção e seqüenciados. A inserção shRNA é identificado usando o banco de dados LentiPlex shRNA Pesquisa Sequence. <img src="/files/ftp_upload/3305/3305fig2.jpg" alt="Figura 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 2"> Figura 2. Pode identificadosGenes didatos. 25 genes candidatos foram identificados, que tinha vários hits. 225 genes candidatos tiveram apenas 1 hit e não foram perseguidos. Por favor, consulte a Tabela Complementar 1 para a repartição dos clones individuais por gene candidato. <img src="/files/ftp_upload/3305/3305suptable1.jpg" alt="Tabela 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Tabela 1"> Tabela Suplementar 1. Clones individuais TRC Biblioteca identificados a partir de ID policlonais Seqüenciamento Gene hits Clones detectado.

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</ol>

Matthew J. Coussens, Courtney Corman, Ashley L. Fischer, Jack Sago, e John Swarthout são empregados pela Sigma-Aldrich, o que torna ferramentas e reagentes utilizados neste artigo.

Neste estudo, apresentamos uma tela de todo o genoma para identificar genes envolvidos na citotoxicidade de células A549 seguinte paclitaxel / TRAIL tratamento. O uso de uma abordagem conjunta em uma tela do genoma reduz o tempo, custo e investimento em equipamentos normalmente associados com telas convencionais vestiu. Fundamental para o sucesso da tela são experimentos de otimização realizado com antecedência. Condições de transdução e MOI deve ser determinado empiricamente. O método de selecção devem permitir a seleção robusta de células exibindo o fenótipo desejado (por exemplo, a sobrevivência, a expressão de proteínas de superfície, etc). Otimização destes parâmetros irá reduzir o número de falsos positivos detectados. Aqui, gDNA foi colhida da população em massa de células selecionadas e depois TOPO clonado para identificar insere shRNA individual. Uma possível melhora para este experimento teria sido selecionar para células vivas usando FACS para garantirque apenas as células vivas são coletadas. Os alvos identificados serão validados por transdução com destino-específico shRNAs em um ensaio de rastreio. Bate verdade irá exibir o fenótipo na maioria dos poços. A Biblioteca LentiPlex Pooled é flexível na sua aplicação. É compatível com uma ampla gama de aplicações a jusante e pode ser usado com estratégias de seleção positiva ou negativa. Dependendo das condições de triagem, deconvolução das inserções shRNA é realizado através de PCR / clonagem, microarray, ou a próxima geração de sequenciamento de 9, 10. Enquanto a potência ea velocidade destas técnicas para deconvolute telas RNAi está bem estabelecida, uma preocupação com microarray e próxima geração de métodos de seqüenciamento é a disponibilidade de recursos de bioinformática e conhecimentos necessários para analisar e interpretar corretamente os resultados experimentais. Os custos associados a estas técnicas podem muitas vezes ser uma barreira para a empresa de telas de genoma de largura. APCR / clonagem abordagem baseada, embora não tão poderoso como microarrays e sequenciamento de última geração é uma alternativa de custo eficaz e de menor. Agilent oferece agora um conjunto personalizado baseado na biblioteca shRNA TRC para ajudar ainda mais em telas LentiPlex. Essas opções permitem que os pesquisadores de usar LentiPlex para estudar uma grande variedade de funções celulares.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=SHPH01%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">Matriz LentiPlex Pooled</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=SHPH01%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">SHPH01</a> </td></tr><tr><td> Células A549 </td><td> ATCC </td><td> CCL-185 </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=T5694%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">TRAIL</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td><html> oductDetail.do? lang = en &amp; N4 = T5694% 7CSIGMA &amp; N5 =% SEARCH_CONCAT_PNO 7CBRAND_KEY &amp; F = SPEC &quot;&gt; T5694 </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=T7402%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">Paclitaxel</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=T7402%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">T7402</a> </td></tr><tr><td> Topo TA Cloning Kit </td><td> Invitrogen </td><td> K4575-01 </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=P2893%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">JumpStart Taq Readymix</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td>% ONCAT_PNO 7CBRAND_KEY &amp; F = SPEC &quot;&gt; P2893 </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=PLN70%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">GenElute kit Miniprep Plasmid</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=PLN70%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">PLN70</a> </td></tr><tr><td> EcoR1 </td><td> New England Biolabs </td><td> R0101 </td></tr><tr><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=H9268%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">Hexadimetrina brometo</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html" target="_blank">Sigma-Aldrich</a> </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=H9268%7CSIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&F=SPEC">H9268</a> &lt;/ Td&gt; </tr></tbody></table>

lentiplex missÃo pooled shrna screening biblioteca em células de mamíferos

MISSION LentiPlex Pooled shRNA Library Screening in Mammalian Cells

RNA de interferência (RNAi) é um mecanismo intrínseco de celular para a regulação da expressão gênica. Aproveitar o poder inato deste sistema nos permite níveis knockdown expressão gênica em perda de estudos da função gênica. Existem dois métodos principais para a realização de RNAi. O primeiro é o uso de pequenos RNAs de interferência (siRNAs) que são sintetizados quimicamente, eo segundo utiliza-hairpin RNAs curtos (shRNAs) codificado dentro plasmídeos 1. Este último pode ser transfectados em células direta ou embalados em replicação de partículas lentiviral incompetentes. As principais vantagens de usar shRNAs lentiviral é a facilidade de introdução em uma grande variedade de tipos de células, a sua capacidade de integrar de forma estável no genoma para knockdown do gene longo prazo e seleção, e sua eficácia na condução de alto rendimento perda de telas de função. Para facilitar isso criamos o LentiPlex pooled shRNA biblioteca. O MISSION LentiPlex Biblioteca shRNA Humanos Pooled é um pool genome-wide lentiviral produzidos usando um processo patenteado. A biblioteca é constituída por mais de 75.000 construções shRNA da coleção alvo TRC + 15.000 genes humanos 2. Cada biblioteca é testada para a representação shRNA antes do lançamento do produto para garantir a cobertura da biblioteca robusta. A biblioteca é fornecida em um formato pronto-to-use lentiviral em títulos de pelo menos 5 x 10 8 TU / ml via ensaio p24 e é pré-dividido em dez subpools de aproximadamente 8.000 shRNA constrói cada um. Primers de amplificação e sequenciamento também são fornecidos para a identificação do alvo a jusante. Estudos anteriores estabeleceram uma atividade antitumoral sinérgica de TRAIL, quando combinado com paclitaxel em células A549, um ser humano de pulmão linha de células de carcinoma 3, 4. Neste estudo demonstramos a aplicação de um pool biblioteca LentiPlex shRNA rapidamente conduzir uma tela de seleção de positivo para genes envolvidos na citotoxicidade of A549 células quando expostas a TRAIL e Paclitaxel. Uma barreira muitas vezes encontrados com telas de alto rendimento é o custo ea dificuldade de deconvolução; detalhamos também uma abordagem custo-benefício policlonais utilizando sequenciamento tradicional.

Aqui usamos uma biblioteca LentiPlex humanos agrupados e tradicionais métodos de seqüenciamento de genes para identificar alvos promover a sobrevivência celular. Demonstramos como configurar e deconvolute uma tela LentiPlex e validar os resultados.

LentiPlex MISSÃO Pooled shRNA Screening Biblioteca em células de mamíferos

A interferência de RNA (RNAi) é um mecanismo celular intrínseco para a regulação da expressão gênica. O aproveitamento do poder inato deste sistema permite-nos...

O objetivo geral do vídeo a seguir é demonstrar o uso de uma biblioteca de genoma inteiro de RNA de haste curta ou S-H-R-N-A para realizar rapidamente uma triagem por seleção positiva. Isso é alcançado pela transdução das células-alvo com 10 subpiscinas da biblioteca Mission LentiPlex de genoma inteiro em pool de S-H-R-N-A, seguida pela adição do componente terapêutico. Como segundo passo, o material de molde de HRNA é recuperado, o que permite a desconvolução da triagem em pool.O S-H-R-N-A recuperado é então clonado no vetor e transformado em bactérias competentes. Em seguida, amostras de DNA plasmidial são sequenciadas e os alvos do S-H-R-N-A são identificados utilizando o banco de dados de busca de sequências lenti PLX, HRNA. Os resultados do experimento realizado neste vídeo revelam os genes envolvidos na citotoxicidade de uma linhagem celular tumoral epitelial quando expostos a agentes farmacológicos antitumorais, com base no número de ocorrências no sequenciamento. A missão.Lin Duplex em pool. A biblioteca HRNA contém o consórcio RNAI ou a coleção TRC em 10 tubos matriciais e pode ser usada para realizar rapidamente estudos de perda de função gênica em alto rendimento. Neste estudo, é utilizada para conduzir rapidamente uma triagem de seleção positiva para genes envolvidos na citotoxicidade de células 5 49 quando expostas ao TRAIL e ao paclitaxel antes da transdução das células-alvo.Plaqueie o número apropriado de placas de 60 milímetros com quantidade suficiente de células para obter aproximadamente 70% de confluência no dia seguinte. Incube as células a 37 graus Celsius durante a noite. As taxas de crescimento variarão conforme o tipo celular e devem ser determinadas antes de iniciar o experimento, a fim de preparar a transdução das células com a biblioteca Mission Lenti plex em pool, S-H-R-N-A. Deixe as partículas lentivirais descongelarem no gelo, transfira as partículas descongeladas para uma capela de fluxo laminar, mantendo-as no gelo se não forem usadas imediatamente.Calcule a quantidade de cada subpiscina viral individual que deve ser adicionada às células para obter uma multiplicidade de infecção ou MOI de um em todas as placas de cultivo celular. Utilize uma MOI baixa para reduzir a probabilidade de múltiplos integrantes por célula, dilua a quantidade calculada de vírus em 100 a 300 microlitros de meio completo para garantir uma melhor distribuição do vírus ao adicioná-lo à placa de cultivo celular e, em seguida, remova o meio das células prévias. Adicione meio completo contendo solução de polibren a cada placa ao meio.Adicione partículas lentivirais HRNA às placas apropriadas de acordo com o delineamento experimental predeterminado. Agite suavemente as placas para distribuir uniformemente o vírus pelas células. Incube de 18 a 20 horas a 37 graus Celsius em incubadora umidificada em uma atmosfera de 5% de dióxido de carbono.No dia seguinte, aspire o meio contendo o vírus e adicione meio completo fresco sem poli cérebro. Incube as células a 37 graus Celsius durante a noite no quarto dia, aspire o meio das células e adicione meio fresco contendo o componente terapêutico em uma concentração ótima predeterminada. Em seguida, trate as células com o componente por um período predeterminado.Neste estudo, as células são tratadas com 100 nanogramas por mililitro de trail e um micromolar de paclitaxel por 48 horas. Após o tratamento, as células sobreviventes devem ser resemeadas em frascos T 75 e mantidas em expansão até atingirem quase 100% de confluência para realizar a desconvolução policlonal. A população heterogênea de células é colhida de cada subpool e o DNA genômico é isolado.Inicie o procedimento de recuperação do modelo S-H-R-N-A com a preparação da reação de PCR conforme descrito no protocolo escrito. Os iniciadores de amplificação, na concentração de 20 milimolar, são fornecidos junto com o kit lenti plex. Prepare um controle positivo utilizando o vetor controle positivo humano mission SHRA diluído à concentração apropriada como modelo.A amplificação bem-sucedida com este molde indica que os componentes do ensaio de PCR e as condições de ciclagem são adequados. Salve o programa de PCR listado no protocolo escrito no termociclador e realize a amplificação do alvo. Após a conclusão do ciclo, combine três microlitros de cada reação de PCR com um microlitro de corante e realize eletroforese ao lado de um marcador de baixo peso molecular de 100 pares de bases em um gel de agarose a 1% para confirmar a presença de um amplicon de 309 pares de bases.Neste ponto, os amplicons de PCR são subclonados no vetor Topo utilizando o kit de clonagem topo ta, seguindo o protocolo do fabricante. O resultado é que um produto de PCR é inserido em cada vetor. Após a conclusão da subclonagem, isole 250 colônias bacterianas individuais, cada uma contendo um amplicon de PCR individual.Cultive as colônias individuais em culturas de dois mililitros, das quais o DNA plasmidial pode ser extraído utilizando o kit Gen Elute plasmid mini prep. Após a digestão do DNA plasmidial purificado com Eco RI, a presença do inserto pode ser confirmada por eletroforese. Finalmente, a partir das amostras de DNA plasmidial sequenciadas, o inserto S-H-R-N-A pode ser identificado utilizando o banco de dados de busca de sequência Plex HRNA fornecido com a biblioteca PLX. Localize a caixa de busca no formulário do banco de dados de acesso à busca de sequência S-H-R-N-A fornecido, no início da sequência HRNA.Digite os próximos 10 a 21 nucleotídeos da sequência consultada. Em seguida, selecione a espécie do S-H-R-N-A agrupado. Opcionalmente, selecione o subgrupo do qual a sequência foi obtida.Agora, clique no botão "encontrar acertos potenciais" para realizar a busca. Isso deve identificar as sequências correspondentes de T-R-C-S-H-R-N-A que coincidem com os dados de sequenciamento. O site da Sigma-Aldrich, seu site favorito de genes, pode então ser usado para obter mais informações sobre as sequências de TR CS HRA identificadas e os respectivos genes-alvo identificados. Os genes-alvo devem ser validados repetindo o ensaio de triagem original com o clone TRC original, além de pelo menos dois RNAs adicionais que visem o mesmo gene, utilizando um formato de um HRNA por uma placa de 60 milímetros.Acertos verdadeiros exibirão o mesmo fenótipo na maioria das placas. Os clones contendo o vetor de clonagem com um fragmento individual de PCR foram isolados utilizando o procedimento de recuperação de modelo SHRA e o inserto HRNA foi identificado usando o banco de dados de busca de sequência lenti plex SHRA. Foram sequenciados 250 clones.Desses, 25 foram representados por múltiplos clones, e os 225 restantes foram representados por apenas um clone e não foram investigados. Conforme mostrado aqui, vários genes candidatos, incluindo TBX three, PPP two, ca e AKT two, foram representados por múltiplos clones. O fator de transcrição da caixa T, TBX three, apareceu em um total de quatro clones e tem sido implicado na migração tumoral.A desregulação da PPP dois ca demonstrou manter o crescimento de células ln cap cultivadas em condições deficientes em andrógenos, aliviando a parada do ciclo celular induzida pela privação de andrógenos e prevenindo a apoptose. Além disso, a AKT dois é uma proteína quinase Arak Beta Sina três Anina e um oncogene putativo, demonstrada ter várias funções no desenvolvimento do câncer. Após assistir a este vídeo, você deverá ter uma boa compreensão de como utilizar a missão.Biblioteca em pool de RNA de interferência Len Plex para conduzir rapidamente estudos de perda da função gênica de alto rendimento.

mission-lentiplex-pooled-shrna-library-screening-in-mammalian-cells

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Aqui usamos uma biblioteca esiRNA humanos em uma tela de high-throughput de genes envolvidos na divisão celular. Demonstramos como configurar e realizar uma esiRNA telas, bem como a forma de analisar e validar os resultados.

EsiRNA MISSÃO para a seleção RNAi em células de mamíferos

A Biblioteca de ID de destino é um plasmídeo baseado em coleta de todo o genoma de cDNA clonado usado para identificar alvos miRNA. Aqui nós demonstrar o seu uso e aplicação.

Genome-wide tela de Metas de miRNA Usando a missão Biblioteca ID Alvo

Nós relatamos um gancho de cabelo pequeno RNA (shRNA) e a próxima geração baseada no sequenciamento protocolo identificando os reguladores da inativação do cromossomo x em uma linha de celular murino com luciferase de vaga-lume e genes de resistência de hptII fundiram para o metil CpG ligação proteína 2 ( MeCP2) Gene no cromossomo X inativo.

Em pool shRNA tela para reativação de MeCP2 no cromossomo X inativo

Uma biblioteca CRISPR/sgRNA aplicou-se para interrogar os genes codificantes de proteínas. No entanto, a viabilidade de uma biblioteca de sgRNA para descobrir a função de um limite CTCF na regulação gênica permanece inexplorada. Aqui, descrevemos uma biblioteca de sgRNA específico de loci HOX para elucidar a função dos limites CTCF HOX loci.

HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA biblioteca rastreio identificando crítico CTCF limites

A tecnologia CRISPR-Cas9 fornece um método eficiente para editar precisamente o genoma dos mamíferos em qualquer tipo de célula e representa um novo meio para realizar telas genéticas de todo o genoma. Um protocolo detalhado que discute as etapas necessárias para o desempenho bem-sucedido de telas de CRISPR-Cas9 agrupadas em todo o genoma é fornecido aqui.

Telas genéticas com base em CRISPR agrupadas em células de mamíferos

Para identificar novos reguladores de fatores de transcrição, desenvolvemos uma abordagem para tela de bibliotecas RNAi lentivirais ou retrovirais usando um ensaio de repórter transcricional baseado em dupla luciferase. Esta abordagem oferece uma maneira rápida e relativamente barata de selecionar centenas de candidatos em um único experimento.

Identificação de reguladores de fatores de transcrição usando triagem de média-duração de bibliotecas arrayed e um repórter baseado em dupla-luciferase

A triagem de interferência de RNA de alto rendimento (RNAi) usando um pool de shRNAs lentiviral pode ser uma ferramenta para detectar alvos letais sintéticos terapeuticamente relevantes em malignidades. Fornecemos uma abordagem de triagem de shRNA agrupada para investigar os efeitos epigenéticos na leucemia mielóide aguda (LMA).

Triagem de biblioteca shRNA agrupada para identificar fatores que modulam um fenótipo de resistência a drogas

Usando a polietilenimina de polímero cônico de baixo custo (PEI), produzimos partículas lentivirais para expressão estável de shRNAs em células-tronco embrionárias humanas H9 (hESCs) e células progenitoras neurais derivadas de H9 (NPCs) com alta eficiência.

Entrega mediada lentiviral de shRNAs para hESCs e NPCs usando polietilenimina de polímero cônico de baixo custo (PEI)

Desenvolvemos uma abordagem oncogenômica comparativa entre espécies utilizando análises genômicas e telas genômicas funcionais para identificar e comparar alvos terapêuticos em tumores surgidos em modelos de camundongos geneticamente modificados e o tipo de tumor humano correspondente.

Perfil Genético e Triagem de Abandono em Escala Genômica para Identificar Alvos Terapêuticos em Modelos Murinos de Tumor Maligno de Bainha de Nervo Periférico

Este estudo apresenta um sistema CRISPRi duplo direcionado a RNAs longos não codificantes em células de melanoma. Ele permite o knockdown de genes combinatórios e a triagem letal sintética, identificando interações de lncRNA específicas do câncer para possíveis estratégias terapêuticas.

Estratégia de interferência dupla de CRISPR para direcionar interações letais sintéticas entre RNAs não codificantes em células cancerígenas

Este protocolo descreve uma abordagem escalável de triagem intraductal CRISPR, permitindo estudos paralelos in vivo de eliminação e ativação genética na glândula mamária do camundongo.

Triagem In Vivo Paralela da Eliminação e Ativação Gênica na Glândula Mamária do Camundongo

Aprenda a usar a biblioteca LentiPlex MISSÃO de shRNA em células de mamíferos para triagem de seleção positiva e identificação de alvos genéticos que promovem a sobrevivência celular.

LentiPlex MISSÃO Pooled shRNA Screening Biblioteca em células de mamíferos

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